ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50687

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 2, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N1 A 0, -0.006, 0.016, 0.038, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.016 std_dev=0.022
N9 A 0, -0.001, 0.022, 0.044, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.022 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.003, 0.027, 0.051, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.007, 0.022, 0.050, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.022 std_dev=0.028
C2 A 0, -0.014, 0.017, 0.047, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.017 std_dev=0.030
C1' A 0, -0.013, 0.020, 0.052, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.020 std_dev=0.032
N6 A 0, -0.007, 0.031, 0.070, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.031 std_dev=0.038
C2' A 0, -0.033, 0.084, 0.202, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.084 std_dev=0.118
O4' A 0, -0.010, 0.124, 0.258, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.124 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.005, 0.173, 0.340, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.173 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.050, 0.223, 0.395, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.223 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.065, 0.251, 0.436, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.251 std_dev=0.186
C3' A 0, 0.021, 0.233, 0.444, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.233 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.044, 0.262, 0.481, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.262 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.079, 0.302, 0.524, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.302 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.039, 0.281, 0.522, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.281 std_dev=0.241
N2 B 0, 0.064, 0.306, 0.548, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.306 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.047, 0.298, 0.549, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.298 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.041, 0.297, 0.552, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.297 std_dev=0.256
O6 B 0, 0.013, 0.308, 0.603, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.308 std_dev=0.295
O3' A 0, 0.002, 0.307, 0.613, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.307 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.135, 0.452, 0.768, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.452 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.093, 0.436, 0.778, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.436 std_dev=0.343
N9 B 0, 0.023, 0.373, 0.724, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.373 std_dev=0.350
N7 B 0, 0.013, 0.375, 0.738, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.375 std_dev=0.362
C5' A 0, 0.059, 0.438, 0.816, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.438 std_dev=0.378
C8 B 0, 0.012, 0.407, 0.803, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.407 std_dev=0.396
C1' B 0, 0.058, 0.462, 0.865, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.462 std_dev=0.404
C4' B 0, 0.104, 0.522, 0.940, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.522 std_dev=0.418
O3' B 0, 0.170, 0.589, 1.008, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.589 std_dev=0.419
C3' B 0, 0.098, 0.532, 0.965, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.532 std_dev=0.433
P A 0, 0.094, 0.538, 0.982, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.538 std_dev=0.444
OP2 A 0, 0.074, 0.565, 1.056, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.565 std_dev=0.491
O5' B 0, 0.088, 0.628, 1.168, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.628 std_dev=0.540
OP1 A 0, 0.110, 0.696, 1.282, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.696 std_dev=0.586
