ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50704

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.005, 0.031, 0.056, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.009, 0.037, 0.066, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.012, 0.043, 0.075, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.043 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.015, 0.046, 0.078, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.046 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.021, 0.053, 0.085, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.053 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.029, 0.071, 0.113, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.071 std_dev=0.042
N6 A 0, 0.001, 0.054, 0.108, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.054 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.110, 0.329, 0.547, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.329 std_dev=0.218
C2' A 0, 0.059, 0.324, 0.589, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.324 std_dev=0.265
O2' A 0, 0.159, 0.510, 0.861, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.510 std_dev=0.351
C5 B 0, 0.158, 0.511, 0.865, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.511 std_dev=0.354
C4' A 0, 0.177, 0.586, 0.994, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.586 std_dev=0.408
C4 B 0, 0.265, 0.687, 1.109, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.687 std_dev=0.422
C3' A 0, 0.146, 0.592, 1.037, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.592 std_dev=0.446
C6 B 0, 0.147, 0.623, 1.099, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.623 std_dev=0.476
N4 B 0, 0.255, 0.739, 1.224, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.739 std_dev=0.484
O3' A 0, 0.260, 0.928, 1.596, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.928 std_dev=0.668
N1 B 0, 0.345, 1.058, 1.770, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.058 std_dev=0.713
C5' A 0, 0.403, 1.177, 1.951, 2.092 max_d=2.092 avg_d=1.177 std_dev=0.774
N3 B 0, 0.518, 1.344, 2.170, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.344 std_dev=0.826
C2 B 0, 0.592, 1.548, 2.504, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.548 std_dev=0.956
C1' B 0, 0.311, 1.363, 2.415, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.363 std_dev=1.052
O5' A 0, 0.671, 1.767, 2.864, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.767 std_dev=1.096
O5' B 0, 0.770, 1.924, 3.078, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.924 std_dev=1.154
C2' B 0, 0.344, 1.525, 2.707, 3.229 max_d=3.229 avg_d=1.525 std_dev=1.182
P B 0, 0.474, 1.673, 2.872, 3.292 max_d=3.292 avg_d=1.673 std_dev=1.199
OP2 B 0, 0.653, 2.009, 3.364, 3.689 max_d=3.689 avg_d=2.009 std_dev=1.356
O4' B 0, 0.198, 1.564, 2.930, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.564 std_dev=1.366
C3' B 0, 0.411, 1.792, 3.173, 3.537 max_d=3.537 avg_d=1.792 std_dev=1.381
O2 B 0, 0.796, 2.200, 3.605, 3.884 max_d=3.884 avg_d=2.200 std_dev=1.404
O2' B 0, 0.522, 2.027, 3.533, 4.161 max_d=4.161 avg_d=2.027 std_dev=1.505
C4' B 0, 0.364, 1.968, 3.573, 3.680 max_d=3.680 avg_d=1.968 std_dev=1.604
O3' B 0, 0.558, 2.206, 3.854, 4.407 max_d=4.407 avg_d=2.206 std_dev=1.648
OP1 B 0, 0.957, 2.682, 4.407, 4.517 max_d=4.517 avg_d=2.682 std_dev=1.725
P A 0, 1.077, 2.875, 4.674, 4.537 max_d=4.537 avg_d=2.875 std_dev=1.799
C5' B 0, 0.473, 2.300, 4.127, 4.234 max_d=4.234 avg_d=2.300 std_dev=1.827
OP1 A 0, 1.073, 3.026, 4.979, 5.022 max_d=5.022 avg_d=3.026 std_dev=1.953
