ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50688

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 3, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.020, 0.035, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.020, 0.036, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.015, 0.043, 0.072, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.043 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.020, 0.086, 0.152, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.086 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.041, 0.126, 0.210, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.126 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.060, 0.169, 0.279, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.169 std_dev=0.110
C4' A 0, 0.024, 0.136, 0.247, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.136 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.055, 0.178, 0.301, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.178 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.084, 0.263, 0.442, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.263 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.069, 0.255, 0.441, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.255 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.100, 0.337, 0.574, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.337 std_dev=0.237
O6 B 0, 0.168, 0.444, 0.719, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.444 std_dev=0.275
P A 0, 0.207, 0.496, 0.785, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.496 std_dev=0.289
C6 B 0, 0.157, 0.450, 0.743, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.450 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.188, 0.487, 0.785, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.487 std_dev=0.298
N7 B 0, 0.212, 0.512, 0.811, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.512 std_dev=0.300
OP1 A 0, 0.249, 0.555, 0.861, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.555 std_dev=0.306
OP2 A 0, 0.267, 0.574, 0.881, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.574 std_dev=0.307
C8 B 0, 0.257, 0.591, 0.926, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.591 std_dev=0.334
N1 B 0, 0.154, 0.494, 0.834, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.494 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.214, 0.559, 0.905, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.559 std_dev=0.346
N9 B 0, 0.265, 0.623, 0.980, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.623 std_dev=0.357
C2 B 0, 0.166, 0.561, 0.956, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.561 std_dev=0.395
N3 B 0, 0.203, 0.602, 1.002, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.602 std_dev=0.399
C1' B 0, 0.330, 0.739, 1.149, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.739 std_dev=0.410
O2' B 0, 0.342, 0.783, 1.225, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.783 std_dev=0.441
N2 B 0, 0.172, 0.626, 1.080, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.626 std_dev=0.454
C2' B 0, 0.341, 0.797, 1.253, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.797 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.362, 0.847, 1.331, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.847 std_dev=0.484
O3' B 0, 0.490, 1.013, 1.535, 1.699 max_d=1.699 avg_d=1.013 std_dev=0.523
C3' B 0, 0.414, 0.947, 1.479, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.947 std_dev=0.532
C4' B 0, 0.395, 0.983, 1.571, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.983 std_dev=0.588
C5' B 0, 0.415, 1.119, 1.822, 2.167 max_d=2.167 avg_d=1.119 std_dev=0.704
O5' B 0, 0.419, 1.151, 1.882, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.151 std_dev=0.731
P B 0, 0.639, 1.565, 2.491, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.565 std_dev=0.926
OP2 B 0, 0.837, 2.127, 3.417, 4.255 max_d=4.255 avg_d=2.127 std_dev=1.290
OP1 B 0, 0.712, 2.037, 3.362, 4.618 max_d=4.618 avg_d=2.037 std_dev=1.325

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.12 0.03 0.07 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.07 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.08 0.10 0.13 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.08 0.11 0.14 0.11
C8 0.02 0.03 0.05 0.08 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.08 0.09 0.11 0.09
N1 0.03 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.03 0.08 0.10 0.13 0.10
N3 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.11 0.03 0.07 0.09 0.10 0.08
N6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.10 0.04 0.10 0.13 0.17 0.13
N7 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.09 0.11 0.14 0.11
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.09 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.12 0.06 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.09 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.10 0.19 0.14 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06
O5' 0.03 0.07 0.05 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.05 0.05 0.10 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.10 0.10 0.12 0.08 0.05 0.10 0.04 0.11 0.09 0.10 0.09 0.13 0.11 0.06 0.12 0.19 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.07 0.09 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.10 0.17 0.14 0.08 0.06 0.14 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.06 0.08 0.08 0.02 0.10 0.02 0.11 0.09 0.10 0.08 0.13 0.11 0.07 0.06 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.19 0.19 0.20 0.20 0.14 0.16 0.11 0.23 0.15 0.14 0.20 0.16 0.32 0.25 0.29 0.42 0.15