C5' B 0, 0.028, 0.633, 1.238, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.633 std_dev=0.605
C2' B 0, -0.054, 0.591, 1.236, 2.750 max_d=2.750 avg_d=0.591 std_dev=0.645
P B 0, 0.081, 0.737, 1.394, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.737 std_dev=0.656
OP2 B 0, 0.088, 0.746, 1.403, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.746 std_dev=0.657
OP1 B 0, 0.091, 0.818, 1.545, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.818 std_dev=0.727
O2' B 0, -0.191, 0.759, 1.709, 4.004 max_d=4.004 avg_d=0.759 std_dev=0.950

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.12 0.09
C2 0.06 0.00 0.10 0.09 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.12 0.07 0.15 0.19 0.30 0.21
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.08 0.07
C4 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03 0.16 0.20 0.27 0.21
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.04 0.05 0.11 0.12 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.24 0.30 0.37 0.30
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.00 0.17 0.00 0.17 0.18 0.12 0.05 0.22 0.21 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.10 0.05 0.25 0.34 0.42 0.33
C8 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.12 0.05 0.23 0.25 0.27 0.25
N1 0.05 0.00 0.08 0.08 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.10 0.06 0.21 0.28 0.38 0.28
N3 0.06 0.00 0.10 0.08 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.11 0.07 0.12 0.14 0.25 0.17
N6 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.12 0.06 0.31 0.43 0.50 0.41
N7 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.12 0.00 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.28 0.35 0.39 0.34
N9 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.14 0.16 0.20 0.17
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.08 0.03 0.06 0.03 0.10 0.04 0.15 0.16 0.09 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.10 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.05 0.04 0.00 0.02 0.08 0.18 0.12 0.12
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.07 0.12 0.09
O5' 0.06 0.15 0.04 0.06 0.16 0.01 0.24 0.01 0.25 0.23 0.21 0.12 0.31 0.28 0.14 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.19 0.08 0.11 0.20 0.04 0.30 0.03 0.34 0.25 0.28 0.14 0.43 0.35 0.16 0.08 0.18 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.30 0.07 0.08 0.27 0.03 0.37 0.02 0.42 0.27 0.38 0.25 0.50 0.39 0.20 0.06 0.12 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.05 0.07 0.21 0.02 0.30 0.01 0.33 0.25 0.28 0.17 0.41 0.34 0.17 0.04 0.12 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.07 0.39 0.37 0.06 0.14 0.06 0.19 0.07 0.06 0.05 0.12 0.08 0.07 0.07 0.30 0.27 0.18 0.25 0.11 0.27 0.35 0.30
C2 0.07 0.06 0.30 0.32 0.04 0.09 0.07 0.16 0.10 0.06 0.08 0.11 0.05 0.08 0.04 0.18 0.22 0.18 0.21 0.15 0.22 0.28 0.26
C2' 0.21 0.16 0.53 0.46 0.15 0.17 0.11 0.16 0.10 0.12 0.11 0.20 0.18 0.10 0.16 0.47 0.32 0.10 0.23 0.11 0.24 0.30 0.26
C3' 0.20 0.17 0.50 0.44 0.14 0.15 0.11 0.13 0.11 0.11 0.12 0.21 0.18 0.10 0.14 0.43 0.30 0.07 0.18 0.14 0.19 0.25 0.22
C4 0.08 0.04 0.29 0.31 0.05 0.11 0.07 0.19 0.08 0.08 0.04 0.09 0.05 0.10 0.06 0.18 0.22 0.20 0.24 0.12 0.26 0.32 0.30
C4' 0.13 0.09 0.42 0.39 0.05 0.14 0.05 0.18 0.07 0.04 0.05 0.15 0.10 0.07 0.06 0.33 0.29 0.14 0.24 0.13 0.25 0.32 0.28
C5 0.11 0.06 0.23 0.29 0.09 0.14 0.11 0.23 0.10 0.13 0.06 0.08 0.08 0.14 0.11 0.16 0.22 0.22 0.28 0.12 0.31 0.35 0.34
C5' 0.07 0.07 0.32 0.31 0.06 0.09 0.12 0.17 0.15 0.12 0.10 0.12 0.06 0.16 0.06 0.22 0.23 0.17 0.22 0.21 0.24 0.31 0.27
C6 0.14 0.09 0.21 0.29 0.12 0.16 0.12 0.25 0.11 0.15 0.08 0.09 0.11 0.15 0.14 0.18 0.23 0.23 0.30 0.11 0.32 0.35 0.35
C8 0.09 0.05 0.26 0.29 0.08 0.12 0.10 0.22 0.10 0.12 0.05 0.08 0.05 0.14 0.09 0.16 0.22 0.22 0.27 0.13 0.30 0.35 0.33
N1 0.12 0.08 0.23 0.30 0.09 0.14 0.08 0.22 0.07 0.11 0.05 0.10 0.09 0.10 0.10 0.17 0.23 0.21 0.26 0.11 0.28 0.31 0.31
N3 0.06 0.06 0.33 0.33 0.03 0.08 0.06 0.14 0.09 0.06 0.07 0.12 0.05 0.08 0.03 0.22 0.22 0.17 0.20 0.13 0.21 0.28 0.25
