ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50661

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 3, 3, 6, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.002, 0.023, 0.045, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.008, 0.034, 0.061, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.006, 0.034, 0.061, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.034 std_dev=0.028
C1' A 0, -0.001, 0.026, 0.054, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.026 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.043 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.023, 0.175, 0.328, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.175 std_dev=0.153
C2' A 0, 0.041, 0.206, 0.371, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.206 std_dev=0.165
N1 B 0, 0.203, 0.383, 0.564, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.383 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.259, 0.441, 0.623, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.441 std_dev=0.182
C2 B 0, 0.212, 0.408, 0.605, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.408 std_dev=0.196
O4' B 0, 0.225, 0.424, 0.624, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.424 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.277, 0.477, 0.677, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.477 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.238, 0.441, 0.643, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.441 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.273, 0.477, 0.682, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.477 std_dev=0.205
O2' A 0, 0.096, 0.322, 0.547, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.322 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.298, 0.527, 0.757, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.527 std_dev=0.229
C4' A 0, 0.068, 0.302, 0.536, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.302 std_dev=0.234
C3' A 0, 0.085, 0.337, 0.590, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.337 std_dev=0.253
C4' B 0, 0.274, 0.540, 0.805, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.540 std_dev=0.265
O4 B 0, 0.293, 0.562, 0.831, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.562 std_dev=0.269
O2 B 0, 0.218, 0.507, 0.795, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.507 std_dev=0.288
C2' B 0, 0.320, 0.627, 0.935, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.627 std_dev=0.308
O2' B 0, 0.401, 0.742, 1.083, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.742 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.345, 0.690, 1.034, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.690 std_dev=0.344
O3' A 0, 0.171, 0.529, 0.887, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.529 std_dev=0.358
C5' A 0, 0.094, 0.525, 0.955, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.525 std_dev=0.431
C5' B 0, 0.175, 0.617, 1.058, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.617 std_dev=0.442
O3' B 0, 0.457, 0.915, 1.372, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.915 std_dev=0.457
O5' B 0, 0.174, 0.732, 1.290, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.732 std_dev=0.558
P B 0, 0.284, 0.872, 1.461, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.872 std_dev=0.589
O5' A 0, 0.051, 0.659, 1.267, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.659 std_dev=0.608
OP2 B 0, 0.365, 1.013, 1.662, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.013 std_dev=0.648
