ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50660

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 4, 7, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.028, 0.047, 0.067, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.024, 0.044, 0.065, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.044 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.033, 0.058, 0.082, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.058 std_dev=0.025
N3 B 0, 0.207, 0.341, 0.474, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.341 std_dev=0.134
C2 B 0, 0.255, 0.414, 0.572, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.414 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.254, 0.425, 0.596, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.425 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.309, 0.509, 0.710, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.509 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.223, 0.431, 0.640, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.431 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.293, 0.521, 0.748, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.521 std_dev=0.227
O2 B 0, 0.396, 0.627, 0.859, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.627 std_dev=0.231
O4 B 0, 0.248, 0.494, 0.739, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.494 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.426, 0.697, 0.968, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.697 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.297, 0.573, 0.848, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.573 std_dev=0.276
C5 B 0, 0.341, 0.635, 0.929, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.635 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.314, 0.626, 0.939, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.626 std_dev=0.313
C4' B 0, 0.420, 0.771, 1.122, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.771 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.314, 0.687, 1.059, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.687 std_dev=0.372
C5' B 0, 0.512, 0.901, 1.289, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.901 std_dev=0.388
O3' B 0, 0.250, 0.851, 1.452, 3.213 max_d=3.213 avg_d=0.851 std_dev=0.601
O4' A 0, -0.299, 0.350, 1.000, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.350 std_dev=0.650
O5' B 0, 0.345, 1.006, 1.666, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.006 std_dev=0.661
C2' A 0, -0.254, 0.414, 1.081, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.414 std_dev=0.668
C4' A 0, -0.253, 0.533, 1.318, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.533 std_dev=0.785
O2' A 0, -0.184, 0.611, 1.405, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.611 std_dev=0.794
C3' A 0, -0.326, 0.650, 1.626, 3.207 max_d=3.207 avg_d=0.650 std_dev=0.976
P B 0, 0.290, 1.332, 2.375, 4.172 max_d=4.172 avg_d=1.332 std_dev=1.043
OP1 B 0, 0.464, 1.595, 2.725, 4.346 max_d=4.346 avg_d=1.595 std_dev=1.131
O3' A 0, -0.360, 0.958, 2.277, 4.446 max_d=4.446 avg_d=0.958 std_dev=1.319
OP2 B 0, 0.309, 1.683, 3.056, 5.545 max_d=5.545 avg_d=1.683 std_dev=1.374
C5' A 0, -0.466, 1.020, 2.506, 4.813 max_d=4.813 avg_d=1.020 std_dev=1.486
O5' A 0, -0.649, 1.204, 3.057, 6.032 max_d=6.032 avg_d=1.204 std_dev=1.853
OP1 A 0, -0.672, 1.906, 4.483, 8.803 max_d=8.803 avg_d=1.906 std_dev=2.578
P A 0, -0.885, 1.802, 4.489, 8.839 max_d=8.839 avg_d=1.802 std_dev=2.687
