Doublet Group distance statistics: 50672

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N1	A	0, -0.003, 0.020, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.024
N3	A	0, -0.001, 0.024, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.025
C1'	A	0, -0.002, 0.026, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.028
C5	A	0, -0.001, 0.029, 0.058, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8	A	0, 0.011, 0.041, 0.071, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.041 std_dev=0.030
C2	A	0, -0.007, 0.028, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.035
N6	A	0, 0.006, 0.042, 0.079, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.042 std_dev=0.037
N7	A	0, 0.010, 0.048, 0.086, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.048 std_dev=0.038
C6	B	0, 0.018, 0.239, 0.459, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.239 std_dev=0.220
C5	B	0, 0.112, 0.383, 0.654, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.383 std_dev=0.271
C4	B	0, 0.085, 0.441, 0.796, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.441 std_dev=0.356
N1	B	0, 0.110, 0.478, 0.845, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.478 std_dev=0.367
O4	B	0, 0.169, 0.617, 1.064, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.617 std_dev=0.447
C1'	B	0, 0.195, 0.667, 1.139, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.667 std_dev=0.472
O4'	A	0, 0.194, 0.707, 1.220, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.707 std_dev=0.513
C2'	A	0, 0.195, 0.757, 1.319, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.757 std_dev=0.562
O2'	A	0, 0.196, 0.769, 1.342, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.769 std_dev=0.573
C2	B	0, 0.111, 0.760, 1.409, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.760 std_dev=0.649
N3	B	0, -0.048, 0.606, 1.261, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.606 std_dev=0.655
C2'	B	0, 0.178, 0.888, 1.598, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.888 std_dev=0.710
O4'	B	0, -0.054, 0.722, 1.498, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.722 std_dev=0.776
C3'	B	0, 0.323, 1.104, 1.885, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.104 std_dev=0.781
O5'	A	0, 0.289, 1.106, 1.923, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.106 std_dev=0.817
C4'	A	0, 0.296, 1.113, 1.930, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.113 std_dev=0.817
C4'	B	0, 0.124, 0.982, 1.840, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.982 std_dev=0.858
O2'	B	0, 0.130, 0.988, 1.847, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.988 std_dev=0.859
C3'	A	0, 0.316, 1.200, 2.085, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.200 std_dev=0.884
O2	B	0, 0.235, 1.154, 2.073, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.154 std_dev=0.919
O3'	B	0, 0.401, 1.406, 2.411, 2.288 max_d=2.288 avg_d=1.406 std_dev=1.005
P	A	0, 0.420, 1.447, 2.473, 2.273 max_d=2.273 avg_d=1.447 std_dev=1.027
OP1	A	0, 0.469, 1.606, 2.743, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.606 std_dev=1.137
OP2	A	0, 0.451, 1.593, 2.735, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.593 std_dev=1.142
C5'	B	0, 0.459, 1.650, 2.841, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.650 std_dev=1.191
O3'	A	0, 0.438, 1.684, 2.930, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.684 std_dev=1.246
C5'	A	0, 0.500, 1.864, 3.227, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.864 std_dev=1.364
O5'	B	0, 0.385, 1.901, 3.418, 3.712 max_d=3.712 avg_d=1.901 std_dev=1.517
OP2	B	0, 0.450, 2.065, 3.681, 3.945 max_d=3.945 avg_d=2.065 std_dev=1.616
P	B	0, 0.692, 2.363, 4.033, 3.555 max_d=3.555 avg_d=2.363 std_dev=1.671