P A 0, 0.133, 1.045, 1.957, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.045 std_dev=0.912
OP1 B 0, 0.298, 1.288, 2.278, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.288 std_dev=0.990
OP1 A 0, 0.090, 1.291, 2.493, 4.356 max_d=4.356 avg_d=1.291 std_dev=1.202
OP2 A 0, 0.010, 1.244, 2.477, 4.797 max_d=4.797 avg_d=1.244 std_dev=1.234

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.21 0.32 0.19
C2 0.06 0.00 0.15 0.16 0.02 0.08 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.18 0.20 0.06 0.36 0.37 0.73 0.45
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.08 0.06 0.12 0.15 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.31 0.26 0.17
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.11 0.13 0.14 0.15 0.10 0.12 0.07 0.03 0.01 0.01 0.29 0.39 0.21 0.21
C4 0.02 0.02 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03 0.39 0.37 0.70 0.46
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.07 0.08 0.07 0.11 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.21 0.27 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.50 0.52 0.90 0.62
C5' 0.02 0.11 0.02 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.13 0.10 0.19 0.21 0.11 0.06 0.04 0.01 0.02 0.19 0.35 0.03
C6 0.03 0.02 0.08 0.11 0.02 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.12 0.13 0.04 0.50 0.55 0.97 0.65
C8 0.03 0.02 0.06 0.13 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.14 0.06 0.51 0.51 0.80 0.60
N1 0.05 0.01 0.12 0.14 0.03 0.07 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.17 0.06 0.44 0.47 0.88 0.56
N3 0.06 0.01 0.15 0.15 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.18 0.06 0.31 0.31 0.62 0.38
N6 0.03 0.02 0.07 0.10 0.02 0.07 0.02 0.19 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.11 0.13 0.05 0.54 0.66 1.09 0.73
N7 0.03 0.02 0.05 0.12 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.14 0.05 0.57 0.63 0.99 0.72
N9 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.02 0.36 0.32 0.59 0.41
O2' 0.02 0.18 0.01 0.03 0.10 0.07 0.08 0.06 0.12 0.05 0.16 0.17 0.11 0.05 0.04 0.00 0.05 0.07 0.10 0.38 0.19 0.10
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.13 0.14 0.17 0.18 0.13 0.14 0.07 0.05 0.00 0.02 0.23 0.50 0.24 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.07 0.21 0.28 0.20
O5' 0.15 0.36 0.23 0.29 0.39 0.02 0.50 0.02 0.50 0.51 0.44 0.31 0.54 0.57 0.36 0.10 0.23 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.37 0.31 0.39 0.37 0.21 0.52 0.19 0.55 0.51 0.47 0.31 0.66 0.63 0.32 0.38 0.50 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.73 0.26 0.21 0.70 0.27 0.90 0.35 0.97 0.80 0.88 0.62 1.09 0.99 0.59 0.19 0.24 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.45 0.17 0.21 0.46 0.09 0.62 0.03 0.65 0.60 0.56 0.38 0.73 0.72 0.41 0.10 0.22 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.17 0.30 0.31 0.12 0.25 0.13 0.23 0.14 0.18 0.12 0.22 0.32 0.37 0.14 0.23 0.38 0.84 0.52 0.36
C2 0.21 0.14 0.25 0.26 0.14 0.21 0.13 0.20 0.12 0.15 0.11 0.19 0.27 0.31 0.20 0.20 0.40 0.81 0.51 0.37
C2' 0.28 0.21 0.36 0.36 0.17 0.30 0.18 0.27 0.19 0.22 0.17 0.26 0.41 0.42 0.19 0.27 0.36 0.78 0.49 0.33
C3' 0.32 0.25 0.38 0.37 0.19 0.33 0.21 0.30 0.22 0.25 0.20 0.30 0.45 0.43 0.21 0.31 0.36 0.78 0.53 0.32
C4 0.22 0.16 0.26 0.27 0.11 0.22 0.12 0.20 0.13 0.16 0.11 0.21 0.27 0.32 0.14 0.21 0.39 0.88 0.53 0.36
C4' 0.26 0.19 0.32 0.32 0.14 0.27 0.15 0.24 0.16 0.19 0.14 0.24 0.37 0.39 0.16 0.25 0.37 0.85 0.53 0.34
C5 0.21 0.18 0.24 0.26 0.10 0.20 0.11 0.18 0.13 0.16 0.13 0.23 0.25 0.31 0.12 0.19 0.39 0.94 0.55 0.36