OP2 A 0, -1.020, 2.157, 5.334, 10.400 max_d=10.400 avg_d=2.157 std_dev=3.177

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.11 0.30 0.11
C2 0.05 0.00 0.13 0.45 0.01 0.37 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.43 0.24 0.82 0.96 0.83 0.98
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.10 0.09 0.14 0.05 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.17 0.33 0.13
C3' 0.01 0.45 0.01 0.00 0.16 0.00 0.10 0.02 0.13 0.37 0.30 0.46 0.12 0.30 0.11 0.02 0.00 0.01 0.09 0.24 0.40 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.13 0.37 0.44 0.44 0.39
C4' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.15 0.00 0.08 0.01 0.13 0.30 0.27 0.37 0.09 0.23 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.12 0.29 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.06 0.29 0.37 0.69 0.34
C5' 0.05 0.58 0.02 0.02 0.24 0.01 0.20 0.00 0.25 0.51 0.44 0.54 0.23 0.43 0.17 0.05 0.04 0.02 0.01 0.19 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.11 0.38 0.55 0.58 0.44
C8 0.02 0.01 0.10 0.37 0.00 0.30 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.35 0.14 0.66 0.55 1.19 0.77
N1 0.04 0.00 0.09 0.30 0.01 0.27 0.00 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.28 0.19 0.64 0.83 0.61 0.77
N3 0.05 0.00 0.14 0.46 0.00 0.37 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.42 0.23 0.75 0.82 0.75 0.85
N6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.15 0.08 0.33 0.51 0.77 0.41
N7 0.01 0.01 0.09 0.30 0.00 0.23 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.31 0.08 0.56 0.51 1.23 0.70
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.24 0.21 0.55 0.25
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.10 0.08 0.15 0.17 0.09 0.07 0.04 0.00 0.04 0.06 0.06 0.18 0.35 0.11
O3' 0.02 0.43 0.02 0.00 0.14 0.02 0.12 0.04 0.13 0.35 0.28 0.42 0.15 0.31 0.10 0.04 0.00 0.02 0.17 0.39 0.54 0.24
O4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.14 0.19 0.23 0.08 0.08 0.01 0.06 0.02 0.00 0.18 0.21 0.19 0.13
O5' 0.14 0.82 0.07 0.09 0.37 0.02 0.29 0.01 0.38 0.66 0.64 0.75 0.33 0.56 0.24 0.06 0.17 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.96 0.17 0.24 0.44 0.12 0.37 0.19 0.55 0.55 0.83 0.82 0.51 0.51 0.21 0.18 0.39 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.83 0.33 0.40 0.44 0.29 0.69 0.31 0.58 1.19 0.61 0.75 0.77 1.23 0.55 0.35 0.54 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.98 0.13 0.17 0.39 0.05 0.34 0.02 0.44 0.77 0.77 0.85 0.41 0.70 0.25 0.11 0.24 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.14 0.27 0.30 0.14 0.19 0.13 0.19 0.12 0.14 0.12 0.18 0.22 0.30 0.17 0.18 0.33 0.41 0.47 0.31
C2 0.16 0.13 0.24 0.27 0.15 0.17 0.13 0.18 0.12 0.13 0.13 0.18 0.21 0.25 0.19 0.16 0.34 0.42 0.45 0.33
C2' 0.34 0.23 0.52 0.55 0.18 0.41 0.19 0.40 0.23 0.26 0.18 0.27 0.52 0.64 0.20 0.32 0.47 0.53 0.37 0.44
C3' 0.76 0.59 0.93 0.91 0.38 0.82 0.43 0.76 0.53 0.62 0.45 0.69 0.99 0.99 0.31 0.72 0.76 0.83 0.48 0.70
C4 0.16 0.13 0.25 0.30 0.13 0.18 0.12 0.19 0.11 0.12 0.11 0.18 0.22 0.30 0.17 0.15 0.36 0.46 0.50 0.36
C4' 0.61 0.49 0.69 0.67 0.32 0.63 0.35 0.58 0.43 0.50 0.39 0.58 0.74 0.70 0.27 0.59 0.60 0.70 0.38 0.54
C5 0.15 0.14 0.24 0.31 0.12 0.18 0.12 0.19 0.11 0.12 0.11 0.19 0.21 0.31 0.17 0.14 0.39 0.54 0.59 0.42
C5' 0.92 0.77 0.96 0.91 0.52 0.91 0.56 0.84 0.68 0.78 0.62 0.88 1.04 0.90 0.42 0.90 0.80 0.92 0.43 0.72
C6 0.15 0.14 0.22 0.30 0.13 0.17 0.12 0.19 0.11 0.13 0.12 0.19 0.21 0.29 0.17 0.14 0.40 0.57 0.63 0.45