OP1	B	0, 0.862, 2.947, 5.031, 4.481 max_d=4.481 avg_d=2.947 std_dev=2.084

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.04	0.06	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.10	0.08	0.22	0.14
C2	0.06	0.00	0.26	0.31	0.00	0.14	0.03	0.18	0.03	0.02	0.01	0.01	0.04	0.04	0.01	0.23	0.37	0.01	0.17	0.13	0.36	0.26
C2'	0.00	0.26	0.00	0.01	0.13	0.01	0.06	0.01	0.10	0.11	0.20	0.26	0.05	0.06	0.01	0.00	0.02	0.01	0.17	0.29	0.08	0.15
C3'	0.00	0.31	0.01	0.00	0.16	0.00	0.09	0.02	0.15	0.12	0.25	0.29	0.10	0.06	0.02	0.02	0.01	0.01	0.26	0.38	0.07	0.24
C4	0.03	0.00	0.13	0.16	0.00	0.08	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.09	0.17	0.02	0.18	0.15	0.36	0.26
C4'	0.01	0.14	0.01	0.00	0.08	0.00	0.05	0.01	0.08	0.05	0.12	0.13	0.08	0.04	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.10	0.14	0.01
C5	0.01	0.03	0.06	0.09	0.01	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.00	0.04	0.10	0.03	0.21	0.20	0.39	0.30
C5'	0.01	0.18	0.01	0.02	0.11	0.01	0.10	0.00	0.13	0.00	0.16	0.16	0.13	0.04	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.21	0.01
C6	0.01	0.03	0.10	0.15	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.03	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.09	0.18	0.04	0.20	0.19	0.38	0.28
C8	0.03	0.02	0.11	0.12	0.01	0.05	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.08	0.14	0.03	0.24	0.23	0.36	0.31
N1	0.04	0.01	0.20	0.25	0.01	0.12	0.02	0.16	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.18	0.31	0.02	0.18	0.16	0.38	0.27
N3	0.06	0.01	0.26	0.29	0.01	0.13	0.02	0.16	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.03	0.01	0.21	0.34	0.01	0.17	0.12	0.36	0.25
N6	0.02	0.04	0.05	0.10	0.02	0.08	0.03	0.13	0.01	0.05	0.02	0.03	0.00	0.06	0.04	0.04	0.12	0.07	0.21	0.20	0.35	0.27
N7	0.02	0.04	0.06	0.06	0.02	0.04	0.01	0.04	0.03	0.01	0.03	0.03	0.06	0.00	0.01	0.05	0.07	0.04	0.25	0.25	0.40	0.33
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.16	0.32	0.25
O2'	0.01	0.23	0.00	0.02	0.09	0.02	0.04	0.02	0.09	0.08	0.18	0.21	0.04	0.05	0.01	0.00	0.04	0.02	0.06	0.30	0.03	0.09
O3'	0.02	0.37	0.02	0.01	0.17	0.02	0.10	0.01	0.18	0.14	0.31	0.34	0.12	0.07	0.01	0.04	0.00	0.02	0.28	0.56	0.20	0.36
O4'	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.03	0.02	0.01	0.07	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.12	0.08	0.26	0.18
O5'	0.10	0.17	0.17	0.26	0.18	0.01	0.21	0.01	0.20	0.24	0.18	0.17	0.21	0.25	0.19	0.06	0.28	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.08	0.13	0.29	0.38	0.15	0.10	0.20	0.07	0.19	0.23	0.16	0.12	0.20	0.25	0.16	0.30	0.56	0.08	0.01	0.00	0.03	0.01
OP2	0.22	0.36	0.08	0.07	0.36	0.14	0.39	0.21	0.38	0.36	0.38	0.36	0.35	0.40	0.32	0.03	0.20	0.26	0.00	0.03	0.00	0.01
P	0.14	0.26	0.15	0.24	0.26	0.01	0.30	0.01	0.28	0.31	0.27	0.25	0.27	0.33	0.25	0.09	0.36	0.18	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.06	0.08	0.70	0.87	0.13	0.30	0.16	0.38	0.15	0.11	0.09	0.07	0.55	1.14	0.15	0.12	0.65	1.79	0.33	0.91
C2	0.09	0.19	0.64	0.67	0.25	0.18	0.21	0.20	0.18	0.16	0.26	0.15	0.50	0.82	0.28	0.14	0.37	1.66	0.16	0.67
C2'	0.33	0.29	0.70	0.75	0.27	0.25	0.28	0.19	0.30	0.30	0.27	0.28	0.61	1.01	0.26	0.38	0.38	1.48	0.28	0.56
C3'	0.37	0.36	0.74	0.84	0.34	0.32	0.34	0.30	0.35	0.36	0.35	0.35	0.64	1.11	0.34	0.36	0.54	1.64	0.34	0.73
C4	0.08	0.10	0.66	0.80	0.15	0.31	0.17	0.39	0.16	0.13	0.11	0.08	0.50	1.01	0.17	0.08	0.62	1.88	0.32	0.92
C4'	0.15	0.16	0.77	0.98	0.22	0.40	0.23	0.50	0.22	0.19	0.19	0.11	0.61	1.29	0.24	0.06	0.80	1.91	0.46	1.04
C5	0.07	0.05	0.59	0.77	0.12	0.36	0.15	0.48	0.15	0.10	0.04	0.08	0.42	0.95	0.13	0.06	0.70	2.04	0.40	1.05
C5'	0.18	0.18	0.80	1.08	0.26	0.53	0.27	0.68	0.26	0.21	0.21	0.12	0.62	1.41	0.29	0.06	0.99	2.09	0.63	1.25
