ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.020, 0.128, 0.236, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.128 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.067, 0.188, 0.308, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.188 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.034, 0.203, 0.372, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.203 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.043, 0.221, 0.398, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.221 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.095, 0.280, 0.465, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.280 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.129, 0.360, 0.591, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.360 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.150, 0.414, 0.679, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.414 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.169, 0.441, 0.714, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.441 std_dev=0.273
O3' A 0, 0.136, 0.423, 0.710, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.423 std_dev=0.287
O5' B 0, 0.170, 0.465, 0.759, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.465 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.111, 0.408, 0.706, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.408 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.147, 0.447, 0.747, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.447 std_dev=0.300
C4 B 0, 0.148, 0.465, 0.782, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.465 std_dev=0.317
O5' A 0, 0.218, 0.545, 0.872, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.545 std_dev=0.327
C2 B 0, 0.116, 0.454, 0.792, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.454 std_dev=0.338
O4' B 0, 0.137, 0.536, 0.934, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.536 std_dev=0.399
O4 B 0, 0.125, 0.534, 0.942, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.534 std_dev=0.409
C5' B 0, 0.131, 0.541, 0.950, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.541 std_dev=0.410
C1' B 0, 0.127, 0.563, 0.998, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.563 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.146, 0.597, 1.047, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.597 std_dev=0.450
O2 B 0, 0.079, 0.550, 1.021, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.550 std_dev=0.471
P B 0, 0.297, 0.771, 1.245, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.771 std_dev=0.474
C3' B 0, 0.150, 0.631, 1.112, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.631 std_dev=0.481
OP2 B 0, 0.393, 0.939, 1.486, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.939 std_dev=0.546
OP1 B 0, 0.327, 0.925, 1.523, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.925 std_dev=0.598
C2' B 0, 0.156, 0.770, 1.384, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.770 std_dev=0.614
O3' B 0, 0.188, 0.838, 1.489, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.838 std_dev=0.651
P A 0, 0.376, 1.074, 1.771, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.074 std_dev=0.698
OP2 A 0, 0.488, 1.237, 1.986, 1.865 max_d=1.865 avg_d=1.237 std_dev=0.749
O2' B 0, 0.225, 1.106, 1.987, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.106 std_dev=0.881
OP1 A 0, 0.406, 1.411, 2.415, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.411 std_dev=1.005

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.16 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.17 0.16 0.37 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.14 0.06
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.17 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.16 0.15 0.33 0.17
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.19 0.22 0.40 0.22
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.10 0.07 0.04 0.11 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.20 0.24 0.43 0.24
C8 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.04 0.17 0.19 0.31 0.20
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.19 0.21 0.42 0.21
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.04 0.15 0.12 0.31 0.14
N6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.21 0.29 0.47 0.27
N7 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.19 0.25 0.40 0.24
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.14 0.12 0.26 0.14
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.08 0.10 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.24 0.18 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.10 0.09 0.09
