ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50659

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 7, 8, 7, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.018, 0.031, 0.045, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.037 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.024, 0.044, 0.064, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.044 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.037 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.021, 0.051, 0.081, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.051 std_dev=0.030
C2 B 0, 0.206, 0.330, 0.454, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.330 std_dev=0.124
N1 B 0, 0.264, 0.394, 0.525, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.394 std_dev=0.130
N3 B 0, 0.207, 0.354, 0.502, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.354 std_dev=0.148
C6 B 0, 0.326, 0.485, 0.644, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.485 std_dev=0.159
O2 B 0, 0.204, 0.373, 0.541, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.373 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.289, 0.479, 0.669, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.479 std_dev=0.190
C5 B 0, 0.351, 0.544, 0.736, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.544 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.253, 0.451, 0.650, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.451 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.341, 0.571, 0.800, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.571 std_dev=0.230
O4' A 0, 0.417, 0.656, 0.895, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.656 std_dev=0.239
O4 B 0, 0.321, 0.563, 0.806, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.563 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.524, 0.774, 1.023, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.774 std_dev=0.249
O2' A 0, 0.685, 0.974, 1.262, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.974 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.493, 0.808, 1.124, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.808 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.535, 0.856, 1.176, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.856 std_dev=0.321
C4' A 0, 0.699, 1.058, 1.417, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.058 std_dev=0.359
C3' B 0, 0.649, 1.023, 1.397, 1.522 max_d=1.522 avg_d=1.023 std_dev=0.374
C3' A 0, 0.771, 1.156, 1.541, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.156 std_dev=0.385
O2' B 0, 0.536, 0.931, 1.326, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.931 std_dev=0.395
O5' B 0, 0.851, 1.300, 1.748, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.300 std_dev=0.449
C5' B 0, 0.727, 1.194, 1.661, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.194 std_dev=0.467
O3' A 0, 1.024, 1.527, 2.030, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.527 std_dev=0.503
O3' B 0, 0.849, 1.358, 1.867, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.358 std_dev=0.509
C5' A 0, 1.456, 2.105, 2.754, 3.398 max_d=3.398 avg_d=2.105 std_dev=0.649
P B 0, 1.013, 1.664, 2.315, 3.530 max_d=3.530 avg_d=1.664 std_dev=0.651
OP2 B 0, 1.105, 1.771, 2.438, 3.764 max_d=3.764 avg_d=1.771 std_dev=0.667
O5' A 0, 1.820, 2.651, 3.481, 4.411 max_d=4.411 avg_d=2.651 std_dev=0.831
OP1 B 0, 1.055, 1.903, 2.751, 4.522 max_d=4.522 avg_d=1.903 std_dev=0.848
P A 0, 2.774, 3.981, 5.188, 6.657 max_d=6.657 avg_d=3.981 std_dev=1.207
OP1 A 0, 3.305, 4.596, 5.886, 7.418 max_d=7.418 avg_d=4.596 std_dev=1.291
OP2 A 0, 3.282, 4.617, 5.952, 9.103 max_d=9.103 avg_d=4.617 std_dev=1.335

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.21 0.22 0.30 0.17
C2 0.02 0.00 0.15 0.19 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.23 0.04 0.42 0.62 0.59 0.44
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.12 0.15 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.19 0.24 0.22 0.15
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.13 0.01 0.13 0.03 0.15 0.13 0.18 0.18 0.15 0.13 0.07 0.03 0.01 0.02 0.24 0.28 0.19 0.20
C4 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.03 0.43 0.53 0.60 0.43
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.08 0.13 0.13 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.21 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03 0.54 0.66 0.80 0.56
C5' 0.04 0.18 0.02 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.24 0.21 0.22 0.15 0.27 0.25 0.14 0.06 0.05 0.02 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.03 0.55 0.75 0.84 0.60
C8 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.14 0.03 0.54 0.48 0.74 0.51
N1 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.03 0.50 0.72 0.74 0.54
N3 0.02 0.00 0.15 0.18 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.04 0.36 0.51 0.50 0.37
N6 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.17 0.03 0.60 0.83 0.96 0.68
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.14 0.03 0.60 0.65 0.90 0.62
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.40 0.39 0.54 0.36
