ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50652

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O2' A 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C3' A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C5' A 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O3' A 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
O5' B 0, 0.000, 0.514, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.514 std_dev=0.514
O5' A 0, 0.000, 0.604, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.604 std_dev=0.604
O6 B 0, 0.000, 0.610, 1.219, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.610 std_dev=0.610
C6 B 0, 0.000, 0.622, 1.244, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.622 std_dev=0.622
P B 0, 0.000, 0.625, 1.250, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.625 std_dev=0.625
N1 B 0, 0.000, 0.627, 1.254, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.627 std_dev=0.627
C2 B 0, 0.000, 0.637, 1.274, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.637 std_dev=0.637
N3 B 0, 0.000, 0.644, 1.289, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.644 std_dev=0.644
C5 B 0, 0.000, 0.647, 1.294, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.647 std_dev=0.647
N2 B 0, 0.000, 0.652, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.652 std_dev=0.652
C4 B 0, 0.000, 0.658, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.658 std_dev=0.658
N7 B 0, 0.000, 0.678, 1.356, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.678 std_dev=0.678
N9 B 0, 0.000, 0.703, 1.407, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.703 std_dev=0.703
C8 B 0, 0.000, 0.721, 1.443, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.721 std_dev=0.721
OP2 B 0, 0.000, 0.728, 1.455, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.728 std_dev=0.728
O4' B 0, 0.000, 0.752, 1.504, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.752 std_dev=0.752
P A 0, 0.000, 0.764, 1.529, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.764 std_dev=0.764
C5' B 0, 0.000, 0.787, 1.574, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.787 std_dev=0.787
OP2 A 0, 0.000, 0.827, 1.653, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.827 std_dev=0.827
C1' B 0, 0.000, 0.832, 1.663, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.832 std_dev=0.832
OP1 B 0, 0.000, 0.835, 1.671, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.835 std_dev=0.835
OP1 A 0, 0.000, 0.843, 1.686, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.843 std_dev=0.843
C4' B 0, 0.000, 0.962, 1.924, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.962 std_dev=0.962
O2' B 0, 0.000, 1.006, 2.012, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.006 std_dev=1.006
C2' B 0, 0.000, 1.015, 2.030, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.015 std_dev=1.015
C3' B 0, 0.000, 1.309, 2.619, 2.619 max_d=2.619 avg_d=1.309 std_dev=1.309
O3' B 0, 0.000, 1.757, 3.514, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.757 std_dev=1.757

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.16 0.12
C2 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.06 0.11 0.01 0.13 0.26 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.09 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.14 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.11 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.18 0.00 0.19 0.28 0.23
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.26 0.34 0.29
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.22 0.00 0.27 0.36 0.30
C8 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.23 0.02 0.25 0.30 0.28
N1 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.04 0.17 0.01 0.21 0.32 0.24
N2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.06 0.04 0.01 0.06 0.19 0.08
N3 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.06 0.11 0.00 0.11 0.23 0.15
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.25 0.02 0.29 0.35 0.32
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.18 0.01 0.17 0.25 0.21
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.10 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.05
O3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.12 0.18 0.12 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.04 0.05 0.01
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.13 0.09
O5' 0.11 0.11 0.06 0.02 0.18 0.01 0.23 0.00 0.22 0.23 0.17 0.04 0.11 0.25 0.18 0.03 0.06 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.24 0.00 0.31 0.38 0.33
OP1 0.08 0.13 0.04 0.02 0.19 0.01 0.26 0.02 0.27 0.25 0.21 0.06 0.11 0.29 0.17 0.01 0.04 0.07 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.26 0.14 0.11 0.28 0.07 0.34 0.08 0.36 0.30 0.32 0.19 0.23 0.35 0.25 0.10 0.05 0.13 0.01 0.38 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.17 0.08 0.05 0.23 0.01 0.29 0.01 0.30 0.28 0.24 0.08 0.15 0.32 0.21 0.05 0.01 0.09 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.10 0.09 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.17 0.11 0.03 0.03 0.04 0.08 0.02 0.05 0.05 0.02 0.17 0.09