C2 0.26 0.22 0.25 0.25 0.25 0.26 0.27 0.29 0.27 0.28 0.24 0.21 0.23 0.29 0.26 0.25 0.28 0.27 0.31 0.30 0.43 0.37 0.21
C2' 0.16 0.13 0.14 0.14 0.17 0.15 0.22 0.20 0.23 0.22 0.17 0.14 0.13 0.26 0.18 0.15 0.21 0.17 0.26 0.29 0.29 0.44 0.13
C3' 0.14 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.19 0.19 0.20 0.20 0.14 0.16 0.12 0.23 0.15 0.13 0.20 0.15 0.29 0.25 0.27 0.49 0.13
C4 0.17 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.21 0.22 0.21 0.22 0.16 0.19 0.14 0.24 0.18 0.15 0.20 0.18 0.29 0.26 0.30 0.44 0.12
C4' 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.17 0.18 0.18 0.18 0.13 0.17 0.11 0.21 0.14 0.12 0.19 0.15 0.35 0.23 0.28 0.46 0.17
C5 0.14 0.15 0.13 0.12 0.14 0.14 0.18 0.23 0.18 0.20 0.15 0.23 0.13 0.23 0.16 0.12 0.16 0.16 0.26 0.24 0.24 0.53 0.11
C5' 0.13 0.14 0.10 0.11 0.11 0.11 0.14 0.18 0.15 0.15 0.13 0.20 0.12 0.18 0.12 0.11 0.19 0.13 0.39 0.19 0.26 0.53 0.19
C6 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.20 0.25 0.20 0.22 0.16 0.23 0.15 0.25 0.18 0.15 0.18 0.18 0.25 0.25 0.29 0.52 0.11
C8 0.11 0.15 0.09 0.09 0.11 0.10 0.16 0.20 0.16 0.18 0.14 0.23 0.12 0.21 0.12 0.10 0.15 0.12 0.29 0.22 0.19 0.59 0.15
N1 0.23 0.19 0.22 0.22 0.23 0.23 0.26 0.28 0.26 0.27 0.21 0.21 0.20 0.28 0.24 0.22 0.24 0.24 0.28 0.29 0.39 0.43 0.17
N3 0.23 0.19 0.22 0.22 0.22 0.23 0.25 0.26 0.25 0.26 0.21 0.19 0.19 0.27 0.23 0.22 0.27 0.25 0.32 0.29 0.39 0.35 0.19
N6 0.17 0.21 0.18 0.17 0.17 0.18 0.19 0.28 0.18 0.22 0.20 0.29 0.18 0.24 0.18 0.17 0.17 0.18 0.20 0.21 0.25 0.63 0.14
N7 0.11 0.17 0.10 0.10 0.12 0.11 0.15 0.22 0.16 0.18 0.15 0.25 0.14 0.21 0.12 0.10 0.14 0.12 0.27 0.21 0.18 0.63 0.15
N9 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.18 0.20 0.19 0.20 0.14 0.19 0.12 0.23 0.15 0.12 0.18 0.15 0.30 0.25 0.26 0.48 0.13
O2' 0.19 0.16 0.17 0.18 0.20 0.18 0.25 0.21 0.26 0.25 0.21 0.14 0.16 0.28 0.21 0.18 0.23 0.20 0.27 0.32 0.33 0.37 0.15
O3' 0.15 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.21 0.19 0.22 0.22 0.16 0.15 0.13 0.25 0.17 0.14 0.21 0.17 0.26 0.27 0.28 0.49 0.13
O4' 0.15 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.17 0.19 0.18 0.18 0.14 0.19 0.12 0.21 0.15 0.13 0.20 0.16 0.37 0.23 0.29 0.45 0.18
O5' 0.12 0.13 0.09 0.09 0.11 0.11 0.16 0.20 0.16 0.18 0.13 0.19 0.11 0.20 0.13 0.08 0.16 0.13 0.34 0.20 0.19 0.60 0.15
OP1 0.12 0.14 0.09 0.08 0.12 0.11 0.16 0.23 0.16 0.19 0.14 0.20 0.11 0.22 0.13 0.07 0.14 0.13 0.33 0.20 0.16 0.66 0.15
OP2 0.15 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.19 0.27 0.18 0.22 0.16 0.20 0.13 0.24 0.17 0.12 0.14 0.17 0.33 0.21 0.18 0.69 0.14
P 0.12 0.14 0.09 0.08 0.11 0.11 0.16 0.23 0.15 0.19 0.13 0.20 0.11 0.21 0.13 0.08 0.13 0.13 0.34 0.19 0.15 0.67 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.17 0.02 0.31 0.31 0.08
C2 0.05 0.00 0.06 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.11 0.08 0.20 0.03 0.35 0.29 0.09
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.31 0.04 0.31 0.40 0.19
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.21 0.04 0.41 0.19 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.21 0.02 0.34 0.38 0.08
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.11 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.36 0.29 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.22 0.01 0.36 0.48 0.09
C5' 0.06 0.10 0.07 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.12 0.11 0.09 0.20 0.12 0.07 0.01 0.02 0.01 0.18 0.34 0.40 0.02
C6 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.22 0.01 0.36 0.48 0.09
C8 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05 0.24 0.03 0.37 0.54 0.11
N1 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.05 0.21 0.02 0.35 0.38 0.08
N2 0.08 0.00 0.07 0.07 0.02 0.11 0.01 0.11 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.15 0.12 0.21 0.05 0.38 0.21 0.13
N3 0.05 0.00 0.06 0.04 0.00 0.07 0.02 0.09 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.11 0.09 0.20 0.04 0.35 0.27 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.25 0.03 0.39 0.57 0.12
N9 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.21 0.02 0.33 0.41 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.07 0.05 0.07 0.06 0.11 0.09 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.34 0.05 0.39 0.42 0.24
O3' 0.05 0.11 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.10 0.15 0.11 0.04 0.05 0.06 0.00 0.04 0.10 0.06 0.50 0.17 0.13
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.12 0.09 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.03 0.40 0.33 0.05
O5' 0.17 0.20 0.31 0.21 0.21 0.01 0.22 0.01 0.22 0.24 0.21 0.21 0.20 0.25 0.21 0.34 0.10 0.08 0.00 0.23 0.03 0.03 0.01
O6 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.18 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.23 0.00 0.38 0.54 0.11
OP1 0.31 0.35 0.31 0.41 0.34 0.36 0.36 0.34 0.36 0.37 0.35 0.38 0.35 0.39 0.33 0.39 0.50 0.40 0.03 0.38 0.00 0.05 0.02
OP2 0.31 0.29 0.40 0.19 0.38 0.29 0.48 0.40 0.48 0.54 0.38 0.21 0.27 0.57 0.41 0.42 0.17 0.33 0.03 0.54 0.05 0.00 0.03
P 0.08 0.09 0.19 0.16 0.08 0.08 0.09 0.02 0.09 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.08 0.24 0.13 0.05 0.01 0.11 0.02 0.03 0.00