C8 0.16 0.13 0.26 0.33 0.12 0.18 0.12 0.19 0.11 0.12 0.11 0.18 0.22 0.34 0.16 0.14 0.39 0.53 0.58 0.41
N1 0.15 0.14 0.22 0.28 0.14 0.16 0.13 0.19 0.11 0.12 0.11 0.19 0.20 0.26 0.19 0.14 0.38 0.50 0.56 0.41
N3 0.17 0.13 0.26 0.28 0.14 0.18 0.13 0.18 0.12 0.13 0.12 0.17 0.22 0.27 0.19 0.17 0.33 0.40 0.43 0.31
N6 0.15 0.16 0.20 0.30 0.13 0.17 0.13 0.22 0.13 0.14 0.15 0.20 0.21 0.30 0.16 0.14 0.44 0.66 0.75 0.53
N7 0.15 0.14 0.24 0.33 0.12 0.18 0.12 0.20 0.11 0.12 0.11 0.19 0.22 0.34 0.16 0.14 0.41 0.58 0.63 0.45
N9 0.16 0.13 0.26 0.31 0.13 0.18 0.12 0.19 0.11 0.12 0.11 0.18 0.22 0.32 0.17 0.16 0.36 0.46 0.51 0.35
O2' 0.27 0.23 0.34 0.36 0.20 0.29 0.20 0.29 0.21 0.23 0.21 0.26 0.33 0.47 0.22 0.31 0.36 0.38 0.40 0.32
O3' 0.85 0.64 1.07 1.06 0.39 0.95 0.46 0.89 0.59 0.69 0.47 0.74 1.18 1.20 0.32 0.82 0.86 0.90 0.58 0.79
O4' 0.36 0.31 0.42 0.43 0.21 0.36 0.22 0.34 0.25 0.30 0.25 0.36 0.40 0.41 0.21 0.34 0.43 0.55 0.43 0.39
O5' 1.20 1.04 1.22 1.16 0.73 1.17 0.79 1.10 0.93 1.05 0.86 1.17 1.31 1.15 0.60 1.18 1.09 1.22 0.70 0.99
OP1 1.53 1.34 1.48 1.41 1.04 1.49 1.11 1.42 1.26 1.37 1.16 1.44 1.58 1.36 0.89 1.53 1.35 1.55 0.84 1.25
OP2 1.50 1.19 1.53 1.42 0.73 1.48 0.81 1.34 1.02 1.23 0.89 1.41 1.76 1.44 0.64 1.47 1.15 1.28 0.79 1.04
P 1.57 1.34 1.54 1.45 0.94 1.53 1.02 1.43 1.22 1.37 1.11 1.50 1.68 1.42 0.75 1.56 1.33 1.49 0.83 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.17 0.16 0.18 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.04 0.30 0.35 0.42 0.30
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.08 0.11 0.02 0.07 0.18 0.00 0.01 0.06 0.01 0.23 0.33 0.32 0.23
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.19 0.02 0.16 0.12 0.17 0.15 0.02 0.01 0.20 0.02 0.19 0.37 0.39 0.24
C4 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.01 0.03 0.46 0.68 0.83 0.58
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.06 0.15 0.02 0.09 0.00 0.02 0.21 0.27 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.02 0.04 0.51 0.74 0.90 0.65
C5' 0.04 0.09 0.08 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.13 0.06 0.07 0.10 0.19 0.02 0.01 0.19 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.02 0.05 0.45 0.57 0.67 0.52
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.01 0.31 0.35 0.40 0.32
N3 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.11 0.01 0.04 0.38 0.50 0.61 0.43
O2 0.04 0.01 0.18 0.15 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.17 0.03 0.07 0.22 0.25 0.30 0.19
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.16 0.15 0.18 0.07 0.16 0.09 0.13 0.13 0.00 0.04 0.17 0.10 0.12 0.39 0.43 0.24
O3' 0.12 0.10 0.01 0.01 0.15 0.02 0.18 0.10 0.14 0.06 0.11 0.17 0.04 0.00 0.18 0.09 0.25 0.64 0.75 0.48
O4 0.02 0.02 0.06 0.20 0.01 0.09 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.03 0.17 0.18 0.00 0.04 0.49 0.76 0.94 0.64
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.07 0.10 0.09 0.04 0.00 0.14 0.14 0.20 0.16
O5' 0.17 0.30 0.23 0.19 0.46 0.02 0.51 0.01 0.45 0.31 0.38 0.22 0.12 0.25 0.49 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.35 0.33 0.37 0.68 0.21 0.74 0.19 0.57 0.35 0.50 0.25 0.39 0.64 0.76 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.42 0.32 0.39 0.83 0.27 0.90 0.34 0.67 0.40 0.61 0.30 0.43 0.75 0.94 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.30 0.23 0.24 0.58 0.07 0.65 0.02 0.52 0.32 0.43 0.19 0.24 0.48 0.64 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00