ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50681

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 7, 14, 19, 14, 17, 21, 7, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.017, 0.027, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.027, 0.044, 0.061, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.044 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.036, 0.054, 0.073, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.054 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.035, 0.056, 0.076, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.056 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.020, 0.041, 0.063, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.041 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.040, 0.064, 0.088, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.064 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.039, 0.067, 0.094, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.067 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.044, 0.079, 0.114, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.079 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.044, 0.080, 0.115, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.080 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.059, 0.102, 0.146, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.102 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.069, 0.240, 0.410, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.240 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.181, 0.376, 0.572, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.376 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.246, 0.444, 0.642, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.444 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.304, 0.524, 0.743, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.524 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.297, 0.534, 0.771, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.534 std_dev=0.237
C6 B 0, 0.270, 0.510, 0.750, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.510 std_dev=0.240
C4' A 0, 0.186, 0.451, 0.715, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.451 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.331, 0.599, 0.867, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.599 std_dev=0.268
O2' A 0, 0.296, 0.572, 0.849, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.572 std_dev=0.276
C5 B 0, 0.380, 0.656, 0.933, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.656 std_dev=0.276
O6 B 0, 0.306, 0.597, 0.889, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.597 std_dev=0.292
C3' A 0, 0.271, 0.594, 0.917, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.594 std_dev=0.323
N2 B 0, 0.432, 0.767, 1.102, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.767 std_dev=0.335
N9 B 0, 0.469, 0.825, 1.181, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.825 std_dev=0.356
N7 B 0, 0.566, 0.954, 1.341, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.954 std_dev=0.387
C1' B 0, 0.516, 0.913, 1.311, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.913 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.629, 1.027, 1.425, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.027 std_dev=0.398
