ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50684

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 2, 4, 9, 17, 11, 12, 5, 8, 3, 3, 1, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.020, 0.032, 0.043, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.032 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.022, 0.033, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.020, 0.032, 0.043, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.024, 0.037, 0.051, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.022, 0.040, 0.058, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.034, 0.056, 0.078, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.056 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.041, 0.067, 0.093, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.067 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.043, 0.074, 0.104, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.074 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.011, 0.160, 0.308, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.160 std_dev=0.149
C2' A 0, 0.057, 0.209, 0.360, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.209 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.005, 0.255, 0.505, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.255 std_dev=0.250
O2' A 0, 0.079, 0.330, 0.580, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.330 std_dev=0.250
C3' A 0, 0.051, 0.322, 0.594, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.322 std_dev=0.272
N3 B 0, 0.810, 1.114, 1.419, 1.746 max_d=1.746 avg_d=1.114 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.788, 1.107, 1.426, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.107 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.882, 1.203, 1.525, 1.817 max_d=1.817 avg_d=1.203 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.713, 1.038, 1.364, 1.737 max_d=1.737 avg_d=1.038 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.688, 1.023, 1.358, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.023 std_dev=0.335
C5' A 0, 0.083, 0.423, 0.764, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.423 std_dev=0.340
C5 B 0, 0.701, 1.059, 1.418, 1.892 max_d=1.892 avg_d=1.059 std_dev=0.359
O6 B 0, 0.758, 1.125, 1.493, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.125 std_dev=0.368
N9 B 0, 0.725, 1.120, 1.515, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.120 std_dev=0.395
C1' B 0, 0.788, 1.194, 1.601, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.194 std_dev=0.407
N7 B 0, 0.851, 1.296, 1.741, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.296 std_dev=0.445
O3' A 0, 0.053, 0.506, 0.958, 2.828 max_d=2.828 avg_d=0.506 std_dev=0.453
O4' B 0, 0.994, 1.463, 1.933, 2.603 max_d=2.603 avg_d=1.463 std_dev=0.470
C8 B 0, 0.845, 1.319, 1.792, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.319 std_dev=0.473
N2 B 0, 1.038, 1.520, 2.002, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.520 std_dev=0.482
O5' A 0, 0.019, 0.520, 1.020, 2.528 max_d=2.528 avg_d=0.520 std_dev=0.501
P A 0, 0.198, 0.739, 1.281, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.739 std_dev=0.542
C2' B 0, 0.613, 1.179, 1.745, 3.287 max_d=3.287 avg_d=1.179 std_dev=0.566
OP2 A 0, 0.265, 0.839, 1.412, 3.113 max_d=3.113 avg_d=0.839 std_dev=0.574
C4' B 0, 1.065, 1.675, 2.284, 3.370 max_d=3.370 avg_d=1.675 std_dev=0.610
OP1 A 0, 0.295, 0.917, 1.539, 3.090 max_d=3.090 avg_d=0.917 std_dev=0.622
C3' B 0, 0.797, 1.433, 2.070, 3.360 max_d=3.360 avg_d=1.433 std_dev=0.636
O2' B 0, 0.565, 1.315, 2.066, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.315 std_dev=0.751
O5' B 0, 0.982, 1.808, 2.634, 4.037 max_d=4.037 avg_d=1.808 std_dev=0.826
O3' B 0, 0.797, 1.631, 2.464, 3.946 max_d=3.946 avg_d=1.631 std_dev=0.834
C5' B 0, 1.334, 2.170, 3.006, 4.426 max_d=4.426 avg_d=2.170 std_dev=0.836
