ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50663

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.023, 0.041, 0.058, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.041 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.041, 0.155, 0.268, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.155 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.028, 0.142, 0.256, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.142 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.076, 0.194, 0.311, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.194 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.134, 0.289, 0.444, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.289 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.088, 0.256, 0.425, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.256 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.118, 0.291, 0.464, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.291 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.218, 0.396, 0.575, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.396 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.371, 0.569, 0.766, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.569 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.188, 0.395, 0.603, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.395 std_dev=0.208
O4 B 0, 0.218, 0.446, 0.674, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.446 std_dev=0.228
O3' A 0, 0.117, 0.352, 0.587, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.352 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.471, 0.748, 1.024, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.748 std_dev=0.277
C5' A 0, 0.229, 0.510, 0.791, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.510 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.453, 0.737, 1.022, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.737 std_dev=0.284
O2 B 0, 0.252, 0.545, 0.838, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.545 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.384, 0.678, 0.972, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.678 std_dev=0.294
O5' A 0, 0.242, 0.547, 0.851, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.547 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.562, 0.968, 1.374, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.968 std_dev=0.406
P A 0, 0.328, 0.767, 1.206, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.767 std_dev=0.439
C2' B 0, 0.524, 1.003, 1.481, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.003 std_dev=0.479
OP2 A 0, 0.310, 0.824, 1.339, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.824 std_dev=0.515
OP1 A 0, 0.343, 0.894, 1.445, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.894 std_dev=0.551
C3' B 0, 0.601, 1.162, 1.724, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.162 std_dev=0.562
C4' B 0, 0.645, 1.238, 1.831, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.238 std_dev=0.593
O2' B 0, 0.545, 1.173, 1.801, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.173 std_dev=0.628
O3' B 0, 0.743, 1.391, 2.040, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.391 std_dev=0.648
C5' B 0, 0.611, 1.455, 2.299, 4.012 max_d=4.012 avg_d=1.455 std_dev=0.844
O5' B 0, 0.227, 1.487, 2.748, 5.764 max_d=5.764 avg_d=1.487 std_dev=1.261
P B 0, 0.095, 1.745, 3.395, 7.397 max_d=7.397 avg_d=1.745 std_dev=1.650
OP1 B 0, -0.019, 2.075, 4.169, 9.315 max_d=9.315 avg_d=2.075 std_dev=2.094
OP2 B 0, -0.393, 1.731, 3.855, 9.121 max_d=9.121 avg_d=1.731 std_dev=2.124

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.04 0.16 0.20 0.33 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.11 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.09 0.05
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.02 0.10 0.05 0.13 0.13 0.09 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.15 0.18 0.29 0.19
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.18 0.24 0.35 0.25
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.06 0.13 0.13 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.19 0.27 0.39 0.27
C8 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.15 0.19 0.28 0.21
N1 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.04 0.18 0.25 0.37 0.25
N3 0.02 0.00 0.11 0.13 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.04 0.14 0.15 0.28 0.18
N6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.21 0.31 0.42 0.30
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.18 0.26 0.36 0.26
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.13 0.23 0.16
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.09 0.06 0.04
O3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.13 0.06 0.16 0.16 0.12 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.11 0.18 0.18 0.14
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.07 0.12 0.09
