ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50686

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 6, 9, 2, 2, 5, 4, 0, 0, 1, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.020, 0.043, 0.066, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.043 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.007, 0.035, 0.064, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.035 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.009, 0.041, 0.073, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.041 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.281, 0.640, 1.000, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.640 std_dev=0.360
N9 B 0, 0.679, 1.051, 1.423, 1.737 max_d=1.737 avg_d=1.051 std_dev=0.372
C4 B 0, 0.609, 0.983, 1.358, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.983 std_dev=0.374
N1 B 0, 0.532, 0.908, 1.284, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.908 std_dev=0.376
C2' A 0, 0.306, 0.690, 1.075, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.690 std_dev=0.384
C6 B 0, 0.498, 0.884, 1.271, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.884 std_dev=0.386
C5 B 0, 0.532, 0.936, 1.340, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.936 std_dev=0.404
O4' B 0, 0.707, 1.115, 1.523, 1.712 max_d=1.712 avg_d=1.115 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.792, 1.226, 1.660, 2.092 max_d=2.092 avg_d=1.226 std_dev=0.434
N3 B 0, 0.762, 1.208, 1.653, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.208 std_dev=0.446
C2 B 0, 0.707, 1.164, 1.622, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.164 std_dev=0.458
O6 B 0, 0.545, 1.030, 1.515, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.030 std_dev=0.485
C8 B 0, 0.568, 1.100, 1.633, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.100 std_dev=0.532
C4' B 0, 0.907, 1.509, 2.110, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.509 std_dev=0.602
O2' A 0, 0.289, 0.893, 1.497, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.893 std_dev=0.604
C4' A 0, 0.443, 1.056, 1.669, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.056 std_dev=0.613
N7 B 0, 0.488, 1.110, 1.731, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.110 std_dev=0.621
C3' A 0, 0.503, 1.138, 1.772, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.138 std_dev=0.635
C2' B 0, 1.070, 1.738, 2.407, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.738 std_dev=0.669
N2 B 0, 0.815, 1.487, 2.158, 3.134 max_d=3.134 avg_d=1.487 std_dev=0.671
C5' B 0, 0.931, 1.625, 2.318, 3.115 max_d=3.115 avg_d=1.625 std_dev=0.693
C3' B 0, 1.069, 1.826, 2.584, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.826 std_dev=0.758
O2' B 0, 1.224, 1.994, 2.764, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.994 std_dev=0.770
C5' A 0, 0.845, 1.618, 2.392, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.618 std_dev=0.774
O3' A 0, 0.742, 1.697, 2.652, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.697 std_dev=0.955
O5' B 0, 0.851, 1.818, 2.785, 3.951 max_d=3.951 avg_d=1.818 std_dev=0.967
O3' B 0, 1.271, 2.255, 3.238, 3.982 max_d=3.982 avg_d=2.255 std_dev=0.983
O5' A 0, 0.539, 1.687, 2.836, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.687 std_dev=1.148
P B 0, 0.685, 2.127, 3.569, 5.928 max_d=5.928 avg_d=2.127 std_dev=1.442
OP1 B 0, 0.814, 2.412, 4.010, 6.753 max_d=6.753 avg_d=2.412 std_dev=1.598
OP2 B 0, 0.519, 2.435, 4.351, 7.400 max_d=7.400 avg_d=2.435 std_dev=1.916
P A 0, 1.067, 3.037, 5.007, 5.950 max_d=5.950 avg_d=3.037 std_dev=1.970
OP2 A 0, 1.777, 3.851, 5.925, 6.984 max_d=6.984 avg_d=3.851 std_dev=2.074
OP1 A 0, 1.562, 3.843, 6.123, 7.043 max_d=7.043 avg_d=3.843 std_dev=2.281

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.00 0.20 0.22 0.38 0.22
C2 0.02 0.00 0.44 0.52 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.47 0.17 0.52 0.77 0.94 0.63
