ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50699

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 4, 4, 9, 7, 5, 4, 3, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.004, 0.010, 0.023, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.010 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.019, 0.037, 0.056, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.015, 0.034, 0.054, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.023, 0.045, 0.066, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.045 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.036, 0.120, 0.203, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.120 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.066, 0.153, 0.240, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.153 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.072, 0.194, 0.316, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.194 std_dev=0.122
O2' A 0, 0.106, 0.234, 0.362, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.234 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.084, 0.220, 0.357, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.220 std_dev=0.137
O3' A 0, 0.120, 0.324, 0.528, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.324 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.169, 0.382, 0.595, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.382 std_dev=0.213
C6 B 0, 0.254, 0.518, 0.781, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.518 std_dev=0.263
C2 B 0, 0.149, 0.440, 0.731, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.440 std_dev=0.291
N1 B 0, 0.214, 0.506, 0.798, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.506 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.225, 0.528, 0.830, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.528 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.162, 0.466, 0.769, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.466 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.178, 0.529, 0.880, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.529 std_dev=0.351
O2 B 0, 0.091, 0.485, 0.878, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.485 std_dev=0.393
OP2 B 0, 0.377, 0.794, 1.212, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.794 std_dev=0.417
O5' B 0, 0.361, 0.781, 1.201, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.781 std_dev=0.420
O5' A 0, 0.159, 0.585, 1.012, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.585 std_dev=0.426
C1' B 0, 0.248, 0.678, 1.107, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.678 std_dev=0.429
P B 0, 0.411, 0.859, 1.308, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.859 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.319, 0.807, 1.294, 2.221 max_d=2.221 avg_d=0.807 std_dev=0.488
C2' B 0, 0.249, 0.750, 1.251, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.750 std_dev=0.501
C3' B 0, 0.321, 0.828, 1.334, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.828 std_dev=0.507
OP1 B 0, 0.450, 0.966, 1.482, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.966 std_dev=0.516
C5' B 0, 0.429, 0.967, 1.504, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.967 std_dev=0.537
C4' B 0, 0.366, 0.909, 1.452, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.909 std_dev=0.543
N4 B 0, 0.117, 0.673, 1.229, 2.682 max_d=2.682 avg_d=0.673 std_dev=0.556
O3' B 0, 0.382, 1.049, 1.715, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.049 std_dev=0.666
P A 0, 0.080, 0.769, 1.458, 3.832 max_d=3.832 avg_d=0.769 std_dev=0.689
O2' B 0, 0.219, 0.951, 1.682, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.951 std_dev=0.732
OP1 A 0, 0.065, 0.858, 1.652, 4.428 max_d=4.428 avg_d=0.858 std_dev=0.794
OP2 A 0, 0.135, 1.029, 1.923, 4.709 max_d=4.709 avg_d=1.029 std_dev=0.894

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.19 0.19 0.25 0.19
C2 0.04 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.14 0.05 0.34 0.34 0.57 0.45
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.18 0.13
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.13 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.03 0.34 0.36 0.53 0.44
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.03 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.39 0.49 0.66 0.55
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.12 0.09 0.07 0.12 0.13 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.14 0.06 0.04
C6 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.04 0.40 0.51 0.71 0.58
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.39 0.49 0.59 0.50
N1 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.04 0.38 0.43 0.66 0.53
N3 0.03 0.01 0.10 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.31 0.29 0.49 0.39
N6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.03 0.42 0.59 0.79 0.64
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.42 0.57 0.71 0.60
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.31 0.34 0.46 0.38
O2' 0.04 0.12 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.10 0.12 0.06 0.03 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.27 0.05 0.11
