ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50655

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 14, 8, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.012, 0.017, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.014, 0.020, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.023, 0.040, 0.057, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.040 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.028, 0.047, 0.066, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.047 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.028, 0.052, 0.075, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.052 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.029, 0.055, 0.081, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.026
C2 B 0, 0.173, 0.286, 0.398, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.286 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.071, 0.186, 0.300, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.186 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.158, 0.289, 0.420, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.289 std_dev=0.131
O4' A 0, 0.030, 0.166, 0.302, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.166 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.131, 0.269, 0.406, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.269 std_dev=0.137
C6 B 0, 0.194, 0.340, 0.486, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.340 std_dev=0.146
C4 B 0, 0.248, 0.412, 0.575, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.412 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.085, 0.254, 0.424, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.254 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.259, 0.433, 0.606, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.433 std_dev=0.174
O2 B 0, 0.296, 0.494, 0.693, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.494 std_dev=0.198
C3' A 0, 0.187, 0.400, 0.612, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.400 std_dev=0.212
C4' A 0, 0.120, 0.352, 0.584, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.352 std_dev=0.232
O4 B 0, 0.356, 0.589, 0.822, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.589 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.155, 0.395, 0.634, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.395 std_dev=0.240
O3' A 0, 0.308, 0.614, 0.920, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.614 std_dev=0.306
C5' A 0, 0.129, 0.519, 0.909, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.519 std_dev=0.390
O5' A 0, 0.055, 0.571, 1.087, 2.879 max_d=2.879 avg_d=0.571 std_dev=0.516
C2' B 0, 0.088, 0.640, 1.191, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.640 std_dev=0.551
O4' B 0, 0.067, 0.637, 1.207, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.637 std_dev=0.570
O2' B 0, 0.181, 0.853, 1.525, 2.963 max_d=2.963 avg_d=0.853 std_dev=0.672
C4' B 0, 0.081, 0.795, 1.508, 2.990 max_d=2.990 avg_d=0.795 std_dev=0.714
P A 0, 0.014, 0.774, 1.534, 3.843 max_d=3.843 avg_d=0.774 std_dev=0.760
C3' B 0, 0.003, 0.818, 1.632, 3.518 max_d=3.518 avg_d=0.818 std_dev=0.815
OP2 A 0, -0.116, 0.828, 1.772, 5.510 max_d=5.510 avg_d=0.828 std_dev=0.944
OP1 A 0, -0.084, 0.951, 1.986, 5.194 max_d=5.194 avg_d=0.951 std_dev=1.035
O3' B 0, 0.018, 1.120, 2.222, 4.773 max_d=4.773 avg_d=1.120 std_dev=1.102
C5' B 0, -0.288, 1.051, 2.389, 5.599 max_d=5.599 avg_d=1.051 std_dev=1.338
O5' B 0, -0.430, 1.028, 2.486, 6.000 max_d=6.000 avg_d=1.028 std_dev=1.458