C2' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.22 0.01 0.09 0.20 0.18 0.24 0.33 0.45 0.13 0.15 0.03 0.01 0.02 0.02 0.41 0.41 0.57 0.42
C3' 0.02 0.52 0.01 0.00 0.36 0.00 0.38 0.02 0.45 0.32 0.50 0.47 0.46 0.35 0.22 0.02 0.01 0.02 0.19 0.35 0.33 0.22
C4 0.01 0.01 0.22 0.36 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.22 0.09 0.43 0.53 0.74 0.48
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.18 0.19 0.18 0.15 0.20 0.19 0.10 0.27 0.02 0.01 0.02 0.19 0.11 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.38 0.01 0.16 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.16 0.04 0.48 0.58 0.86 0.58
C5' 0.06 0.29 0.20 0.02 0.22 0.01 0.27 0.00 0.31 0.21 0.32 0.24 0.34 0.27 0.15 0.07 0.19 0.03 0.01 0.11 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.45 0.01 0.18 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.25 0.07 0.55 0.74 1.02 0.70
C8 0.01 0.01 0.24 0.32 0.01 0.19 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.25 0.12 0.31 0.29 0.58 0.37
N1 0.02 0.01 0.33 0.50 0.01 0.18 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.38 0.13 0.56 0.82 1.04 0.71
N3 0.02 0.00 0.45 0.47 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.44 0.17 0.45 0.64 0.79 0.52
N6 0.02 0.02 0.13 0.46 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.31 0.25 0.05 0.57 0.78 1.09 0.76
N7 0.01 0.01 0.15 0.35 0.01 0.19 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.22 0.07 0.42 0.45 0.76 0.52
N9 0.01 0.01 0.03 0.22 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.10 0.01 0.30 0.31 0.53 0.32
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.16 0.27 0.28 0.07 0.25 0.38 0.18 0.19 0.31 0.39 0.20 0.00 0.05 0.22 0.27 0.37 0.57 0.35
O3' 0.31 0.47 0.02 0.01 0.22 0.02 0.16 0.19 0.25 0.25 0.38 0.44 0.25 0.22 0.10 0.05 0.00 0.23 0.28 0.65 0.42 0.39
O4' 0.00 0.17 0.02 0.02 0.09 0.01 0.04 0.03 0.07 0.12 0.13 0.17 0.05 0.07 0.01 0.22 0.23 0.00 0.10 0.19 0.26 0.20
O5' 0.20 0.52 0.41 0.19 0.43 0.02 0.48 0.01 0.55 0.31 0.56 0.45 0.57 0.42 0.30 0.27 0.28 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.77 0.41 0.35 0.53 0.19 0.58 0.11 0.74 0.29 0.82 0.64 0.78 0.45 0.31 0.37 0.65 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.94 0.57 0.33 0.74 0.11 0.86 0.05 1.02 0.58 1.04 0.79 1.09 0.76 0.53 0.57 0.42 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.63 0.42 0.22 0.48 0.09 0.58 0.02 0.70 0.37 0.71 0.52 0.76 0.52 0.32 0.35 0.39 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.27 0.29 0.12 0.17 0.12 0.14 0.13 0.12 0.12 0.23 0.16 0.14 0.12 0.31 0.40 0.16 0.36 0.20 0.30 0.87 0.54
C2 0.18 0.20 0.26 0.29 0.16 0.19 0.19 0.18 0.22 0.18 0.18 0.30 0.19 0.21 0.16 0.29 0.38 0.17 0.36 0.30 0.30 0.80 0.50
C2' 0.48 0.40 0.38 0.34 0.42 0.44 0.37 0.41 0.34 0.41 0.35 0.43 0.44 0.38 0.44 0.47 0.33 0.53 0.54 0.33 0.43 0.99 0.68
C3' 0.77 0.63 0.60 0.55 0.69 0.72 0.67 0.70 0.62 0.73 0.59 0.61 0.68 0.70 0.73 0.67 0.51 0.84 0.82 0.61 0.73 1.24 0.97
C4 0.16 0.17 0.24 0.26 0.12 0.15 0.12 0.14 0.14 0.12 0.12 0.26 0.17 0.14 0.12 0.28 0.35 0.16 0.37 0.20 0.33 0.91 0.57
C4' 0.43 0.33 0.35 0.33 0.36 0.37 0.33 0.33 0.30 0.37 0.28 0.35 0.37 0.35 0.39 0.42 0.42 0.49 0.50 0.30 0.41 1.01 0.68
C5 0.17 0.21 0.23 0.25 0.14 0.16 0.13 0.17 0.13 0.13 0.14 0.29 0.20 0.14 0.14 0.26 0.33 0.17 0.41 0.18 0.41 1.00 0.64
C5' 0.67 0.52 0.52 0.49 0.59 0.61 0.56 0.59 0.50 0.62 0.47 0.51 0.58 0.59 0.63 0.58 0.51 0.75 0.72 0.48 0.66 1.21 0.91
C6 0.18 0.24 0.24 0.26 0.16 0.17 0.13 0.18 0.13 0.13 0.17 0.33 0.22 0.14 0.15 0.27 0.32 0.17 0.41 0.19 0.42 1.00 0.64
C8 0.17 0.19 0.23 0.25 0.14 0.16 0.13 0.17 0.13 0.14 0.14 0.27 0.18 0.15 0.14 0.27 0.33 0.17 0.42 0.18 0.44 1.04 0.67
N1 0.17 0.22 0.23 0.25 0.14 0.16 0.15 0.16 0.18 0.14 0.15 0.34 0.20 0.18 0.14 0.26 0.33 0.16 0.37 0.27 0.33 0.88 0.56
