ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50692

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C3' A 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C4' A 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C5' A 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C8 B 0, 0.000, 0.297, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.297 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.000, 0.326, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.326 std_dev=0.326
O3' A 0, 0.000, 0.336, 0.673, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.336 std_dev=0.336
N7 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.000, 0.372, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.372 std_dev=0.372
N9 B 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O6 B 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
C2 B 0, 0.000, 0.527, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.527 std_dev=0.527
N3 B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C1' B 0, 0.000, 0.622, 1.245, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.622 std_dev=0.622
OP2 B 0, 0.000, 0.646, 1.293, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.646 std_dev=0.646
P B 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
O4' B 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O5' B 0, 0.000, 0.672, 1.344, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.672 std_dev=0.672
N2 B 0, 0.000, 0.743, 1.486, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.743 std_dev=0.743
OP1 B 0, 0.000, 0.743, 1.487, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.743 std_dev=0.743
P A 0, 0.000, 0.756, 1.512, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.756 std_dev=0.756
O5' A 0, 0.000, 0.763, 1.526, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.763 std_dev=0.763
OP1 A 0, 0.000, 0.802, 1.604, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.802 std_dev=0.802
C5' B 0, 0.000, 0.825, 1.651, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.825 std_dev=0.825
OP2 A 0, 0.000, 0.846, 1.693, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.846 std_dev=0.846
C2' B 0, 0.000, 0.858, 1.716, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.858 std_dev=0.858
C4' B 0, 0.000, 0.882, 1.764, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.882 std_dev=0.882
C3' B 0, 0.000, 0.975, 1.951, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.975 std_dev=0.975
O2' B 0, 0.000, 1.080, 2.159, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.080 std_dev=1.080
O3' B 0, 0.000, 1.335, 2.669, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.335 std_dev=1.335

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.39 0.16
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.14 0.01 0.17 0.02 0.29 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.18 0.22 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.14 0.13
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.16 0.04 0.35 0.11
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.28 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.23 0.06 0.30 0.07
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.22 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.26 0.04 0.24 0.04
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.22 0.08 0.41 0.12
N1 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.22 0.03 0.26 0.06
N3 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.13 0.02 0.34 0.11
N6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.29 0.05 0.18 0.01
N7 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.27 0.08 0.32 0.06
N9 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.05 0.40 0.14
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.16 0.25 0.03
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.14 0.12 0.10 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.28 0.42 0.03 0.23
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.16 0.10 0.45 0.24