C2 0.14 0.26 0.18 0.19 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.05 0.22 0.33 0.23 0.02 0.11 0.13 0.05 0.10 0.09 0.03 0.07 0.19 0.13
C2' 0.03 0.13 0.08 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.20 0.11 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.02 0.03 0.00 0.16 0.07
C3' 0.05 0.13 0.10 0.11 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.09 0.19 0.11 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.08
C4 0.05 0.14 0.08 0.07 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.22 0.12 0.07 0.02 0.02 0.10 0.02 0.04 0.09 0.01 0.15 0.08
C4' 0.12 0.15 0.18 0.19 0.11 0.12 0.08 0.10 0.07 0.07 0.11 0.19 0.15 0.05 0.09 0.11 0.05 0.08 0.09 0.03 0.07 0.21 0.13
C5 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.02 0.11 0.10 0.01 0.18 0.06 0.14 0.04 0.05 0.20 0.03 0.01 0.18 0.03 0.12 0.05
C5' 0.17 0.17 0.23 0.25 0.15 0.17 0.12 0.15 0.11 0.13 0.13 0.19 0.17 0.11 0.14 0.15 0.13 0.13 0.13 0.08 0.11 0.24 0.17
C6 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.11 0.11 0.02 0.25 0.09 0.15 0.04 0.05 0.19 0.02 0.02 0.22 0.03 0.11 0.05
C8 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.06 0.11 0.04 0.13 0.12 0.06 0.09 0.01 0.15 0.07 0.08 0.26 0.07 0.01 0.18 0.06 0.10 0.03
N1 0.09 0.24 0.11 0.11 0.10 0.07 0.02 0.05 0.03 0.02 0.18 0.33 0.20 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.09 0.03 0.16 0.09
N2 0.23 0.33 0.28 0.30 0.24 0.21 0.20 0.17 0.23 0.14 0.31 0.38 0.30 0.12 0.20 0.22 0.18 0.17 0.14 0.18 0.13 0.24 0.17
N3 0.12 0.21 0.16 0.16 0.12 0.11 0.07 0.09 0.07 0.04 0.16 0.28 0.19 0.01 0.09 0.10 0.02 0.08 0.08 0.01 0.06 0.19 0.12
N7 0.08 0.02 0.06 0.10 0.09 0.09 0.15 0.07 0.17 0.16 0.10 0.08 0.02 0.19 0.11 0.12 0.31 0.09 0.02 0.23 0.08 0.08 0.01
N9 0.02 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.16 0.08 0.08 0.00 0.00 0.14 0.01 0.03 0.10 0.01 0.15 0.07
O2' 0.03 0.12 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.20 0.11 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.15 0.07
O3' 0.02 0.11 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.18 0.09 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.12 0.03
O4' 0.13 0.15 0.18 0.18 0.11 0.13 0.07 0.11 0.06 0.08 0.10 0.19 0.15 0.05 0.10 0.12 0.03 0.10 0.11 0.01 0.08 0.23 0.15
O5' 0.01 0.08 0.05 0.07 0.05 0.00 0.06 0.02 0.10 0.03 0.10 0.07 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.12 0.06 0.09 0.00
O6 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.17 0.05 0.21 0.17 0.08 0.23 0.04 0.22 0.10 0.11 0.28 0.06 0.00 0.31 0.06 0.09 0.03
OP1 0.09 0.21 0.03 0.01 0.16 0.08 0.16 0.12 0.21 0.10 0.24 0.23 0.17 0.13 0.13 0.11 0.08 0.12 0.13 0.22 0.17 0.04 0.11
OP2 0.10 0.19 0.03 0.02 0.16 0.08 0.16 0.12 0.20 0.12 0.21 0.19 0.16 0.13 0.14 0.10 0.04 0.14 0.15 0.22 0.16 0.04 0.11
P 0.07 0.17 0.00 0.03 0.13 0.05 0.14 0.09 0.18 0.08 0.20 0.18 0.14 0.11 0.11 0.08 0.05 0.10 0.11 0.20 0.14 0.00 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.08 0.06 0.00
C2 0.04 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.36 0.01 0.11 0.02 0.00 0.20 0.12
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.09 0.04 0.11 0.09 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.17 0.03 0.09
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.15 0.05 0.17 0.12 0.13 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.14 0.04 0.05
C4 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.21 0.00 0.07 0.00 0.01 0.16 0.08
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.00 0.01 0.19 0.10
C5' 0.02 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.06 0.00
C6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.08 0.00 0.03 0.22 0.12
C8 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.03
N1 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.27 0.00 0.11 0.01 0.02 0.23 0.14
N2 0.05 0.00 0.11 0.17 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.44 0.01 0.13 0.03 0.01 0.21 0.13
N3 0.05 0.00 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.36 0.01 0.09 0.01 0.03 0.16 0.09
N7 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.04 0.01 0.02 0.13 0.05
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.08 0.10 0.02 0.15 0.22 0.18 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.14 0.03 0.07
O3' 0.17 0.36 0.02 0.01 0.21 0.04 0.12 0.02 0.17 0.03 0.27 0.44 0.36 0.01 0.13 0.02 0.00 0.13 0.00 0.13 0.07 0.08 0.02
O4' 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.02
O5' 0.02 0.11 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.11 0.13 0.09 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.07 0.00 0.04 0.23 0.13
OP1 0.08 0.00 0.17 0.14 0.01 0.09 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.14 0.07 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.20 0.03 0.04 0.16 0.03 0.19 0.06 0.22 0.11 0.23 0.21 0.16 0.16 0.13 0.03 0.08 0.07 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.12 0.09 0.05 0.08 0.03 0.10 0.00 0.12 0.03 0.14 0.13 0.09 0.06 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00