C5' 0.30 0.24 0.33 0.32 0.21 0.30 0.22 0.27 0.22 0.24 0.21 0.28 0.38 0.37 0.22 0.30 0.41 0.90 0.59 0.39
C6 0.20 0.18 0.25 0.26 0.09 0.19 0.10 0.17 0.12 0.16 0.13 0.24 0.25 0.31 0.13 0.18 0.40 0.93 0.56 0.36
C8 0.21 0.18 0.25 0.26 0.11 0.21 0.12 0.18 0.13 0.17 0.13 0.23 0.27 0.32 0.12 0.20 0.39 0.95 0.55 0.36
N1 0.20 0.16 0.24 0.25 0.12 0.19 0.11 0.17 0.11 0.15 0.10 0.22 0.25 0.30 0.19 0.18 0.40 0.87 0.53 0.37
N3 0.22 0.14 0.26 0.26 0.13 0.22 0.12 0.20 0.13 0.15 0.11 0.19 0.28 0.32 0.18 0.21 0.39 0.82 0.50 0.37
N6 0.21 0.22 0.27 0.29 0.13 0.21 0.13 0.18 0.14 0.19 0.20 0.26 0.26 0.35 0.13 0.19 0.41 0.98 0.60 0.37
N7 0.21 0.18 0.24 0.25 0.11 0.19 0.12 0.17 0.13 0.17 0.14 0.23 0.25 0.31 0.13 0.19 0.39 0.98 0.56 0.36
N9 0.22 0.17 0.26 0.27 0.11 0.22 0.12 0.20 0.13 0.17 0.12 0.22 0.28 0.33 0.13 0.21 0.39 0.89 0.53 0.36
O2' 0.29 0.23 0.41 0.41 0.20 0.33 0.21 0.31 0.22 0.24 0.20 0.28 0.45 0.50 0.22 0.27 0.39 0.77 0.47 0.38
O3' 0.38 0.30 0.46 0.44 0.24 0.40 0.26 0.36 0.28 0.31 0.24 0.36 0.54 0.51 0.25 0.37 0.37 0.73 0.53 0.33
O4' 0.24 0.18 0.30 0.31 0.12 0.25 0.13 0.23 0.15 0.18 0.13 0.23 0.32 0.38 0.14 0.23 0.40 0.90 0.53 0.38
O5' 0.51 0.49 0.48 0.52 0.52 0.51 0.52 0.52 0.51 0.50 0.50 0.49 0.44 0.53 0.53 0.52 0.60 0.83 0.94 0.59
OP1 0.54 0.52 0.46 0.48 0.61 0.54 0.63 0.58 0.60 0.55 0.54 0.48 0.44 0.45 0.64 0.59 0.56 0.79 1.03 0.61
OP2 0.96 0.97 0.91 0.97 1.07 0.98 1.08 1.02 1.04 0.99 1.02 0.93 0.84 0.94 1.11 1.00 1.09 1.01 1.57 1.14
P 0.63 0.63 0.58 0.63 0.70 0.63 0.71 0.66 0.68 0.64 0.66 0.60 0.53 0.61 0.73 0.65 0.73 0.85 1.17 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.15 0.27 0.16 0.12
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.03 0.29 0.62 0.38 0.25
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.17 0.25 0.15 0.15
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.03 0.14 0.07 0.10 0.12 0.02 0.01 0.12 0.01 0.20 0.26 0.14 0.18
C4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.15 0.01 0.04 0.38 0.90 0.59 0.35
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.19 0.19 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.19 0.01 0.05 0.38 0.84 0.58 0.34
C5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.04 0.11 0.01 0.01 0.32 0.35 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.14 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.16 0.02 0.05 0.34 0.63 0.43 0.27
N1 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.27 0.52 0.32 0.22
N3 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02 0.03 0.34 0.79 0.50 0.31
O2 0.07 0.01 0.12 0.12 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.13 0.14 0.02 0.07 0.26 0.55 0.33 0.23
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.03 0.08 0.13 0.00 0.05 0.08 0.05 0.08 0.19 0.10 0.08
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.15 0.02 0.19 0.04 0.16 0.07 0.12 0.14 0.05 0.00 0.17 0.02 0.19 0.40 0.21 0.21
O4 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.17 0.00 0.05 0.40 1.00 0.65 0.38
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.05 0.00 0.11 0.16 0.17 0.13
O5' 0.15 0.29 0.17 0.20 0.38 0.02 0.38 0.01 0.34 0.27 0.34 0.26 0.08 0.19 0.40 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.27 0.62 0.25 0.26 0.90 0.19 0.84 0.32 0.63 0.52 0.79 0.55 0.19 0.40 1.00 0.16 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.16 0.38 0.15 0.14 0.59 0.19 0.58 0.35 0.43 0.32 0.50 0.33 0.10 0.21 0.65 0.17 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.12 0.25 0.15 0.18 0.35 0.02 0.34 0.02 0.27 0.22 0.31 0.23 0.08 0.21 0.38 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00