ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50656

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 7, 4, 9, 10, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.013, 0.020, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.020, 0.033, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.023, 0.036, 0.050, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.036 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.029, 0.047, 0.065, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.047 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.030, 0.054, 0.079, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.054 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.045, 0.073, 0.100, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.073 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.047, 0.075, 0.103, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.075 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.057, 0.091, 0.124, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.091 std_dev=0.034
C4 B 0, 0.170, 0.312, 0.453, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.312 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.144, 0.290, 0.436, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.290 std_dev=0.146
O4 B 0, 0.167, 0.318, 0.470, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.318 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.192, 0.370, 0.547, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.370 std_dev=0.178
C2' A 0, 0.048, 0.228, 0.407, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.228 std_dev=0.180
O4' A 0, -0.030, 0.159, 0.348, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.159 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.236, 0.431, 0.626, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.431 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.286, 0.485, 0.683, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.485 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.286, 0.506, 0.726, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.506 std_dev=0.220
O2' A 0, 0.116, 0.342, 0.568, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.342 std_dev=0.226
O2 B 0, 0.156, 0.399, 0.643, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.399 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.400, 0.661, 0.922, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.661 std_dev=0.261
C4' A 0, -0.032, 0.264, 0.561, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.264 std_dev=0.296
OP2 A 0, 0.316, 0.628, 0.941, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.628 std_dev=0.313
O4' B 0, 0.317, 0.630, 0.943, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.630 std_dev=0.313
C3' A 0, 0.016, 0.337, 0.658, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.337 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.552, 0.881, 1.209, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.881 std_dev=0.328
O5' A 0, 0.161, 0.492, 0.824, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.492 std_dev=0.331
C5' A 0, 0.085, 0.442, 0.799, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.442 std_dev=0.357
C5' B 0, 0.505, 0.890, 1.275, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.890 std_dev=0.385
P A 0, 0.224, 0.612, 1.001, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.612 std_dev=0.389
C4' B 0, 0.472, 0.864, 1.256, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.864 std_dev=0.392
O2' B 0, 0.718, 1.151, 1.585, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.151 std_dev=0.433
C3' B 0, 0.538, 0.984, 1.430, 2.527 max_d=2.527 avg_d=0.984 std_dev=0.446
