ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50675

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O5' A 0, 0.000, 0.128, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
P A 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
OP2 A 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O4 B 0, 0.000, 0.225, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C4 B 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O2' B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.000, 0.296, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C2' B 0, 0.000, 0.302, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.302 std_dev=0.302
C2 B 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N1 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
O5' B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C4' B 0, 0.000, 0.324, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C1' B 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
O2 B 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
P B 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
OP1 B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C5' B 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.000, 0.372, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.372 std_dev=0.372

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
N1 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03
N6 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.08 0.08 0.07
O3' 0.05 0.08 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
O5' 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04
C2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
C3' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.10 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03
C5' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C6 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.11 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.03 0.04
C8 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.10 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02
N1 0.07 0.04 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.11 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03
N6 0.10 0.09 0.07 0.03 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.03 0.06 0.09 0.05 0.05 0.04 0.05
N7 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.11 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03
N9 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02
O2' 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
O3' 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.01 0.03 0.04 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05
O4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
OP1 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
OP2 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
P 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.08 0.06
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.04
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
O2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.10 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.11 0.00 0.05 0.05 0.04 0.06
O4 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.09 0.07
O5' 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00