ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50698

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 3, 7, 4, 2, 9, 8, 17, 16, 10, 5, 4, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.033 std_dev=0.025
O2' A 0, 0.113, 0.255, 0.397, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.255 std_dev=0.142
C2' A 0, 0.129, 0.275, 0.421, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.275 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.136, 0.296, 0.456, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.296 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.250, 0.502, 0.753, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.502 std_dev=0.252
C4' A 0, 0.236, 0.495, 0.754, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.495 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.616, 0.923, 1.230, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.923 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.603, 0.913, 1.224, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.913 std_dev=0.310
O2 B 0, 0.822, 1.138, 1.455, 1.760 max_d=1.760 avg_d=1.138 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.562, 0.888, 1.214, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.888 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.696, 1.022, 1.349, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.022 std_dev=0.327
O4' B 0, 0.525, 0.852, 1.180, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.852 std_dev=0.328
O3' A 0, 0.372, 0.709, 1.045, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.709 std_dev=0.337
C5 B 0, 0.655, 0.993, 1.330, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.993 std_dev=0.337
C4 B 0, 0.699, 1.065, 1.432, 1.664 max_d=1.664 avg_d=1.065 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.687, 1.063, 1.439, 1.672 max_d=1.672 avg_d=1.063 std_dev=0.376
C2' B 0, 0.601, 0.989, 1.377, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.989 std_dev=0.388
N4 B 0, 0.819, 1.220, 1.621, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.220 std_dev=0.401
C4' B 0, 0.480, 0.897, 1.314, 2.229 max_d=2.229 avg_d=0.897 std_dev=0.417
C5' A 0, 0.377, 0.823, 1.270, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.823 std_dev=0.447
O2' B 0, 0.648, 1.104, 1.561, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.104 std_dev=0.457
C3' B 0, 0.457, 0.915, 1.374, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.915 std_dev=0.459
O5' B 0, 0.407, 0.884, 1.361, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.884 std_dev=0.477
O5' A 0, 0.356, 0.836, 1.316, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.836 std_dev=0.480
C5' B 0, 0.434, 0.936, 1.438, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.936 std_dev=0.502
P B 0, 0.429, 0.943, 1.458, 2.696 max_d=2.696 avg_d=0.943 std_dev=0.515
P A 0, 0.629, 1.194, 1.759, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.194 std_dev=0.565
OP2 B 0, 0.427, 0.992, 1.558, 2.715 max_d=2.715 avg_d=0.992 std_dev=0.566
OP1 B 0, 0.431, 1.079, 1.726, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.079 std_dev=0.647
O3' B 0, 0.312, 0.961, 1.610, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.961 std_dev=0.649
OP1 A 0, 0.772, 1.510, 2.248, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.510 std_dev=0.738
OP2 A 0, 0.553, 1.306, 2.059, 4.020 max_d=4.020 avg_d=1.306 std_dev=0.753

