ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50674

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' B 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C3' B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O3' B 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
P A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
OP2 A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O2' B 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
OP1 A 0, 0.000, 0.098, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C1' B 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C2 B 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
O2 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C4' B 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
N3 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
N1 B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O4' B 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O3' A 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C4 B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C5' B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O4 B 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O5' B 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
P B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
OP2 B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
OP1 B 0, 0.000, 0.309, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.309 std_dev=0.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
N1 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
N6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03
O5' 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01
C2 0.05 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00
C2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03
C3' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05
C4 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04
C5 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04
C6 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02
C8 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02
N1 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01
N3 0.05 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01
N6 0.03 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02
N7 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03
N9 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02
O2' 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01
O3' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.09 0.06
O4' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04
OP1 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.06 0.08 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01
OP2 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03
P 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.12 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.12 0.09
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.07 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04 0.08 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00
O4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.14 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.09 0.08 0.11 0.08 0.01 0.02 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00