ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50703

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 3, 0, 1, 1, 5, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.030, 0.045, 0.059, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.045 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.033, 0.048, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.048 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.030, 0.047, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.047 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.023, 0.043, 0.063, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.043 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.039, 0.061, 0.082, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.061 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.026, 0.049, 0.071, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.049 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.061, 0.087, 0.113, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.087 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.063, 0.093, 0.122, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.093 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.066, 0.096, 0.125, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.096 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.101, 0.214, 0.326, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.214 std_dev=0.113
O4' A 0, 0.121, 0.247, 0.374, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.247 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.235, 0.425, 0.615, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.425 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.237, 0.448, 0.659, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.448 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.103, 0.325, 0.547, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.325 std_dev=0.222
O2 B 0, 0.581, 0.902, 1.222, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.902 std_dev=0.321
O3' A 0, 0.091, 0.425, 0.758, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.425 std_dev=0.333
C2 B 0, 0.449, 0.788, 1.128, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.788 std_dev=0.340
N1 B 0, 0.394, 0.774, 1.153, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.774 std_dev=0.380
C5' A 0, 0.381, 0.771, 1.162, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.771 std_dev=0.391
C6 B 0, 0.475, 0.869, 1.264, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.869 std_dev=0.394
C1' B 0, 0.471, 0.881, 1.290, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.881 std_dev=0.410
N3 B 0, 0.426, 0.839, 1.252, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.839 std_dev=0.413
C5 B 0, 0.510, 0.940, 1.370, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.940 std_dev=0.430
C4 B 0, 0.435, 0.897, 1.360, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.897 std_dev=0.462
C2' B 0, 0.562, 1.044, 1.526, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.044 std_dev=0.482
O4' B 0, 0.490, 0.984, 1.479, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.984 std_dev=0.495
C3' B 0, 0.561, 1.075, 1.589, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.075 std_dev=0.514
C4' B 0, 0.511, 1.038, 1.564, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.038 std_dev=0.526
O2' B 0, 0.662, 1.216, 1.771, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.216 std_dev=0.555
N4 B 0, 0.509, 1.076, 1.643, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.076 std_dev=0.567
O3' B 0, 0.624, 1.220, 1.815, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.220 std_dev=0.596
O5' B 0, 0.566, 1.188, 1.810, 2.828 max_d=2.828 avg_d=1.188 std_dev=0.622
O5' A 0, 1.203, 1.826, 2.450, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.826 std_dev=0.624
