ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50697

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 4, 4, 6, 6, 8, 1, 3, 4, 14, 14, 11, 8, 6, 0, 1, 4, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O5' A 0, 0.238, 0.603, 0.967, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.603 std_dev=0.365
O4' A 0, -0.005, 0.373, 0.750, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.373 std_dev=0.378
C5 B 0, 0.577, 0.961, 1.345, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.961 std_dev=0.384
C4 B 0, 0.493, 0.879, 1.265, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.879 std_dev=0.386
OP2 A 0, 0.416, 0.808, 1.201, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.808 std_dev=0.393
N4 B 0, 0.483, 0.877, 1.270, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.877 std_dev=0.394
C2' A 0, 0.040, 0.443, 0.846, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.443 std_dev=0.403
P A 0, 0.384, 0.796, 1.209, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.796 std_dev=0.413
C6 B 0, 0.630, 1.061, 1.493, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.061 std_dev=0.432
N1 B 0, 0.603, 1.037, 1.470, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.037 std_dev=0.434
C2' B 0, 0.673, 1.131, 1.590, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.131 std_dev=0.459
C2 B 0, 0.528, 0.989, 1.450, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.989 std_dev=0.461
N3 B 0, 0.476, 0.941, 1.405, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.941 std_dev=0.464
C1' B 0, 0.693, 1.178, 1.662, 2.097 max_d=2.097 avg_d=1.178 std_dev=0.485
O2' B 0, 0.716, 1.203, 1.690, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.203 std_dev=0.487
OP1 A 0, 0.444, 0.956, 1.468, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.956 std_dev=0.512
O2 B 0, 0.556, 1.091, 1.626, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.091 std_dev=0.535
C3' B 0, 0.750, 1.296, 1.842, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.296 std_dev=0.546
O4' B 0, 0.796, 1.396, 1.995, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.396 std_dev=0.600
O2' A 0, 0.081, 0.686, 1.291, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.686 std_dev=0.605
C4' A 0, 0.009, 0.620, 1.230, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.620 std_dev=0.610
C5' A 0, 0.135, 0.761, 1.387, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.761 std_dev=0.626
C4' B 0, 0.841, 1.473, 2.104, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.473 std_dev=0.631
O3' B 0, 0.824, 1.460, 2.095, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.460 std_dev=0.635
C3' A 0, 0.027, 0.743, 1.459, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.743 std_dev=0.716
C5' B 0, 0.914, 1.658, 2.403, 2.991 max_d=2.991 avg_d=1.658 std_dev=0.745
O5' B 0, 0.852, 1.597, 2.342, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.597 std_dev=0.745
OP2 B 0, 0.945, 1.836, 2.727, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.836 std_dev=0.891
P B 0, 0.939, 1.866, 2.794, 3.565 max_d=3.565 avg_d=1.866 std_dev=0.928
OP1 B 0, 1.050, 2.064, 3.078, 3.918 max_d=3.918 avg_d=2.064 std_dev=1.014
O3' A 0, 0.038, 1.269, 2.501, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.269 std_dev=1.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.26 0.25 0.40 0.30
C2 0.03 0.00 0.32 0.34 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.14 0.21 0.29 0.49 0.37
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.02 0.08 0.24 0.15 0.16 0.25 0.32 0.11 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.51 0.52 0.68 0.57
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.32 0.00 0.40 0.02 0.43 0.32 0.40 0.29 0.46 0.39 0.25 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.17 0.32 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.08 0.22 0.30 0.48 0.37
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.07 0.05 0.11 0.12 0.07 0.33 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.40 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.21 0.04 0.19 0.34 0.51 0.40
C5' 0.11 0.12 0.24 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.09 0.22 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.43 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.23 0.07 0.18 0.34 0.51 0.40
C8 0.01 0.01 0.16 0.32 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.21 0.09 0.21 0.35 0.50 0.40
N1 0.03 0.00 0.25 0.40 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.11 0.19 0.32 0.50 0.39
N3 0.03 0.00 0.32 0.29 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.14 0.22 0.27 0.47 0.36
N6 0.02 0.01 0.11 0.46 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.32 0.05 0.16 0.36 0.50 0.41
