ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50690

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.022, 0.076, 0.130, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.076 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.058, 0.127, 0.197, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.127 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.083, 0.186, 0.289, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.186 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.071, 0.196, 0.320, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.196 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.080, 0.225, 0.371, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.225 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.144, 0.301, 0.458, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.301 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.125, 0.305, 0.485, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.305 std_dev=0.180
O3' A 0, 0.091, 0.341, 0.591, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.341 std_dev=0.250
P A 0, 0.163, 0.424, 0.685, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.424 std_dev=0.261
OP2 A 0, 0.184, 0.458, 0.732, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.458 std_dev=0.274
OP1 A 0, 0.180, 0.480, 0.779, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.480 std_dev=0.300
N2 B 0, 0.225, 0.641, 1.057, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.641 std_dev=0.416
C2 B 0, 0.176, 0.637, 1.098, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.637 std_dev=0.461
N3 B 0, 0.218, 0.696, 1.173, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.696 std_dev=0.477
N1 B 0, 0.103, 0.612, 1.121, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.612 std_dev=0.509
C4 B 0, 0.178, 0.706, 1.234, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.706 std_dev=0.528
N9 B 0, 0.213, 0.779, 1.345, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.779 std_dev=0.566
C6 B 0, 0.053, 0.638, 1.224, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.638 std_dev=0.585
C1' B 0, 0.269, 0.857, 1.444, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.857 std_dev=0.588
C5 B 0, 0.082, 0.672, 1.262, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.672 std_dev=0.590
O6 B 0, 0.117, 0.716, 1.315, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.716 std_dev=0.599
O4' B 0, 0.282, 0.896, 1.509, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.896 std_dev=0.613
C8 B 0, 0.168, 0.790, 1.412, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.790 std_dev=0.622
N7 B 0, 0.081, 0.733, 1.385, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.733 std_dev=0.652
C2' B 0, 0.252, 0.914, 1.575, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.914 std_dev=0.661
C4' B 0, 0.310, 1.003, 1.696, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.003 std_dev=0.693
O2' B 0, 0.283, 0.979, 1.674, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.979 std_dev=0.695
C3' B 0, 0.270, 0.994, 1.718, 2.224 max_d=2.224 avg_d=0.994 std_dev=0.724
C5' B 0, 0.318, 1.051, 1.784, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.051 std_dev=0.733
O5' B 0, 0.226, 0.973, 1.721, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.973 std_dev=0.748
O3' B 0, 0.269, 1.082, 1.895, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.082 std_dev=0.813
P B 0, 0.090, 1.016, 1.943, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.016 std_dev=0.927
OP2 B 0, 0.073, 1.051, 2.028, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.051 std_dev=0.978
OP1 B 0, 0.170, 1.297, 2.424, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.297 std_dev=1.127

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.14 0.14 0.21 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.13 0.13 0.11 0.09 0.15 0.14 0.08 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.15 0.15 0.19 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.03 0.09 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.20 0.22 0.26 0.24
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.10 0.05 0.16 0.15 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.21 0.24 0.30 0.26
C8 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.15 0.02 0.20 0.21 0.21 0.21
N1 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.18 0.19 0.26 0.22
N3 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.11 0.11 0.17 0.14
N6 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.17 0.01 0.24 0.29 0.35 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.02 0.23 0.26 0.29 0.27
N9 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.13 0.13 0.14 0.14
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.09 0.02 0.13 0.01 0.13 0.15 0.11 0.09 0.17 0.17 0.08 0.03 0.00 0.01 0.07 0.14 0.11 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
