ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50668

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.016, 0.032, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.027, 0.050, 0.072, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.050 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.031, 0.055, 0.079, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.055 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.027, 0.052, 0.078, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.052 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.024, 0.051, 0.077, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.051 std_dev=0.026
C6 B 0, 0.183, 0.397, 0.610, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.397 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.124, 0.361, 0.597, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.361 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.135, 0.405, 0.676, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.405 std_dev=0.271
O4 B 0, 0.177, 0.468, 0.759, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.468 std_dev=0.291
N1 B 0, 0.158, 0.460, 0.761, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.460 std_dev=0.302
C4' B 0, 0.358, 0.678, 0.998, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.678 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.181, 0.515, 0.849, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.515 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.169, 0.526, 0.882, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.526 std_dev=0.357
C2 B 0, 0.167, 0.541, 0.916, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.541 std_dev=0.374
C3' B 0, 0.534, 0.941, 1.348, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.941 std_dev=0.407
C1' B 0, 0.137, 0.568, 0.999, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.568 std_dev=0.431
O2 B 0, 0.172, 0.672, 1.173, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.672 std_dev=0.501
O3' B 0, 0.730, 1.309, 1.888, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.309 std_dev=0.579
C5' B 0, 0.577, 1.160, 1.743, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.160 std_dev=0.583
C2' B 0, 0.381, 0.976, 1.571, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.976 std_dev=0.595
O4' A 0, -0.110, 0.519, 1.148, 2.124 max_d=2.124 avg_d=0.519 std_dev=0.629
C2' A 0, -0.043, 0.600, 1.243, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.600 std_dev=0.643
O2' A 0, 0.268, 1.011, 1.755, 2.746 max_d=2.746 avg_d=1.011 std_dev=0.744
O5' B 0, 1.049, 1.833, 2.617, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.833 std_dev=0.784
C4' A 0, 0.061, 0.854, 1.647, 2.837 max_d=2.837 avg_d=0.854 std_dev=0.793
C3' A 0, 0.085, 1.022, 1.960, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.022 std_dev=0.938
O2' B 0, 0.303, 1.271, 2.240, 3.425 max_d=3.425 avg_d=1.271 std_dev=0.969
P B 0, 0.958, 1.941, 2.925, 3.898 max_d=3.898 avg_d=1.941 std_dev=0.984
OP1 B 0, 0.639, 1.652, 2.666, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.652 std_dev=1.013
OP2 B 0, 0.966, 2.027, 3.088, 4.040 max_d=4.040 avg_d=2.027 std_dev=1.061
O3' A 0, 0.164, 1.471, 2.778, 4.666 max_d=4.666 avg_d=1.471 std_dev=1.307
C5' A 0, 0.103, 1.562, 3.021, 5.215 max_d=5.215 avg_d=1.562 std_dev=1.459
O5' A 0, 0.288, 1.987, 3.686, 6.227 max_d=6.227 avg_d=1.987 std_dev=1.699
OP2 A 0, 0.800, 2.667, 4.534, 7.053 max_d=7.053 avg_d=2.667 std_dev=1.867
P A 0, -0.477, 1.936, 4.348, 8.216 max_d=8.216 avg_d=1.936 std_dev=2.413
OP1 A 0, 0.483, 3.195, 5.907, 9.920 max_d=9.920 avg_d=3.195 std_dev=2.712