N3 0.18 0.18 0.27 0.30 0.15 0.19 0.17 0.17 0.19 0.16 0.16 0.26 0.18 0.19 0.15 0.30 0.39 0.17 0.36 0.26 0.29 0.81 0.51
N6 0.23 0.31 0.28 0.29 0.22 0.22 0.19 0.24 0.19 0.18 0.28 0.37 0.28 0.18 0.20 0.30 0.35 0.21 0.46 0.19 0.52 1.10 0.72
N7 0.18 0.22 0.24 0.26 0.17 0.18 0.15 0.20 0.15 0.16 0.17 0.29 0.21 0.17 0.16 0.26 0.33 0.19 0.44 0.19 0.49 1.09 0.71
N9 0.16 0.17 0.24 0.26 0.12 0.15 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11 0.24 0.17 0.14 0.12 0.28 0.35 0.16 0.38 0.19 0.35 0.94 0.59
O2' 0.32 0.30 0.36 0.35 0.28 0.32 0.26 0.28 0.27 0.26 0.28 0.34 0.31 0.26 0.28 0.41 0.40 0.32 0.45 0.30 0.32 0.90 0.58
O3' 0.78 0.60 0.71 0.67 0.64 0.75 0.56 0.70 0.48 0.64 0.48 0.64 0.67 0.57 0.69 0.81 0.73 0.83 0.85 0.43 0.69 1.28 0.98
O4' 0.23 0.23 0.40 0.44 0.18 0.27 0.15 0.23 0.14 0.15 0.17 0.30 0.24 0.15 0.18 0.43 0.58 0.20 0.40 0.17 0.37 0.89 0.57
O5' 0.93 0.79 0.78 0.75 0.85 0.88 0.82 0.86 0.75 0.88 0.73 0.76 0.84 0.84 0.89 0.83 0.72 1.00 0.97 0.71 0.94 1.44 1.16
OP1 1.59 1.26 1.35 1.32 1.41 1.55 1.34 1.55 1.20 1.49 1.16 1.19 1.38 1.39 1.51 1.42 1.23 1.71 1.56 1.09 1.54 1.88 1.71
OP2 1.63 1.39 1.45 1.43 1.52 1.60 1.48 1.59 1.39 1.59 1.34 1.32 1.48 1.53 1.59 1.49 1.36 1.72 1.63 1.32 1.64 1.98 1.79
P 1.27 1.04 1.08 1.05 1.16 1.23 1.12 1.22 1.02 1.22 0.98 0.98 1.12 1.16 1.22 1.12 0.99 1.37 1.27 0.96 1.27 1.66 1.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.24 0.03 0.13 0.42 0.24
C2 0.03 0.00 0.17 0.18 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.23 0.08 0.29 0.01 0.19 0.69 0.41
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.13 0.20 0.17 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.27 0.16 0.06
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.13 0.11 0.16 0.20 0.16 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.10 0.13 0.26 0.09 0.12
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.04 0.36 0.02 0.24 0.77 0.48
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.24 0.05 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.45 0.02 0.43 0.99 0.65
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.13 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.14 0.11 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.16 0.05 0.44 0.01 0.44 1.02 0.66
C8 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.05 0.54 0.03 0.49 1.01 0.70
N1 0.03 0.01 0.13 0.16 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.21 0.07 0.36 0.01 0.30 0.87 0.54
N2 0.04 0.00 0.20 0.20 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.28 0.10 0.25 0.02 0.18 0.60 0.34
N3 0.03 0.01 0.17 0.16 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.08 0.27 0.02 0.16 0.61 0.35
N7 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.54 0.03 0.59 1.16 0.78
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.39 0.03 0.24 0.73 0.47
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.12 0.20 0.15 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.48 0.11 0.18
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.04 0.16 0.13 0.21 0.28 0.20 0.13 0.06 0.06 0.00 0.02 0.30 0.17 0.56 0.42 0.42
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.26 0.05 0.14 0.39 0.25
O5' 0.24 0.29 0.08 0.10 0.36 0.01 0.45 0.01 0.44 0.54 0.36 0.25 0.27 0.54 0.39 0.06 0.30 0.26 0.00 0.47 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.07 0.13 0.02 0.07 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.17 0.05 0.47 0.00 0.55 1.14 0.74
OP1 0.13 0.19 0.27 0.26 0.24 0.24 0.43 0.11 0.44 0.49 0.30 0.18 0.16 0.59 0.24 0.48 0.56 0.14 0.02 0.55 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.69 0.16 0.09 0.77 0.05 0.99 0.04 1.02 1.01 0.87 0.60 0.61 1.16 0.73 0.11 0.42 0.39 0.02 1.14 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.41 0.06 0.12 0.48 0.08 0.65 0.02 0.66 0.70 0.54 0.34 0.35 0.78 0.47 0.18 0.42 0.25 0.00 0.74 0.00 0.01 0.00