C6	0.04	0.02	0.49	0.65	0.11	0.29	0.14	0.41	0.13	0.07	0.03	0.07	0.33	0.79	0.14	0.05	0.59	2.00	0.33	0.97
C8	0.09	0.06	0.66	0.89	0.11	0.44	0.16	0.58	0.16	0.12	0.04	0.09	0.48	1.12	0.12	0.08	0.84	2.10	0.50	1.17
N1	0.06	0.10	0.52	0.59	0.20	0.20	0.18	0.26	0.15	0.11	0.17	0.03	0.37	0.72	0.23	0.09	0.42	1.82	0.21	0.77
N3	0.10	0.18	0.70	0.77	0.21	0.23	0.20	0.26	0.18	0.16	0.21	0.15	0.57	0.97	0.23	0.12	0.47	1.69	0.20	0.74
N6	0.01	0.08	0.36	0.54	0.10	0.29	0.11	0.45	0.08	0.01	0.12	0.15	0.21	0.66	0.16	0.05	0.61	2.10	0.38	1.05
N7	0.09	0.04	0.59	0.83	0.09	0.44	0.15	0.60	0.15	0.10	0.00	0.10	0.42	1.03	0.11	0.09	0.84	2.17	0.51	1.20
N9	0.09	0.09	0.69	0.87	0.14	0.36	0.17	0.46	0.16	0.12	0.09	0.08	0.53	1.11	0.15	0.07	0.72	1.93	0.39	1.01
O2'	0.31	0.23	0.67	0.70	0.21	0.21	0.23	0.14	0.25	0.26	0.22	0.23	0.60	0.97	0.21	0.44	0.25	1.29	0.26	0.40
O3'	0.51	0.48	0.79	0.82	0.42	0.39	0.42	0.32	0.45	0.47	0.46	0.51	0.72	1.08	0.40	0.53	0.46	1.45	0.39	0.56
O4'	0.15	0.13	0.80	1.05	0.13	0.52	0.17	0.64	0.19	0.17	0.09	0.15	0.62	1.35	0.13	0.15	0.94	2.04	0.56	1.20
O5'	0.11	0.13	0.62	0.90	0.09	0.43	0.06	0.60	0.08	0.10	0.13	0.17	0.45	1.20	0.11	0.21	0.89	2.08	0.45	1.20
OP1	0.09	0.12	0.55	0.83	0.13	0.38	0.08	0.55	0.05	0.08	0.15	0.15	0.39	1.13	0.17	0.19	0.82	2.05	0.38	1.14
OP2	0.28	0.37	0.27	0.58	0.40	0.18	0.33	0.39	0.28	0.29	0.42	0.39	0.10	0.86	0.46	0.29	0.66	1.93	0.25	1.02
P	0.19	0.25	0.43	0.74	0.26	0.32	0.19	0.51	0.15	0.18	0.29	0.29	0.26	1.04	0.32	0.25	0.79	2.01	0.36	1.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.08	0.94	0.09	0.27
C2	0.02	0.00	0.20	0.19	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.21	0.02	0.07	0.12	1.45	0.12	0.46
C2'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.13	0.01	0.16	0.01	0.13	0.37	0.00	0.02	0.02	0.01	0.06	0.73	0.03	0.27
C3'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.04	0.01	0.19	0.01	0.23	0.03	0.15	0.34	0.01	0.00	0.04	0.01	0.12	0.37	0.02	0.18
C4	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.05	0.00	0.05	0.15	1.73	0.25	0.55
C4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.06	0.00	0.05	0.00	0.06	0.02	0.07	0.07	0.03	0.01	0.07	0.01	0.00	0.26	0.23	0.11
C5	0.02	0.01	0.13	0.19	0.01	0.05	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.23	0.02	0.11	0.22	1.62	0.30	0.44
C5'	0.02	0.08	0.01	0.01	0.14	0.00	0.13	0.00	0.10	0.06	0.13	0.08	0.03	0.01	0.17	0.01	0.01	0.14	0.35	0.01
C6	0.03	0.00	0.16	0.23	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.09	0.26	0.02	0.12	0.26	1.40	0.21	0.34
N1	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.12	1.30	0.11	0.37
N3	0.01	0.00	0.13	0.15	0.01	0.07	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.16	0.02	0.02	0.15	1.66	0.17	0.55
O2	0.04	0.00	0.37	0.34	0.02	0.07	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00	0.28	0.40	0.03	0.14	0.15	1.35	0.08	0.46
O2'	0.01	0.14	0.00	0.01	0.03	0.03	0.08	0.03	0.09	0.02	0.10	0.28	0.00	0.02	0.05	0.02	0.03	0.55	0.08	0.20
O3'	0.02	0.21	0.02	0.00	0.05	0.01	0.23	0.01	0.26	0.03	0.16	0.40	0.02	0.00	0.05	0.01	0.17	0.03	0.02	0.11
O4	0.02	0.02	0.02	0.04	0.00	0.07	0.02	0.17	0.02	0.01	0.02	0.03	0.05	0.05	0.00	0.06	0.16	1.80	0.28	0.61
O4'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.12	0.01	0.02	0.14	0.02	0.01	0.06	0.00	0.13	0.71	0.22	0.19
O5'	0.08	0.12	0.06	0.12	0.15	0.00	0.22	0.01	0.26	0.12	0.15	0.15	0.03	0.17	0.16	0.13	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.94	1.45	0.73	0.37	1.73	0.26	1.62	0.14	1.40	1.30	1.66	1.35	0.55	0.03	1.80	0.71	0.01	0.00	0.00	0.01
OP2	0.09	0.12	0.03	0.02	0.25	0.23	0.30	0.35	0.21	0.11	0.17	0.08	0.08	0.02	0.28	0.22	0.02	0.00	0.00	0.01
P	0.27	0.46	0.27	0.18	0.55	0.11	0.44	0.01	0.34	0.37	0.55	0.46	0.20	0.11	0.61	0.19	0.00	0.01	0.01	0.00