O5' 0.01 0.17 0.17 0.26 0.16 0.01 0.23 0.01 0.26 0.22 0.22 0.13 0.29 0.27 0.12 0.05 0.28 0.16 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.02 0.02 0.18 0.27 0.04 0.09 0.06 0.06 0.04 0.08 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05 0.16 0.42 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.29 0.22 0.14 0.35 0.28 0.30 0.22 0.24 0.41 0.26 0.34 0.18 0.32 0.40 0.25 0.03 0.45 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.08 0.03 0.13 0.11 0.05 0.07 0.00 0.04 0.12 0.06 0.11 0.01 0.06 0.14 0.03 0.23 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.16 0.02 0.21 0.15 0.11 0.14 0.04 0.21 0.05 0.14 0.01 0.02 0.10 0.31 0.08 0.10 0.11
C2 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.06 0.15 0.08 0.19 0.14 0.13 0.07 0.02 0.17 0.08 0.02 0.10 0.05 0.12 0.25 0.09 0.08 0.11
C2' 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.21 0.04 0.27 0.19 0.16 0.12 0.01 0.26 0.09 0.14 0.00 0.00 0.12 0.37 0.11 0.12 0.14
C3' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.23 0.05 0.28 0.22 0.15 0.15 0.02 0.30 0.11 0.14 0.00 0.01 0.15 0.40 0.14 0.16 0.17
C4 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.01 0.15 0.05 0.19 0.14 0.08 0.18 0.05 0.20 0.06 0.10 0.06 0.00 0.12 0.30 0.10 0.11 0.12
C4' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.18 0.03 0.22 0.17 0.11 0.16 0.04 0.24 0.07 0.15 0.00 0.02 0.12 0.33 0.11 0.12 0.13
C5 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.03 0.15 0.06 0.18 0.16 0.04 0.23 0.07 0.22 0.06 0.08 0.10 0.00 0.14 0.31 0.13 0.14 0.15
C5' 0.06 0.09 0.06 0.00 0.02 0.05 0.14 0.00 0.18 0.15 0.05 0.22 0.09 0.22 0.03 0.18 0.02 0.05 0.09 0.29 0.09 0.10 0.11
C6 0.02 0.08 0.07 0.13 0.06 0.07 0.16 0.10 0.18 0.17 0.03 0.20 0.05 0.23 0.08 0.03 0.15 0.03 0.17 0.31 0.15 0.15 0.17
C8 0.04 0.10 0.02 0.05 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.15 0.04 0.24 0.10 0.22 0.04 0.13 0.05 0.04 0.13 0.31 0.12 0.14 0.14
N1 0.05 0.02 0.08 0.13 0.08 0.08 0.16 0.11 0.19 0.16 0.08 0.13 0.00 0.20 0.10 0.00 0.15 0.06 0.15 0.28 0.13 0.11 0.15
N3 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.15 0.05 0.19 0.13 0.11 0.11 0.01 0.18 0.06 0.08 0.05 0.01 0.10 0.27 0.07 0.07 0.10
N6 0.03 0.10 0.09 0.16 0.05 0.09 0.15 0.12 0.15 0.19 0.02 0.22 0.06 0.24 0.09 0.00 0.20 0.04 0.20 0.30 0.19 0.19 0.21
N7 0.03 0.12 0.00 0.07 0.02 0.01 0.14 0.05 0.17 0.16 0.01 0.26 0.11 0.23 0.05 0.11 0.09 0.03 0.15 0.31 0.14 0.16 0.16
N9 0.04 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.15 0.03 0.19 0.14 0.07 0.20 0.07 0.21 0.04 0.13 0.03 0.03 0.11 0.31 0.10 0.11 0.12
O2' 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.03 0.19 0.01 0.24 0.16 0.16 0.08 0.00 0.23 0.07 0.16 0.05 0.01 0.08 0.34 0.07 0.08 0.10
O3' 0.06 0.06 0.03 0.07 0.17 0.05 0.30 0.10 0.35 0.29 0.22 0.10 0.04 0.37 0.17 0.11 0.02 0.07 0.20 0.46 0.21 0.22 0.23
O4' 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.14 0.02 0.18 0.14 0.08 0.16 0.06 0.20 0.04 0.14 0.01 0.03 0.09 0.29 0.08 0.09 0.11
O5' 0.42 0.40 0.37 0.32 0.32 0.42 0.18 0.38 0.12 0.21 0.25 0.51 0.43 0.12 0.32 0.50 0.31 0.45 0.26 0.02 0.26 0.23 0.25
OP1 0.28 0.25 0.23 0.16 0.14 0.27 0.05 0.20 0.12 0.03 0.05 0.41 0.29 0.15 0.13 0.40 0.17 0.30 0.04 0.31 0.01 0.06 0.01
OP2 0.08 0.04 0.01 0.05 0.04 0.08 0.20 0.04 0.27 0.17 0.13 0.16 0.08 0.27 0.04 0.15 0.07 0.12 0.10 0.43 0.10 0.14 0.11
P 0.21 0.19 0.15 0.09 0.10 0.20 0.06 0.16 0.13 0.04 0.01 0.32 0.22 0.14 0.09 0.30 0.08 0.24 0.02 0.29 0.01 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.10 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02
N2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.13 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.12 0.05
N9 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02
O3' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.07 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.13 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03
O5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.04
OP1 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.04 0.06 0.12 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00