ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50689

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O4' A 0, -0.017, 0.086, 0.189, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.086 std_dev=0.103
C2' A 0, -0.016, 0.097, 0.209, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.097 std_dev=0.112
O2' A 0, -0.024, 0.127, 0.278, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.127 std_dev=0.151
C4' A 0, -0.019, 0.133, 0.284, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.133 std_dev=0.152
O6 B 0, 0.064, 0.234, 0.404, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.234 std_dev=0.170
C3' A 0, -0.021, 0.156, 0.333, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.156 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.037, 0.280, 0.524, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.280 std_dev=0.243
N7 B 0, 0.084, 0.339, 0.594, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.339 std_dev=0.255
C5' A 0, -0.029, 0.234, 0.497, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.234 std_dev=0.263
O3' A 0, -0.032, 0.234, 0.500, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.234 std_dev=0.266
O5' A 0, -0.025, 0.251, 0.526, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.251 std_dev=0.275
C5 B 0, 0.051, 0.334, 0.618, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.334 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.012, 0.315, 0.617, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.315 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.080, 0.402, 0.723, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.402 std_dev=0.322
C4 B 0, 0.046, 0.411, 0.776, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.411 std_dev=0.365
C2 B 0, 0.023, 0.405, 0.786, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.405 std_dev=0.381
N9 B 0, 0.063, 0.454, 0.845, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.454 std_dev=0.391
OP2 A 0, -0.009, 0.396, 0.802, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.396 std_dev=0.405
O5' B 0, 0.138, 0.544, 0.951, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.544 std_dev=0.406
N3 B 0, 0.042, 0.455, 0.868, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.455 std_dev=0.413
P A 0, -0.039, 0.375, 0.789, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.375 std_dev=0.414
N2 B 0, 0.020, 0.455, 0.890, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.455 std_dev=0.435
OP2 B 0, 0.116, 0.593, 1.070, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.593 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.074, 0.553, 1.032, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.553 std_dev=0.479
P B 0, 0.122, 0.610, 1.097, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.610 std_dev=0.487
O4' B 0, 0.091, 0.593, 1.094, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.593 std_dev=0.502
C5' B 0, 0.113, 0.627, 1.142, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.627 std_dev=0.515
C3' B 0, 0.079, 0.604, 1.129, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.604 std_dev=0.525
C2' B 0, 0.074, 0.601, 1.127, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.601 std_dev=0.527
C4' B 0, 0.094, 0.629, 1.164, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.629 std_dev=0.535
OP1 A 0, -0.052, 0.490, 1.031, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.490 std_dev=0.541
O3' B 0, 0.086, 0.655, 1.223, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.655 std_dev=0.569
OP1 B 0, 0.104, 0.682, 1.259, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.682 std_dev=0.578
O2' B 0, 0.083, 0.689, 1.295, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.689 std_dev=0.606

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.09 0.11 0.14 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.08 0.12 0.07
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.11 0.13 0.09
C8 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.08 0.12 0.14 0.09
N3 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.08 0.09 0.12 0.08
N6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.11 0.13 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.04
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.09 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