O5' 0.08 0.17 0.06 0.03 0.16 0.01 0.19 0.01 0.20 0.17 0.19 0.15 0.21 0.19 0.14 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.16 0.12 0.17 0.15 0.05 0.22 0.06 0.24 0.19 0.21 0.12 0.29 0.25 0.12 0.08 0.24 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.37 0.14 0.13 0.33 0.03 0.40 0.01 0.43 0.31 0.42 0.31 0.47 0.40 0.26 0.10 0.18 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.06 0.07 0.17 0.02 0.22 0.02 0.24 0.20 0.21 0.14 0.27 0.24 0.14 0.03 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.15 0.24 0.19 0.14 0.20 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11 0.24 0.36 0.24 0.21 0.19 0.04 0.09 0.21 0.09
C2 0.22 0.17 0.23 0.17 0.16 0.18 0.12 0.09 0.10 0.15 0.12 0.29 0.33 0.20 0.25 0.19 0.06 0.10 0.21 0.10
C2' 0.26 0.19 0.29 0.26 0.13 0.27 0.12 0.19 0.15 0.19 0.13 0.25 0.40 0.31 0.16 0.25 0.05 0.03 0.14 0.04
C3' 0.27 0.20 0.30 0.26 0.12 0.27 0.13 0.19 0.16 0.20 0.14 0.26 0.40 0.31 0.14 0.26 0.04 0.03 0.15 0.03
C4 0.22 0.18 0.25 0.19 0.12 0.19 0.10 0.09 0.10 0.16 0.12 0.27 0.36 0.23 0.20 0.19 0.06 0.11 0.22 0.11
C4' 0.22 0.16 0.23 0.19 0.13 0.21 0.11 0.13 0.10 0.14 0.12 0.23 0.35 0.23 0.19 0.20 0.04 0.09 0.21 0.09
C5 0.22 0.20 0.26 0.19 0.09 0.17 0.08 0.08 0.11 0.17 0.13 0.28 0.35 0.23 0.14 0.18 0.10 0.15 0.25 0.14
C5' 0.23 0.19 0.24 0.19 0.12 0.22 0.11 0.12 0.11 0.17 0.14 0.26 0.36 0.23 0.17 0.22 0.04 0.09 0.21 0.09
C6 0.22 0.21 0.25 0.18 0.08 0.16 0.08 0.07 0.11 0.17 0.15 0.28 0.33 0.21 0.11 0.16 0.12 0.17 0.26 0.16
C8 0.23 0.19 0.27 0.21 0.09 0.19 0.08 0.09 0.11 0.17 0.13 0.27 0.37 0.25 0.14 0.18 0.08 0.14 0.24 0.13
N1 0.22 0.20 0.24 0.17 0.10 0.16 0.09 0.07 0.10 0.17 0.12 0.29 0.31 0.19 0.19 0.17 0.10 0.14 0.24 0.13
N3 0.22 0.16 0.24 0.19 0.16 0.19 0.13 0.10 0.10 0.14 0.13 0.27 0.35 0.22 0.25 0.19 0.04 0.09 0.21 0.09
N6 0.21 0.22 0.25 0.19 0.12 0.14 0.10 0.08 0.13 0.18 0.20 0.27 0.31 0.21 0.07 0.15 0.16 0.21 0.29 0.20
N7 0.23 0.20 0.27 0.20 0.09 0.17 0.08 0.08 0.12 0.17 0.14 0.27 0.36 0.24 0.11 0.17 0.11 0.17 0.26 0.15
N9 0.22 0.17 0.26 0.20 0.12 0.20 0.10 0.10 0.10 0.15 0.12 0.26 0.37 0.24 0.18 0.19 0.06 0.11 0.22 0.11
O2' 0.27 0.18 0.30 0.27 0.13 0.29 0.12 0.22 0.14 0.18 0.13 0.24 0.41 0.33 0.17 0.27 0.08 0.07 0.10 0.05
O3' 0.30 0.21 0.33 0.30 0.14 0.32 0.15 0.24 0.19 0.23 0.15 0.27 0.44 0.36 0.14 0.30 0.09 0.08 0.12 0.07
O4' 0.19 0.14 0.21 0.16 0.14 0.17 0.11 0.09 0.07 0.11 0.11 0.23 0.34 0.20 0.22 0.17 0.07 0.14 0.25 0.13
O5' 0.33 0.29 0.33 0.28 0.20 0.30 0.19 0.21 0.22 0.27 0.24 0.36 0.43 0.30 0.19 0.31 0.14 0.14 0.22 0.14
OP1 0.33 0.29 0.27 0.22 0.23 0.28 0.23 0.20 0.23 0.27 0.25 0.36 0.39 0.22 0.25 0.33 0.14 0.17 0.28 0.17
OP2 0.54 0.51 0.51 0.47 0.45 0.50 0.46 0.43 0.47 0.50 0.48 0.55 0.58 0.47 0.44 0.53 0.37 0.34 0.37 0.36
P 0.29 0.27 0.27 0.22 0.23 0.25 0.23 0.18 0.22 0.25 0.24 0.33 0.36 0.23 0.25 0.28 0.18 0.22 0.33 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.03 0.15 0.14 0.16 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.12 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.06 0.11 0.02 0.00 0.07 0.02 0.05 0.06 0.08 0.02
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.22 0.25 0.27 0.23
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04
C5 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.03 0.22 0.25 0.25 0.22
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.10 0.04 0.05 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03
C6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.19 0.19 0.15 0.15
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.13 0.13 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.02 0.18 0.20 0.23 0.19
O2 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.15 0.01 0.05 0.12 0.11 0.14 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.13 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.08 0.05
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.03 0.09 0.15 0.03 0.00 0.10 0.01 0.09 0.06 0.11 0.03
O4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.02 0.23 0.29 0.32 0.26
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.11 0.08
O5' 0.06 0.15 0.01 0.05 0.22 0.02 0.22 0.02 0.19 0.13 0.18 0.12 0.04 0.09 0.23 0.05 0.00 0.02 0.06 0.01
OP1 0.05 0.14 0.05 0.06 0.25 0.01 0.25 0.01 0.19 0.13 0.20 0.11 0.03 0.06 0.29 0.05 0.02 0.00 0.05 0.03
OP2 0.07 0.16 0.05 0.08 0.27 0.08 0.25 0.07 0.15 0.12 0.23 0.14 0.08 0.11 0.32 0.11 0.06 0.05 0.00 0.02
P 0.04 0.14 0.02 0.02 0.23 0.04 0.22 0.03 0.15 0.10 0.19 0.11 0.05 0.03 0.26 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00