ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50685

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 4, 3, 0, 1, 2, 3, 2, 6, 1, 9, 4, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.017, 0.039, 0.062, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.039 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.029, 0.058, 0.088, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.058 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.030, 0.062, 0.094, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.062 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.032, 0.066, 0.100, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.066 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.113, 0.347, 0.581, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.347 std_dev=0.234
C2' A 0, 0.152, 0.439, 0.726, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.439 std_dev=0.287
C6 B 0, 0.326, 0.622, 0.917, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.622 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.325, 0.640, 0.955, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.640 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.250, 0.574, 0.899, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.574 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.506, 0.848, 1.191, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.848 std_dev=0.343
C4' A 0, 0.139, 0.499, 0.860, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.499 std_dev=0.361
O2' A 0, 0.203, 0.604, 1.005, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.604 std_dev=0.401
C2 B 0, 0.492, 0.904, 1.316, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.904 std_dev=0.412
C3' A 0, 0.213, 0.647, 1.080, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.647 std_dev=0.434
N3 B 0, 0.646, 1.100, 1.554, 1.768 max_d=1.768 avg_d=1.100 std_dev=0.454
N7 B 0, 0.459, 0.916, 1.374, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.916 std_dev=0.458
N9 B 0, 0.630, 1.102, 1.575, 1.914 max_d=1.914 avg_d=1.102 std_dev=0.472
C8 B 0, 0.521, 1.011, 1.501, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.011 std_dev=0.490
O6 B 0, 0.466, 0.957, 1.448, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.957 std_dev=0.491
N2 B 0, 0.613, 1.234, 1.855, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.234 std_dev=0.621
O3' A 0, 0.341, 0.968, 1.595, 2.191 max_d=2.191 avg_d=0.968 std_dev=0.627
C5' A 0, 0.255, 0.893, 1.532, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.893 std_dev=0.638
O4' B 0, 0.675, 1.343, 2.011, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.343 std_dev=0.668
O5' A 0, 0.278, 0.990, 1.702, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.990 std_dev=0.712
C1' B 0, 0.907, 1.622, 2.337, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.622 std_dev=0.715
OP2 A 0, 0.304, 1.149, 1.994, 2.935 max_d=2.935 avg_d=1.149 std_dev=0.845
P A 0, 0.253, 1.102, 1.951, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.102 std_dev=0.849
OP1 A 0, 0.234, 1.194, 2.154, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.194 std_dev=0.960
C4' B 0, 0.807, 1.775, 2.743, 4.319 max_d=4.319 avg_d=1.775 std_dev=0.968
O3' B 0, 0.718, 1.702, 2.686, 3.807 max_d=3.807 avg_d=1.702 std_dev=0.984
C3' B 0, 1.048, 2.082, 3.116, 3.996 max_d=3.996 avg_d=2.082 std_dev=1.034
O5' B 0, 1.114, 2.221, 3.327, 5.684 max_d=5.684 avg_d=2.221 std_dev=1.107
C5' B 0, 0.795, 2.045, 3.295, 5.376 max_d=5.376 avg_d=2.045 std_dev=1.250
C2' B 0, 1.249, 2.571, 3.893, 4.289 max_d=4.289 avg_d=2.571 std_dev=1.322
P B 0, 1.226, 2.642, 4.059, 6.626 max_d=6.626 avg_d=2.642 std_dev=1.416
OP1 B 0, 1.369, 2.870, 4.370, 6.319 max_d=6.319 avg_d=2.870 std_dev=1.501
OP2 B 0, 1.577, 3.393, 5.208, 7.010 max_d=7.010 avg_d=3.393 std_dev=1.815
O2' B 0, 1.482, 3.357, 5.231, 5.561 max_d=5.561 avg_d=3.357 std_dev=1.874

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.13 0.16 0.11