O5' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.08 0.08 0.06 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.11 0.04 0.03 0.08 0.01 0.08 0.02 0.11 0.06 0.12 0.09 0.11 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.14 0.05 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.08 0.14 0.12 0.13 0.10 0.08 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.03 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.05 0.09 0.08 0.09 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.13 0.08 0.09 0.11 0.05 0.06 0.03 0.07 0.06 0.14 0.12 0.05 0.10 0.19 0.10 0.12 0.02 0.03 0.05 0.17 0.09
C2 0.08 0.07 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.10 0.08 0.04 0.06 0.10 0.03 0.07 0.06 0.06 0.10 0.20 0.12
C2' 0.17 0.13 0.17 0.13 0.13 0.16 0.09 0.12 0.07 0.12 0.08 0.14 0.15 0.09 0.14 0.22 0.15 0.17 0.06 0.04 0.03 0.11 0.03
C3' 0.16 0.11 0.16 0.12 0.12 0.15 0.08 0.11 0.05 0.10 0.07 0.13 0.14 0.07 0.13 0.22 0.14 0.16 0.04 0.04 0.02 0.14 0.04
C4 0.09 0.09 0.09 0.05 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.13 0.09 0.03 0.07 0.14 0.06 0.08 0.05 0.03 0.10 0.20 0.12
C4' 0.15 0.11 0.14 0.10 0.10 0.13 0.06 0.08 0.04 0.08 0.06 0.14 0.13 0.05 0.11 0.21 0.11 0.14 0.02 0.03 0.04 0.17 0.07
C5 0.08 0.09 0.09 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.12 0.09 0.04 0.06 0.13 0.07 0.06 0.09 0.04 0.15 0.23 0.16
C5' 0.14 0.12 0.14 0.09 0.10 0.12 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.14 0.13 0.06 0.11 0.20 0.11 0.14 0.04 0.04 0.07 0.19 0.10
C6 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.11 0.08 0.05 0.06 0.11 0.07 0.06 0.11 0.05 0.17 0.25 0.19
C8 0.09 0.10 0.11 0.07 0.07 0.07 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.13 0.10 0.04 0.07 0.16 0.08 0.08 0.07 0.04 0.12 0.22 0.15
N1 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.10 0.07 0.02 0.05 0.10 0.07 0.05 0.09 0.05 0.15 0.23 0.16
N3 0.10 0.09 0.08 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.12 0.10 0.05 0.08 0.14 0.04 0.09 0.04 0.05 0.07 0.18 0.10
N6 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.15 0.08 0.23 0.29 0.23
N7 0.08 0.10 0.10 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.12 0.09 0.05 0.07 0.14 0.08 0.07 0.09 0.06 0.16 0.25 0.17
N9 0.10 0.10 0.11 0.06 0.08 0.08 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.13 0.10 0.03 0.08 0.16 0.08 0.09 0.04 0.03 0.09 0.20 0.12
O2' 0.22 0.16 0.21 0.18 0.17 0.22 0.13 0.18 0.10 0.16 0.11 0.18 0.19 0.13 0.19 0.28 0.20 0.23 0.12 0.06 0.10 0.07 0.07
O3' 0.20 0.13 0.19 0.15 0.14 0.19 0.10 0.16 0.07 0.13 0.08 0.14 0.16 0.10 0.16 0.26 0.18 0.20 0.09 0.05 0.05 0.10 0.02
O4' 0.12 0.10 0.12 0.07 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.06 0.05 0.14 0.12 0.04 0.09 0.18 0.08 0.11 0.03 0.03 0.07 0.19 0.10
O5' 0.15 0.14 0.15 0.11 0.12 0.13 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.16 0.15 0.09 0.13 0.21 0.12 0.14 0.08 0.08 0.11 0.21 0.13
OP1 0.18 0.16 0.17 0.13 0.16 0.15 0.14 0.13 0.13 0.15 0.14 0.17 0.17 0.14 0.16 0.22 0.13 0.17 0.12 0.13 0.16 0.24 0.17
OP2 0.20 0.19 0.20 0.17 0.19 0.18 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.20 0.20 0.18 0.19 0.24 0.18 0.19 0.18 0.17 0.22 0.28 0.22
P 0.15 0.14 0.15 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.16 0.15 0.12 0.13 0.20 0.12 0.14 0.12 0.12 0.17 0.25 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.17 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.16 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.13 0.20 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.09 0.00 0.14 0.21 0.16
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.12 0.17 0.14
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.08 0.00 0.12 0.20 0.14
N2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.16 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.15 0.10
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.16 0.21 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.13 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03
O5' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.05 0.01 0.06 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.00 0.17 0.23 0.18
OP1 0.01 0.08 0.02 0.03 0.08 0.04 0.13 0.04 0.14 0.12 0.12 0.06 0.06 0.16 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.17 0.05 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.17 0.20 0.16 0.15 0.21 0.13 0.04 0.04 0.05 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.03 0.03 0.12 0.01 0.15 0.00 0.16 0.14 0.14 0.11 0.10 0.17 0.10 0.02 0.03 0.03 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00