OP2 A 0, 1.262, 3.607, 5.952, 6.119 max_d=6.119 avg_d=3.607 std_dev=2.345

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.47 0.11 0.28
C2 0.04 0.00 0.19 0.22 0.00 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.19 0.29 0.09 0.38 0.39 0.45 0.31
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.08 0.16 0.14 0.20 0.08 0.13 0.05 0.01 0.01 0.01 0.24 0.44 0.28 0.21
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.15 0.01 0.20 0.02 0.20 0.29 0.21 0.21 0.23 0.27 0.15 0.02 0.02 0.02 0.34 0.42 0.45 0.24
C4 0.02 0.00 0.09 0.15 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.16 0.05 0.41 0.38 0.41 0.30
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.14 0.11 0.05 0.15 0.14 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.44 0.27 0.21
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.22 0.03 0.48 0.40 0.59 0.40
C5' 0.05 0.17 0.02 0.02 0.18 0.01 0.25 0.00 0.26 0.26 0.23 0.14 0.30 0.29 0.17 0.04 0.07 0.02 0.01 0.31 0.42 0.02
C6 0.01 0.02 0.08 0.20 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.24 0.04 0.48 0.41 0.65 0.43
C8 0.01 0.01 0.16 0.29 0.00 0.14 0.01 0.26 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.31 0.08 0.51 0.41 0.50 0.37
N1 0.04 0.00 0.14 0.21 0.02 0.11 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.26 0.06 0.44 0.38 0.58 0.38
N3 0.04 0.00 0.20 0.21 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.26 0.10 0.35 0.41 0.34 0.28
N6 0.02 0.02 0.08 0.23 0.02 0.15 0.02 0.30 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.28 0.05 0.50 0.46 0.77 0.50
N7 0.01 0.02 0.13 0.27 0.00 0.14 0.01 0.29 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.31 0.06 0.55 0.47 0.67 0.48
N9 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.39 0.37 0.31 0.26
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.10 0.03 0.06 0.04 0.09 0.07 0.14 0.19 0.06 0.06 0.03 0.00 0.05 0.07 0.07 0.51 0.16 0.28
O3' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.16 0.01 0.22 0.07 0.24 0.31 0.26 0.26 0.28 0.31 0.14 0.05 0.00 0.01 0.37 0.40 0.54 0.25
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06 0.10 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.26 0.51 0.33 0.39
O5' 0.23 0.38 0.24 0.34 0.41 0.01 0.48 0.01 0.48 0.51 0.44 0.35 0.50 0.55 0.39 0.07 0.37 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.47 0.39 0.44 0.42 0.38 0.44 0.40 0.31 0.41 0.41 0.38 0.41 0.46 0.47 0.37 0.51 0.40 0.51 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.11 0.45 0.28 0.45 0.41 0.27 0.59 0.42 0.65 0.50 0.58 0.34 0.77 0.67 0.31 0.16 0.54 0.33 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.28 0.31 0.21 0.24 0.30 0.21 0.40 0.02 0.43 0.37 0.38 0.28 0.50 0.48 0.26 0.28 0.25 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.25 0.30 0.34 0.13 0.21 0.19 0.32 0.14 0.17 0.21 0.18 0.38 0.34 0.43 0.14 0.50 1.36 0.86 0.69
C2 0.15 0.19 0.23 0.27 0.09 0.16 0.15 0.25 0.11 0.12 0.17 0.14 0.28 0.25 0.34 0.09 0.45 1.30 0.70 0.61
C2' 0.17 0.18 0.13 0.18 0.15 0.07 0.23 0.16 0.15 0.11 0.13 0.24 0.28 0.21 0.30 0.17 0.36 1.11 0.73 0.48
C3' 0.25 0.23 0.08 0.10 0.20 0.16 0.27 0.19 0.23 0.21 0.19 0.24 0.30 0.18 0.21 0.29 0.23 1.07 0.64 0.34
C4 0.14 0.19 0.22 0.28 0.11 0.19 0.20 0.30 0.15 0.11 0.17 0.15 0.30 0.24 0.35 0.08 0.47 1.33 0.84 0.66
C4' 0.17 0.20 0.23 0.27 0.09 0.11 0.17 0.23 0.09 0.11 0.14 0.16 0.32 0.28 0.38 0.12 0.39 1.28 0.80 0.57
C5 0.11 0.16 0.20 0.29 0.13 0.25 0.26 0.37 0.21 0.12 0.16 0.15 0.26 0.21 0.34 0.14 0.48 1.35 0.91 0.69
C5' 0.20 0.21 0.19 0.27 0.20 0.21 0.27 0.34 0.22 0.18 0.18 0.25 0.29 0.20 0.36 0.23 0.27 1.26 0.79 0.51
