ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50666

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.005, 0.035, 0.066, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.119, 0.287, 0.454, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.287 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.107, 0.279, 0.451, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.279 std_dev=0.172
O2' A 0, 0.151, 0.341, 0.532, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.341 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.180, 0.437, 0.693, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.437 std_dev=0.256
C3' A 0, 0.196, 0.466, 0.736, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.466 std_dev=0.270
N1 B 0, 0.408, 0.707, 1.006, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.707 std_dev=0.299
C4 B 0, 0.442, 0.781, 1.121, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.781 std_dev=0.340
C1' B 0, 0.494, 0.838, 1.183, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.838 std_dev=0.345
C2 B 0, 0.469, 0.819, 1.168, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.819 std_dev=0.350
N3 B 0, 0.505, 0.867, 1.230, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.867 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.351, 0.718, 1.084, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.718 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.314, 0.698, 1.081, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.698 std_dev=0.384
O3' A 0, 0.272, 0.661, 1.049, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.661 std_dev=0.389
O4 B 0, 0.516, 0.907, 1.298, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.907 std_dev=0.391
O5' A 0, 0.517, 0.928, 1.339, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.928 std_dev=0.411
C2' B 0, 0.638, 1.055, 1.472, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.055 std_dev=0.417
O2 B 0, 0.572, 0.994, 1.415, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.994 std_dev=0.422
C5' A 0, 0.334, 0.761, 1.188, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.761 std_dev=0.427
C3' B 0, 0.466, 0.919, 1.371, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.919 std_dev=0.453
O4' B 0, 0.329, 0.862, 1.396, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.862 std_dev=0.533
P A 0, 0.484, 1.074, 1.665, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.074 std_dev=0.590
OP2 A 0, 0.610, 1.218, 1.827, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.218 std_dev=0.609
O3' B 0, 0.575, 1.203, 1.832, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.203 std_dev=0.628
C4' B 0, 0.324, 0.990, 1.656, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.990 std_dev=0.666
OP1 A 0, 0.689, 1.472, 2.255, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.472 std_dev=0.783
O2' B 0, 0.709, 1.498, 2.286, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.498 std_dev=0.788
C5' B 0, 0.267, 1.213, 2.160, 3.575 max_d=3.575 avg_d=1.213 std_dev=0.946
O5' B 0, 0.201, 1.639, 3.077, 5.299 max_d=5.299 avg_d=1.639 std_dev=1.438
P B 0, 0.468, 2.668, 4.868, 8.299 max_d=8.299 avg_d=2.668 std_dev=2.200
OP1 B 0, 0.433, 2.932, 5.431, 9.112 max_d=9.112 avg_d=2.932 std_dev=2.499
OP2 B 0, 0.564, 3.217, 5.870, 10.061 max_d=10.061 avg_d=3.217 std_dev=2.653

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.12 0.26 0.13
C2 0.02 0.00 0.21 0.25 0.01 0.08 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.32 0.06 0.32 0.31 0.43 0.32