O5' B 0, 0.528, 0.991, 1.453, 2.235 max_d=2.235 avg_d=0.991 std_dev=0.462
O3' A 0, 0.075, 0.551, 1.028, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.551 std_dev=0.476
P B 0, 0.562, 1.091, 1.620, 2.426 max_d=2.426 avg_d=1.091 std_dev=0.529
OP1 B 0, 0.612, 1.157, 1.702, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.157 std_dev=0.545
OP2 B 0, 0.584, 1.193, 1.803, 2.963 max_d=2.963 avg_d=1.193 std_dev=0.610
O3' B 0, 0.629, 1.344, 2.060, 4.388 max_d=4.388 avg_d=1.344 std_dev=0.715
OP1 A 0, 0.077, 0.829, 1.580, 3.625 max_d=3.625 avg_d=0.829 std_dev=0.752

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.12 0.19 0.21 0.12
C2 0.02 0.00 0.16 0.17 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.18 0.07 0.22 0.50 0.30 0.23
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.13 0.16 0.07 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.21 0.29 0.25 0.21
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.02 0.16 0.15 0.17 0.15 0.17 0.16 0.09 0.02 0.01 0.01 0.16 0.25 0.11 0.14
C4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.04 0.22 0.44 0.28 0.21
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.12 0.03 0.00 0.03 0.15 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.15 0.02 0.26 0.54 0.34 0.26
C5' 0.05 0.09 0.07 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.13 0.11 0.08 0.15 0.15 0.09 0.06 0.07 0.01 0.01 0.22 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.04 0.27 0.60 0.37 0.29
C8 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.16 0.05 0.25 0.40 0.27 0.22
N1 0.02 0.01 0.13 0.17 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.05 0.25 0.57 0.35 0.27
N3 0.03 0.00 0.16 0.15 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.07 0.20 0.42 0.27 0.20
N6 0.02 0.02 0.07 0.17 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.20 0.03 0.30 0.66 0.42 0.32
N7 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.18 0.04 0.28 0.53 0.35 0.27
N9 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.19 0.34 0.24 0.18
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.12 0.10 0.06 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.06 0.00 0.05 0.07 0.13 0.22 0.25 0.16
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.12 0.03 0.15 0.07 0.17 0.16 0.18 0.16 0.20 0.18 0.08 0.05 0.00 0.02 0.16 0.32 0.15 0.17
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.08 0.24 0.12
O5' 0.12 0.22 0.21 0.16 0.22 0.03 0.26 0.01 0.27 0.25 0.25 0.20 0.30 0.28 0.19 0.13 0.16 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.50 0.29 0.25 0.44 0.15 0.54 0.22 0.60 0.40 0.57 0.42 0.66 0.53 0.34 0.22 0.32 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.30 0.25 0.11 0.28 0.17 0.34 0.23 0.37 0.27 0.35 0.27 0.42 0.35 0.24 0.25 0.15 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.21 0.14 0.21 0.04 0.26 0.02 0.29 0.22 0.27 0.20 0.32 0.27 0.18 0.16 0.17 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.14 0.21 0.21 0.10 0.18 0.11 0.16 0.11 0.14 0.10 0.20 0.30 0.26 0.13 0.18 0.32 0.29 0.30 0.28
C2 0.17 0.14 0.19 0.19 0.10 0.17 0.11 0.16 0.12 0.14 0.09 0.20 0.28 0.22 0.14 0.17 0.31 0.28 0.31 0.27
C2' 0.31 0.26 0.38 0.36 0.16 0.32 0.16 0.28 0.21 0.25 0.19 0.32 0.42 0.41 0.16 0.30 0.35 0.31 0.31 0.31
C3' 0.32 0.27 0.36 0.34 0.19 0.32 0.19 0.29 0.23 0.27 0.22 0.33 0.39 0.37 0.18 0.32 0.36 0.32 0.32 0.31
C4 0.17 0.14 0.19 0.18 0.09 0.16 0.10 0.15 0.11 0.13 0.09 0.20 0.28 0.21 0.13 0.16 0.32 0.28 0.30 0.27
C4' 0.20 0.16 0.22 0.21 0.10 0.19 0.10 0.17 0.11 0.15 0.11 0.22 0.30 0.26 0.13 0.19 0.31 0.28 0.30 0.27
C5 0.15 0.14 0.16 0.17 0.09 0.14 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.19 0.26 0.17 0.13 0.15 0.33 0.29 0.30 0.28
C5' 0.20 0.17 0.20 0.19 0.15 0.19 0.16 0.19 0.15 0.16 0.14 0.22 0.31 0.23 0.19 0.20 0.30 0.28 0.32 0.27
