ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50658

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 6, 7, 10, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.003, 0.033, 0.062, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.033 std_dev=0.029
C5 A 0, -0.001, 0.028, 0.058, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.028 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N6 A 0, -0.006, 0.052, 0.110, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.052 std_dev=0.058
N7 A 0, -0.003, 0.054, 0.112, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.054 std_dev=0.058
C8 A 0, -0.003, 0.057, 0.118, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.057 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.091, 0.212, 0.332, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.212 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.064, 0.199, 0.333, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.199 std_dev=0.135
C4 B 0, 0.267, 0.430, 0.593, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.430 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.281, 0.445, 0.609, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.445 std_dev=0.164
O2' A 0, 0.105, 0.277, 0.450, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.277 std_dev=0.172
N3 B 0, 0.218, 0.394, 0.570, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.394 std_dev=0.176
C6 B 0, 0.254, 0.438, 0.623, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.438 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.273, 0.461, 0.649, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.461 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.241, 0.431, 0.620, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.431 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.152, 0.343, 0.533, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.343 std_dev=0.190
C3' A 0, 0.152, 0.344, 0.535, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.344 std_dev=0.192
O4 B 0, 0.282, 0.503, 0.724, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.503 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.362, 0.585, 0.807, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.585 std_dev=0.223
O2 B 0, 0.232, 0.506, 0.780, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.506 std_dev=0.274
O3' A 0, 0.207, 0.486, 0.765, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.486 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.293, 0.623, 0.954, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.623 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.325, 0.755, 1.186, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.755 std_dev=0.431
O5' A 0, 0.269, 0.775, 1.282, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.775 std_dev=0.506
C2' B 0, 0.288, 0.814, 1.339, 3.066 max_d=3.066 avg_d=0.814 std_dev=0.525
P A 0, 0.520, 1.150, 1.781, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.150 std_dev=0.630
O2' B 0, 0.365, 0.999, 1.632, 3.359 max_d=3.359 avg_d=0.999 std_dev=0.633
C4' B 0, 0.287, 0.930, 1.572, 3.370 max_d=3.370 avg_d=0.930 std_dev=0.642
C3' B 0, 0.216, 0.970, 1.724, 4.312 max_d=4.312 avg_d=0.970 std_dev=0.754
OP1 A 0, 0.782, 1.560, 2.338, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.560 std_dev=0.778
OP2 A 0, 0.335, 1.321, 2.306, 4.492 max_d=4.492 avg_d=1.321 std_dev=0.985
O3' B 0, 0.303, 1.347, 2.392, 5.885 max_d=5.885 avg_d=1.347 std_dev=1.045
O5' B 0, -0.089, 0.971, 2.031, 6.140 max_d=6.140 avg_d=0.971 std_dev=1.060
C5' B 0, -0.046, 1.024, 2.094, 5.896 max_d=5.896 avg_d=1.024 std_dev=1.070
OP1 B 0, -0.072, 1.384, 2.840, 8.726 max_d=8.726 avg_d=1.384 std_dev=1.456