C8 B 0, 0.624, 1.039, 1.454, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.039 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.311, 0.744, 1.178, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.744 std_dev=0.433
O4' B 0, 0.695, 1.192, 1.690, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.192 std_dev=0.498
O3' A 0, 0.437, 0.953, 1.470, 3.386 max_d=3.386 avg_d=0.953 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.926, 1.485, 2.043, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.485 std_dev=0.558
C4' B 0, 0.892, 1.468, 2.045, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.468 std_dev=0.576
O5' A 0, 0.240, 0.826, 1.413, 3.620 max_d=3.620 avg_d=0.826 std_dev=0.586
O2' B 0, 0.634, 1.306, 1.978, 3.803 max_d=3.803 avg_d=1.306 std_dev=0.672
P A 0, 0.350, 1.082, 1.815, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.082 std_dev=0.732
C5' B 0, 1.046, 1.788, 2.530, 3.755 max_d=3.755 avg_d=1.788 std_dev=0.742
OP2 A 0, 0.432, 1.235, 2.037, 5.564 max_d=5.564 avg_d=1.235 std_dev=0.803
OP1 A 0, 0.406, 1.280, 2.154, 5.267 max_d=5.267 avg_d=1.280 std_dev=0.874
O5' B 0, 0.998, 1.908, 2.819, 4.033 max_d=4.033 avg_d=1.908 std_dev=0.911
O3' B 0, 1.068, 1.983, 2.897, 4.743 max_d=4.743 avg_d=1.983 std_dev=0.914
P B 0, 1.065, 2.361, 3.658, 5.331 max_d=5.331 avg_d=2.361 std_dev=1.296
OP1 B 0, 1.397, 2.777, 4.158, 6.165 max_d=6.165 avg_d=2.777 std_dev=1.381
OP2 B 0, 0.752, 2.572, 4.392, 7.884 max_d=7.884 avg_d=2.572 std_dev=1.820

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.19 0.24 0.30 0.21
C2 0.05 0.00 0.18 0.20 0.02 0.09 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.20 0.25 0.08 0.35 0.39 0.47 0.35
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08 0.14 0.18 0.08 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.22 0.26 0.27 0.18
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.18 0.17 0.19 0.18 0.19 0.18 0.10 0.02 0.01 0.02 0.28 0.32 0.27 0.21
C4 0.03 0.02 0.10 0.14 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.04 0.37 0.40 0.45 0.36
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.12 0.06 0.11 0.03 0.01 0.02 0.16 0.23 0.08
C5 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.04 0.46 0.51 0.56 0.47
C5' 0.05 0.13 0.08 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.19 0.16 0.12 0.22 0.22 0.12 0.06 0.08 0.02 0.01 0.18 0.26 0.03
C6 0.03 0.02 0.09 0.18 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.18 0.05 0.47 0.54 0.61 0.49
C8 0.02 0.02 0.08 0.17 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.16 0.07 0.48 0.49 0.51 0.46
N1 0.05 0.01 0.14 0.19 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.18 0.23 0.06 0.42 0.48 0.55 0.43
N3 0.05 0.01 0.18 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.18 0.23 0.08 0.30 0.34 0.41 0.30
N6 0.03 0.02 0.08 0.19 0.02 0.11 0.02 0.22 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.15 0.20 0.05 0.52 0.62 0.69 0.57
N7 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.18 0.06 0.52 0.58 0.62 0.54
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.35 0.36 0.39 0.33