N7 0.01 0.01 0.09 0.39 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.37 0.29 0.04 0.18 0.37 0.52 0.41
N9 0.00 0.01 0.02 0.25 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.03 0.01 0.23 0.30 0.46 0.35
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.18 0.33 0.29 0.09 0.28 0.34 0.20 0.13 0.34 0.37 0.21 0.00 0.04 0.22 0.36 0.35 0.74 0.45
O3' 0.29 0.11 0.02 0.01 0.07 0.03 0.21 0.22 0.23 0.21 0.16 0.13 0.32 0.29 0.03 0.04 0.00 0.24 0.26 0.45 0.34 0.33
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.11 0.14 0.05 0.04 0.01 0.22 0.24 0.00 0.06 0.06 0.11 0.07
O5' 0.26 0.21 0.51 0.05 0.22 0.01 0.19 0.01 0.18 0.21 0.19 0.22 0.16 0.18 0.23 0.36 0.26 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.29 0.52 0.07 0.30 0.06 0.34 0.07 0.34 0.35 0.32 0.27 0.36 0.37 0.30 0.35 0.45 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.49 0.68 0.07 0.48 0.03 0.51 0.02 0.51 0.50 0.50 0.47 0.50 0.52 0.46 0.74 0.34 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.37 0.57 0.05 0.37 0.02 0.40 0.01 0.40 0.40 0.39 0.36 0.41 0.41 0.35 0.45 0.33 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.25 0.27 0.27 0.23 0.22 0.22 0.23 0.22 0.24 0.24 0.24 0.29 0.32 0.39 0.31 0.24 0.25 0.34 0.32
C2 0.20 0.21 0.24 0.21 0.22 0.16 0.22 0.19 0.20 0.19 0.20 0.26 0.24 0.28 0.30 0.24 0.22 0.27 0.37 0.32
C2' 0.36 0.35 0.59 0.58 0.24 0.37 0.22 0.31 0.25 0.32 0.31 0.22 0.44 0.64 0.71 0.27 0.28 0.24 0.25 0.24
C3' 0.26 0.25 0.36 0.37 0.23 0.26 0.21 0.23 0.20 0.23 0.24 0.28 0.29 0.38 0.45 0.24 0.23 0.20 0.22 0.22
C4 0.21 0.21 0.24 0.23 0.20 0.17 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.22 0.25 0.28 0.34 0.26 0.21 0.26 0.34 0.31
C4' 0.29 0.28 0.26 0.24 0.23 0.25 0.22 0.26 0.24 0.26 0.25 0.23 0.32 0.31 0.32 0.33 0.26 0.27 0.34 0.32
C5 0.19 0.20 0.25 0.24 0.17 0.16 0.18 0.18 0.18 0.18 0.19 0.18 0.24 0.28 0.33 0.23 0.20 0.27 0.34 0.30
C5' 0.34 0.34 0.24 0.21 0.33 0.29 0.32 0.31 0.32 0.33 0.34 0.34 0.37 0.30 0.26 0.39 0.33 0.36 0.44 0.41
C6 0.19 0.21 0.26 0.24 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.19 0.20 0.17 0.25 0.29 0.32 0.21 0.20 0.29 0.36 0.31
C8 0.21 0.21 0.25 0.25 0.18 0.17 0.19 0.18 0.18 0.20 0.19 0.19 0.25 0.29 0.36 0.25 0.20 0.25 0.33 0.30
N1 0.19 0.21 0.26 0.23 0.17 0.16 0.18 0.18 0.17 0.18 0.20 0.19 0.26 0.29 0.30 0.20 0.21 0.29 0.37 0.31
N3 0.22 0.23 0.24 0.22 0.24 0.18 0.23 0.21 0.22 0.22 0.23 0.27 0.26 0.28 0.32 0.27 0.23 0.26 0.35 0.32
N6 0.22 0.24 0.28 0.26 0.21 0.19 0.20 0.19 0.20 0.21 0.24 0.21 0.27 0.30 0.33 0.21 0.22 0.31 0.38 0.31
N7 0.19 0.20 0.25 0.25 0.17 0.16 0.18 0.18 0.17 0.18 0.19 0.18 0.24 0.28 0.35 0.23 0.20 0.26 0.33 0.29
N9 0.23 0.23 0.25 0.24 0.21 0.18 0.21 0.20 0.20 0.21 0.21 0.22 0.26 0.29 0.36 0.28 0.22 0.25 0.33 0.31
O2' 0.31 0.27 0.48 0.45 0.28 0.31 0.31 0.33 0.30 0.28 0.24 0.31 0.34 0.56 0.60 0.37 0.36 0.40 0.52 0.49
O3' 0.49 0.40 0.40 0.36 0.26 0.46 0.28 0.46 0.36 0.41 0.30 0.21 0.46 0.46 0.34 0.53 0.44 0.45 0.47 0.49
O4' 0.40 0.43 0.25 0.22 0.40 0.32 0.38 0.35 0.38 0.40 0.43 0.41 0.46 0.30 0.24 0.46 0.36 0.36 0.44 0.43
O5' 0.39 0.38 0.24 0.20 0.36 0.33 0.37 0.37 0.37 0.38 0.36 0.36 0.40 0.28 0.21 0.46 0.38 0.43 0.50 0.48
OP1 0.41 0.41 0.25 0.22 0.44 0.37 0.45 0.43 0.44 0.42 0.41 0.45 0.41 0.29 0.19 0.49 0.46 0.54 0.62 0.58
OP2 0.59 0.57 0.37 0.35 0.59 0.55 0.61 0.61 0.61 0.59 0.57 0.59 0.56 0.39 0.24 0.68 0.63 0.72 0.78 0.75
P 0.49 0.49 0.29 0.26 0.52 0.44 0.53 0.50 0.52 0.50 0.50 0.53 0.49 0.32 0.18 0.57 0.52 0.59 0.67 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.10 0.12 0.19 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.12 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.13 0.20 0.28 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.14 0.21 0.28 0.21
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.13 0.16 0.22 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.11 0.17 0.13
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.12 0.16 0.24 0.17
N4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.14 0.23 0.31 0.22
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.08 0.09 0.17 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.03 0.07 0.04 0.08 0.09 0.09 0.04 0.00 0.01 0.11 0.18 0.23 0.16
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.06 0.12 0.09
O5' 0.06 0.10 0.04 0.06 0.13 0.01 0.14 0.01 0.13 0.09 0.12 0.14 0.08 0.03 0.11 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.12 0.06 0.09 0.20 0.05 0.21 0.05 0.16 0.11 0.16 0.23 0.09 0.08 0.18 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.19 0.07 0.12 0.28 0.02 0.28 0.02 0.22 0.17 0.24 0.31 0.17 0.06 0.23 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.04 0.08 0.20 0.01 0.21 0.01 0.17 0.13 0.17 0.22 0.12 0.03 0.16 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00