C2 0.05 0.00 0.22 0.20 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.27 0.05 0.21 0.23 0.35 0.24
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.02 0.11 0.10 0.17 0.22 0.10 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.20 0.20 0.14
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.12 0.18 0.16 0.19 0.12 0.16 0.07 0.02 0.01 0.01 0.20 0.26 0.22 0.19
C4 0.02 0.01 0.12 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.13 0.03 0.23 0.24 0.33 0.25
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.06 0.08 0.06 0.10 0.04 0.07 0.04 0.00 0.02 0.13 0.10 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.31 0.34 0.44 0.35
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.15 0.08 0.06 0.13 0.16 0.08 0.07 0.05 0.02 0.02 0.11 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.16 0.03 0.31 0.35 0.47 0.37
C8 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.04 0.35 0.35 0.39 0.35
N1 0.04 0.00 0.17 0.16 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.22 0.04 0.26 0.29 0.42 0.31
N3 0.05 0.01 0.22 0.19 0.01 0.08 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.24 0.25 0.04 0.18 0.19 0.29 0.20
N6 0.02 0.01 0.10 0.12 0.02 0.06 0.02 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.17 0.04 0.35 0.42 0.54 0.43
N7 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.19 0.04 0.38 0.41 0.49 0.42
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.23 0.23 0.28 0.23
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.12 0.07 0.08 0.07 0.13 0.07 0.21 0.24 0.11 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.17 0.14 0.07
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.13 0.04 0.13 0.05 0.16 0.20 0.22 0.25 0.17 0.19 0.07 0.05 0.00 0.03 0.18 0.31 0.25 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.12 0.16 0.13
O5' 0.11 0.21 0.15 0.20 0.23 0.02 0.31 0.02 0.31 0.35 0.26 0.18 0.35 0.38 0.23 0.07 0.18 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.23 0.20 0.26 0.24 0.13 0.34 0.11 0.35 0.35 0.29 0.19 0.42 0.41 0.23 0.17 0.31 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.35 0.20 0.22 0.33 0.10 0.44 0.15 0.47 0.39 0.42 0.29 0.54 0.49 0.28 0.14 0.25 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.14 0.19 0.25 0.04 0.35 0.02 0.37 0.35 0.31 0.20 0.43 0.42 0.23 0.07 0.21 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.24 0.64 0.84 0.21 0.54 0.18 0.63 0.20 0.21 0.19 0.33 0.27 0.20 0.23 0.48 0.70 0.35 1.01 0.29 1.15 1.74 1.30
C2 0.30 0.26 0.66 0.77 0.24 0.48 0.23 0.54 0.29 0.24 0.25 0.35 0.29 0.25 0.25 0.41 0.55 0.35 0.97 0.40 0.94 1.58 1.17
C2' 0.45 0.40 0.82 0.97 0.34 0.68 0.25 0.72 0.23 0.28 0.26 0.53 0.44 0.25 0.36 0.57 0.83 0.48 1.05 0.31 1.11 1.73 1.30
C3' 0.37 0.37 0.69 0.85 0.29 0.58 0.22 0.62 0.22 0.24 0.24 0.52 0.39 0.25 0.29 0.54 0.74 0.42 0.97 0.32 1.08 1.74 1.27
C4 0.25 0.24 0.54 0.74 0.19 0.45 0.18 0.54 0.20 0.19 0.18 0.34 0.25 0.21 0.20 0.48 0.57 0.31 0.97 0.31 1.07 1.73 1.27
C4' 0.27 0.25 0.58 0.78 0.19 0.50 0.17 0.58 0.19 0.19 0.18 0.37 0.27 0.21 0.20 0.53 0.66 0.33 0.97 0.29 1.15 1.76 1.29
C5 0.22 0.25 0.43 0.64 0.18 0.38 0.16 0.47 0.17 0.19 0.17 0.37 0.24 0.21 0.19 0.58 0.50 0.27 0.95 0.26 1.10 1.81 1.30
C5' 0.20 0.21 0.42 0.64 0.15 0.37 0.19 0.47 0.22 0.22 0.19 0.33 0.20 0.26 0.17 0.63 0.54 0.28 0.92 0.33 1.17 1.79 1.29
C6 0.22 0.27 0.40 0.60 0.18 0.35 0.17 0.43 0.17 0.19 0.18 0.40 0.25 0.21 0.18 0.56 0.44 0.26 0.94 0.28 1.04 1.78 1.27
C8 0.23 0.24 0.44 0.67 0.17 0.41 0.16 0.52 0.16 0.20 0.17 0.35 0.23 0.21 0.19 0.64 0.55 0.28 0.96 0.24 1.19 1.86 1.35
N1 0.24 0.25 0.51 0.66 0.19 0.39 0.19 0.46 0.24 0.20 0.18 0.39 0.26 0.23 0.20 0.41 0.46 0.29 0.95 0.38 0.95 1.66 1.20
N3 0.30 0.25 0.67 0.80 0.23 0.51 0.22 0.58 0.26 0.23 0.24 0.34 0.28 0.24 0.25 0.43 0.61 0.35 0.99 0.37 1.00 1.61 1.20
N6 0.26 0.34 0.35 0.52 0.23 0.30 0.20 0.39 0.19 0.25 0.28 0.44 0.29 0.25 0.23 0.71 0.40 0.27 0.91 0.23 1.08 1.87 1.30