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.02 0.10 0.10 0.16 0.21 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.22 0.15 0.14
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.14 0.00 0.11 0.03 0.16 0.14 0.22 0.23 0.15 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.27 0.28 0.10 0.18
C4 0.01 0.01 0.10 0.14 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.16 0.03 0.33 0.29 0.38 0.31
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.11 0.23 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.03 0.42 0.39 0.46 0.40
C5' 0.03 0.10 0.02 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.12 0.08 0.16 0.17 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01
C6 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.20 0.04 0.44 0.42 0.50 0.42
C8 0.02 0.03 0.10 0.14 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.15 0.05 0.42 0.34 0.35 0.35
N1 0.01 0.00 0.16 0.22 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.28 0.05 0.39 0.38 0.48 0.39
N3 0.02 0.00 0.21 0.23 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.27 0.06 0.28 0.25 0.38 0.27
N6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.20 0.03 0.48 0.49 0.56 0.48
N7 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.48 0.43 0.46 0.43
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.29 0.24 0.31 0.25
O2' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.13 0.16 0.06 0.06 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.18 0.18 0.08
O3' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.16 0.01 0.14 0.04 0.20 0.15 0.28 0.27 0.20 0.12 0.05 0.05 0.00 0.01 0.25 0.35 0.14 0.21
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.06 0.33 0.14
O5' 0.13 0.32 0.20 0.27 0.33 0.02 0.42 0.01 0.44 0.42 0.39 0.28 0.48 0.48 0.29 0.07 0.25 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.31 0.22 0.28 0.29 0.11 0.39 0.11 0.42 0.34 0.38 0.25 0.49 0.43 0.24 0.18 0.35 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.43 0.15 0.10 0.38 0.23 0.46 0.24 0.50 0.35 0.48 0.38 0.56 0.46 0.31 0.18 0.14 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.32 0.14 0.18 0.31 0.04 0.40 0.01 0.42 0.35 0.39 0.27 0.48 0.43 0.25 0.08 0.21 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.20 0.42 0.29 0.26 0.36 0.28 0.43 0.24 0.21 0.20 0.25 0.41 0.39 0.30 0.47 0.54 1.15 0.62 0.64
C2 0.20 0.20 0.36 0.29 0.24 0.27 0.28 0.33 0.24 0.20 0.19 0.30 0.27 0.30 0.28 0.38 0.54 0.84 0.70 0.51
C2' 0.36 0.33 0.63 0.50 0.39 0.47 0.40 0.55 0.37 0.35 0.35 0.32 0.66 0.57 0.43 0.50 0.53 1.24 0.61 0.69
C3' 0.45 0.43 0.67 0.56 0.46 0.53 0.46 0.60 0.44 0.43 0.44 0.42 0.70 0.59 0.49 0.54 0.54 1.21 0.61 0.67
C4 0.21 0.18 0.37 0.29 0.25 0.29 0.28 0.36 0.24 0.19 0.18 0.25 0.29 0.32 0.30 0.40 0.55 0.92 0.70 0.54
C4' 0.30 0.26 0.51 0.38 0.32 0.41 0.33 0.48 0.30 0.27 0.27 0.27 0.52 0.44 0.36 0.47 0.52 1.19 0.61 0.64
C5 0.19 0.17 0.32 0.30 0.24 0.24 0.28 0.32 0.23 0.18 0.17 0.24 0.21 0.27 0.30 0.34 0.59 0.77 0.84 0.54
C5' 0.29 0.27 0.49 0.36 0.34 0.38 0.34 0.46 0.30 0.27 0.29 0.27 0.47 0.40 0.40 0.44 0.48 1.09 0.58 0.56
C6 0.18 0.17 0.28 0.30 0.24 0.20 0.28 0.29 0.23 0.17 0.16 0.24 0.17 0.24 0.29 0.30 0.63 0.66 0.95 0.57
C8 0.20 0.18 0.35 0.29 0.25 0.28 0.28 0.36 0.23 0.19 0.17 0.23 0.27 0.31 0.30 0.39 0.57 0.90 0.76 0.56
N1 0.18 0.18 0.30 0.30 0.24 0.21 0.28 0.29 0.24 0.18 0.18 0.27 0.18 0.25 0.28 0.31 0.60 0.68 0.87 0.53