O5' 0.07 0.16 0.05 0.07 0.15 0.01 0.18 0.01 0.19 0.15 0.18 0.14 0.21 0.18 0.12 0.04 0.11 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.20 0.08 0.10 0.18 0.06 0.24 0.06 0.27 0.19 0.25 0.15 0.31 0.26 0.13 0.09 0.18 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.33 0.09 0.10 0.29 0.02 0.35 0.01 0.39 0.28 0.37 0.28 0.42 0.36 0.23 0.06 0.18 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.21 0.05 0.08 0.19 0.01 0.25 0.01 0.27 0.21 0.25 0.18 0.30 0.26 0.16 0.04 0.14 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.14 0.30 0.19 0.23 0.29 0.21 0.30 0.17 0.15 0.17 0.18 0.35 0.31 0.30 0.37 0.31 0.67 0.21 0.31
C2 0.19 0.14 0.25 0.18 0.21 0.22 0.19 0.22 0.16 0.15 0.16 0.20 0.26 0.24 0.27 0.31 0.19 0.47 0.29 0.17
C2' 0.24 0.14 0.27 0.23 0.23 0.44 0.24 0.47 0.21 0.19 0.17 0.16 0.36 0.47 0.30 0.48 0.53 0.94 0.37 0.56
C3' 0.28 0.18 0.26 0.26 0.27 0.50 0.29 0.55 0.27 0.23 0.19 0.19 0.35 0.50 0.32 0.54 0.63 1.10 0.45 0.67
C4 0.19 0.15 0.26 0.18 0.23 0.24 0.21 0.25 0.17 0.16 0.16 0.20 0.27 0.25 0.30 0.33 0.23 0.58 0.29 0.21
C4' 0.22 0.13 0.28 0.18 0.23 0.38 0.23 0.42 0.20 0.17 0.15 0.17 0.36 0.37 0.30 0.45 0.46 0.90 0.29 0.49
C5 0.19 0.16 0.22 0.19 0.23 0.21 0.23 0.22 0.19 0.16 0.17 0.21 0.23 0.21 0.31 0.31 0.19 0.55 0.41 0.19
C5' 0.23 0.14 0.26 0.17 0.24 0.39 0.26 0.43 0.22 0.18 0.16 0.18 0.34 0.35 0.31 0.46 0.47 0.95 0.27 0.50
C6 0.18 0.17 0.20 0.20 0.23 0.18 0.23 0.19 0.19 0.17 0.17 0.22 0.22 0.18 0.31 0.28 0.17 0.47 0.52 0.19
C8 0.19 0.16 0.25 0.18 0.23 0.24 0.23 0.25 0.19 0.16 0.16 0.20 0.27 0.24 0.31 0.34 0.24 0.64 0.33 0.24
N1 0.18 0.16 0.21 0.19 0.23 0.18 0.21 0.18 0.18 0.16 0.17 0.21 0.21 0.19 0.29 0.28 0.15 0.43 0.45 0.16
N3 0.19 0.14 0.28 0.18 0.21 0.26 0.19 0.26 0.16 0.15 0.16 0.19 0.30 0.27 0.28 0.34 0.24 0.55 0.23 0.22
N6 0.19 0.18 0.17 0.22 0.23 0.17 0.25 0.19 0.21 0.18 0.17 0.22 0.22 0.17 0.30 0.26 0.20 0.44 0.68 0.25
N7 0.19 0.16 0.22 0.19 0.23 0.21 0.24 0.23 0.19 0.17 0.17 0.21 0.24 0.21 0.31 0.32 0.21 0.59 0.43 0.21
N9 0.19 0.15 0.27 0.18 0.23 0.26 0.22 0.27 0.17 0.15 0.16 0.19 0.30 0.27 0.30 0.35 0.26 0.63 0.26 0.25
O2' 0.22 0.12 0.32 0.23 0.20 0.41 0.19 0.44 0.16 0.15 0.15 0.15 0.43 0.45 0.27 0.44 0.50 0.87 0.41 0.55
O3' 0.34 0.22 0.28 0.35 0.31 0.61 0.35 0.69 0.34 0.29 0.23 0.21 0.38 0.61 0.35 0.63 0.80 1.31 0.70 0.88
O4' 0.21 0.16 0.32 0.20 0.24 0.28 0.22 0.29 0.18 0.17 0.18 0.20 0.36 0.28 0.32 0.37 0.30 0.68 0.24 0.31
O5' 0.26 0.19 0.25 0.20 0.28 0.41 0.31 0.46 0.28 0.23 0.20 0.21 0.32 0.38 0.34 0.49 0.50 1.00 0.27 0.52
OP1 0.29 0.23 0.25 0.23 0.34 0.47 0.38 0.54 0.34 0.28 0.25 0.23 0.31 0.40 0.39 0.53 0.60 1.16 0.39 0.65
OP2 0.39 0.35 0.35 0.36 0.43 0.51 0.47 0.55 0.44 0.39 0.36 0.34 0.38 0.47 0.47 0.57 0.58 1.10 0.39 0.59
P 0.29 0.23 0.25 0.23 0.32 0.43 0.36 0.48 0.33 0.27 0.24 0.24 0.31 0.37 0.38 0.50 0.51 1.04 0.30 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.19 0.02 0.00 0.07 0.06 0.17 0.08
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.14 0.01 0.08 0.14 0.14 0.46 0.19
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.10 0.08 0.02 0.08 0.14 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.13 0.14 0.07
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.24 0.00 0.25 0.02 0.22 0.14 0.18 0.07 0.01 0.01 0.26 0.02 0.23 0.37 0.18 0.20
C4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.00 0.03 0.31 0.18 0.89 0.43
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.05 0.04 0.09 0.18 0.01 0.10 0.00 0.02 0.15 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.25 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.00 0.05 0.39 0.20 0.96 0.50
C5' 0.04 0.05 0.10 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.14 0.05 0.07 0.09 0.08 0.13 0.14 0.01 0.01 0.22 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.12 0.01 0.07 0.34 0.16 0.74 0.40
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.07 0.01 0.02 0.19 0.10 0.46 0.22
N3 0.03 0.00 0.08 0.18 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.09 0.01 0.06 0.22 0.17 0.67 0.30
O2 0.05 0.00 0.14 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.27 0.01 0.14 0.08 0.18 0.29 0.10
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.21 0.18 0.23 0.08 0.20 0.13 0.16 0.06 0.00 0.03 0.23 0.13 0.16 0.24 0.15 0.13
O3' 0.19 0.14 0.02 0.01 0.11 0.01 0.16 0.13 0.12 0.07 0.09 0.27 0.03 0.00 0.14 0.12 0.28 0.56 0.23 0.30
O4 0.02 0.01 0.05 0.26 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.14 0.00 0.03 0.34 0.21 1.00 0.48
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.14 0.13 0.12 0.03 0.00 0.06 0.09 0.06 0.07
O5' 0.07 0.14 0.08 0.23 0.31 0.02 0.39 0.01 0.34 0.19 0.22 0.08 0.16 0.28 0.34 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.14 0.13 0.37 0.18 0.15 0.20 0.22 0.16 0.10 0.17 0.18 0.24 0.56 0.21 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.46 0.14 0.18 0.89 0.14 0.96 0.16 0.74 0.46 0.67 0.29 0.15 0.23 1.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.19 0.07 0.20 0.43 0.02 0.50 0.01 0.40 0.22 0.30 0.10 0.13 0.30 0.48 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00