Doublet Group distance statistics: 50682

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 8, 18, 27, 16, 12, 5, 3, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.024, 0.039, 0.054, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.036 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.028, 0.047, 0.065, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.047 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.003, 0.022, 0.042, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.030, 0.050, 0.070, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.050 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.012, 0.033, 0.053, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.022, 0.043, 0.065, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.040, 0.068, 0.096, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.068 std_dev=0.028
N1 B 0, 0.198, 0.418, 0.638, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.418 std_dev=0.220
C4 B 0, 0.290, 0.517, 0.743, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.517 std_dev=0.227
N3 B 0, 0.250, 0.485, 0.720, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.485 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.222, 0.481, 0.741, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.481 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.296, 0.565, 0.835, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.565 std_dev=0.269
N9 B 0, 0.380, 0.678, 0.975, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.678 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.381, 0.683, 0.985, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.683 std_dev=0.302
O4' A 0, 0.079, 0.387, 0.694, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.387 std_dev=0.307
C2' A 0, 0.110, 0.423, 0.737, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.423 std_dev=0.313
C2' B 0, 0.516, 0.835, 1.154, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.835 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.316, 0.644, 0.971, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.644 std_dev=0.328
O6 B 0, 0.358, 0.715, 1.072, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.715 std_dev=0.357
N2 B 0, 0.350, 0.731, 1.112, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.731 std_dev=0.381
O2' A 0, 0.270, 0.683, 1.097, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.683 std_dev=0.414
C4' A 0, 0.231, 0.667, 1.103, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.667 std_dev=0.436
O2' B 0, 0.511, 0.949, 1.388, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.949 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.443, 0.895, 1.347, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.895 std_dev=0.452
C3' B 0, 0.694, 1.155, 1.617, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.155 std_dev=0.462
C3' A 0, 0.181, 0.643, 1.105, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.643 std_dev=0.462
C8 B 0, 0.454, 0.933, 1.412, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.933 std_dev=0.479
N7 B 0, 0.441, 0.950, 1.460, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.950 std_dev=0.509
C4' B 0, 0.471, 1.019, 1.568, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.019 std_dev=0.548
O3' A 0, 0.321, 0.928, 1.536, 2.825 max_d=2.825 avg_d=0.928 std_dev=0.607
C5' A 0, 0.498, 1.175, 1.852, 3.034 max_d=3.034 avg_d=1.175 std_dev=0.677
O3' B 0, 0.873, 1.711, 2.549, 3.817 max_d=3.817 avg_d=1.711 std_dev=0.838
O5' A 0, 0.280, 1.122, 1.964, 3.006 max_d=3.006 avg_d=1.122 std_dev=0.842
C5' B 0, 0.397, 1.286, 2.175, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.286 std_dev=0.889
O5' B 0, 0.232, 1.298, 2.364, 4.248 max_d=4.248 avg_d=1.298 std_dev=1.066
P B 0, 0.310, 1.741, 3.172, 5.675 max_d=5.675 avg_d=1.741 std_dev=1.431
OP1 B 0, 0.427, 1.955, 3.482, 6.003 max_d=6.003 avg_d=1.955 std_dev=1.528
P A 0, 0.159, 1.744, 3.330, 5.298 max_d=5.298 avg_d=1.744 std_dev=1.586
OP2 A 0, 0.360, 2.030, 3.699, 5.823 max_d=5.823 avg_d=2.030 std_dev=1.669
OP2 B 0, 0.205, 1.970, 3.735, 7.607 max_d=7.607 avg_d=1.970 std_dev=1.765