O2' 0.03 0.15 0.00 0.03 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.13 0.14 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.07 0.24 0.15 0.09
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.05 0.17 0.14 0.21 0.20 0.17 0.14 0.07 0.06 0.00 0.02 0.22 0.33 0.18 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.18 0.21 0.29 0.17
O5' 0.21 0.42 0.19 0.24 0.43 0.02 0.54 0.01 0.55 0.54 0.50 0.36 0.60 0.60 0.40 0.07 0.22 0.18 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.22 0.62 0.24 0.28 0.53 0.21 0.66 0.20 0.75 0.48 0.72 0.51 0.83 0.65 0.39 0.24 0.33 0.21 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.59 0.22 0.19 0.60 0.18 0.80 0.26 0.84 0.74 0.74 0.50 0.96 0.90 0.54 0.15 0.18 0.29 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.44 0.15 0.20 0.43 0.06 0.56 0.02 0.60 0.51 0.54 0.37 0.68 0.62 0.36 0.09 0.18 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.15 0.30 0.32 0.14 0.21 0.13 0.19 0.13 0.15 0.12 0.19 0.36 0.40 0.19 0.17 0.23 0.38 0.47 0.29
C2 0.18 0.14 0.29 0.30 0.14 0.21 0.12 0.19 0.12 0.14 0.12 0.19 0.33 0.36 0.19 0.16 0.23 0.36 0.44 0.28
C2' 0.23 0.20 0.37 0.37 0.17 0.26 0.16 0.23 0.17 0.19 0.17 0.24 0.44 0.46 0.21 0.20 0.24 0.39 0.48 0.30
C3' 0.30 0.27 0.41 0.40 0.21 0.32 0.21 0.28 0.23 0.26 0.23 0.32 0.48 0.48 0.22 0.27 0.28 0.43 0.50 0.33
C4 0.18 0.15 0.29 0.30 0.14 0.20 0.13 0.18 0.13 0.15 0.13 0.20 0.33 0.36 0.19 0.16 0.24 0.37 0.47 0.30
C4' 0.22 0.19 0.33 0.33 0.14 0.24 0.14 0.21 0.15 0.18 0.15 0.23 0.39 0.41 0.17 0.19 0.25 0.40 0.48 0.30
C5 0.18 0.17 0.27 0.28 0.15 0.19 0.15 0.18 0.14 0.16 0.14 0.22 0.31 0.34 0.19 0.16 0.25 0.37 0.49 0.33
C5' 0.31 0.28 0.37 0.38 0.24 0.31 0.25 0.29 0.26 0.28 0.25 0.32 0.42 0.44 0.25 0.29 0.32 0.48 0.53 0.37
C6 0.18 0.18 0.26 0.27 0.15 0.18 0.15 0.19 0.15 0.17 0.15 0.23 0.29 0.32 0.19 0.16 0.25 0.37 0.49 0.33
C8 0.19 0.17 0.28 0.29 0.15 0.19 0.15 0.18 0.14 0.16 0.14 0.22 0.32 0.35 0.19 0.16 0.25 0.38 0.50 0.33
N1 0.18 0.16 0.27 0.28 0.14 0.19 0.13 0.19 0.13 0.15 0.13 0.22 0.30 0.33 0.19 0.16 0.24 0.36 0.46 0.30
N3 0.18 0.14 0.30 0.31 0.14 0.21 0.12 0.19 0.12 0.14 0.12 0.18 0.35 0.38 0.19 0.16 0.22 0.37 0.45 0.28
N6 0.19 0.20 0.24 0.25 0.17 0.18 0.17 0.20 0.17 0.18 0.18 0.23 0.26 0.29 0.20 0.17 0.28 0.39 0.51 0.36
N7 0.19 0.18 0.26 0.27 0.16 0.18 0.16 0.19 0.15 0.17 0.15 0.23 0.31 0.34 0.19 0.16 0.26 0.39 0.51 0.35
N9 0.19 0.16 0.29 0.30 0.14 0.20 0.14 0.18 0.13 0.15 0.13 0.20 0.34 0.37 0.19 0.16 0.24 0.37 0.48 0.31
O2' 0.24 0.21 0.37 0.38 0.20 0.28 0.19 0.26 0.19 0.21 0.19 0.23 0.44 0.48 0.23 0.23 0.25 0.37 0.48 0.30
O3' 0.36 0.32 0.47 0.45 0.25 0.37 0.25 0.33 0.28 0.31 0.27 0.37 0.54 0.53 0.25 0.32 0.32 0.45 0.52 0.36
O4' 0.19 0.15 0.29 0.31 0.13 0.21 0.12 0.19 0.12 0.15 0.11 0.19 0.35 0.39 0.18 0.17 0.24 0.37 0.47 0.30
O5' 0.52 0.52 0.53 0.53 0.55 0.52 0.55 0.51 0.53 0.52 0.53 0.51 0.56 0.56 0.57 0.52 0.53 0.57 0.59 0.52
OP1 0.82 0.81 0.79 0.80 0.85 0.82 0.88 0.83 0.86 0.83 0.82 0.79 0.79 0.80 0.85 0.84 0.87 0.89 0.93 0.86
OP2 0.74 0.76 0.69 0.72 0.92 0.74 0.93 0.77 0.86 0.78 0.83 0.68 0.69 0.70 0.99 0.77 0.81 0.81 0.90 0.85
P 0.59 0.59 0.57 0.58 0.66 0.59 0.66 0.59 0.63 0.60 0.61 0.56 0.59 0.58 0.68 0.61 0.61 0.62 0.68 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.17 0.30 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.18 0.24 0.34 0.20
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.13 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.31 0.28 0.15
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.14 0.08 0.13 0.12 0.03 0.01 0.15 0.01 0.15 0.35 0.26 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.04 0.31 0.34 0.41 0.31
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.11 0.05 0.07 0.05 0.06 0.02 0.11 0.01 0.01 0.17 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.05 0.32 0.33 0.39 0.31
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.18 0.09 0.13 0.05 0.05 0.04 0.21 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.06 0.25 0.26 0.33 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.02 0.17 0.22 0.32 0.17
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.01 0.03 0.25 0.30 0.38 0.26
O2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.15 0.01 0.05 0.14 0.23 0.33 0.17
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.11 0.18 0.00 0.05 0.08 0.06 0.08 0.33 0.26 0.14
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.17 0.02 0.19 0.04 0.16 0.08 0.15 0.15 0.05 0.00 0.20 0.02 0.18 0.49 0.32 0.29
O4 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.00 0.05 0.34 0.39 0.45 0.36
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.10 0.11 0.32 0.16
O5' 0.07 0.18 0.10 0.15 0.31 0.01 0.32 0.01 0.25 0.17 0.25 0.14 0.08 0.18 0.34 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.17 0.24 0.31 0.35 0.34 0.17 0.33 0.09 0.26 0.22 0.30 0.23 0.33 0.49 0.39 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.34 0.28 0.26 0.41 0.20 0.39 0.13 0.33 0.32 0.38 0.33 0.26 0.32 0.45 0.32 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.20 0.15 0.19 0.31 0.06 0.31 0.01 0.23 0.17 0.26 0.17 0.14 0.29 0.36 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00