C6 0.14 0.15 0.21 0.30 0.15 0.28 0.28 0.39 0.25 0.15 0.16 0.14 0.23 0.21 0.33 0.19 0.47 1.35 0.89 0.68
C8 0.11 0.17 0.20 0.29 0.12 0.23 0.24 0.38 0.20 0.10 0.16 0.14 0.29 0.22 0.35 0.11 0.50 1.35 0.97 0.71
N1 0.12 0.16 0.21 0.27 0.12 0.21 0.22 0.30 0.18 0.12 0.16 0.13 0.22 0.22 0.31 0.12 0.45 1.33 0.76 0.63
N3 0.18 0.22 0.25 0.29 0.09 0.17 0.15 0.25 0.10 0.13 0.18 0.15 0.32 0.28 0.37 0.11 0.47 1.31 0.74 0.63
N6 0.24 0.18 0.27 0.36 0.20 0.38 0.36 0.49 0.34 0.24 0.17 0.16 0.23 0.26 0.38 0.31 0.51 1.37 0.97 0.73
N7 0.11 0.15 0.19 0.30 0.13 0.28 0.27 0.41 0.23 0.11 0.15 0.13 0.26 0.19 0.35 0.16 0.50 1.34 0.99 0.72
N9 0.15 0.20 0.23 0.29 0.11 0.19 0.21 0.32 0.15 0.11 0.17 0.15 0.32 0.26 0.37 0.08 0.49 1.34 0.89 0.68
O2' 0.19 0.19 0.29 0.35 0.16 0.18 0.23 0.24 0.15 0.12 0.12 0.25 0.31 0.36 0.49 0.14 0.54 1.18 0.85 0.64
O3' 0.35 0.31 0.18 0.19 0.29 0.28 0.36 0.29 0.34 0.32 0.28 0.31 0.35 0.26 0.27 0.42 0.27 0.93 0.59 0.24
O4' 0.27 0.29 0.37 0.41 0.16 0.28 0.21 0.37 0.18 0.22 0.25 0.18 0.41 0.41 0.50 0.18 0.56 1.46 0.90 0.75
O5' 0.48 0.50 0.60 0.68 0.52 0.56 0.56 0.68 0.53 0.49 0.50 0.56 0.55 0.58 0.75 0.45 0.85 1.86 1.16 1.11
OP1 0.44 0.44 0.61 0.72 0.48 0.57 0.54 0.69 0.51 0.45 0.44 0.51 0.46 0.59 0.84 0.42 0.82 1.81 1.13 1.05
OP2 0.61 0.67 0.52 0.50 0.64 0.51 0.59 0.57 0.58 0.61 0.69 0.66 0.73 0.51 0.49 0.58 0.56 1.75 0.75 0.82
P 0.44 0.44 0.54 0.65 0.48 0.54 0.53 0.67 0.50 0.45 0.45 0.51 0.47 0.51 0.74 0.44 0.77 1.83 1.08 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.12 0.40 0.55 0.30
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.09 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.04 0.20 0.85 0.44 0.37
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.25 0.10
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.13 0.04 0.13 0.08 0.21 0.03 0.01 0.00 0.18 0.29 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.04 0.30 1.24 0.32 0.45
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.09 0.08 0.10 0.07 0.03 0.01 0.02 0.14 0.42 0.11
C5 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.11 0.03 0.36 1.28 0.32 0.48
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.12 0.07 0.14 0.14 0.13 0.07 0.05 0.02 0.00 0.35 0.35 0.04
C6 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.14 0.02 0.33 1.00 0.40 0.43
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.22 0.76 0.46 0.36
N3 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.16 0.04 0.24 1.07 0.38 0.41
N4 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.03 0.14 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.09 0.05 0.31 1.36 0.28 0.45
O2 0.05 0.01 0.15 0.21 0.03 0.10 0.02 0.13 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.15 0.27 0.06 0.14 0.69 0.47 0.33
O2' 0.01 0.10 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.07 0.04 0.03 0.09 0.06 0.15 0.00 0.05 0.05 0.07 0.22 0.39 0.21
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.07 0.03 0.11 0.05 0.14 0.04 0.16 0.09 0.27 0.05 0.00 0.02 0.22 0.59 0.27 0.30
O4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.00 0.13 0.29 0.70 0.36
O5' 0.12 0.20 0.11 0.18 0.30 0.02 0.36 0.00 0.33 0.22 0.24 0.31 0.14 0.07 0.22 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.40 0.85 0.22 0.29 1.24 0.14 1.28 0.35 1.00 0.76 1.07 1.36 0.69 0.22 0.59 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.44 0.25 0.12 0.32 0.42 0.32 0.35 0.40 0.46 0.38 0.28 0.47 0.39 0.27 0.70 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.37 0.10 0.11 0.45 0.11 0.48 0.04 0.43 0.36 0.41 0.45 0.33 0.21 0.30 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00