OP1 A 0, 0.314, 2.327, 4.340, 6.788 max_d=6.788 avg_d=2.327 std_dev=2.013

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.18 0.21 0.43 0.22
C2 0.05 0.00 0.28 0.36 0.01 0.16 0.01 0.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.40 0.14 0.51 0.67 0.84 0.53
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.14 0.02 0.07 0.11 0.13 0.14 0.22 0.29 0.10 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.32 0.40 0.47 0.27
C3' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.24 0.01 0.24 0.02 0.29 0.23 0.34 0.33 0.29 0.23 0.14 0.02 0.01 0.02 0.28 0.45 0.36 0.23
C4 0.03 0.01 0.14 0.24 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.20 0.07 0.43 0.48 0.68 0.40
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.14 0.14 0.16 0.15 0.16 0.14 0.07 0.18 0.03 0.00 0.02 0.23 0.31 0.13
C5 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.15 0.04 0.49 0.56 0.77 0.49
C5' 0.05 0.28 0.11 0.02 0.21 0.01 0.25 0.00 0.29 0.20 0.30 0.24 0.32 0.25 0.14 0.08 0.12 0.02 0.01 0.22 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.29 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.23 0.07 0.54 0.70 0.90 0.59
C8 0.02 0.02 0.14 0.23 0.01 0.14 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.19 0.09 0.35 0.33 0.55 0.31
N1 0.05 0.01 0.22 0.34 0.02 0.16 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.33 0.11 0.55 0.74 0.93 0.60
N3 0.05 0.00 0.29 0.33 0.00 0.15 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.37 0.14 0.44 0.55 0.72 0.42
N6 0.03 0.02 0.10 0.29 0.02 0.16 0.02 0.32 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.19 0.22 0.05 0.57 0.77 0.96 0.65
N7 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.17 0.06 0.44 0.49 0.68 0.44
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.07 0.02 0.32 0.29 0.52 0.26
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.11 0.18 0.17 0.08 0.16 0.22 0.15 0.16 0.19 0.23 0.12 0.00 0.06 0.13 0.18 0.36 0.43 0.22
O3' 0.17 0.40 0.02 0.01 0.20 0.03 0.15 0.12 0.23 0.19 0.33 0.37 0.22 0.17 0.07 0.06 0.00 0.12 0.27 0.59 0.41 0.32
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.14 0.05 0.06 0.02 0.13 0.12 0.00 0.13 0.31 0.47 0.36
O5' 0.18 0.51 0.32 0.28 0.43 0.02 0.49 0.01 0.54 0.35 0.55 0.44 0.57 0.44 0.32 0.18 0.27 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.67 0.40 0.45 0.48 0.23 0.56 0.22 0.70 0.33 0.74 0.55 0.77 0.49 0.29 0.36 0.59 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.84 0.47 0.36 0.68 0.31 0.77 0.28 0.90 0.55 0.93 0.72 0.96 0.68 0.52 0.43 0.41 0.47 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.53 0.27 0.23 0.40 0.13 0.49 0.02 0.59 0.31 0.60 0.42 0.65 0.44 0.26 0.22 0.32 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.46 0.52 0.14 0.20 0.14 0.24 0.15 0.14 0.13 0.22 0.16 0.16 0.14 0.25 0.48 0.16 0.43 0.21 0.47 0.93 0.54
C2 0.15 0.16 0.45 0.50 0.14 0.21 0.16 0.24 0.19 0.16 0.16 0.24 0.16 0.18 0.14 0.23 0.45 0.16 0.41 0.26 0.42 0.85 0.49
C2' 0.38 0.34 0.54 0.49 0.31 0.32 0.26 0.29 0.23 0.28 0.27 0.40 0.36 0.24 0.32 0.40 0.41 0.37 0.45 0.22 0.41 0.92 0.55
C3' 0.57 0.49 0.66 0.60 0.50 0.50 0.44 0.47 0.40 0.49 0.42 0.52 0.53 0.44 0.52 0.53 0.43 0.57 0.62 0.37 0.53 1.08 0.71
C4 0.14 0.15 0.42 0.51 0.12 0.19 0.14 0.23 0.15 0.14 0.12 0.23 0.15 0.16 0.13 0.23 0.44 0.16 0.45 0.21 0.47 0.97 0.56
C4' 0.35 0.29 0.54 0.56 0.29 0.31 0.25 0.30 0.21 0.28 0.23 0.34 0.32 0.25 0.31 0.33 0.43 0.34 0.50 0.21 0.47 1.01 0.60
C5 0.13 0.16 0.37 0.51 0.12 0.18 0.13 0.23 0.13 0.14 0.12 0.24 0.15 0.16 0.12 0.23 0.41 0.16 0.49 0.19 0.51 1.06 0.62
C5' 0.55 0.46 0.64 0.68 0.48 0.49 0.43 0.49 0.39 0.48 0.39 0.48 0.50 0.44 0.51 0.45 0.47 0.55 0.66 0.35 0.59 1.16 0.75
C6 0.13 0.17 0.36 0.51 0.12 0.19 0.13 0.24 0.13 0.14 0.13 0.25 0.15 0.16 0.12 0.24 0.40 0.16 0.49 0.20 0.51 1.06 0.62
C8 0.14 0.16 0.38 0.52 0.12 0.18 0.13 0.23 0.13 0.14 0.12 0.23 0.15 0.16 0.12 0.23 0.43 0.17 0.49 0.18 0.53 1.09 0.64
N1 0.13 0.16 0.40 0.51 0.12 0.20 0.15 0.24 0.17 0.15 0.13 0.25 0.14 0.17 0.12 0.23 0.41 0.15 0.45 0.25 0.45 0.94 0.55
N3 0.16 0.16 0.45 0.50 0.14 0.20 0.16 0.24 0.18 0.15 0.15 0.23 0.16 0.18 0.14 0.24 0.46 0.16 0.41 0.24 0.43 0.86 0.50