OP2 B 0, 1.885, 2.837, 3.790, 5.302 max_d=5.302 avg_d=2.837 std_dev=0.952
P B 0, 1.429, 2.465, 3.502, 5.220 max_d=5.220 avg_d=2.465 std_dev=1.036
OP1 B 0, 1.360, 2.775, 4.189, 6.488 max_d=6.488 avg_d=2.775 std_dev=1.414

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.14 0.15 0.29 0.18
C2 0.04 0.00 0.15 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.19 0.05 0.25 0.27 0.43 0.30
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.08 0.09 0.07 0.12 0.15 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.19 0.29 0.26 0.19
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.16 0.16 0.16 0.14 0.18 0.17 0.10 0.02 0.01 0.01 0.22 0.33 0.20 0.20
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.26 0.26 0.41 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.04 0.12 0.02 0.00 0.02 0.15 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.12 0.03 0.33 0.35 0.48 0.38
C5' 0.04 0.09 0.08 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.11 0.08 0.16 0.15 0.08 0.06 0.08 0.02 0.01 0.15 0.21 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.15 0.03 0.34 0.38 0.50 0.40
C8 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.13 0.04 0.33 0.33 0.43 0.36
N1 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.17 0.04 0.30 0.33 0.48 0.36
N3 0.04 0.00 0.15 0.14 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.05 0.22 0.23 0.39 0.26
N6 0.03 0.01 0.08 0.18 0.02 0.08 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.17 0.04 0.37 0.44 0.55 0.45
N7 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.15 0.03 0.37 0.40 0.50 0.42
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.24 0.24 0.37 0.27
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.11 0.12 0.12 0.06 0.14 0.10 0.16 0.16 0.15 0.12 0.07 0.00 0.05 0.09 0.11 0.26 0.25 0.14
O3' 0.10 0.19 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.08 0.15 0.13 0.17 0.18 0.17 0.15 0.06 0.05 0.00 0.08 0.25 0.48 0.30 0.30
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.09 0.08 0.00 0.11 0.12 0.30 0.18
O5' 0.14 0.25 0.19 0.22 0.26 0.02 0.33 0.01 0.34 0.33 0.30 0.22 0.37 0.37 0.24 0.11 0.25 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.27 0.29 0.33 0.26 0.15 0.35 0.15 0.38 0.33 0.33 0.23 0.44 0.40 0.24 0.26 0.48 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.43 0.26 0.20 0.41 0.19 0.48 0.21 0.50 0.43 0.48 0.39 0.55 0.50 0.37 0.25 0.30 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.30 0.19 0.20 0.30 0.04 0.38 0.01 0.40 0.36 0.36 0.26 0.45 0.42 0.27 0.14 0.30 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.41 0.22 0.69 0.85 0.28 0.61 0.22 0.69 0.17 0.31 0.17 0.26 0.29 0.25 0.34 0.59 0.94 0.41 0.55 0.21 0.89 0.92 0.66
C2 0.35 0.21 0.58 0.68 0.26 0.47 0.21 0.52 0.18 0.26 0.18 0.24 0.27 0.22 0.30 0.49 0.71 0.34 0.52 0.24 0.80 0.87 0.62
C2' 0.42 0.29 0.71 0.82 0.31 0.59 0.24 0.62 0.20 0.30 0.22 0.32 0.34 0.25 0.35 0.64 0.92 0.41 0.49 0.21 0.83 0.88 0.62
C3' 0.40 0.31 0.67 0.79 0.31 0.56 0.27 0.60 0.24 0.31 0.25 0.35 0.35 0.27 0.34 0.60 0.89 0.39 0.52 0.25 0.85 0.94 0.67
C4 0.36 0.22 0.60 0.74 0.26 0.52 0.21 0.58 0.17 0.28 0.16 0.25 0.27 0.23 0.30 0.50 0.80 0.35 0.55 0.20 0.86 0.93 0.67
C4' 0.40 0.24 0.68 0.84 0.27 0.60 0.22 0.67 0.18 0.29 0.18 0.28 0.29 0.24 0.32 0.59 0.94 0.40 0.56 0.21 0.90 0.96 0.69
C5 0.33 0.24 0.53 0.67 0.26 0.46 0.22 0.52 0.18 0.27 0.18 0.27 0.28 0.23 0.29 0.44 0.71 0.32 0.58 0.19 0.87 0.99 0.72
C5' 0.35 0.23 0.61 0.78 0.25 0.55 0.21 0.63 0.20 0.27 0.19 0.27 0.27 0.23 0.29 0.53 0.89 0.35 0.62 0.25 0.96 1.05 0.78
C6 0.31 0.26 0.47 0.59 0.26 0.40 0.22 0.45 0.18 0.25 0.21 0.29 0.28 0.22 0.27 0.40 0.61 0.29 0.60 0.19 0.86 1.00 0.73
C8 0.35 0.23 0.57 0.74 0.26 0.52 0.22 0.60 0.18 0.28 0.18 0.26 0.27 0.25 0.30 0.49 0.81 0.35 0.59 0.20 0.91 1.01 0.74
N1 0.31 0.24 0.49 0.59 0.25 0.40 0.20 0.44 0.17 0.24 0.17 0.27 0.28 0.21 0.27 0.41 0.60 0.29 0.56 0.22 0.81 0.93 0.67
N3 0.38 0.21 0.63 0.75 0.26 0.53 0.21 0.58 0.18 0.28 0.18 0.24 0.28 0.23 0.31 0.54 0.81 0.37 0.53 0.23 0.83 0.88 0.63