OP1 B 0, -0.413, 1.657, 3.727, 8.301 max_d=8.301 avg_d=1.657 std_dev=2.070
P B 0, -0.713, 1.404, 3.522, 8.454 max_d=8.454 avg_d=1.404 std_dev=2.118
OP2 B 0, -0.901, 1.674, 4.250, 10.232 max_d=10.232 avg_d=1.674 std_dev=2.575

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.18 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.03 0.29 0.35 0.47 0.33
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.11 0.13 0.08 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.15 0.26 0.13 0.14
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.12 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.19 0.34 0.12 0.18
C4 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.02 0.29 0.31 0.43 0.31
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.11 0.07 0.05 0.10 0.11 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.14 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.37 0.38 0.58 0.41
C5' 0.05 0.14 0.02 0.03 0.15 0.01 0.21 0.00 0.21 0.22 0.18 0.11 0.24 0.24 0.14 0.05 0.06 0.02 0.01 0.20 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03 0.38 0.41 0.64 0.44
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.12 0.04 0.37 0.33 0.50 0.38
N1 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.03 0.34 0.39 0.58 0.40
N3 0.02 0.00 0.13 0.14 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.03 0.25 0.30 0.38 0.27
N6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.15 0.04 0.42 0.46 0.73 0.50
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.41 0.40 0.64 0.46
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.27 0.26 0.35 0.27
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04 0.13 0.14 0.09 0.04 0.03 0.00 0.06 0.06 0.07 0.20 0.10 0.09
O3' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.11 0.03 0.11 0.06 0.15 0.12 0.18 0.18 0.15 0.12 0.06 0.06 0.00 0.02 0.18 0.41 0.20 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.13 0.16 0.14 0.14
O5' 0.15 0.29 0.15 0.19 0.29 0.02 0.37 0.01 0.38 0.37 0.34 0.25 0.42 0.41 0.27 0.07 0.18 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.18 0.35 0.26 0.34 0.31 0.14 0.38 0.20 0.41 0.33 0.39 0.30 0.46 0.40 0.26 0.20 0.41 0.16 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.47 0.13 0.12 0.43 0.13 0.58 0.21 0.64 0.50 0.58 0.38 0.73 0.64 0.35 0.10 0.20 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.33 0.14 0.18 0.31 0.03 0.41 0.01 0.44 0.38 0.40 0.27 0.50 0.46 0.27 0.09 0.21 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.14 0.26 0.52 0.15 0.48 0.14 0.83 0.13 0.14 0.13 0.17 0.40 0.57 0.19 0.31 0.77 1.13 1.08 1.11
C2 0.18 0.15 0.22 0.41 0.16 0.39 0.15 0.66 0.14 0.15 0.14 0.18 0.35 0.41 0.19 0.29 0.60 0.90 0.75 0.84
C2' 0.21 0.18 0.36 0.71 0.21 0.60 0.20 0.93 0.19 0.19 0.19 0.20 0.36 0.81 0.24 0.37 0.84 1.15 1.17 1.15
C3' 0.24 0.22 0.42 0.75 0.26 0.61 0.26 0.91 0.24 0.23 0.23 0.23 0.37 0.86 0.29 0.39 0.80 1.11 1.09 1.08
C4 0.18 0.14 0.23 0.42 0.15 0.39 0.14 0.67 0.13 0.14 0.13 0.18 0.35 0.45 0.19 0.27 0.60 0.95 0.79 0.87
C4' 0.19 0.16 0.30 0.62 0.20 0.54 0.19 0.87 0.17 0.16 0.17 0.18 0.35 0.70 0.24 0.34 0.78 1.13 1.10 1.10
C5 0.15 0.14 0.21 0.33 0.14 0.30 0.14 0.52 0.13 0.13 0.12 0.18 0.30 0.35 0.19 0.22 0.46 0.84 0.62 0.68
C5' 0.24 0.23 0.35 0.63 0.30 0.55 0.29 0.84 0.26 0.24 0.25 0.22 0.36 0.70 0.34 0.37 0.75 1.08 1.02 1.04
C6 0.14 0.13 0.18 0.26 0.14 0.24 0.14 0.42 0.12 0.12 0.12 0.17 0.26 0.27 0.19 0.19 0.37 0.74 0.55 0.55
C8 0.17 0.14 0.23 0.39 0.14 0.35 0.14 0.61 0.13 0.14 0.12 0.18 0.33 0.43 0.18 0.24 0.54 0.93 0.74 0.81
