ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50657

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 7, 11, 2, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.025, 0.033, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.033 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.032, 0.046, 0.060, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.046 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.035, 0.053, 0.070, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.053 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.040, 0.057, 0.074, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.057 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.057, 0.075, 0.093, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.075 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.055, 0.075, 0.096, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.075 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.035, 0.056, 0.076, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.056 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.065, 0.086, 0.107, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.086 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.074, 0.098, 0.123, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.098 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.061, 0.086, 0.112, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.086 std_dev=0.026
C4 B 0, 0.250, 0.406, 0.562, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.406 std_dev=0.156
O4 B 0, 0.302, 0.477, 0.652, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.477 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.176, 0.358, 0.540, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.358 std_dev=0.182
N1 B 0, 0.220, 0.405, 0.591, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.405 std_dev=0.186
C5 B 0, 0.300, 0.487, 0.673, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.487 std_dev=0.187
C2 B 0, 0.202, 0.393, 0.583, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.393 std_dev=0.190
C6 B 0, 0.283, 0.483, 0.683, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.483 std_dev=0.200
O4' A 0, -0.008, 0.207, 0.423, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.207 std_dev=0.215
C1' B 0, 0.317, 0.534, 0.751, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.534 std_dev=0.217
O4' B 0, 0.342, 0.579, 0.816, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.579 std_dev=0.237
C2' A 0, -0.005, 0.246, 0.497, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.246 std_dev=0.251
C3' B 0, 0.435, 0.715, 0.996, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.715 std_dev=0.281
O2 B 0, 0.237, 0.519, 0.800, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.519 std_dev=0.282
C4' B 0, 0.469, 0.768, 1.067, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.768 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.320, 0.637, 0.954, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.637 std_dev=0.317
C4' A 0, -0.008, 0.344, 0.696, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.344 std_dev=0.352
O2' A 0, -0.055, 0.305, 0.666, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.305 std_dev=0.361
O3' B 0, 0.447, 0.815, 1.184, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.815 std_dev=0.368
C3' A 0, -0.034, 0.338, 0.711, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.338 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.505, 0.910, 1.315, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.910 std_dev=0.405
O2' B 0, 0.373, 0.800, 1.227, 2.698 max_d=2.698 avg_d=0.800 std_dev=0.427
O5' B 0, 0.490, 0.923, 1.355, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.923 std_dev=0.432
O3' A 0, 0.025, 0.540, 1.054, 2.844 max_d=2.844 avg_d=0.540 std_dev=0.515