N6 0.20 0.14 0.21 0.29 0.18 0.21 0.18 0.31 0.16 0.20 0.14 0.11 0.15 0.20 0.19 0.25 0.26 0.26 0.35 0.16 0.39 0.40 0.41
N7 0.12 0.07 0.22 0.28 0.11 0.15 0.13 0.25 0.12 0.15 0.07 0.08 0.08 0.16 0.12 0.16 0.22 0.23 0.29 0.14 0.33 0.37 0.36
N9 0.08 0.04 0.31 0.32 0.05 0.11 0.07 0.19 0.08 0.09 0.04 0.09 0.05 0.10 0.06 0.20 0.22 0.20 0.24 0.12 0.27 0.33 0.30
O2' 0.32 0.24 0.66 0.56 0.25 0.29 0.20 0.27 0.17 0.23 0.19 0.26 0.27 0.19 0.27 0.62 0.42 0.20 0.33 0.15 0.33 0.39 0.35
O3' 0.30 0.23 0.61 0.51 0.22 0.22 0.16 0.15 0.14 0.19 0.16 0.27 0.26 0.15 0.23 0.57 0.36 0.10 0.19 0.15 0.20 0.24 0.21
O4' 0.11 0.06 0.34 0.34 0.07 0.14 0.08 0.21 0.09 0.10 0.05 0.11 0.07 0.12 0.08 0.25 0.26 0.21 0.27 0.12 0.29 0.37 0.33
O5' 0.11 0.16 0.27 0.28 0.16 0.09 0.21 0.16 0.23 0.20 0.19 0.18 0.14 0.24 0.15 0.17 0.17 0.21 0.19 0.29 0.21 0.26 0.24
OP1 0.16 0.21 0.26 0.28 0.22 0.14 0.28 0.21 0.30 0.28 0.25 0.21 0.19 0.32 0.21 0.16 0.16 0.26 0.23 0.37 0.25 0.30 0.27
OP2 0.28 0.31 0.28 0.32 0.33 0.27 0.38 0.31 0.39 0.38 0.35 0.30 0.30 0.41 0.33 0.21 0.23 0.36 0.31 0.44 0.33 0.36 0.34
P 0.18 0.21 0.24 0.28 0.23 0.16 0.29 0.22 0.30 0.29 0.25 0.21 0.20 0.33 0.23 0.13 0.17 0.27 0.25 0.37 0.27 0.32 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.13 0.02 0.15 0.17 0.12
C2 0.06 0.00 0.33 0.30 0.02 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.23 0.19 0.21 0.25 0.02 0.26 0.29 0.28
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.18 0.01 0.10 0.13 0.17 0.12 0.27 0.40 0.32 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.13 0.38 0.39 0.32
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.24 0.00 0.26 0.02 0.29 0.17 0.31 0.31 0.25 0.23 0.16 0.01 0.01 0.01 0.05 0.30 0.16 0.09 0.08
C4 0.02 0.02 0.18 0.24 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.11 0.21 0.01 0.22 0.23 0.23
C4' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.12 0.10 0.15 0.10 0.11 0.06 0.18 0.02 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.16 0.06 0.21 0.01 0.23 0.24 0.26
C5' 0.06 0.21 0.13 0.02 0.15 0.00 0.15 0.00 0.17 0.12 0.20 0.24 0.19 0.14 0.10 0.06 0.12 0.01 0.01 0.17 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.29 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.20 0.10 0.23 0.00 0.26 0.29 0.29
C8 0.01 0.02 0.12 0.17 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.24 0.10 0.11 0.14 0.02 0.18 0.16 0.17
N1 0.04 0.01 0.27 0.31 0.02 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.21 0.17 0.25 0.01 0.27 0.30 0.30
N2 0.09 0.00 0.40 0.31 0.03 0.15 0.01 0.24 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.35 0.23 0.25 0.28 0.03 0.28 0.31 0.30
N3 0.05 0.01 0.32 0.25 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.22 0.15 0.20 0.24 0.01 0.24 0.25 0.25
N7 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.16 0.05 0.17 0.02 0.22 0.19 0.24
N9 0.00 0.03 0.03 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.16 0.02 0.17 0.17 0.16
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.06 0.18 0.09 0.06 0.07 0.24 0.14 0.35 0.22 0.21 0.09 0.00 0.04 0.13 0.18 0.10 0.30 0.42 0.26
O3' 0.16 0.19 0.01 0.01 0.11 0.02 0.16 0.12 0.20 0.10 0.21 0.23 0.15 0.16 0.03 0.04 0.00 0.13 0.14 0.23 0.09 0.16 0.12
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.11 0.17 0.25 0.20 0.05 0.01 0.13 0.13 0.00 0.04 0.09 0.05 0.09 0.08
O5' 0.13 0.25 0.26 0.05 0.21 0.01 0.21 0.01 0.23 0.14 0.25 0.28 0.24 0.17 0.16 0.18 0.14 0.04 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.13 0.30 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.10 0.23 0.09 0.23 0.00 0.28 0.30 0.31
OP1 0.15 0.26 0.38 0.16 0.22 0.06 0.23 0.05 0.26 0.18 0.27 0.28 0.24 0.22 0.17 0.30 0.09 0.05 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.29 0.39 0.09 0.23 0.02 0.24 0.02 0.29 0.16 0.30 0.31 0.25 0.19 0.17 0.42 0.16 0.09 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.28 0.32 0.08 0.23 0.02 0.26 0.01 0.29 0.17 0.30 0.30 0.25 0.24 0.16 0.26 0.12 0.08 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00