ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50671

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.006, 0.034, 0.061, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.040, 0.140, 0.241, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.140 std_dev=0.100
OP1 A 0, 0.044, 0.151, 0.259, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.151 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.039, 0.147, 0.254, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.147 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.043, 0.154, 0.265, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.154 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.062, 0.213, 0.364, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.213 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.063, 0.219, 0.374, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.219 std_dev=0.155
P A 0, 0.072, 0.247, 0.423, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.247 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.063, 0.241, 0.420, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.241 std_dev=0.178
O3' A 0, 0.085, 0.291, 0.498, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.291 std_dev=0.206
OP2 A 0, 0.098, 0.337, 0.575, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.337 std_dev=0.238
C5' A 0, 0.101, 0.353, 0.606, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.353 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.126, 0.447, 0.767, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.447 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.136, 0.465, 0.794, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.465 std_dev=0.329
O4 B 0, 0.141, 0.480, 0.820, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.480 std_dev=0.340
C2 B 0, 0.134, 0.488, 0.842, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.488 std_dev=0.354
N1 B 0, 0.149, 0.521, 0.893, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.521 std_dev=0.372
C5 B 0, 0.159, 0.544, 0.929, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.544 std_dev=0.385
C6 B 0, 0.164, 0.559, 0.954, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.559 std_dev=0.395
C2' B 0, 0.163, 0.571, 0.978, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.571 std_dev=0.407
O2 B 0, 0.143, 0.553, 0.962, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.553 std_dev=0.410
C1' B 0, 0.167, 0.585, 1.003, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.585 std_dev=0.418
OP2 B 0, 0.178, 0.607, 1.036, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.607 std_dev=0.429
O2' B 0, 0.172, 0.608, 1.044, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.608 std_dev=0.436
C3' B 0, 0.183, 0.634, 1.084, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.634 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.190, 0.659, 1.128, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.659 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.196, 0.671, 1.147, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.671 std_dev=0.475
O4' B 0, 0.197, 0.679, 1.162, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.679 std_dev=0.482
P B 0, 0.202, 0.691, 1.179, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.691 std_dev=0.489
C4' B 0, 0.200, 0.690, 1.180, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.690 std_dev=0.490
OP1 B 0, 0.208, 0.713, 1.219, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.713 std_dev=0.506
C5' B 0, 0.211, 0.724, 1.237, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.724 std_dev=0.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.08 0.06
C5' 0.03 0.10 0.04 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.08 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05
N1 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05
N6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.08 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05
O5' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.08 0.05 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05
C2 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.08 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
C2' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05
C3' 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05
C4 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02
C4' 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06
C5 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.08 0.05 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
C6 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08 0.05 0.03 0.02 0.04
C8 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
N1 0.08 0.08 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.05 0.08 0.04 0.04 0.01 0.03
N3 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04
N6 0.11 0.10 0.11 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.13 0.12 0.11 0.08 0.09 0.13 0.14 0.11 0.08 0.06 0.05 0.07
N7 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01
N9 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
O3' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05
O4' 0.10 0.08 0.09 0.08 0.05 0.10 0.06 0.10 0.08 0.09 0.05 0.09 0.11 0.07 0.03 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11
O5' 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05
OP1 0.05 0.02 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07
OP2 0.03 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.09 0.09 0.06 0.04 0.09 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03
P 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.09 0.11 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.08 0.07 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.08 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.04 0.05 0.10 0.08 0.01 0.03 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.07 0.06 0.01 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00