P B 0, 0.542, 1.105, 1.667, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.105 std_dev=0.562
C5' A 0, -0.012, 0.564, 1.140, 3.135 max_d=3.135 avg_d=0.564 std_dev=0.576
O5' A 0, 0.005, 0.611, 1.217, 3.088 max_d=3.088 avg_d=0.611 std_dev=0.606
OP2 B 0, 0.462, 1.170, 1.879, 4.183 max_d=4.183 avg_d=1.170 std_dev=0.708
P A 0, 0.004, 0.873, 1.743, 3.715 max_d=3.715 avg_d=0.873 std_dev=0.870
OP1 B 0, 0.613, 1.538, 2.463, 4.832 max_d=4.832 avg_d=1.538 std_dev=0.925
OP1 A 0, 0.004, 0.976, 1.947, 4.320 max_d=4.320 avg_d=0.976 std_dev=0.971
OP2 A 0, -0.170, 1.087, 2.343, 6.613 max_d=6.613 avg_d=1.087 std_dev=1.256

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.17 0.17 0.19 0.15
C2 0.03 0.00 0.17 0.16 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.14 0.12 0.31 0.24 0.58 0.36
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.05 0.08 0.10 0.13 0.17 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.25 0.30 0.19
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.14 0.01 0.17 0.04 0.18 0.17 0.17 0.14 0.20 0.19 0.11 0.02 0.01 0.02 0.16 0.20 0.24 0.13
C4 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.33 0.24 0.58 0.38
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.15 0.05 0.06 0.10 0.14 0.06 0.13 0.02 0.01 0.02 0.19 0.15 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.04 0.42 0.36 0.81 0.53
C5' 0.05 0.15 0.05 0.04 0.16 0.01 0.24 0.00 0.23 0.29 0.19 0.12 0.28 0.31 0.17 0.09 0.09 0.02 0.01 0.17 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.06 0.43 0.39 0.87 0.56
C8 0.02 0.02 0.10 0.17 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.16 0.07 0.43 0.34 0.73 0.51
N1 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.10 0.38 0.32 0.75 0.47
N3 0.03 0.01 0.17 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.11 0.27 0.20 0.46 0.29
N6 0.02 0.01 0.06 0.20 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.18 0.05 0.48 0.48 1.02 0.67
N7 0.01 0.02 0.06 0.19 0.01 0.14 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.18 0.05 0.48 0.44 0.92 0.63
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.30 0.21 0.48 0.33
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.13 0.11 0.09 0.10 0.17 0.11 0.14 0.12 0.16 0.08 0.00 0.05 0.09 0.07 0.27 0.29 0.17
O3' 0.09 0.14 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.09 0.14 0.16 0.14 0.13 0.18 0.18 0.07 0.05 0.00 0.06 0.21 0.26 0.32 0.18
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.10 0.11 0.05 0.05 0.02 0.09 0.06 0.00 0.17 0.20 0.13 0.16
O5' 0.17 0.31 0.17 0.16 0.33 0.02 0.42 0.01 0.43 0.43 0.38 0.27 0.48 0.48 0.30 0.07 0.21 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.17 0.24 0.25 0.20 0.24 0.19 0.36 0.17 0.39 0.34 0.32 0.20 0.48 0.44 0.21 0.27 0.26 0.20 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.58 0.30 0.24 0.58 0.15 0.81 0.21 0.87 0.73 0.75 0.46 1.02 0.92 0.48 0.29 0.32 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.36 0.19 0.13 0.38 0.07 0.53 0.02 0.56 0.51 0.47 0.29 0.67 0.63 0.33 0.17 0.18 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.19 0.35 0.32 0.15 0.26 0.15 0.27 0.15 0.19 0.13 0.26 0.37 0.31 0.21 0.24 0.34 0.59 0.60 0.41
C2 0.24 0.18 0.31 0.29 0.16 0.24 0.14 0.25 0.14 0.18 0.12 0.27 0.32 0.27 0.22 0.22 0.33 0.57 0.57 0.39
C2' 0.32 0.24 0.39 0.35 0.19 0.32 0.18 0.30 0.20 0.24 0.18 0.32 0.45 0.39 0.24 0.30 0.34 0.57 0.54 0.38
C3' 0.28 0.21 0.34 0.30 0.20 0.27 0.19 0.26 0.18 0.21 0.18 0.29 0.40 0.34 0.26 0.27 0.30 0.57 0.57 0.36
C4 0.25 0.20 0.32 0.31 0.15 0.24 0.15 0.26 0.15 0.19 0.14 0.28 0.34 0.28 0.21 0.22 0.34 0.62 0.63 0.42
C4' 0.27 0.19 0.37 0.34 0.14 0.28 0.13 0.26 0.14 0.19 0.13 0.27 0.40 0.35 0.20 0.25 0.32 0.59 0.59 0.39
C5 0.24 0.22 0.29 0.30 0.15 0.23 0.16 0.27 0.16 0.19 0.16 0.29 0.32 0.27 0.20 0.21 0.36 0.67 0.69 0.46