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.34 0.27 0.18
C2 0.02 0.00 0.37 0.24 0.02 0.15 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.39 0.36 0.32 0.39 0.50 0.34 0.46
C2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.20 0.00 0.10 0.02 0.17 0.18 0.29 0.37 0.12 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.25 0.24 0.21
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.12 0.01 0.09 0.03 0.13 0.17 0.20 0.22 0.11 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.32 0.36 0.30 0.30
C4 0.02 0.02 0.20 0.12 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.17 0.17 0.16 0.32 0.27 0.19
C4' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.12 0.13 0.14 0.09 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.14 0.20 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.08 0.26 0.40 0.44 0.30
C5' 0.03 0.33 0.02 0.03 0.19 0.01 0.17 0.00 0.23 0.20 0.30 0.30 0.22 0.18 0.09 0.03 0.04 0.02 0.01 0.13 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.13 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.19 0.19 0.15 0.23 0.36 0.38 0.26
C8 0.02 0.02 0.18 0.17 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.20 0.19 0.58 0.70 0.71 0.66
N1 0.02 0.00 0.29 0.20 0.02 0.13 0.02 0.30 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.31 0.31 0.25 0.30 0.40 0.31 0.35
N3 0.02 0.01 0.37 0.22 0.00 0.14 0.01 0.30 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.38 0.33 0.32 0.35 0.46 0.30 0.40
N6 0.02 0.02 0.12 0.11 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.15 0.16 0.10 0.28 0.44 0.51 0.34
N7 0.02 0.02 0.09 0.12 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.15 0.11 0.52 0.68 0.74 0.62
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.22 0.39 0.36 0.28
O2' 0.03 0.39 0.01 0.02 0.19 0.04 0.11 0.03 0.19 0.15 0.31 0.38 0.15 0.08 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.20 0.18 0.08
O3' 0.02 0.36 0.02 0.01 0.17 0.02 0.13 0.04 0.19 0.20 0.31 0.33 0.16 0.15 0.06 0.04 0.00 0.02 0.34 0.46 0.42 0.35
O4' 0.00 0.32 0.01 0.01 0.17 0.00 0.08 0.02 0.15 0.19 0.25 0.32 0.10 0.11 0.01 0.06 0.02 0.00 0.15 0.40 0.33 0.22
O5' 0.10 0.39 0.20 0.32 0.16 0.02 0.26 0.01 0.23 0.58 0.30 0.35 0.28 0.52 0.22 0.07 0.34 0.15 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.34 0.50 0.25 0.36 0.32 0.14 0.40 0.13 0.36 0.70 0.40 0.46 0.44 0.68 0.39 0.20 0.46 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.34 0.24 0.30 0.27 0.20 0.44 0.29 0.38 0.71 0.31 0.30 0.51 0.74 0.36 0.18 0.42 0.33 0.04 0.01 0.00 0.02
P 0.18 0.46 0.21 0.30 0.19 0.06 0.30 0.02 0.26 0.66 0.35 0.40 0.34 0.62 0.28 0.08 0.35 0.22 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.14 0.19 0.19 0.10 0.20 0.09 0.23 0.08 0.13 0.09 0.23 0.21 0.23 0.19 0.34 0.20 0.27 0.29 0.30
C2 0.18 0.12 0.22 0.19 0.12 0.19 0.09 0.24 0.08 0.12 0.08 0.21 0.16 0.23 0.21 0.31 0.19 0.21 0.27 0.24
C2' 0.31 0.29 0.52 0.48 0.29 0.27 0.29 0.21 0.29 0.29 0.29 0.31 0.34 0.49 0.33 0.20 0.26 0.34 0.33 0.32
C3' 0.14 0.10 0.21 0.20 0.18 0.13 0.14 0.14 0.08 0.09 0.13 0.15 0.17 0.22 0.26 0.20 0.13 0.23 0.22 0.22
C4 0.19 0.14 0.16 0.18 0.10 0.16 0.08 0.20 0.07 0.12 0.08 0.23 0.19 0.22 0.19 0.29 0.20 0.27 0.26 0.28
C4' 0.50 0.34 0.32 0.35 0.19 0.51 0.22 0.51 0.30 0.37 0.23 0.43 0.62 0.44 0.21 0.61 0.43 0.41 0.37 0.43
C5 0.18 0.15 0.11 0.18 0.09 0.12 0.08 0.17 0.06 0.12 0.09 0.23 0.24 0.20 0.18 0.24 0.22 0.33 0.24 0.31
C5' 0.85 0.63 0.73 0.73 0.39 0.85 0.47 0.82 0.60 0.68 0.47 0.71 1.10 0.85 0.30 0.92 0.73 0.68 0.60 0.67
C6 0.16 0.15 0.10 0.18 0.09 0.11 0.09 0.16 0.07 0.11 0.09 0.22 0.24 0.20 0.18 0.21 0.21 0.32 0.25 0.29
