ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50696

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 9, 5, 10, 7, 20, 16, 14, 10, 8, 7, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.018, 0.037, 0.056, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.037 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N9 A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, -0.061, 0.124, 0.310, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.124 std_dev=0.186
C2' A 0, -0.031, 0.155, 0.340, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.155 std_dev=0.186
C2 B 0, 0.301, 0.546, 0.792, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.546 std_dev=0.246
O2' A 0, -0.014, 0.244, 0.502, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.244 std_dev=0.258
N1 B 0, 0.301, 0.566, 0.831, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.566 std_dev=0.265
O2 B 0, 0.221, 0.488, 0.755, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.488 std_dev=0.267
C4' A 0, -0.062, 0.247, 0.557, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.247 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.244, 0.556, 0.868, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.556 std_dev=0.312
C3' A 0, -0.090, 0.246, 0.582, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.246 std_dev=0.336
N3 B 0, 0.392, 0.728, 1.064, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.728 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.406, 0.754, 1.101, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.754 std_dev=0.348
C2' B 0, 0.289, 0.694, 1.099, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.694 std_dev=0.405
C5' A 0, -0.075, 0.352, 0.779, 2.929 max_d=2.929 avg_d=0.352 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.171, 0.599, 1.028, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.599 std_dev=0.428
C4 B 0, 0.474, 0.913, 1.352, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.913 std_dev=0.439
C5 B 0, 0.483, 0.926, 1.369, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.926 std_dev=0.443
C3' B 0, 0.298, 0.773, 1.248, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.773 std_dev=0.475
O3' A 0, -0.163, 0.329, 0.822, 3.582 max_d=3.582 avg_d=0.329 std_dev=0.493
O5' A 0, -0.062, 0.464, 0.990, 2.567 max_d=2.567 avg_d=0.464 std_dev=0.526
C4' B 0, 0.167, 0.713, 1.258, 2.678 max_d=2.678 avg_d=0.713 std_dev=0.545
O2' B 0, 0.248, 0.803, 1.359, 2.945 max_d=2.945 avg_d=0.803 std_dev=0.556
O5' B 0, 0.203, 0.765, 1.326, 2.715 max_d=2.715 avg_d=0.765 std_dev=0.561
N4 B 0, 0.547, 1.142, 1.736, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.142 std_dev=0.594
O3' B 0, 0.350, 0.972, 1.595, 3.871 max_d=3.871 avg_d=0.972 std_dev=0.623
P B 0, 0.149, 0.802, 1.455, 3.302 max_d=3.302 avg_d=0.802 std_dev=0.653
C5' B 0, 0.125, 0.788, 1.451, 3.334 max_d=3.334 avg_d=0.788 std_dev=0.663
P A 0, -0.135, 0.553, 1.241, 3.870 max_d=3.870 avg_d=0.553 std_dev=0.688
OP1 A 0, -0.145, 0.613, 1.371, 4.122 max_d=4.122 avg_d=0.613 std_dev=0.758
OP2 B 0, 0.142, 0.941, 1.741, 4.271 max_d=4.271 avg_d=0.941 std_dev=0.799
OP1 B 0, 0.094, 0.953, 1.813, 3.852 max_d=3.852 avg_d=0.953 std_dev=0.860
OP2 A 0, -0.157, 0.732, 1.621, 5.589 max_d=5.589 avg_d=0.732 std_dev=0.889