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.08 0.10 0.11 0.13 0.08 0.09 0.03 0.05 0.00 0.01 0.13 0.31 0.15 0.10
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.16 0.22 0.18 0.13
O5' 0.19 0.34 0.12 0.12 0.34 0.01 0.39 0.01 0.40 0.39 0.38 0.31 0.42 0.42 0.31 0.05 0.13 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.19 0.34 0.10 0.13 0.36 0.10 0.49 0.14 0.51 0.49 0.43 0.29 0.59 0.57 0.34 0.27 0.31 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.57 0.18 0.15 0.53 0.03 0.66 0.06 0.71 0.59 0.66 0.49 0.79 0.71 0.46 0.05 0.15 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.45 0.13 0.10 0.44 0.06 0.55 0.04 0.58 0.50 0.53 0.39 0.64 0.60 0.38 0.11 0.10 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.19 0.31 0.25 0.32 0.24 0.25 0.22 0.17 0.16 0.28 0.44 0.20 0.35 0.33 0.23 0.20 0.19 0.25 0.20
C2 0.22 0.24 0.32 0.27 0.35 0.25 0.28 0.23 0.21 0.19 0.35 0.45 0.22 0.36 0.35 0.22 0.21 0.20 0.26 0.21
C2' 0.25 0.20 0.36 0.29 0.32 0.27 0.24 0.25 0.16 0.17 0.29 0.45 0.23 0.42 0.39 0.25 0.23 0.22 0.25 0.22
C3' 0.28 0.19 0.38 0.31 0.31 0.30 0.23 0.27 0.15 0.17 0.27 0.45 0.25 0.46 0.42 0.27 0.25 0.24 0.25 0.23
C4 0.22 0.19 0.30 0.25 0.33 0.23 0.26 0.21 0.18 0.16 0.30 0.45 0.20 0.35 0.32 0.22 0.20 0.19 0.26 0.21
C4' 0.25 0.19 0.33 0.27 0.30 0.26 0.23 0.24 0.15 0.17 0.25 0.43 0.23 0.39 0.36 0.25 0.22 0.21 0.26 0.22
C5 0.22 0.18 0.29 0.24 0.32 0.22 0.25 0.20 0.16 0.16 0.27 0.44 0.21 0.34 0.29 0.22 0.20 0.20 0.27 0.21
C5' 0.31 0.22 0.37 0.31 0.28 0.31 0.23 0.29 0.18 0.22 0.25 0.41 0.29 0.42 0.38 0.31 0.27 0.26 0.29 0.27
C6 0.22 0.18 0.28 0.24 0.33 0.22 0.26 0.20 0.17 0.16 0.30 0.45 0.21 0.33 0.28 0.21 0.20 0.19 0.26 0.21
C8 0.23 0.17 0.29 0.24 0.29 0.22 0.24 0.21 0.15 0.16 0.24 0.43 0.22 0.34 0.30 0.23 0.21 0.20 0.27 0.22
N1 0.21 0.22 0.30 0.25 0.35 0.23 0.27 0.22 0.20 0.18 0.34 0.45 0.20 0.35 0.31 0.22 0.20 0.19 0.26 0.21
N3 0.22 0.22 0.32 0.27 0.35 0.24 0.27 0.23 0.19 0.18 0.33 0.45 0.21 0.36 0.35 0.22 0.20 0.20 0.26 0.21
N6 0.22 0.17 0.26 0.23 0.32 0.20 0.25 0.19 0.16 0.15 0.26 0.44 0.26 0.31 0.25 0.21 0.21 0.21 0.28 0.22
N7 0.23 0.17 0.28 0.23 0.29 0.22 0.23 0.20 0.15 0.16 0.23 0.43 0.24 0.34 0.28 0.23 0.21 0.21 0.28 0.22
N9 0.22 0.18 0.30 0.25 0.32 0.23 0.25 0.21 0.17 0.16 0.27 0.44 0.20 0.35 0.32 0.22 0.20 0.19 0.26 0.21
O2' 0.24 0.23 0.36 0.29 0.34 0.26 0.27 0.25 0.20 0.19 0.32 0.46 0.23 0.41 0.38 0.24 0.24 0.24 0.26 0.23
O3' 0.30 0.21 0.43 0.35 0.31 0.33 0.24 0.30 0.16 0.19 0.27 0.46 0.27 0.52 0.47 0.30 0.27 0.27 0.26 0.25
O4' 0.23 0.18 0.30 0.25 0.30 0.24 0.24 0.22 0.17 0.17 0.26 0.43 0.20 0.34 0.32 0.23 0.20 0.19 0.26 0.21
O5' 0.53 0.44 0.51 0.46 0.40 0.52 0.38 0.51 0.40 0.44 0.41 0.47 0.51 0.56 0.50 0.55 0.56 0.55 0.51 0.54
OP1 0.66 0.64 0.61 0.58 0.64 0.63 0.62 0.64 0.61 0.63 0.64 0.69 0.67 0.63 0.56 0.68 0.74 0.74 0.78 0.76
OP2 0.90 0.84 0.81 0.79 0.82 0.89 0.82 0.91 0.83 0.85 0.82 0.85 0.87 0.85 0.80 0.95 0.98 0.97 0.93 0.97
P 0.78 0.72 0.72 0.68 0.67 0.75 0.66 0.76 0.68 0.72 0.69 0.69 0.76 0.74 0.65 0.80 0.85 0.84 0.84 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.13 0.01 0.11 0.10 0.15 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.04 0.17 0.16 0.20 0.16
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.07 0.09 0.03 0.06 0.06 0.15 0.01 0.02 0.02 0.16 0.19 0.20 0.16
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.22 0.01 0.25 0.02 0.23 0.13 0.17 0.24 0.11 0.02 0.01 0.02 0.12 0.16 0.07 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.08 0.28 0.30 0.33 0.29
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.15 0.06 0.08 0.15 0.04 0.14 0.04 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02
C5 0.03 0.01 0.08 0.25 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.24 0.09 0.30 0.32 0.34 0.31
C5' 0.04 0.08 0.07 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.18 0.09 0.13 0.22 0.06 0.09 0.09 0.02 0.01 0.08 0.13 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.23 0.01 0.15 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.20 0.08 0.25 0.24 0.24 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.04 0.16 0.15 0.19 0.15
N3 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.12 0.06 0.22 0.23 0.27 0.23
N4 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.15 0.02 0.22 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.22 0.09 0.32 0.36 0.40 0.35
O2 0.04 0.01 0.15 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.18 0.05 0.13 0.12 0.17 0.13
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.14 0.14 0.14 0.09 0.12 0.07 0.15 0.17 0.19 0.00 0.05 0.11 0.10 0.16 0.21 0.12
O3' 0.13 0.10 0.02 0.01 0.18 0.04 0.24 0.09 0.20 0.08 0.12 0.22 0.18 0.05 0.00 0.10 0.17 0.27 0.18 0.18
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.06 0.09 0.05 0.11 0.10 0.00 0.08 0.06 0.15 0.09
O5' 0.11 0.17 0.16 0.12 0.28 0.02 0.30 0.01 0.25 0.16 0.22 0.32 0.13 0.10 0.17 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.16 0.19 0.16 0.30 0.07 0.32 0.08 0.24 0.15 0.23 0.36 0.12 0.16 0.27 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.20 0.20 0.07 0.33 0.10 0.34 0.13 0.24 0.19 0.27 0.40 0.17 0.21 0.18 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.16 0.16 0.09 0.29 0.02 0.31 0.02 0.23 0.15 0.23 0.35 0.13 0.12 0.18 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00