N3 0.21 0.19 0.40 0.29 0.25 0.31 0.28 0.37 0.24 0.20 0.19 0.28 0.34 0.35 0.29 0.42 0.52 0.97 0.63 0.54
N6 0.17 0.17 0.23 0.32 0.21 0.18 0.27 0.27 0.22 0.17 0.15 0.22 0.18 0.22 0.27 0.25 0.70 0.58 1.13 0.67
N7 0.19 0.17 0.31 0.30 0.24 0.24 0.27 0.32 0.23 0.18 0.16 0.22 0.21 0.27 0.29 0.34 0.60 0.78 0.87 0.56
N9 0.21 0.18 0.38 0.29 0.25 0.31 0.28 0.38 0.24 0.19 0.18 0.24 0.33 0.34 0.30 0.42 0.54 1.00 0.67 0.57
O2' 0.36 0.29 0.65 0.50 0.36 0.49 0.38 0.57 0.36 0.33 0.30 0.28 0.74 0.59 0.38 0.52 0.57 1.39 0.70 0.81
O3' 0.60 0.57 0.82 0.69 0.56 0.65 0.55 0.73 0.55 0.57 0.56 0.58 0.90 0.72 0.57 0.65 0.63 1.34 0.69 0.79
O4' 0.24 0.21 0.39 0.26 0.24 0.35 0.26 0.40 0.23 0.21 0.20 0.27 0.37 0.35 0.29 0.46 0.56 1.14 0.65 0.64
O5' 0.32 0.39 0.46 0.42 0.55 0.42 0.54 0.52 0.48 0.40 0.47 0.31 0.38 0.46 0.61 0.47 0.24 0.95 0.39 0.34
OP1 0.36 0.43 0.51 0.47 0.60 0.43 0.59 0.54 0.52 0.44 0.51 0.36 0.41 0.47 0.67 0.46 0.23 0.86 0.46 0.24
OP2 0.46 0.50 0.60 0.61 0.65 0.51 0.65 0.62 0.59 0.52 0.57 0.43 0.47 0.58 0.72 0.50 0.35 0.64 0.69 0.23
P 0.34 0.39 0.49 0.47 0.56 0.42 0.56 0.53 0.49 0.41 0.47 0.32 0.37 0.47 0.63 0.44 0.26 0.80 0.53 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.26 0.02 0.00 0.28 0.37 0.36 0.22
C2 0.03 0.00 0.18 0.17 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.18 0.01 0.12 0.51 0.48 0.75 0.47
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.16 0.13 0.03 0.15 0.29 0.01 0.03 0.09 0.02 0.28 0.45 0.19 0.25
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.30 0.00 0.32 0.03 0.28 0.17 0.24 0.14 0.01 0.00 0.32 0.02 0.35 0.54 0.12 0.29
C4 0.02 0.01 0.07 0.30 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.10 0.00 0.04 0.84 0.63 1.35 0.90
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.22 0.08 0.05 0.12 0.22 0.03 0.14 0.00 0.02 0.43 0.23 0.15
C5 0.02 0.01 0.09 0.32 0.01 0.22 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.18 0.01 0.13 0.94 0.76 1.48 1.04
C5' 0.06 0.13 0.16 0.03 0.24 0.01 0.31 0.00 0.27 0.13 0.17 0.16 0.08 0.15 0.26 0.01 0.01 0.32 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.22 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.14 0.01 0.16 0.85 0.62 1.20 0.87
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01 0.02 0.57 0.40 0.78 0.52
N3 0.02 0.00 0.15 0.24 0.00 0.05 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.01 0.08 0.66 0.51 1.03 0.66
O2 0.05 0.00 0.29 0.14 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.33 0.01 0.20 0.35 0.64 0.51 0.35
O2' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.25 0.22 0.36 0.08 0.35 0.15 0.12 0.23 0.00 0.05 0.26 0.14 0.10 0.25 0.13 0.05
O3' 0.26 0.18 0.03 0.00 0.10 0.03 0.18 0.15 0.14 0.08 0.10 0.33 0.05 0.00 0.15 0.18 0.24 0.58 0.09 0.25
O4 0.02 0.01 0.09 0.32 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.15 0.00 0.05 0.88 0.70 1.48 0.98
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.04 0.00 0.13 0.01 0.16 0.02 0.08 0.20 0.14 0.18 0.05 0.00 0.26 0.32 0.34 0.16
O5' 0.28 0.51 0.28 0.35 0.84 0.02 0.94 0.01 0.85 0.57 0.66 0.35 0.10 0.24 0.88 0.26 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.37 0.48 0.45 0.54 0.63 0.43 0.76 0.32 0.62 0.40 0.51 0.64 0.25 0.58 0.70 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.75 0.19 0.12 1.35 0.23 1.48 0.40 1.20 0.78 1.03 0.51 0.13 0.09 1.48 0.34 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.47 0.25 0.29 0.90 0.15 1.04 0.02 0.87 0.52 0.66 0.35 0.05 0.25 0.98 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00