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.12 0.13 0.29 0.14
C2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.10 0.28 0.24 0.52 0.32
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.07 0.07 0.07 0.11 0.13 0.06 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.21 0.24 0.33 0.22
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.14 0.08 0.03 0.01 0.02 0.21 0.20 0.21 0.17
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.07 0.29 0.24 0.50 0.32
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.05 0.06 0.07 0.09 0.04 0.10 0.02 0.00 0.02 0.13 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.06 0.38 0.35 0.62 0.44
C5' 0.04 0.09 0.07 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.10 0.08 0.14 0.15 0.08 0.06 0.07 0.02 0.01 0.14 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.08 0.39 0.37 0.67 0.47
C8 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04 0.38 0.33 0.54 0.40
N1 0.03 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.09 0.35 0.31 0.62 0.41
N3 0.03 0.01 0.13 0.10 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.10 0.24 0.19 0.45 0.27
N6 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.10 0.07 0.44 0.45 0.76 0.54
N7 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.12 0.04 0.43 0.41 0.67 0.49
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.03 0.27 0.21 0.42 0.28
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.08 0.10 0.09 0.06 0.09 0.11 0.11 0.13 0.10 0.11 0.07 0.00 0.06 0.08 0.13 0.23 0.29 0.17
O3' 0.11 0.15 0.03 0.01 0.08 0.02 0.07 0.07 0.08 0.12 0.11 0.16 0.10 0.12 0.06 0.06 0.00 0.08 0.16 0.27 0.16 0.15
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.09 0.10 0.07 0.04 0.03 0.08 0.08 0.00 0.09 0.13 0.25 0.10
O5' 0.12 0.28 0.21 0.21 0.29 0.02 0.38 0.01 0.39 0.38 0.35 0.24 0.44 0.43 0.27 0.13 0.16 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.24 0.24 0.20 0.24 0.13 0.35 0.14 0.37 0.33 0.31 0.19 0.45 0.41 0.21 0.23 0.27 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.52 0.33 0.21 0.50 0.19 0.62 0.20 0.67 0.54 0.62 0.45 0.76 0.67 0.42 0.29 0.16 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.32 0.22 0.17 0.32 0.04 0.44 0.02 0.47 0.40 0.41 0.27 0.54 0.49 0.28 0.17 0.15 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.18 0.26 0.21 0.33 0.26 0.27 0.22 0.18 0.17 0.27 0.46 0.19 0.39 0.31 0.29 0.27 0.27 0.34 0.20
C2 0.28 0.25 0.31 0.26 0.35 0.29 0.28 0.26 0.23 0.22 0.34 0.43 0.24 0.42 0.33 0.32 0.30 0.30 0.31 0.23
C2' 0.26 0.19 0.31 0.26 0.32 0.30 0.25 0.26 0.17 0.17 0.28 0.44 0.20 0.42 0.33 0.32 0.29 0.28 0.33 0.21
C3' 0.29 0.20 0.33 0.27 0.30 0.32 0.24 0.29 0.19 0.20 0.26 0.41 0.23 0.42 0.33 0.34 0.31 0.28 0.38 0.24
C4 0.24 0.18 0.26 0.21 0.34 0.24 0.27 0.21 0.19 0.17 0.29 0.45 0.19 0.38 0.29 0.28 0.27 0.26 0.34 0.20
C4' 0.24 0.15 0.25 0.20 0.28 0.26 0.23 0.22 0.15 0.15 0.22 0.41 0.18 0.37 0.32 0.30 0.28 0.26 0.35 0.19
C5 0.21 0.15 0.24 0.19 0.33 0.20 0.27 0.17 0.17 0.15 0.27 0.46 0.18 0.35 0.27 0.25 0.26 0.25 0.36 0.19
C5' 0.27 0.16 0.27 0.22 0.25 0.28 0.21 0.22 0.15 0.17 0.19 0.37 0.22 0.40 0.33 0.32 0.32 0.26 0.40 0.21
C6 0.21 0.17 0.24 0.19 0.34 0.20 0.26 0.17 0.18 0.15 0.29 0.44 0.18 0.35 0.26 0.25 0.26 0.24 0.35 0.19
C8 0.20 0.14 0.23 0.18 0.32 0.20 0.27 0.17 0.17 0.13 0.24 0.46 0.18 0.35 0.27 0.25 0.25 0.26 0.39 0.20