N6 0.30 0.31 0.40 0.52 0.28 0.35 0.25 0.40 0.24 0.26 0.28 0.33 0.31 0.25 0.28 0.37 0.52 0.28 0.65 0.22 0.90 1.07 0.80
N7 0.33 0.25 0.52 0.67 0.26 0.47 0.23 0.54 0.19 0.28 0.20 0.27 0.28 0.25 0.29 0.44 0.72 0.32 0.61 0.20 0.91 1.04 0.76
N9 0.38 0.22 0.62 0.78 0.26 0.55 0.21 0.63 0.17 0.29 0.16 0.25 0.28 0.24 0.31 0.53 0.86 0.37 0.56 0.20 0.88 0.95 0.69
O2' 0.46 0.29 0.76 0.87 0.33 0.63 0.27 0.67 0.23 0.34 0.24 0.32 0.35 0.28 0.38 0.70 0.98 0.45 0.49 0.25 0.83 0.84 0.60
O3' 0.43 0.36 0.69 0.78 0.35 0.55 0.29 0.58 0.26 0.32 0.28 0.41 0.39 0.28 0.37 0.64 0.87 0.42 0.52 0.26 0.83 0.94 0.68
O4' 0.42 0.22 0.68 0.86 0.28 0.63 0.23 0.72 0.18 0.32 0.18 0.26 0.28 0.27 0.34 0.58 0.96 0.42 0.60 0.22 0.94 0.96 0.72
O5' 0.43 0.37 0.60 0.74 0.37 0.54 0.35 0.61 0.35 0.37 0.35 0.40 0.39 0.36 0.39 0.52 0.82 0.42 0.71 0.37 1.01 1.12 0.87
OP1 0.41 0.40 0.55 0.66 0.39 0.47 0.39 0.53 0.40 0.39 0.39 0.44 0.41 0.40 0.39 0.50 0.73 0.40 0.79 0.44 1.12 1.29 1.01
OP2 0.44 0.47 0.46 0.55 0.46 0.43 0.49 0.50 0.51 0.48 0.49 0.47 0.46 0.50 0.46 0.43 0.56 0.45 0.96 0.55 1.28 1.45 1.19
P 0.36 0.37 0.46 0.59 0.36 0.41 0.38 0.49 0.41 0.37 0.39 0.39 0.37 0.40 0.36 0.41 0.64 0.36 0.83 0.45 1.17 1.32 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.23 0.02 0.38 0.44 0.27
C2 0.04 0.00 0.23 0.25 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.13 0.55 0.02 0.71 0.85 0.62
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.07 0.12 0.12 0.19 0.28 0.23 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.36 0.10 0.50 0.47 0.35
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.03 0.23 0.19 0.25 0.28 0.22 0.21 0.13 0.02 0.01 0.02 0.40 0.24 0.56 0.32 0.35
C4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.07 0.55 0.01 0.65 0.77 0.58
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.14 0.09 0.12 0.09 0.13 0.06 0.15 0.03 0.01 0.03 0.10 0.33 0.30 0.09
C5 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.15 0.04 0.68 0.01 0.78 0.95 0.73
C5' 0.04 0.16 0.07 0.03 0.14 0.01 0.19 0.00 0.20 0.21 0.18 0.17 0.14 0.23 0.12 0.09 0.10 0.02 0.01 0.22 0.27 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.23 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.06 0.72 0.01 0.86 1.05 0.80
C8 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.18 0.09 0.66 0.02 0.67 0.79 0.64
N1 0.03 0.01 0.19 0.25 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.22 0.10 0.65 0.01 0.82 0.98 0.74
N2 0.05 0.00 0.28 0.28 0.02 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.30 0.16 0.51 0.02 0.70 0.83 0.60
N3 0.04 0.01 0.23 0.22 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.21 0.13 0.47 0.01 0.62 0.73 0.53
N7 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.19 0.06 0.74 0.02 0.81 0.98 0.78
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.49 0.02 0.54 0.64 0.49
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.10 0.15 0.14 0.09 0.14 0.19 0.14 0.22 0.16 0.19 0.10 0.00 0.06 0.11 0.15 0.16 0.44 0.37 0.18
O3' 0.12 0.24 0.03 0.01 0.13 0.03 0.15 0.10 0.19 0.18 0.22 0.30 0.21 0.19 0.08 0.06 0.00 0.08 0.32 0.21 0.65 0.34 0.34
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.16 0.13 0.06 0.02 0.11 0.08 0.00 0.16 0.05 0.34 0.41 0.25
O5' 0.23 0.55 0.36 0.40 0.55 0.03 0.68 0.01 0.72 0.66 0.65 0.51 0.47 0.74 0.49 0.15 0.32 0.16 0.00 0.78 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.24 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.21 0.05 0.78 0.00 0.95 1.15 0.89
OP1 0.38 0.71 0.50 0.56 0.65 0.33 0.78 0.27 0.86 0.67 0.82 0.70 0.62 0.81 0.54 0.44 0.65 0.34 0.03 0.95 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.85 0.47 0.32 0.77 0.30 0.95 0.40 1.05 0.79 0.98 0.83 0.73 0.98 0.64 0.37 0.34 0.41 0.02 1.15 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.62 0.35 0.35 0.58 0.09 0.73 0.02 0.80 0.64 0.74 0.60 0.53 0.78 0.49 0.18 0.34 0.25 0.01 0.89 0.01 0.01 0.00