N1 0.15 0.14 0.19 0.29 0.15 0.28 0.14 0.47 0.13 0.13 0.12 0.17 0.28 0.29 0.19 0.22 0.42 0.75 0.55 0.61
N3 0.19 0.15 0.25 0.47 0.16 0.45 0.15 0.75 0.14 0.15 0.14 0.18 0.39 0.49 0.19 0.31 0.70 1.01 0.91 0.98
N6 0.13 0.13 0.16 0.19 0.13 0.17 0.14 0.29 0.13 0.12 0.12 0.17 0.21 0.21 0.17 0.15 0.31 0.67 0.64 0.44
N7 0.15 0.14 0.21 0.32 0.14 0.29 0.15 0.50 0.13 0.13 0.12 0.18 0.30 0.35 0.18 0.21 0.44 0.84 0.62 0.66
N9 0.18 0.14 0.24 0.45 0.15 0.42 0.14 0.71 0.13 0.14 0.13 0.18 0.37 0.49 0.19 0.28 0.65 1.01 0.87 0.94
O2' 0.22 0.18 0.34 0.72 0.19 0.62 0.19 1.01 0.18 0.19 0.18 0.21 0.40 0.83 0.22 0.37 0.94 1.25 1.36 1.29
O3' 0.30 0.28 0.53 0.88 0.30 0.70 0.31 0.99 0.30 0.29 0.28 0.28 0.43 1.02 0.32 0.43 0.86 1.14 1.17 1.13
O4' 0.20 0.15 0.26 0.49 0.15 0.46 0.14 0.80 0.14 0.15 0.13 0.18 0.41 0.54 0.19 0.30 0.75 1.12 1.06 1.09
O5' 0.35 0.35 0.44 0.68 0.42 0.61 0.43 0.85 0.39 0.36 0.38 0.32 0.40 0.73 0.46 0.48 0.74 1.06 0.93 0.99
OP1 0.48 0.45 0.65 0.89 0.51 0.77 0.54 0.98 0.52 0.48 0.46 0.42 0.57 0.97 0.53 0.61 0.83 1.09 0.98 1.03
OP2 0.58 0.58 0.65 0.81 0.71 0.75 0.73 0.91 0.68 0.62 0.63 0.51 0.58 0.84 0.77 0.67 0.82 1.05 0.96 0.98
P 0.42 0.41 0.51 0.72 0.51 0.65 0.52 0.85 0.48 0.44 0.44 0.36 0.45 0.77 0.55 0.53 0.73 1.01 0.89 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.15 0.24 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.18 0.01 0.19 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.16 0.01 0.16 0.26 0.47 0.35 0.35
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.05 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.16 0.22 0.16 0.14
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.16 0.01 0.32 0.03 0.34 0.09 0.12 0.44 0.02 0.01 0.17 0.02 0.22 0.36 0.13 0.18
C4 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.03 0.39 0.54 0.86 0.46
C4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.29 0.06 0.13 0.40 0.06 0.03 0.12 0.01 0.02 0.14 0.22 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.32 0.01 0.26 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.33 0.01 0.12 0.66 0.66 1.20 0.75
C5' 0.03 0.30 0.03 0.03 0.22 0.01 0.44 0.00 0.45 0.12 0.24 0.60 0.06 0.05 0.24 0.02 0.01 0.26 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.34 0.01 0.29 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.32 0.01 0.17 0.64 0.55 1.01 0.68
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.23 0.30 0.46 0.25
N3 0.02 0.00 0.05 0.12 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.12 0.24 0.51 0.49 0.34
O2 0.04 0.01 0.13 0.44 0.01 0.40 0.01 0.60 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.39 0.02 0.28 0.53 0.68 0.58 0.66
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.03 0.09 0.19 0.00 0.04 0.07 0.07 0.09 0.18 0.17 0.09
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.19 0.03 0.33 0.05 0.32 0.09 0.11 0.39 0.04 0.00 0.21 0.03 0.20 0.49 0.22 0.20
O4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.21 0.00 0.04 0.41 0.60 0.95 0.50
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.02 0.17 0.01 0.12 0.28 0.07 0.03 0.04 0.00 0.08 0.16 0.25 0.13
O5' 0.09 0.26 0.16 0.22 0.39 0.02 0.66 0.01 0.64 0.23 0.24 0.53 0.09 0.20 0.41 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.47 0.22 0.36 0.54 0.14 0.66 0.26 0.55 0.30 0.51 0.68 0.18 0.49 0.60 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.35 0.16 0.13 0.86 0.22 1.20 0.29 1.01 0.46 0.49 0.58 0.17 0.22 0.95 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.35 0.14 0.18 0.46 0.03 0.75 0.01 0.68 0.25 0.34 0.66 0.09 0.20 0.50 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00