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.12 0.11 0.12 0.06 0.15 0.10 0.18 0.18 0.15 0.11 0.07 0.00 0.06 0.09 0.11 0.19 0.25 0.12
O3' 0.09 0.25 0.03 0.01 0.15 0.03 0.15 0.08 0.18 0.16 0.23 0.23 0.20 0.18 0.08 0.06 0.00 0.07 0.30 0.41 0.37 0.29
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.02 0.09 0.07 0.00 0.18 0.25 0.34 0.26
O5' 0.19 0.35 0.22 0.28 0.37 0.02 0.46 0.01 0.47 0.48 0.42 0.30 0.52 0.52 0.35 0.11 0.30 0.18 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.24 0.39 0.26 0.32 0.40 0.16 0.51 0.18 0.54 0.49 0.48 0.34 0.62 0.58 0.36 0.19 0.41 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.47 0.27 0.27 0.45 0.23 0.56 0.26 0.61 0.51 0.55 0.41 0.69 0.62 0.39 0.25 0.37 0.34 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.35 0.18 0.21 0.36 0.08 0.47 0.03 0.49 0.46 0.43 0.30 0.57 0.54 0.33 0.12 0.29 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.20 0.45 0.56 0.17 0.22 0.17 0.27 0.19 0.18 0.17 0.27 0.20 0.19 0.17 0.32 0.50 0.31 0.64 0.25 0.64 1.08 0.72
C2 0.21 0.20 0.44 0.50 0.19 0.21 0.20 0.26 0.23 0.20 0.20 0.26 0.20 0.22 0.19 0.31 0.44 0.33 0.61 0.30 0.55 0.98 0.65
C2' 0.30 0.30 0.45 0.47 0.27 0.29 0.24 0.33 0.24 0.24 0.25 0.37 0.31 0.24 0.27 0.37 0.46 0.45 0.59 0.27 0.54 0.98 0.66
C3' 0.32 0.33 0.41 0.43 0.29 0.30 0.27 0.33 0.27 0.27 0.28 0.40 0.33 0.27 0.29 0.37 0.44 0.48 0.63 0.30 0.55 1.06 0.72
C4 0.17 0.18 0.41 0.53 0.15 0.18 0.16 0.25 0.18 0.17 0.15 0.26 0.18 0.19 0.15 0.30 0.46 0.28 0.64 0.26 0.59 1.09 0.72
C4' 0.21 0.22 0.43 0.53 0.18 0.20 0.17 0.25 0.18 0.17 0.17 0.30 0.22 0.19 0.18 0.32 0.49 0.34 0.64 0.23 0.63 1.11 0.73
C5 0.15 0.18 0.35 0.53 0.14 0.17 0.15 0.25 0.16 0.16 0.14 0.27 0.17 0.18 0.14 0.30 0.45 0.25 0.67 0.23 0.59 1.17 0.76
C5' 0.22 0.24 0.39 0.52 0.20 0.19 0.20 0.26 0.21 0.21 0.20 0.31 0.24 0.23 0.20 0.33 0.49 0.35 0.68 0.26 0.66 1.21 0.80
C6 0.15 0.19 0.33 0.52 0.14 0.16 0.15 0.24 0.16 0.16 0.15 0.27 0.17 0.18 0.14 0.30 0.43 0.24 0.66 0.24 0.56 1.14 0.74
C8 0.15 0.18 0.37 0.56 0.14 0.17 0.15 0.26 0.16 0.16 0.14 0.26 0.17 0.19 0.14 0.31 0.48 0.25 0.69 0.22 0.64 1.22 0.79
N1 0.16 0.18 0.37 0.49 0.15 0.17 0.17 0.24 0.20 0.17 0.15 0.27 0.17 0.20 0.15 0.28 0.40 0.28 0.63 0.29 0.52 1.04 0.68
N3 0.21 0.20 0.45 0.52 0.19 0.22 0.19 0.27 0.22 0.20 0.19 0.27 0.21 0.21 0.19 0.32 0.46 0.33 0.62 0.29 0.59 1.00 0.67
N6 0.17 0.23 0.30 0.53 0.17 0.19 0.17 0.27 0.16 0.18 0.20 0.29 0.20 0.20 0.16 0.34 0.44 0.22 0.69 0.21 0.57 1.22 0.79
N7 0.15 0.19 0.34 0.55 0.14 0.18 0.16 0.27 0.16 0.17 0.15 0.27 0.17 0.20 0.15 0.32 0.47 0.23 0.70 0.22 0.64 1.24 0.81
N9 0.17 0.18 0.40 0.55 0.15 0.18 0.16 0.25 0.17 0.16 0.15 0.26 0.18 0.19 0.15 0.31 0.47 0.28 0.66 0.24 0.62 1.13 0.74
O2' 0.35 0.33 0.55 0.54 0.31 0.35 0.29 0.37 0.29 0.29 0.29 0.38 0.34 0.29 0.31 0.42 0.53 0.47 0.57 0.32 0.58 0.90 0.61
O3' 0.40 0.41 0.47 0.44 0.36 0.39 0.32 0.42 0.32 0.32 0.34 0.48 0.41 0.31 0.36 0.44 0.49 0.57 0.64 0.33 0.56 1.01 0.72
O4' 0.19 0.19 0.47 0.62 0.16 0.24 0.17 0.30 0.18 0.18 0.16 0.27 0.19 0.20 0.16 0.33 0.56 0.28 0.69 0.25 0.72 1.17 0.78
O5' 0.45 0.45 0.49 0.61 0.45 0.41 0.47 0.43 0.48 0.47 0.46 0.47 0.44 0.49 0.45 0.49 0.56 0.53 0.83 0.52 0.73 1.27 0.89
OP1 0.52 0.52 0.47 0.57 0.54 0.47 0.57 0.50 0.58 0.58 0.54 0.53 0.52 0.61 0.54 0.57 0.58 0.64 0.87 0.63 0.79 1.38 0.99