N1 0.25 0.23 0.27 0.22 0.34 0.25 0.27 0.22 0.21 0.20 0.33 0.43 0.22 0.38 0.29 0.29 0.28 0.27 0.32 0.21
N3 0.27 0.23 0.30 0.25 0.34 0.29 0.27 0.25 0.21 0.21 0.32 0.44 0.22 0.41 0.33 0.32 0.30 0.29 0.32 0.22
N6 0.19 0.14 0.23 0.19 0.33 0.17 0.27 0.15 0.17 0.14 0.27 0.44 0.20 0.34 0.26 0.22 0.25 0.24 0.38 0.20
N7 0.20 0.13 0.23 0.18 0.33 0.18 0.28 0.16 0.17 0.13 0.23 0.47 0.19 0.34 0.26 0.23 0.25 0.26 0.41 0.21
N9 0.23 0.16 0.25 0.20 0.33 0.23 0.27 0.20 0.18 0.15 0.26 0.46 0.18 0.37 0.29 0.27 0.26 0.26 0.35 0.19
O2' 0.24 0.22 0.27 0.24 0.37 0.29 0.30 0.27 0.22 0.20 0.32 0.48 0.21 0.39 0.33 0.32 0.29 0.33 0.29 0.21
O3' 0.26 0.18 0.27 0.25 0.29 0.33 0.22 0.31 0.16 0.17 0.25 0.41 0.20 0.38 0.38 0.34 0.30 0.32 0.28 0.21
O4' 0.24 0.17 0.24 0.20 0.32 0.25 0.28 0.21 0.19 0.17 0.25 0.46 0.20 0.38 0.32 0.29 0.28 0.29 0.36 0.21
O5' 0.55 0.42 0.53 0.46 0.30 0.53 0.31 0.48 0.37 0.44 0.33 0.32 0.50 0.64 0.48 0.58 0.50 0.40 0.55 0.42
OP1 0.57 0.47 0.51 0.45 0.39 0.56 0.40 0.51 0.44 0.48 0.41 0.41 0.53 0.63 0.49 0.62 0.54 0.47 0.56 0.46
OP2 0.87 0.79 0.81 0.75 0.69 0.84 0.70 0.81 0.75 0.80 0.73 0.65 0.85 0.91 0.77 0.90 0.81 0.75 0.80 0.75
P 0.64 0.55 0.60 0.53 0.44 0.62 0.45 0.57 0.50 0.56 0.48 0.43 0.61 0.71 0.56 0.68 0.59 0.51 0.62 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.01 0.14 0.24 0.17 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.09 0.04 0.22 0.22 0.35 0.16
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.08 0.03 0.07 0.06 0.14 0.01 0.02 0.02 0.19 0.27 0.19 0.19
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.14 0.09 0.14 0.16 0.12 0.02 0.01 0.02 0.15 0.19 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.12 0.04 0.28 0.27 0.57 0.28
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.05 0.11 0.03 0.01 0.02 0.20 0.18 0.12
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.15 0.05 0.29 0.27 0.58 0.30
C5' 0.04 0.10 0.06 0.02 0.17 0.01 0.18 0.00 0.15 0.10 0.14 0.19 0.07 0.06 0.09 0.02 0.01 0.15 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.06 0.26 0.22 0.42 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03 0.21 0.20 0.30 0.15
N3 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.10 0.04 0.25 0.24 0.47 0.23
N4 0.02 0.02 0.06 0.16 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.15 0.14 0.05 0.29 0.31 0.65 0.33
O2 0.04 0.01 0.14 0.12 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.15 0.06 0.20 0.23 0.29 0.14
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.14 0.11 0.14 0.06 0.11 0.09 0.13 0.15 0.14 0.00 0.06 0.08 0.10 0.31 0.25 0.21
O3' 0.08 0.09 0.02 0.01 0.12 0.03 0.15 0.09 0.13 0.05 0.10 0.14 0.15 0.06 0.00 0.05 0.14 0.27 0.17 0.14
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05 0.00 0.10 0.26 0.19 0.16
O5' 0.14 0.22 0.19 0.15 0.28 0.02 0.29 0.01 0.26 0.21 0.25 0.29 0.20 0.10 0.14 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.22 0.27 0.19 0.27 0.20 0.27 0.15 0.22 0.20 0.24 0.31 0.23 0.31 0.27 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.35 0.19 0.13 0.57 0.18 0.58 0.16 0.42 0.30 0.47 0.65 0.29 0.25 0.17 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.16 0.19 0.12 0.28 0.12 0.30 0.02 0.22 0.15 0.23 0.33 0.14 0.21 0.14 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00