N7 0.24 0.26 0.39 0.61 0.18 0.37 0.17 0.47 0.16 0.22 0.20 0.37 0.24 0.23 0.20 0.71 0.50 0.27 0.94 0.23 1.18 1.89 1.35
N9 0.25 0.23 0.53 0.75 0.19 0.47 0.17 0.56 0.19 0.19 0.18 0.34 0.24 0.20 0.20 0.52 0.61 0.31 0.98 0.28 1.14 1.78 1.30
O2' 0.59 0.46 1.02 1.14 0.43 0.83 0.30 0.87 0.25 0.37 0.30 0.57 0.53 0.29 0.47 0.71 0.99 0.59 1.16 0.30 1.17 1.72 1.35
O3' 0.48 0.46 0.82 0.95 0.37 0.68 0.27 0.69 0.26 0.29 0.30 0.63 0.50 0.28 0.37 0.62 0.84 0.50 1.01 0.35 1.07 1.73 1.27
O4' 0.23 0.20 0.52 0.74 0.16 0.45 0.17 0.57 0.20 0.19 0.18 0.28 0.20 0.20 0.18 0.56 0.61 0.29 0.98 0.30 1.19 1.76 1.31
O5' 0.34 0.27 0.37 0.51 0.30 0.33 0.37 0.40 0.38 0.42 0.30 0.34 0.26 0.45 0.34 0.78 0.44 0.40 0.86 0.48 1.12 1.79 1.26
OP1 0.37 0.30 0.35 0.45 0.33 0.33 0.41 0.39 0.41 0.47 0.33 0.38 0.29 0.51 0.37 0.84 0.39 0.43 0.86 0.52 1.17 1.86 1.31
OP2 0.50 0.38 0.44 0.42 0.44 0.41 0.52 0.48 0.50 0.60 0.41 0.42 0.37 0.62 0.50 1.02 0.40 0.54 0.90 0.59 1.24 1.94 1.37
P 0.38 0.28 0.35 0.42 0.34 0.31 0.42 0.39 0.41 0.48 0.33 0.34 0.27 0.51 0.39 0.91 0.37 0.43 0.88 0.52 1.21 1.89 1.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.28 0.02 0.24 0.33 0.20
C2 0.06 0.00 0.41 0.38 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.25 0.24 0.69 0.02 0.53 1.12 0.78
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.21 0.02 0.10 0.19 0.18 0.18 0.31 0.49 0.40 0.11 0.03 0.01 0.03 0.02 0.35 0.13 0.46 0.60 0.38
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.35 0.01 0.42 0.03 0.45 0.34 0.43 0.36 0.32 0.41 0.27 0.03 0.01 0.03 0.33 0.48 0.50 0.64 0.40
C4 0.03 0.01 0.21 0.35 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.13 0.13 0.72 0.02 0.52 1.12 0.81
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.24 0.15 0.18 0.14 0.24 0.12 0.33 0.03 0.01 0.02 0.20 0.43 0.35 0.17
C5 0.02 0.01 0.10 0.42 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.12 0.06 0.92 0.02 0.82 1.58 1.14
C5' 0.06 0.21 0.19 0.03 0.16 0.01 0.25 0.00 0.27 0.31 0.23 0.24 0.18 0.34 0.15 0.14 0.23 0.02 0.01 0.32 0.20 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.45 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.37 0.15 0.11 0.96 0.01 0.91 1.73 1.23
C8 0.02 0.02 0.18 0.34 0.01 0.24 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.42 0.16 0.15 0.90 0.03 0.79 1.43 1.08
N1 0.05 0.01 0.31 0.43 0.02 0.15 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.17 0.18 0.85 0.02 0.74 1.47 1.04
N2 0.07 0.00 0.49 0.36 0.02 0.18 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.32 0.33 0.28 0.62 0.03 0.51 0.99 0.68
N3 0.06 0.01 0.40 0.32 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.27 0.23 0.59 0.02 0.41 0.90 0.62
N7 0.02 0.02 0.11 0.41 0.01 0.24 0.01 0.34 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.46 0.20 0.09 1.02 0.04 1.01 1.80 1.32
N9 0.01 0.02 0.03 0.27 0.01 0.12 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.24 0.11 0.02 0.65 0.02 0.42 0.93 0.69
O2' 0.02 0.26 0.01 0.03 0.23 0.33 0.37 0.14 0.37 0.42 0.30 0.32 0.23 0.46 0.24 0.00 0.05 0.23 0.20 0.44 0.43 0.65 0.30
O3' 0.35 0.25 0.03 0.01 0.13 0.03 0.12 0.23 0.15 0.16 0.17 0.33 0.27 0.20 0.11 0.05 0.00 0.23 0.27 0.19 0.53 0.72 0.35
O4' 0.01 0.24 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.15 0.18 0.28 0.23 0.09 0.02 0.23 0.23 0.00 0.36 0.09 0.26 0.36 0.28
O5' 0.28 0.69 0.35 0.33 0.72 0.02 0.92 0.01 0.96 0.90 0.85 0.62 0.59 1.02 0.65 0.20 0.27 0.36 0.00 1.06 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.13 0.48 0.02 0.20 0.02 0.32 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.44 0.19 0.09 1.06 0.00 1.11 1.99 1.42
OP1 0.24 0.53 0.46 0.50 0.52 0.43 0.82 0.20 0.91 0.79 0.74 0.51 0.41 1.01 0.42 0.43 0.53 0.26 0.02 1.11 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 1.12 0.60 0.64 1.12 0.35 1.58 0.30 1.73 1.43 1.47 0.99 0.90 1.80 0.93 0.65 0.72 0.36 0.02 1.99 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.78 0.38 0.40 0.81 0.17 1.14 0.02 1.23 1.08 1.04 0.68 0.62 1.32 0.69 0.30 0.35 0.28 0.01 1.42 0.01 0.01 0.00