N6 0.15 0.20 0.31 0.52 0.14 0.20 0.14 0.26 0.14 0.16 0.18 0.27 0.17 0.17 0.14 0.28 0.39 0.19 0.54 0.17 0.57 1.16 0.69
N7 0.13 0.17 0.35 0.52 0.12 0.18 0.13 0.24 0.13 0.15 0.13 0.24 0.15 0.16 0.13 0.24 0.41 0.17 0.52 0.18 0.56 1.14 0.67
N9 0.15 0.15 0.42 0.51 0.13 0.19 0.13 0.23 0.14 0.14 0.12 0.22 0.15 0.16 0.13 0.23 0.45 0.16 0.46 0.20 0.48 1.00 0.58
O2' 0.26 0.21 0.54 0.48 0.21 0.24 0.21 0.24 0.22 0.22 0.19 0.26 0.23 0.22 0.22 0.34 0.47 0.23 0.38 0.26 0.42 0.81 0.47
O3' 0.65 0.52 0.79 0.69 0.54 0.58 0.45 0.55 0.38 0.52 0.41 0.56 0.58 0.45 0.57 0.67 0.53 0.62 0.68 0.32 0.57 1.08 0.73
O4' 0.20 0.20 0.50 0.59 0.16 0.26 0.15 0.29 0.15 0.15 0.15 0.27 0.20 0.16 0.17 0.31 0.56 0.18 0.48 0.20 0.53 0.98 0.57
O5' 0.81 0.71 0.80 0.83 0.75 0.77 0.72 0.75 0.67 0.76 0.66 0.71 0.76 0.73 0.78 0.72 0.67 0.85 0.86 0.63 0.77 1.33 0.94
OP1 1.30 1.07 1.14 1.17 1.17 1.27 1.11 1.27 1.01 1.23 0.98 1.03 1.16 1.15 1.24 1.11 0.96 1.40 1.34 0.94 1.23 1.74 1.43
OP2 1.34 1.16 1.20 1.24 1.27 1.31 1.24 1.30 1.17 1.33 1.12 1.10 1.23 1.28 1.32 1.20 1.09 1.42 1.42 1.13 1.31 1.91 1.53
P 1.01 0.83 0.87 0.92 0.93 0.97 0.90 0.96 0.83 0.98 0.79 0.79 0.90 0.94 0.98 0.85 0.76 1.09 1.08 0.80 0.99 1.58 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.28 0.03 0.19 0.48 0.29
C2 0.04 0.00 0.34 0.33 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.39 0.15 0.37 0.02 0.30 0.74 0.43
C2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.18 0.02 0.11 0.16 0.17 0.14 0.27 0.39 0.33 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.30 0.15 0.29 0.45 0.31
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.30 0.01 0.38 0.03 0.41 0.35 0.38 0.32 0.28 0.40 0.24 0.02 0.01 0.02 0.21 0.45 0.27 0.31 0.22
C4 0.02 0.01 0.18 0.30 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.22 0.08 0.42 0.02 0.30 0.79 0.47
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.21 0.10 0.12 0.09 0.21 0.10 0.30 0.04 0.01 0.03 0.17 0.21 0.13 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.38 0.00 0.14 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.17 0.05 0.53 0.02 0.44 1.02 0.62
C5' 0.05 0.12 0.16 0.03 0.13 0.01 0.20 0.00 0.21 0.25 0.16 0.13 0.11 0.27 0.12 0.14 0.20 0.02 0.01 0.25 0.16 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.22 0.07 0.54 0.01 0.47 1.06 0.64
C8 0.02 0.02 0.14 0.35 0.01 0.21 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.18 0.10 0.58 0.03 0.43 1.00 0.63
N1 0.04 0.01 0.27 0.38 0.02 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.29 0.12 0.45 0.02 0.39 0.92 0.54
N2 0.05 0.00 0.39 0.32 0.02 0.12 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.49 0.17 0.32 0.03 0.30 0.65 0.38
N3 0.04 0.01 0.33 0.28 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.40 0.14 0.33 0.02 0.26 0.65 0.38
N7 0.02 0.01 0.07 0.40 0.01 0.21 0.00 0.27 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.22 0.06 0.62 0.03 0.53 1.16 0.72
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.13 0.02 0.42 0.03 0.26 0.74 0.45
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.21 0.30 0.31 0.14 0.30 0.34 0.24 0.21 0.17 0.37 0.22 0.00 0.08 0.20 0.13 0.34 0.32 0.35 0.19
O3' 0.34 0.39 0.04 0.01 0.22 0.04 0.17 0.20 0.22 0.18 0.29 0.49 0.40 0.22 0.13 0.08 0.00 0.23 0.41 0.25 0.65 0.54 0.47
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.12 0.17 0.14 0.06 0.02 0.20 0.23 0.00 0.25 0.06 0.22 0.41 0.26
O5' 0.28 0.37 0.30 0.21 0.42 0.03 0.53 0.01 0.54 0.58 0.45 0.32 0.33 0.62 0.42 0.13 0.41 0.25 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.45 0.02 0.17 0.02 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.34 0.25 0.06 0.60 0.00 0.56 1.20 0.73
OP1 0.19 0.30 0.29 0.27 0.30 0.21 0.44 0.16 0.47 0.43 0.39 0.30 0.26 0.53 0.26 0.32 0.65 0.22 0.02 0.56 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.74 0.45 0.31 0.79 0.13 1.02 0.11 1.06 1.00 0.92 0.65 0.65 1.16 0.74 0.35 0.54 0.41 0.02 1.20 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.43 0.31 0.22 0.47 0.08 0.62 0.02 0.64 0.63 0.54 0.38 0.38 0.72 0.45 0.19 0.47 0.26 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00