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.17 0.18 0.27 0.16
C2 0.03 0.00 0.21 0.27 0.01 0.09 0.02 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.13 0.34 0.08 0.37 0.40 0.63 0.42
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.12 0.01 0.08 0.03 0.12 0.08 0.18 0.21 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.24 0.29 0.22 0.20
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.18 0.00 0.16 0.02 0.21 0.09 0.26 0.24 0.20 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.32 0.41 0.17 0.27
C4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.20 0.04 0.38 0.38 0.59 0.41
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.17 0.22 0.05
C5 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.19 0.03 0.48 0.51 0.75 0.54
C5' 0.05 0.17 0.03 0.02 0.17 0.01 0.22 0.00 0.23 0.22 0.20 0.14 0.25 0.24 0.15 0.05 0.04 0.02 0.01 0.21 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.26 0.04 0.49 0.56 0.82 0.58
C8 0.02 0.02 0.08 0.09 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.06 0.47 0.46 0.63 0.49
N1 0.02 0.00 0.18 0.26 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.11 0.32 0.06 0.44 0.50 0.75 0.52
N3 0.03 0.01 0.21 0.24 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.29 0.07 0.32 0.33 0.53 0.35
N6 0.02 0.02 0.10 0.20 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.25 0.04 0.54 0.65 0.92 0.66
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.05 0.53 0.57 0.80 0.60
N9 0.00 0.02 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.34 0.33 0.48 0.35
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.11 0.12 0.07 0.05 0.03 0.00 0.04 0.07 0.06 0.22 0.16 0.07
O3' 0.02 0.34 0.02 0.01 0.20 0.02 0.19 0.04 0.26 0.10 0.32 0.29 0.25 0.13 0.09 0.04 0.00 0.02 0.27 0.46 0.16 0.24
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.10 0.16 0.25 0.13
O5' 0.17 0.37 0.24 0.32 0.38 0.02 0.48 0.01 0.49 0.47 0.44 0.32 0.54 0.53 0.34 0.06 0.27 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.40 0.29 0.41 0.38 0.17 0.51 0.21 0.56 0.46 0.50 0.33 0.65 0.57 0.33 0.22 0.46 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.63 0.22 0.17 0.59 0.22 0.75 0.33 0.82 0.63 0.75 0.53 0.92 0.80 0.48 0.16 0.16 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.42 0.20 0.27 0.41 0.05 0.54 0.02 0.58 0.49 0.52 0.35 0.66 0.60 0.35 0.07 0.24 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.15 0.35 0.37 0.29 0.25 0.24 0.20 0.17 0.13 0.24 0.40 0.14 0.46 0.53 0.17 0.21 0.20 0.26 0.16
C2 0.18 0.18 0.35 0.36 0.33 0.25 0.26 0.21 0.19 0.15 0.31 0.41 0.15 0.45 0.49 0.17 0.23 0.21 0.25 0.17
C2' 0.27 0.25 0.46 0.48 0.36 0.36 0.32 0.31 0.26 0.24 0.32 0.46 0.23 0.57 0.65 0.24 0.25 0.24 0.27 0.22
C3' 0.35 0.30 0.52 0.52 0.38 0.42 0.36 0.37 0.33 0.31 0.34 0.47 0.31 0.62 0.67 0.33 0.30 0.29 0.32 0.29
C4 0.17 0.13 0.33 0.34 0.29 0.22 0.24 0.17 0.15 0.12 0.23 0.40 0.14 0.44 0.48 0.16 0.21 0.18 0.26 0.15
C4' 0.20 0.14 0.37 0.38 0.27 0.28 0.23 0.22 0.16 0.14 0.21 0.38 0.16 0.49 0.54 0.18 0.19 0.17 0.25 0.15
C5 0.18 0.11 0.31 0.29 0.27 0.19 0.23 0.13 0.14 0.11 0.18 0.40 0.19 0.41 0.41 0.17 0.20 0.16 0.28 0.16
C5' 0.28 0.22 0.42 0.41 0.29 0.33 0.27 0.27 0.23 0.23 0.25 0.38 0.26 0.52 0.55 0.26 0.24 0.22 0.32 0.22
C6 0.18 0.11 0.29 0.26 0.28 0.17 0.23 0.13 0.14 0.11 0.19 0.41 0.22 0.39 0.36 0.17 0.20 0.16 0.27 0.17