C5' 0.28 0.22 0.37 0.35 0.22 0.28 0.21 0.27 0.19 0.21 0.19 0.29 0.40 0.37 0.28 0.25 0.34 0.62 0.65 0.43
C6 0.23 0.22 0.27 0.29 0.15 0.23 0.16 0.27 0.16 0.19 0.17 0.29 0.29 0.25 0.20 0.20 0.36 0.68 0.71 0.47
C8 0.25 0.21 0.31 0.31 0.15 0.24 0.16 0.27 0.16 0.19 0.15 0.29 0.34 0.29 0.20 0.22 0.36 0.67 0.69 0.46
N1 0.23 0.21 0.27 0.29 0.15 0.23 0.15 0.26 0.15 0.19 0.14 0.29 0.29 0.25 0.22 0.20 0.35 0.62 0.65 0.43
N3 0.25 0.18 0.33 0.30 0.15 0.25 0.14 0.26 0.15 0.18 0.12 0.26 0.34 0.29 0.22 0.23 0.33 0.56 0.56 0.39
N6 0.22 0.23 0.24 0.29 0.16 0.22 0.17 0.29 0.17 0.19 0.20 0.29 0.28 0.25 0.18 0.20 0.39 0.73 0.78 0.51
N7 0.24 0.22 0.29 0.31 0.15 0.23 0.16 0.27 0.16 0.19 0.17 0.30 0.32 0.28 0.19 0.21 0.37 0.70 0.73 0.48
N9 0.25 0.20 0.32 0.31 0.15 0.25 0.15 0.26 0.15 0.19 0.14 0.28 0.35 0.29 0.21 0.22 0.35 0.62 0.64 0.43
O2' 0.33 0.23 0.44 0.39 0.19 0.35 0.19 0.33 0.21 0.24 0.18 0.30 0.49 0.44 0.25 0.32 0.36 0.55 0.50 0.38
O3' 0.29 0.22 0.37 0.32 0.20 0.30 0.19 0.27 0.18 0.21 0.18 0.30 0.44 0.40 0.27 0.28 0.28 0.53 0.53 0.32
O4' 0.31 0.25 0.39 0.38 0.19 0.31 0.19 0.31 0.21 0.25 0.20 0.31 0.40 0.36 0.23 0.28 0.38 0.62 0.64 0.45
O5' 0.29 0.32 0.34 0.35 0.43 0.29 0.42 0.32 0.36 0.31 0.36 0.32 0.35 0.36 0.50 0.28 0.42 0.75 0.75 0.53
OP1 0.25 0.26 0.30 0.29 0.40 0.25 0.40 0.27 0.32 0.26 0.30 0.28 0.36 0.33 0.49 0.25 0.37 0.73 0.76 0.50
OP2 0.57 0.65 0.50 0.56 0.89 0.58 0.90 0.67 0.79 0.67 0.76 0.56 0.45 0.53 1.00 0.62 0.79 1.09 1.12 0.93
P 0.32 0.38 0.32 0.36 0.56 0.33 0.56 0.39 0.47 0.38 0.46 0.34 0.33 0.36 0.66 0.34 0.50 0.84 0.86 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.16 0.19 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.02 0.04 0.20 0.41 0.44 0.25
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.04 0.09 0.03 0.07 0.15 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.17 0.11 0.12
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.01 0.19 0.02 0.17 0.10 0.16 0.17 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.18 0.13 0.08
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.13 0.00 0.03 0.30 0.61 0.71 0.41
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.08 0.08 0.13 0.02 0.11 0.01 0.02 0.13 0.14 0.02
C5 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.15 0.01 0.04 0.30 0.58 0.73 0.41
C5' 0.03 0.11 0.04 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.18 0.11 0.16 0.10 0.08 0.08 0.21 0.02 0.01 0.19 0.26 0.02
C6 0.02 0.02 0.09 0.17 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.13 0.01 0.05 0.24 0.43 0.56 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.09 0.01 0.02 0.18 0.33 0.40 0.22
N3 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.02 0.04 0.26 0.53 0.59 0.35
O2 0.05 0.01 0.15 0.17 0.02 0.08 0.02 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.14 0.29 0.03 0.08 0.17 0.36 0.35 0.20
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.19 0.13 0.18 0.08 0.14 0.11 0.18 0.14 0.00 0.04 0.20 0.09 0.04 0.15 0.09 0.09
O3' 0.15 0.18 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.08 0.13 0.09 0.16 0.29 0.04 0.00 0.16 0.09 0.15 0.40 0.28 0.16
O4 0.02 0.02 0.06 0.19 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.03 0.20 0.16 0.00 0.03 0.32 0.68 0.78 0.46
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.08 0.09 0.09 0.03 0.00 0.08 0.13 0.15 0.11
O5' 0.08 0.20 0.08 0.07 0.30 0.02 0.30 0.01 0.24 0.18 0.26 0.17 0.04 0.15 0.32 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.41 0.17 0.18 0.61 0.13 0.58 0.19 0.43 0.33 0.53 0.36 0.15 0.40 0.68 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.44 0.11 0.13 0.71 0.14 0.73 0.26 0.56 0.40 0.59 0.35 0.09 0.28 0.78 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.25 0.12 0.08 0.41 0.02 0.41 0.02 0.31 0.22 0.35 0.20 0.09 0.16 0.46 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00