O5' 0.04 0.14 0.04 0.05 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.20 0.18 0.11 0.24 0.23 0.13 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.14 0.07 0.10 0.15 0.02 0.22 0.05 0.24 0.21 0.19 0.11 0.29 0.26 0.13 0.06 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.21 0.08 0.08 0.19 0.03 0.26 0.02 0.30 0.21 0.26 0.17 0.35 0.29 0.14 0.07 0.11 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.17 0.06 0.08 0.17 0.02 0.24 0.01 0.26 0.21 0.22 0.14 0.31 0.27 0.14 0.05 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.14 0.12 0.10 0.11 0.17 0.13 0.21 0.14 0.15 0.11 0.09 0.19 0.10 0.21 0.14 0.11 0.22 0.31 0.20 0.18 0.17
C2 0.16 0.16 0.14 0.14 0.18 0.15 0.25 0.19 0.30 0.22 0.24 0.17 0.15 0.26 0.17 0.18 0.13 0.17 0.28 0.38 0.29 0.26 0.26
C2' 0.13 0.14 0.13 0.13 0.16 0.13 0.23 0.15 0.28 0.19 0.24 0.11 0.12 0.24 0.15 0.18 0.14 0.14 0.22 0.36 0.20 0.16 0.16
C3' 0.15 0.17 0.13 0.15 0.19 0.16 0.26 0.17 0.30 0.23 0.25 0.14 0.15 0.28 0.18 0.16 0.14 0.17 0.24 0.38 0.21 0.15 0.18
C4 0.09 0.06 0.11 0.09 0.07 0.08 0.15 0.11 0.20 0.13 0.12 0.15 0.08 0.18 0.08 0.18 0.11 0.08 0.21 0.30 0.20 0.19 0.18
C4' 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.20 0.13 0.24 0.17 0.18 0.10 0.10 0.22 0.12 0.17 0.12 0.12 0.20 0.32 0.17 0.13 0.14
C5 0.09 0.13 0.14 0.10 0.08 0.08 0.13 0.10 0.17 0.12 0.09 0.23 0.12 0.17 0.08 0.20 0.13 0.07 0.18 0.28 0.18 0.19 0.17
C5' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.18 0.11 0.22 0.17 0.16 0.11 0.09 0.21 0.11 0.16 0.10 0.11 0.19 0.30 0.14 0.10 0.12
C6 0.09 0.16 0.14 0.10 0.07 0.08 0.12 0.10 0.16 0.11 0.08 0.28 0.14 0.17 0.07 0.19 0.14 0.06 0.19 0.28 0.20 0.20 0.18
C8 0.11 0.12 0.15 0.12 0.10 0.10 0.15 0.11 0.19 0.14 0.12 0.20 0.13 0.19 0.11 0.21 0.14 0.09 0.17 0.29 0.17 0.20 0.16
N1 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.19 0.14 0.25 0.16 0.15 0.24 0.10 0.22 0.10 0.16 0.10 0.11 0.24 0.36 0.25 0.24 0.23
N3 0.15 0.13 0.14 0.14 0.15 0.15 0.21 0.17 0.26 0.19 0.21 0.14 0.13 0.23 0.15 0.20 0.14 0.15 0.26 0.34 0.27 0.24 0.23
N6 0.15 0.27 0.21 0.18 0.16 0.14 0.15 0.14 0.17 0.15 0.22 0.36 0.23 0.18 0.14 0.25 0.21 0.11 0.18 0.26 0.20 0.21 0.19
N7 0.14 0.17 0.18 0.14 0.13 0.12 0.17 0.13 0.20 0.16 0.15 0.25 0.17 0.20 0.13 0.22 0.17 0.11 0.17 0.29 0.18 0.21 0.17
N9 0.09 0.06 0.12 0.09 0.07 0.08 0.15 0.10 0.19 0.12 0.12 0.14 0.08 0.18 0.07 0.19 0.12 0.07 0.18 0.29 0.18 0.18 0.16
O2' 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.23 0.17 0.29 0.19 0.25 0.14 0.15 0.24 0.16 0.22 0.18 0.16 0.24 0.36 0.23 0.19 0.19
O3' 0.20 0.22 0.17 0.19 0.23 0.21 0.29 0.22 0.33 0.26 0.29 0.19 0.20 0.30 0.22 0.19 0.18 0.22 0.29 0.39 0.25 0.18 0.22
O4' 0.09 0.06 0.12 0.10 0.08 0.08 0.15 0.10 0.19 0.13 0.12 0.10 0.07 0.18 0.08 0.20 0.13 0.08 0.18 0.28 0.17 0.17 0.14
O5' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.16 0.10 0.20 0.15 0.14 0.15 0.10 0.20 0.10 0.17 0.09 0.10 0.18 0.28 0.13 0.10 0.11
OP1 0.12 0.13 0.13 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.16 0.10 0.12 0.19 0.13 0.15 0.08 0.22 0.11 0.11 0.15 0.24 0.10 0.11 0.10
OP2 0.11 0.16 0.13 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.12 0.24 0.15 0.12 0.08 0.21 0.10 0.10 0.17 0.19 0.12 0.13 0.12
P 0.10 0.12 0.11 0.08 0.08 0.09 0.13 0.08 0.16 0.11 0.12 0.19 0.12 0.16 0.08 0.19 0.09 0.09 0.18 0.24 0.12 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.12 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.19 0.01 0.22 0.27 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.10 0.06
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.10 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.19 0.00 0.20 0.24 0.19
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.22 0.00 0.25 0.30 0.24
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.11 0.09 0.06 0.06 0.12 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.23 0.00 0.28 0.33 0.26
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.21 0.00 0.22 0.23 0.21
N1 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.22 0.00 0.26 0.31 0.24
N2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.18 0.01 0.21 0.27 0.20
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.17 0.00 0.19 0.24 0.18
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.24 0.00 0.27 0.31 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.16
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.08 0.07 0.02
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.10 0.11 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.12 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06
O5' 0.09 0.19 0.05 0.03 0.19 0.01 0.22 0.01 0.23 0.21 0.22 0.18 0.17 0.24 0.17 0.02 0.09 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.24 0.00 0.30 0.36 0.29
OP1 0.10 0.22 0.10 0.10 0.20 0.08 0.25 0.08 0.28 0.22 0.26 0.21 0.19 0.27 0.17 0.08 0.12 0.07 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.27 0.10 0.05 0.24 0.04 0.30 0.02 0.33 0.23 0.31 0.27 0.24 0.31 0.19 0.07 0.09 0.09 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.06 0.03 0.19 0.01 0.24 0.01 0.26 0.21 0.24 0.20 0.18 0.26 0.16 0.02 0.07 0.06 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00