C8 0.18 0.11 0.32 0.31 0.26 0.20 0.23 0.14 0.14 0.11 0.17 0.38 0.18 0.43 0.44 0.17 0.20 0.16 0.29 0.17
N1 0.17 0.13 0.31 0.29 0.32 0.20 0.25 0.15 0.16 0.12 0.28 0.41 0.17 0.41 0.40 0.16 0.21 0.17 0.25 0.15
N3 0.18 0.17 0.36 0.37 0.31 0.26 0.25 0.22 0.18 0.15 0.28 0.41 0.15 0.47 0.52 0.17 0.23 0.22 0.25 0.17
N6 0.21 0.18 0.27 0.22 0.25 0.17 0.22 0.14 0.15 0.15 0.14 0.40 0.31 0.36 0.30 0.20 0.22 0.18 0.30 0.20
N7 0.18 0.12 0.30 0.28 0.25 0.18 0.22 0.13 0.14 0.12 0.15 0.38 0.21 0.41 0.40 0.17 0.21 0.17 0.31 0.19
N9 0.17 0.12 0.34 0.34 0.28 0.23 0.23 0.17 0.15 0.12 0.21 0.40 0.14 0.45 0.49 0.16 0.20 0.18 0.27 0.15
O2' 0.21 0.25 0.39 0.43 0.38 0.30 0.33 0.27 0.25 0.22 0.35 0.47 0.22 0.50 0.61 0.21 0.24 0.24 0.27 0.20
O3' 0.45 0.40 0.60 0.61 0.46 0.52 0.45 0.48 0.43 0.42 0.42 0.52 0.40 0.70 0.75 0.44 0.40 0.40 0.41 0.40
O4' 0.20 0.14 0.33 0.34 0.26 0.25 0.23 0.20 0.16 0.14 0.21 0.37 0.16 0.46 0.49 0.19 0.25 0.24 0.31 0.20
O5' 0.53 0.50 0.62 0.62 0.52 0.55 0.52 0.52 0.50 0.51 0.51 0.57 0.52 0.70 0.71 0.51 0.56 0.52 0.52 0.50
OP1 0.64 0.61 0.71 0.70 0.63 0.65 0.63 0.62 0.62 0.62 0.61 0.66 0.62 0.78 0.77 0.62 0.65 0.61 0.60 0.60
OP2 0.88 0.87 0.92 0.92 0.91 0.88 0.91 0.87 0.89 0.88 0.88 0.95 0.86 0.97 0.96 0.86 0.92 0.88 0.92 0.88
P 0.63 0.61 0.70 0.69 0.62 0.64 0.62 0.61 0.61 0.61 0.61 0.66 0.62 0.77 0.75 0.61 0.66 0.62 0.63 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.08 0.10 0.20 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.14 0.05 0.16 0.14 0.24 0.14
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.03 0.09 0.07 0.19 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.23 0.13
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.03 0.14 0.06 0.11 0.11 0.17 0.03 0.01 0.01 0.20 0.26 0.24 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.13 0.04 0.23 0.20 0.28 0.21
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.07 0.07 0.07 0.02 0.00 0.03 0.10 0.16 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.16 0.04 0.25 0.22 0.27 0.22
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.14 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.09 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.15 0.04 0.22 0.18 0.24 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.15 0.13 0.22 0.12
N3 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.05 0.19 0.17 0.26 0.17
N4 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.16 0.05 0.25 0.23 0.30 0.24
O2 0.05 0.01 0.19 0.17 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.22 0.07 0.14 0.13 0.23 0.12
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.11 0.09 0.19 0.00 0.06 0.06 0.09 0.18 0.19 0.09
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.04 0.15 0.06 0.15 0.16 0.22 0.06 0.00 0.02 0.23 0.37 0.32 0.27
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.06 0.02 0.00 0.09 0.09 0.24 0.13
O5' 0.08 0.16 0.14 0.20 0.23 0.03 0.25 0.01 0.22 0.15 0.19 0.25 0.14 0.09 0.23 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.14 0.20 0.26 0.20 0.10 0.22 0.09 0.18 0.13 0.17 0.23 0.13 0.18 0.37 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.24 0.23 0.24 0.28 0.16 0.27 0.14 0.24 0.22 0.26 0.30 0.23 0.19 0.32 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.13 0.19 0.21 0.04 0.22 0.02 0.17 0.12 0.17 0.24 0.12 0.09 0.27 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00