C5' B 0, 0.501, 1.150, 1.798, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.150 std_dev=0.648
OP2 B 0, 0.691, 1.397, 2.104, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.397 std_dev=0.706
P B 0, 0.469, 1.241, 2.013, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.241 std_dev=0.772
OP1 B 0, 0.593, 1.510, 2.426, 3.748 max_d=3.748 avg_d=1.510 std_dev=0.916
P A 0, 1.628, 2.632, 3.636, 4.596 max_d=4.596 avg_d=2.632 std_dev=1.004
OP1 A 0, 1.914, 3.196, 4.478, 5.297 max_d=5.297 avg_d=3.196 std_dev=1.282
OP2 A 0, 2.369, 3.664, 4.958, 5.932 max_d=5.932 avg_d=3.664 std_dev=1.295

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.23 0.28 0.30 0.30
C2 0.06 0.00 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.23 0.06 0.42 0.48 0.63 0.54
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06 0.05 0.02 0.01 0.06 0.03 0.28 0.32 0.21 0.27
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.15 0.11 0.18 0.18 0.14 0.11 0.07 0.04 0.01 0.02 0.35 0.40 0.16 0.29
C4 0.03 0.01 0.07 0.13 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.44 0.48 0.59 0.53
C4' 0.01 0.09 0.04 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.14 0.12 0.08 0.16 0.16 0.08 0.13 0.04 0.00 0.03 0.17 0.23 0.09
C5 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.14 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.04 0.53 0.60 0.73 0.64
C5' 0.07 0.24 0.06 0.04 0.25 0.01 0.33 0.00 0.35 0.30 0.30 0.20 0.38 0.36 0.20 0.13 0.06 0.02 0.02 0.24 0.37 0.04
C6 0.03 0.02 0.07 0.15 0.01 0.14 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.17 0.04 0.55 0.64 0.79 0.68
C8 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.14 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.11 0.06 0.54 0.56 0.60 0.59
N1 0.05 0.01 0.11 0.18 0.02 0.12 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.21 0.04 0.50 0.58 0.74 0.62
N3 0.06 0.01 0.14 0.18 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.20 0.06 0.37 0.41 0.54 0.47
N6 0.03 0.01 0.06 0.14 0.02 0.16 0.02 0.38 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.12 0.16 0.05 0.60 0.73 0.88 0.74
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.16 0.01 0.36 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.07 0.58 0.66 0.76 0.69
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.02 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.41 0.43 0.48 0.47
O2' 0.02 0.19 0.01 0.04 0.10 0.13 0.09 0.13 0.12 0.06 0.17 0.18 0.12 0.05 0.03 0.00 0.12 0.12 0.16 0.24 0.18 0.18
O3' 0.04 0.23 0.06 0.01 0.14 0.04 0.13 0.06 0.17 0.11 0.21 0.20 0.16 0.12 0.07 0.12 0.00 0.05 0.29 0.44 0.19 0.27
O4' 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.02 0.12 0.05 0.00 0.13 0.25 0.26 0.24
O5' 0.23 0.42 0.28 0.35 0.44 0.03 0.53 0.02 0.55 0.54 0.50 0.37 0.60 0.58 0.41 0.16 0.29 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.28 0.48 0.32 0.40 0.48 0.17 0.60 0.24 0.64 0.56 0.58 0.41 0.73 0.66 0.43 0.24 0.44 0.25 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.63 0.21 0.16 0.59 0.23 0.73 0.37 0.79 0.60 0.74 0.54 0.88 0.76 0.48 0.18 0.19 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.54 0.27 0.29 0.53 0.09 0.64 0.04 0.68 0.59 0.62 0.47 0.74 0.69 0.47 0.18 0.27 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.29 0.56 0.55 0.38 0.51 0.31 0.45 0.27 0.31 0.33 0.53 0.35 0.70 0.69 0.46 0.34 0.34 0.40 0.30
C2 0.44 0.30 0.57 0.56 0.38 0.52 0.31 0.48 0.29 0.32 0.38 0.49 0.33 0.68 0.67 0.47 0.39 0.39 0.42 0.35
C2' 0.40 0.26 0.57 0.56 0.41 0.50 0.33 0.44 0.26 0.28 0.35 0.57 0.30 0.71 0.72 0.43 0.32 0.33 0.39 0.28
C3' 0.40 0.21 0.59 0.57 0.33 0.49 0.26 0.41 0.19 0.24 0.24 0.51 0.32 0.74 0.72 0.40 0.31 0.28 0.35 0.24
C4 0.42 0.27 0.53 0.51 0.37 0.47 0.30 0.41 0.26 0.29 0.32 0.52 0.34 0.65 0.63 0.43 0.32 0.31 0.39 0.28
C4' 0.42 0.22 0.58 0.56 0.29 0.49 0.23 0.41 0.19 0.25 0.21 0.46 0.34 0.72 0.71 0.41 0.30 0.28 0.34 0.23