OP2 0.62 0.60 0.53 0.62 0.63 0.56 0.66 0.60 0.66 0.67 0.62 0.59 0.60 0.69 0.63 0.68 0.62 0.71 0.95 0.70 0.88 1.50 1.09
P 0.47 0.46 0.45 0.58 0.48 0.41 0.52 0.45 0.52 0.53 0.48 0.46 0.45 0.56 0.48 0.53 0.57 0.56 0.83 0.57 0.77 1.36 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.37 0.03 0.28 0.52 0.34
C2 0.05 0.00 0.45 0.42 0.02 0.12 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.37 0.27 0.52 0.02 0.37 0.79 0.53
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.24 0.03 0.14 0.20 0.23 0.19 0.36 0.53 0.44 0.11 0.05 0.01 0.05 0.02 0.51 0.19 0.52 0.62 0.49
C3' 0.02 0.42 0.01 0.00 0.35 0.01 0.42 0.03 0.46 0.34 0.45 0.43 0.36 0.41 0.26 0.03 0.02 0.03 0.28 0.49 0.42 0.31 0.25
C4 0.03 0.02 0.24 0.35 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.14 0.54 0.02 0.34 0.79 0.53
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.12 0.23 0.10 0.17 0.12 0.21 0.10 0.31 0.05 0.01 0.02 0.16 0.22 0.31 0.10
C5 0.02 0.02 0.14 0.42 0.01 0.13 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.07 0.63 0.02 0.43 0.99 0.65
C5' 0.10 0.20 0.20 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.21 0.25 0.19 0.23 0.18 0.27 0.14 0.12 0.20 0.03 0.01 0.25 0.22 0.30 0.03
C6 0.03 0.02 0.23 0.46 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.24 0.32 0.12 0.65 0.01 0.46 1.05 0.69
C8 0.02 0.02 0.19 0.34 0.01 0.23 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.38 0.26 0.17 0.65 0.04 0.44 0.95 0.64
N1 0.04 0.01 0.36 0.45 0.02 0.10 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.34 0.21 0.59 0.02 0.42 0.94 0.62
N2 0.07 0.01 0.53 0.43 0.02 0.17 0.02 0.23 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.38 0.45 0.33 0.49 0.03 0.38 0.73 0.50
N3 0.05 0.01 0.44 0.36 0.01 0.12 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.26 0.34 0.27 0.48 0.02 0.33 0.70 0.47
N7 0.02 0.02 0.11 0.41 0.01 0.21 0.01 0.27 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.38 0.31 0.09 0.70 0.04 0.50 1.10 0.73
N9 0.01 0.02 0.05 0.26 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.13 0.02 0.52 0.03 0.32 0.73 0.49
O2' 0.03 0.27 0.01 0.03 0.16 0.31 0.26 0.12 0.24 0.38 0.21 0.38 0.26 0.38 0.20 0.00 0.07 0.21 0.33 0.28 0.44 0.59 0.36
O3' 0.27 0.37 0.05 0.02 0.22 0.05 0.27 0.20 0.32 0.26 0.34 0.45 0.34 0.31 0.13 0.07 0.00 0.21 0.33 0.37 0.63 0.52 0.41
O4' 0.01 0.27 0.02 0.03 0.14 0.01 0.07 0.03 0.12 0.17 0.21 0.33 0.27 0.09 0.02 0.21 0.21 0.00 0.25 0.09 0.28 0.48 0.31
O5' 0.37 0.52 0.51 0.28 0.54 0.02 0.63 0.01 0.65 0.65 0.59 0.49 0.48 0.70 0.52 0.33 0.33 0.25 0.00 0.69 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.19 0.49 0.02 0.16 0.02 0.25 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.28 0.37 0.09 0.69 0.00 0.53 1.17 0.76
OP1 0.28 0.37 0.52 0.42 0.34 0.22 0.43 0.22 0.46 0.44 0.42 0.38 0.33 0.50 0.32 0.44 0.63 0.28 0.03 0.53 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.79 0.62 0.31 0.79 0.31 0.99 0.30 1.05 0.95 0.94 0.73 0.70 1.10 0.73 0.59 0.52 0.48 0.03 1.17 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.53 0.49 0.25 0.53 0.10 0.65 0.03 0.69 0.64 0.62 0.50 0.47 0.73 0.49 0.36 0.41 0.31 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00