C6 0.14 0.14 0.14 0.16 0.09 0.13 0.09 0.15 0.09 0.12 0.10 0.19 0.23 0.14 0.13 0.14 0.34 0.28 0.29 0.28
C8 0.16 0.14 0.17 0.17 0.09 0.14 0.10 0.14 0.10 0.13 0.10 0.20 0.28 0.19 0.13 0.15 0.34 0.29 0.30 0.28
N1 0.15 0.14 0.16 0.17 0.09 0.14 0.09 0.15 0.10 0.12 0.09 0.19 0.24 0.16 0.14 0.15 0.32 0.28 0.30 0.27
N3 0.18 0.14 0.21 0.20 0.10 0.18 0.11 0.16 0.12 0.14 0.09 0.20 0.30 0.25 0.13 0.18 0.31 0.28 0.31 0.27
N6 0.13 0.14 0.12 0.17 0.09 0.13 0.09 0.16 0.09 0.11 0.12 0.18 0.20 0.13 0.12 0.14 0.35 0.29 0.30 0.29
N7 0.15 0.14 0.15 0.16 0.09 0.13 0.10 0.14 0.09 0.12 0.10 0.19 0.26 0.16 0.13 0.14 0.34 0.29 0.30 0.28
N9 0.17 0.14 0.19 0.19 0.10 0.16 0.10 0.15 0.11 0.13 0.10 0.20 0.29 0.22 0.13 0.17 0.33 0.29 0.30 0.28
O2' 0.26 0.20 0.34 0.34 0.17 0.29 0.16 0.25 0.18 0.21 0.17 0.26 0.38 0.42 0.20 0.25 0.34 0.31 0.33 0.31
O3' 0.35 0.29 0.40 0.38 0.21 0.36 0.21 0.32 0.25 0.29 0.23 0.35 0.42 0.41 0.21 0.35 0.37 0.33 0.33 0.33
O4' 0.16 0.12 0.16 0.16 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.12 0.09 0.17 0.29 0.22 0.15 0.16 0.33 0.31 0.33 0.30
O5' 0.28 0.27 0.28 0.27 0.26 0.27 0.27 0.28 0.26 0.26 0.25 0.29 0.36 0.29 0.29 0.29 0.31 0.31 0.36 0.30
OP1 0.61 0.60 0.56 0.58 0.64 0.61 0.66 0.66 0.64 0.61 0.61 0.58 0.58 0.55 0.66 0.63 0.45 0.46 0.54 0.49
OP2 0.40 0.39 0.37 0.34 0.41 0.38 0.42 0.37 0.40 0.39 0.39 0.38 0.46 0.36 0.44 0.41 0.54 0.54 0.57 0.54
P 0.30 0.29 0.28 0.27 0.30 0.29 0.31 0.31 0.29 0.29 0.28 0.30 0.37 0.28 0.33 0.31 0.30 0.29 0.36 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.10 0.15 0.35 0.22
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.01 0.05 0.23 0.21 0.31 0.22
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.08 0.09 0.02 0.05 0.14 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.21 0.25 0.16
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.02 0.17 0.10 0.13 0.12 0.02 0.01 0.17 0.02 0.25 0.32 0.13 0.20
C4 0.02 0.01 0.04 0.16 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.12 0.00 0.04 0.36 0.29 0.28 0.29
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.05 0.06 0.13 0.02 0.09 0.00 0.02 0.11 0.23 0.11
C5 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.17 0.01 0.05 0.39 0.29 0.28 0.29
C5' 0.04 0.08 0.08 0.02 0.15 0.00 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.07 0.06 0.08 0.17 0.01 0.01 0.14 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.01 0.05 0.33 0.24 0.28 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.02 0.23 0.20 0.31 0.21
N3 0.02 0.00 0.05 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.01 0.04 0.30 0.25 0.28 0.25
O2 0.06 0.01 0.14 0.12 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.20 0.01 0.09 0.19 0.19 0.33 0.22
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.15 0.13 0.14 0.06 0.12 0.08 0.14 0.14 0.00 0.04 0.16 0.09 0.11 0.15 0.26 0.14
O3' 0.11 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.17 0.08 0.15 0.06 0.09 0.20 0.04 0.00 0.15 0.08 0.25 0.47 0.22 0.26
O4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.00 0.04 0.39 0.32 0.30 0.32
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.09 0.08 0.04 0.00 0.09 0.17 0.43 0.28
O5' 0.10 0.23 0.16 0.25 0.36 0.02 0.39 0.01 0.33 0.23 0.30 0.19 0.11 0.25 0.39 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.15 0.21 0.21 0.32 0.29 0.11 0.29 0.14 0.24 0.20 0.25 0.19 0.15 0.47 0.32 0.17 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.31 0.25 0.13 0.28 0.23 0.28 0.24 0.28 0.31 0.28 0.33 0.26 0.22 0.30 0.43 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.22 0.16 0.20 0.29 0.11 0.29 0.02 0.23 0.21 0.25 0.22 0.14 0.26 0.32 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00