P B 0, -0.212, 1.252, 2.715, 8.778 max_d=8.778 avg_d=1.252 std_dev=1.464
OP2 B 0, -0.350, 1.414, 3.179, 10.532 max_d=10.532 avg_d=1.414 std_dev=1.765

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.21 0.31 0.22 0.19
C2 0.05 0.00 0.14 0.17 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.21 0.06 0.37 0.59 0.57 0.38
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.18 0.35 0.17 0.18
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.13 0.13 0.15 0.15 0.14 0.13 0.08 0.02 0.02 0.02 0.24 0.40 0.18 0.24
C4 0.03 0.01 0.08 0.11 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.37 0.54 0.53 0.36
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.07 0.06 0.12 0.11 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.21 0.18 0.05
C5 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.03 0.42 0.62 0.69 0.44
C5' 0.04 0.12 0.03 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.20 0.16 0.10 0.24 0.23 0.12 0.06 0.05 0.02 0.02 0.28 0.29 0.03
C6 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.16 0.03 0.42 0.67 0.75 0.46
C8 0.03 0.02 0.07 0.13 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.15 0.06 0.42 0.53 0.59 0.40
N1 0.04 0.01 0.11 0.15 0.02 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.19 0.04 0.41 0.65 0.69 0.44
N3 0.05 0.01 0.14 0.15 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.18 0.06 0.34 0.53 0.48 0.34
N6 0.02 0.02 0.06 0.14 0.02 0.12 0.02 0.24 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.17 0.06 0.44 0.71 0.84 0.50
N7 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.15 0.06 0.45 0.63 0.74 0.47
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.09 0.01 0.34 0.46 0.44 0.32
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.13 0.15 0.07 0.04 0.03 0.00 0.06 0.06 0.06 0.27 0.12 0.09
O3' 0.03 0.21 0.03 0.02 0.13 0.03 0.13 0.05 0.16 0.15 0.19 0.18 0.17 0.15 0.09 0.06 0.00 0.03 0.25 0.46 0.28 0.28
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.20 0.25 0.19 0.19
O5' 0.21 0.37 0.18 0.24 0.37 0.03 0.42 0.02 0.42 0.42 0.41 0.34 0.44 0.45 0.34 0.06 0.25 0.20 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.31 0.59 0.35 0.40 0.54 0.21 0.62 0.28 0.67 0.53 0.65 0.53 0.71 0.63 0.46 0.27 0.46 0.25 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.22 0.57 0.17 0.18 0.53 0.18 0.69 0.29 0.75 0.59 0.69 0.48 0.84 0.74 0.44 0.12 0.28 0.19 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.19 0.38 0.18 0.24 0.36 0.05 0.44 0.03 0.46 0.40 0.44 0.34 0.50 0.47 0.32 0.09 0.28 0.19 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.16 0.35 0.49 0.17 0.44 0.15 0.67 0.14 0.17 0.14 0.21 0.38 0.53 0.23 0.31 0.50 0.76 0.70 0.74
C2 0.20 0.15 0.30 0.40 0.17 0.36 0.14 0.54 0.14 0.16 0.14 0.20 0.33 0.39 0.24 0.27 0.39 0.60 0.50 0.58
C2' 0.29 0.22 0.42 0.61 0.20 0.53 0.19 0.75 0.20 0.23 0.19 0.26 0.40 0.68 0.25 0.39 0.55 0.77 0.75 0.77
C3' 0.30 0.24 0.44 0.62 0.24 0.53 0.24 0.73 0.23 0.25 0.22 0.28 0.39 0.70 0.30 0.40 0.52 0.72 0.68 0.72
C4 0.20 0.16 0.29 0.40 0.16 0.35 0.14 0.53 0.13 0.16 0.13 0.21 0.32 0.41 0.23 0.26 0.37 0.61 0.49 0.57
C4' 0.23 0.16 0.37 0.54 0.17 0.46 0.16 0.69 0.15 0.17 0.14 0.22 0.37 0.60 0.24 0.33 0.49 0.74 0.68 0.72
C5 0.19 0.17 0.25 0.34 0.15 0.28 0.14 0.41 0.13 0.15 0.12 0.23 0.28 0.32 0.22 0.22 0.26 0.49 0.34 0.43
C5' 0.24 0.19 0.36 0.53 0.22 0.45 0.22 0.65 0.20 0.20 0.18 0.23 0.34 0.58 0.28 0.34 0.45 0.69 0.59 0.66
C6 0.18 0.17 0.22 0.29 0.15 0.24 0.14 0.34 0.13 0.15 0.13 0.23 0.26 0.26 0.22 0.20 0.22 0.41 0.29 0.35
C8 0.20 0.16 0.27 0.38 0.14 0.31 0.14 0.47 0.13 0.15 0.12 0.23 0.31 0.38 0.21 0.24 0.31 0.55 0.40 0.50