C5 0.38 0.25 0.47 0.44 0.36 0.40 0.29 0.33 0.23 0.27 0.28 0.52 0.36 0.58 0.54 0.38 0.28 0.27 0.39 0.25
C5' 0.52 0.37 0.67 0.65 0.35 0.57 0.33 0.48 0.33 0.39 0.32 0.47 0.48 0.79 0.78 0.49 0.41 0.37 0.41 0.36
C6 0.37 0.25 0.45 0.42 0.36 0.37 0.29 0.32 0.23 0.26 0.30 0.51 0.37 0.54 0.51 0.36 0.28 0.27 0.39 0.25
C8 0.38 0.24 0.48 0.45 0.34 0.40 0.29 0.32 0.22 0.26 0.25 0.52 0.36 0.61 0.57 0.38 0.27 0.26 0.40 0.25
N1 0.40 0.28 0.51 0.49 0.38 0.44 0.30 0.39 0.27 0.29 0.36 0.49 0.33 0.59 0.57 0.41 0.33 0.32 0.40 0.29
N3 0.45 0.29 0.57 0.57 0.38 0.53 0.30 0.48 0.28 0.32 0.36 0.50 0.33 0.70 0.69 0.47 0.38 0.38 0.41 0.34
N6 0.33 0.25 0.39 0.35 0.34 0.31 0.28 0.25 0.21 0.24 0.24 0.51 0.41 0.46 0.42 0.31 0.26 0.26 0.40 0.25
N7 0.36 0.24 0.45 0.41 0.33 0.36 0.29 0.29 0.21 0.25 0.24 0.51 0.38 0.56 0.51 0.35 0.26 0.26 0.41 0.26
N9 0.41 0.26 0.53 0.51 0.36 0.46 0.30 0.39 0.24 0.28 0.30 0.52 0.35 0.66 0.63 0.42 0.31 0.30 0.39 0.27
O2' 0.48 0.37 0.60 0.61 0.48 0.57 0.42 0.54 0.37 0.38 0.45 0.62 0.38 0.74 0.76 0.52 0.41 0.43 0.47 0.39
O3' 0.41 0.24 0.61 0.58 0.36 0.50 0.29 0.42 0.22 0.26 0.28 0.53 0.33 0.76 0.75 0.40 0.33 0.30 0.36 0.25
O4' 0.43 0.27 0.56 0.54 0.34 0.49 0.28 0.42 0.24 0.29 0.28 0.50 0.35 0.70 0.68 0.44 0.32 0.31 0.38 0.27
O5' 0.63 0.59 0.61 0.58 0.67 0.63 0.65 0.59 0.60 0.59 0.61 0.78 0.62 0.70 0.63 0.67 0.70 0.64 0.62 0.64
OP1 0.78 0.73 0.80 0.76 0.76 0.78 0.76 0.73 0.74 0.74 0.73 0.84 0.78 0.89 0.82 0.79 0.84 0.78 0.72 0.77
OP2 0.95 0.90 0.96 0.93 0.88 0.94 0.89 0.90 0.88 0.90 0.87 0.92 0.96 1.04 0.97 0.96 1.01 0.94 0.87 0.93
P 0.82 0.75 0.83 0.79 0.76 0.81 0.76 0.77 0.75 0.76 0.73 0.82 0.81 0.92 0.84 0.83 0.87 0.79 0.74 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.10 0.13 0.25 0.10
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.05 0.21 0.20 0.31 0.20
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.09 0.04 0.10 0.03 0.10 0.04 0.10 0.10 0.17 0.00 0.03 0.02 0.15 0.26 0.31 0.16
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.04 0.14 0.07 0.13 0.14 0.16 0.04 0.01 0.02 0.21 0.32 0.32 0.22
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.06 0.29 0.27 0.36 0.29
C4' 0.02 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.07 0.04 0.10 0.02 0.01 0.02 0.12 0.22 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.19 0.08 0.30 0.28 0.35 0.30
C5' 0.03 0.08 0.03 0.04 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.11 0.17 0.06 0.10 0.05 0.04 0.01 0.08 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.16 0.09 0.26 0.22 0.30 0.23
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.20 0.18 0.28 0.18
N3 0.02 0.01 0.10 0.13 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.05 0.26 0.24 0.34 0.25
N4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.20 0.06 0.31 0.31 0.39 0.33
O2 0.04 0.01 0.17 0.16 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.07 0.18 0.18 0.29 0.17
O2' 0.02 0.10 0.00 0.04 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.04 0.10 0.10 0.15 0.00 0.09 0.05 0.11 0.24 0.29 0.13
O3' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.17 0.02 0.19 0.05 0.16 0.07 0.16 0.20 0.19 0.09 0.00 0.02 0.20 0.42 0.37 0.28
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.04 0.09 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05 0.02 0.00 0.12 0.11 0.28 0.16
O5' 0.10 0.21 0.15 0.21 0.29 0.02 0.30 0.01 0.26 0.20 0.26 0.31 0.18 0.11 0.20 0.12 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.13 0.20 0.26 0.32 0.27 0.12 0.28 0.08 0.22 0.18 0.24 0.31 0.18 0.24 0.42 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.31 0.31 0.32 0.36 0.22 0.35 0.21 0.30 0.28 0.34 0.39 0.29 0.29 0.37 0.28 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.16 0.22 0.29 0.05 0.30 0.02 0.23 0.18 0.25 0.33 0.17 0.13 0.28 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00