ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50669

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.047, 0.101, 0.155, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.101 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.052, 0.106, 0.161, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.106 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.034, 0.105, 0.176, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.105 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.089, 0.189, 0.289, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.189 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.083, 0.186, 0.288, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.186 std_dev=0.102
C6 B 0, 0.118, 0.253, 0.388, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.253 std_dev=0.135
O3' A 0, 0.143, 0.306, 0.469, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.306 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.136, 0.303, 0.470, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.303 std_dev=0.167
C5 B 0, 0.074, 0.246, 0.417, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.246 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.162, 0.351, 0.540, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.351 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.068, 0.272, 0.477, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.272 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.141, 0.365, 0.589, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.365 std_dev=0.224
O4' B 0, 0.186, 0.435, 0.684, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.435 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.095, 0.362, 0.629, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.362 std_dev=0.267
O4 B 0, 0.043, 0.321, 0.598, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.321 std_dev=0.278
C3' B 0, 0.335, 0.623, 0.911, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.623 std_dev=0.288
C4' B 0, 0.166, 0.459, 0.753, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.459 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.165, 0.464, 0.763, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.464 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.121, 0.437, 0.754, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.437 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.273, 0.641, 1.009, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.641 std_dev=0.368
O3' B 0, 0.464, 0.870, 1.276, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.870 std_dev=0.406
P A 0, 0.206, 0.635, 1.064, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.635 std_dev=0.429
C5' B 0, 0.217, 0.653, 1.089, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.653 std_dev=0.436
O2 B 0, 0.171, 0.612, 1.054, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.612 std_dev=0.442
OP2 A 0, 0.283, 0.735, 1.187, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.735 std_dev=0.452
O2' B 0, 0.326, 0.813, 1.300, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.813 std_dev=0.487
P B 0, 0.488, 1.167, 1.846, 1.848 max_d=1.848 avg_d=1.167 std_dev=0.679
OP2 B 0, 0.435, 1.141, 1.847, 1.897 max_d=1.897 avg_d=1.141 std_dev=0.706
OP1 B 0, 0.396, 1.125, 1.854, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.125 std_dev=0.729
O5' B 0, 0.617, 1.390, 2.163, 2.125 max_d=2.125 avg_d=1.390 std_dev=0.773
OP1 A 0, 0.163, 1.444, 2.724, 3.433 max_d=3.433 avg_d=1.444 std_dev=1.280

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.43 0.19 0.15
C2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.15 0.49 0.34 0.26
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.21 0.16 0.10
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.23 0.12 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.14 0.52 0.33 0.26
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.17 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.17 0.57 0.39 0.31
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.11 0.09 0.06 0.13 0.13 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.18 0.56 0.41 0.32
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.15 0.61 0.35 0.30
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.17 0.52 0.39 0.30
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.13 0.47 0.30 0.23
N6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.19 0.57 0.45 0.35
N7 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.18 0.62 0.41 0.34
N9 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.52 0.28 0.23
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.19 0.11 0.06
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.04 0.11 0.10 0.05 0.04 0.00 0.01 0.03 0.46 0.19 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.50 0.16 0.15