N1 0.18 0.16 0.24 0.32 0.16 0.27 0.14 0.40 0.13 0.16 0.13 0.22 0.28 0.28 0.23 0.22 0.26 0.46 0.33 0.41
N3 0.21 0.15 0.32 0.44 0.17 0.39 0.14 0.60 0.13 0.16 0.14 0.19 0.35 0.45 0.24 0.29 0.45 0.67 0.60 0.66
N6 0.17 0.18 0.18 0.24 0.14 0.18 0.14 0.23 0.14 0.16 0.15 0.24 0.25 0.21 0.19 0.17 0.19 0.31 0.33 0.25
N7 0.18 0.17 0.24 0.33 0.14 0.26 0.14 0.39 0.13 0.15 0.13 0.23 0.28 0.32 0.20 0.21 0.24 0.46 0.31 0.40
N9 0.20 0.16 0.30 0.43 0.15 0.37 0.14 0.56 0.13 0.16 0.13 0.21 0.34 0.44 0.22 0.27 0.39 0.64 0.53 0.61
O2' 0.34 0.25 0.47 0.65 0.21 0.58 0.21 0.83 0.24 0.27 0.21 0.30 0.49 0.73 0.25 0.44 0.65 0.87 0.92 0.89
O3' 0.37 0.30 0.52 0.71 0.29 0.61 0.29 0.79 0.30 0.32 0.28 0.35 0.47 0.82 0.33 0.47 0.58 0.76 0.74 0.76
O4' 0.21 0.15 0.34 0.48 0.16 0.42 0.14 0.65 0.13 0.16 0.12 0.20 0.38 0.51 0.23 0.29 0.48 0.75 0.68 0.72
O5' 0.42 0.41 0.44 0.60 0.44 0.57 0.45 0.72 0.43 0.42 0.41 0.42 0.39 0.62 0.47 0.52 0.56 0.74 0.65 0.73
OP1 0.75 0.73 0.75 0.89 0.79 0.87 0.81 1.00 0.79 0.76 0.74 0.71 0.67 0.91 0.81 0.84 0.86 1.01 0.98 1.02
OP2 0.64 0.66 0.60 0.75 0.82 0.75 0.84 0.87 0.78 0.70 0.73 0.59 0.50 0.74 0.88 0.74 0.80 0.92 0.88 0.90
P 0.45 0.45 0.45 0.61 0.51 0.58 0.53 0.72 0.50 0.46 0.46 0.43 0.37 0.62 0.55 0.55 0.57 0.73 0.66 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.13 0.05 0.01 0.10 0.10 0.19 0.09
C2 0.02 0.00 0.10 0.20 0.02 0.16 0.02 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.03 0.14 0.13 0.23 0.19 0.19
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.02 0.10 0.08 0.11 0.04 0.08 0.17 0.00 0.03 0.09 0.02 0.22 0.26 0.28 0.22
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.21 0.01 0.27 0.02 0.27 0.13 0.19 0.35 0.03 0.01 0.22 0.02 0.17 0.28 0.13 0.13
C4 0.04 0.02 0.08 0.21 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.03 0.01 0.02 0.19 0.19 0.01 0.07 0.29 0.20 0.54 0.27
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.21 0.06 0.12 0.30 0.16 0.02 0.11 0.01 0.02 0.14 0.10 0.02
C5 0.03 0.02 0.10 0.27 0.01 0.19 0.00 0.29 0.01 0.02 0.02 0.03 0.19 0.27 0.02 0.10 0.48 0.34 0.80 0.50
C5' 0.03 0.22 0.08 0.02 0.13 0.01 0.29 0.00 0.31 0.07 0.18 0.43 0.10 0.09 0.14 0.02 0.01 0.19 0.16 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.27 0.02 0.21 0.01 0.31 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.25 0.02 0.13 0.47 0.32 0.70 0.46
N1 0.02 0.01 0.04 0.13 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.03 0.03 0.19 0.11 0.32 0.16
N3 0.03 0.01 0.08 0.19 0.01 0.12 0.02 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.02 0.12 0.16 0.23 0.28 0.18
O2 0.03 0.01 0.17 0.35 0.02 0.30 0.03 0.43 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.34 0.03 0.21 0.29 0.39 0.32 0.39
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.19 0.16 0.19 0.10 0.16 0.10 0.16 0.14 0.00 0.06 0.21 0.12 0.14 0.22 0.28 0.17
O3' 0.13 0.17 0.03 0.01 0.19 0.02 0.27 0.09 0.25 0.10 0.16 0.34 0.06 0.00 0.22 0.09 0.19 0.39 0.21 0.19
O4 0.05 0.03 0.09 0.22 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.03 0.02 0.03 0.21 0.22 0.00 0.08 0.30 0.22 0.59 0.29
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.13 0.03 0.12 0.21 0.12 0.09 0.08 0.00 0.09 0.12 0.14 0.10
O5' 0.10 0.13 0.22 0.17 0.29 0.02 0.48 0.01 0.47 0.19 0.16 0.29 0.14 0.19 0.30 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.23 0.26 0.28 0.20 0.14 0.34 0.19 0.32 0.11 0.23 0.39 0.22 0.39 0.22 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.19 0.19 0.28 0.13 0.54 0.10 0.80 0.16 0.70 0.32 0.28 0.32 0.28 0.21 0.59 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.22 0.13 0.27 0.02 0.50 0.02 0.46 0.16 0.18 0.39 0.17 0.19 0.29 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00