C8 0.19 0.15 0.11 0.17 0.08 0.12 0.08 0.17 0.06 0.12 0.09 0.23 0.25 0.20 0.16 0.25 0.22 0.35 0.25 0.34
N1 0.16 0.14 0.15 0.18 0.12 0.14 0.10 0.20 0.07 0.11 0.08 0.22 0.18 0.21 0.21 0.25 0.19 0.25 0.27 0.25
N3 0.20 0.13 0.22 0.19 0.11 0.20 0.08 0.24 0.08 0.12 0.08 0.21 0.17 0.23 0.20 0.33 0.19 0.21 0.27 0.25
N6 0.14 0.15 0.08 0.17 0.08 0.07 0.10 0.13 0.08 0.11 0.12 0.21 0.30 0.19 0.15 0.14 0.24 0.39 0.26 0.32
N7 0.18 0.15 0.08 0.18 0.08 0.10 0.09 0.16 0.07 0.12 0.10 0.23 0.28 0.20 0.16 0.22 0.24 0.39 0.24 0.35
N9 0.20 0.14 0.15 0.18 0.09 0.16 0.08 0.19 0.07 0.12 0.08 0.23 0.21 0.21 0.18 0.29 0.20 0.29 0.26 0.30
O2' 0.44 0.39 0.71 0.63 0.36 0.39 0.37 0.31 0.40 0.41 0.36 0.42 0.58 0.67 0.36 0.29 0.34 0.39 0.43 0.39
O3' 0.24 0.25 0.37 0.33 0.28 0.22 0.25 0.19 0.22 0.23 0.27 0.28 0.20 0.32 0.33 0.21 0.20 0.28 0.27 0.27
O4' 0.62 0.49 0.40 0.42 0.27 0.62 0.30 0.62 0.40 0.50 0.35 0.60 0.70 0.47 0.22 0.75 0.53 0.50 0.45 0.52
O5' 1.06 0.74 0.98 0.98 0.39 1.07 0.49 1.00 0.68 0.82 0.50 0.88 1.41 1.15 0.31 1.11 0.89 0.83 0.66 0.78
OP1 1.37 0.94 1.38 1.41 0.50 1.44 0.63 1.33 0.88 1.05 0.63 1.10 1.87 1.65 0.41 1.41 1.12 1.05 0.82 0.96
OP2 1.10 0.72 1.18 1.13 0.40 1.10 0.51 1.00 0.69 0.83 0.46 0.85 1.68 1.36 0.45 1.07 0.86 0.85 0.66 0.76
P 1.33 0.92 1.34 1.33 0.47 1.36 0.62 1.25 0.86 1.03 0.61 1.07 1.84 1.54 0.35 1.34 1.09 1.03 0.82 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.14 0.13 0.27 0.15
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01 0.11 0.17 0.15 0.24 0.16
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.05 0.04 0.14 0.10 0.17 0.02 0.10 0.28 0.00 0.03 0.05 0.01 0.30 0.29 0.40 0.29
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.25 0.01 0.29 0.02 0.27 0.15 0.21 0.17 0.05 0.01 0.27 0.01 0.20 0.23 0.38 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.11 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.01 0.05 0.22 0.22 0.39 0.17
C4' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.05 0.08 0.19 0.06 0.11 0.01 0.02 0.14 0.33 0.05
C5 0.02 0.01 0.14 0.29 0.01 0.16 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.34 0.01 0.13 0.24 0.23 0.44 0.17
C5' 0.07 0.11 0.10 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07 0.09 0.16 0.12 0.11 0.07 0.02 0.01 0.15 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.27 0.01 0.15 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.30 0.01 0.16 0.20 0.18 0.33 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.13 0.02 0.02 0.16 0.15 0.25 0.15
N3 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.20 0.01 0.07 0.19 0.18 0.29 0.16
O2 0.04 0.01 0.28 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.26 0.22 0.01 0.21 0.17 0.15 0.24 0.17
O2' 0.03 0.14 0.00 0.05 0.17 0.19 0.22 0.12 0.21 0.10 0.13 0.26 0.00 0.05 0.18 0.12 0.19 0.25 0.38 0.18
O3' 0.03 0.16 0.03 0.01 0.27 0.06 0.34 0.11 0.30 0.13 0.20 0.22 0.05 0.00 0.30 0.03 0.23 0.37 0.52 0.22
O4 0.02 0.01 0.05 0.27 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.30 0.00 0.05 0.23 0.25 0.45 0.18
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.07 0.21 0.12 0.03 0.05 0.00 0.16 0.12 0.31 0.14
O5' 0.14 0.17 0.30 0.20 0.22 0.02 0.24 0.01 0.20 0.16 0.19 0.17 0.19 0.23 0.23 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.15 0.29 0.23 0.22 0.14 0.23 0.15 0.18 0.15 0.18 0.15 0.25 0.37 0.25 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.27 0.24 0.40 0.38 0.39 0.33 0.44 0.30 0.33 0.25 0.29 0.24 0.38 0.52 0.45 0.31 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.16 0.29 0.16 0.17 0.05 0.17 0.02 0.15 0.15 0.16 0.17 0.18 0.22 0.18 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00