O5' 0.06 0.15 0.06 0.04 0.14 0.01 0.17 0.01 0.18 0.15 0.17 0.13 0.19 0.18 0.12 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.43 0.49 0.21 0.23 0.52 0.17 0.57 0.08 0.56 0.61 0.52 0.47 0.57 0.62 0.52 0.19 0.46 0.50 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.34 0.16 0.12 0.33 0.05 0.39 0.17 0.41 0.35 0.39 0.30 0.45 0.41 0.28 0.11 0.19 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.26 0.10 0.09 0.26 0.03 0.31 0.01 0.32 0.30 0.30 0.23 0.35 0.34 0.23 0.06 0.15 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.17 0.20 0.25 0.14 0.17 0.13 0.15 0.11 0.16 0.12 0.26 0.23 0.39 0.21 0.22 0.69 0.50 0.25 0.38
C2 0.22 0.16 0.17 0.20 0.17 0.15 0.14 0.13 0.11 0.15 0.12 0.26 0.19 0.30 0.24 0.22 0.70 0.45 0.18 0.34
C2' 0.21 0.12 0.21 0.26 0.17 0.17 0.14 0.15 0.10 0.13 0.11 0.19 0.24 0.41 0.25 0.22 0.64 0.41 0.18 0.31
C3' 0.18 0.10 0.21 0.25 0.18 0.15 0.15 0.13 0.09 0.10 0.10 0.17 0.24 0.40 0.27 0.20 0.66 0.40 0.20 0.32
C4 0.23 0.18 0.18 0.21 0.15 0.16 0.14 0.13 0.12 0.16 0.13 0.28 0.20 0.31 0.22 0.21 0.76 0.52 0.27 0.43
C4' 0.22 0.15 0.20 0.24 0.15 0.17 0.14 0.15 0.10 0.14 0.11 0.23 0.23 0.38 0.22 0.21 0.70 0.49 0.26 0.39
C5 0.23 0.20 0.18 0.18 0.15 0.16 0.15 0.14 0.13 0.17 0.15 0.30 0.19 0.26 0.22 0.21 0.86 0.59 0.37 0.53
C5' 0.22 0.16 0.23 0.27 0.14 0.19 0.13 0.18 0.10 0.14 0.11 0.24 0.25 0.40 0.20 0.21 0.73 0.51 0.33 0.43
C6 0.22 0.21 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.14 0.17 0.16 0.30 0.17 0.23 0.23 0.20 0.89 0.60 0.37 0.54
C8 0.23 0.20 0.19 0.20 0.15 0.16 0.15 0.14 0.13 0.17 0.15 0.29 0.21 0.30 0.20 0.21 0.84 0.60 0.39 0.53
N1 0.22 0.19 0.16 0.17 0.17 0.15 0.15 0.15 0.13 0.16 0.13 0.29 0.17 0.23 0.25 0.21 0.81 0.52 0.26 0.45
N3 0.22 0.16 0.18 0.22 0.16 0.16 0.13 0.14 0.11 0.15 0.11 0.25 0.21 0.34 0.23 0.22 0.68 0.45 0.19 0.34
N6 0.21 0.22 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.19 0.15 0.18 0.19 0.29 0.16 0.21 0.22 0.20 0.98 0.66 0.48 0.65
N7 0.23 0.21 0.18 0.19 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.18 0.16 0.30 0.19 0.27 0.20 0.20 0.90 0.64 0.44 0.59
N9 0.23 0.18 0.19 0.22 0.15 0.16 0.14 0.14 0.12 0.16 0.13 0.28 0.21 0.33 0.21 0.21 0.76 0.54 0.30 0.45
O2' 0.27 0.16 0.24 0.29 0.15 0.22 0.13 0.20 0.13 0.17 0.13 0.23 0.27 0.44 0.22 0.28 0.62 0.41 0.18 0.29
O3' 0.16 0.06 0.22 0.26 0.21 0.15 0.17 0.12 0.10 0.08 0.13 0.12 0.26 0.41 0.31 0.19 0.61 0.34 0.14 0.26
O4' 0.24 0.19 0.20 0.24 0.14 0.17 0.13 0.15 0.12 0.17 0.13 0.28 0.23 0.38 0.20 0.22 0.73 0.54 0.30 0.43
O5' 0.26 0.21 0.30 0.33 0.15 0.25 0.15 0.24 0.14 0.19 0.15 0.29 0.32 0.44 0.20 0.23 0.77 0.53 0.39 0.47
OP1 0.52 0.50 0.69 0.81 0.48 0.65 0.49 0.68 0.48 0.49 0.48 0.52 0.65 0.97 0.50 0.51 0.74 0.56 0.57 0.53
OP2 0.50 0.51 0.34 0.32 0.60 0.44 0.61 0.49 0.57 0.52 0.54 0.50 0.32 0.22 0.65 0.54 1.22 0.98 0.83 0.96
P 0.31 0.29 0.40 0.46 0.24 0.35 0.25 0.35 0.24 0.26 0.25 0.35 0.40 0.57 0.27 0.28 0.72 0.48 0.41 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.26 0.07 0.52 0.18
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.03 0.61 0.29 0.18 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.06 0.14 0.00 0.01 0.06 0.01 0.31 0.31 0.30 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.17 0.09 0.13 0.15 0.01 0.00 0.17 0.01 0.39 0.52 0.16 0.20
C4 0.02 0.00 0.05 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.02 0.92 0.55 0.36 0.55
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.12 0.06 0.07 0.06 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.16 0.54 0.18
C5 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.21 0.00 0.01 0.97 0.56 0.34 0.58
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.17 0.10 0.12 0.07 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.31 0.46 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.19 0.01 0.01 0.83 0.40 0.18 0.36
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.60 0.25 0.27 0.13
N3 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.00 0.03 0.78 0.42 0.20 0.37
O2 0.03 0.00 0.14 0.15 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.18 0.00 0.04 0.47 0.20 0.24 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.15 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.17 0.44 0.18
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.17 0.01 0.21 0.01 0.19 0.08 0.14 0.18 0.04 0.00 0.20 0.01 0.26 0.64 0.08 0.24
O4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.20 0.00 0.02 0.99 0.63 0.51 0.65
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.76 0.36
O5' 0.26 0.61 0.31 0.39 0.92 0.00 0.97 0.01 0.83 0.60 0.78 0.47 0.09 0.26 0.99 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.29 0.31 0.52 0.55 0.16 0.56 0.31 0.40 0.25 0.42 0.20 0.17 0.64 0.63 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 0.18 0.30 0.16 0.36 0.54 0.34 0.46 0.18 0.27 0.20 0.24 0.44 0.08 0.51 0.76 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.18 0.06 0.20 0.55 0.18 0.58 0.01 0.36 0.13 0.37 0.07 0.18 0.24 0.65 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00