ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50705

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C4' A 0, 0.027, 0.095, 0.164, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.095 std_dev=0.068
N6 A 0, -0.011, 0.063, 0.137, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.063 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.012, 0.100, 0.187, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.100 std_dev=0.088
O4' A 0, -0.016, 0.072, 0.160, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.072 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.040, 0.134, 0.229, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.094
C5' A 0, 0.072, 0.177, 0.283, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.177 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.077, 0.189, 0.301, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.189 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.087, 0.219, 0.351, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.219 std_dev=0.132
O2' A 0, -0.011, 0.177, 0.366, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.177 std_dev=0.189
P A 0, 0.015, 0.217, 0.420, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.217 std_dev=0.202
OP2 A 0, 0.051, 0.287, 0.523, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.287 std_dev=0.236
OP1 A 0, 0.022, 0.273, 0.523, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.273 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.177, 0.446, 0.716, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.446 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.218, 0.540, 0.862, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.540 std_dev=0.322
C4 B 0, 0.236, 0.561, 0.885, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.561 std_dev=0.324
N4 B 0, 0.218, 0.549, 0.880, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.549 std_dev=0.331
O2 B 0, 0.168, 0.535, 0.903, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.535 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.261, 0.698, 1.135, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.698 std_dev=0.437
C5 B 0, 0.281, 0.755, 1.229, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.755 std_dev=0.474
C6 B 0, 0.273, 0.798, 1.323, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.798 std_dev=0.525
C1' B 0, 0.276, 0.803, 1.331, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.803 std_dev=0.527
O4' B 0, 0.344, 0.903, 1.462, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.903 std_dev=0.559
C2' B 0, 0.335, 1.073, 1.810, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.073 std_dev=0.737
C4' B 0, 0.466, 1.216, 1.965, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.216 std_dev=0.749
O2' B 0, 0.359, 1.187, 2.015, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.187 std_dev=0.828
C3' B 0, 0.471, 1.322, 2.173, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.322 std_dev=0.851
C5' B 0, 0.580, 1.441, 2.302, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.441 std_dev=0.861
O5' B 0, 0.634, 1.521, 2.408, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.521 std_dev=0.887
O3' B 0, 0.551, 1.589, 2.627, 2.909 max_d=2.909 avg_d=1.589 std_dev=1.038
P B 0, 0.765, 1.822, 2.878, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.822 std_dev=1.057
OP2 B 0, 0.794, 1.879, 2.964, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.879 std_dev=1.085
OP1 B 0, 0.894, 2.143, 3.393, 3.087 max_d=3.087 avg_d=2.143 std_dev=1.250

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.12 0.12 0.19 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.03 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.17 0.07
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08 0.03 0.09 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.05 0.19 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.12 0.11 0.15 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.08 0.06 0.03 0.06 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02
C5 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.10 0.05 0.16 0.16 0.19 0.16
C5' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.06 0.13 0.13 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.05 0.17 0.18 0.22 0.17
C8 0.01 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.04 0.10 0.05 0.15 0.13 0.13 0.13
N1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.15 0.16 0.22 0.16
N3 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.10 0.09 0.15 0.09
N6 0.05 0.01 0.07 0.09 0.03 0.08 0.04 0.13 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.05 0.12 0.09 0.21 0.22 0.24 0.21
N7 0.00 0.02 0.08 0.10 0.02 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.05 0.12 0.05 0.17 0.18 0.20 0.18
N9 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.11 0.09 0.10 0.08
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.12 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.03 0.10 0.05 0.11 0.10 0.10 0.04 0.12 0.12 0.05 0.03 0.00 0.02 0.14 0.05 0.23 0.12
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.09 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.11 0.11 0.09 0.11
O5' 0.06 0.12 0.05 0.10 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.15 0.15 0.10 0.21 0.17 0.11 0.02 0.14 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.06 0.12 0.04 0.05 0.11 0.06 0.16 0.08 0.18 0.13 0.16 0.09 0.22 0.18 0.09 0.05 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.19 0.17 0.19 0.15 0.06 0.19 0.03 0.22 0.13 0.22 0.15 0.24 0.20 0.10 0.12 0.23 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.12 0.07 0.10 0.11 0.02 0.16 0.02 0.17 0.13 0.16 0.09 0.21 0.18 0.08 0.03 0.12 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.14 0.24 0.29 0.12 0.23 0.15 0.28 0.14 0.15 0.11 0.13 0.17 0.24 0.35 0.16 0.33 0.48 0.54 0.41
C2 0.12 0.12 0.10 0.14 0.07 0.13 0.08 0.14 0.05 0.09 0.08 0.15 0.19 0.04 0.16 0.13 0.17 0.24 0.34 0.21
C2' 0.23 0.20 0.32 0.36 0.12 0.29 0.14 0.31 0.15 0.19 0.15 0.14 0.25 0.30 0.44 0.22 0.34 0.43 0.48 0.36
C3' 0.23 0.20 0.31 0.34 0.09 0.27 0.10 0.28 0.12 0.18 0.14 0.11 0.27 0.30 0.42 0.21 0.29 0.38 0.43 0.31
C4 0.10 0.11 0.09 0.13 0.04 0.11 0.06 0.13 0.03 0.07 0.07 0.10 0.17 0.07 0.15 0.10 0.16 0.27 0.36 0.22
C4' 0.18 0.15 0.26 0.31 0.10 0.25 0.12 0.29 0.13 0.15 0.11 0.11 0.20 0.27 0.39 0.17 0.33 0.47 0.52 0.39
C5 0.13 0.13 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.07 0.09 0.10 0.11 0.13 0.19 0.05 0.12 0.13 0.04 0.11 0.21 0.08
C5' 0.18 0.17 0.25 0.29 0.10 0.24 0.13 0.27 0.13 0.16 0.13 0.10 0.22 0.26 0.36 0.17 0.32 0.47 0.52 0.39
C6 0.17 0.17 0.17 0.21 0.14 0.18 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.18 0.21 0.13 0.22 0.18 0.12 0.06 0.13 0.07
C8 0.09 0.10 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.06 0.07 0.10 0.16 0.06 0.09 0.09 0.08 0.21 0.29 0.16
N1 0.16 0.16 0.15 0.18 0.08 0.16 0.09 0.12 0.09 0.13 0.14 0.13 0.22 0.11 0.20 0.16 0.09 0.04 0.15 0.02
N3 0.13 0.12 0.15 0.20 0.11 0.17 0.13 0.21 0.11 0.11 0.09 0.15 0.18 0.12 0.23 0.14 0.25 0.35 0.44 0.31
N6 0.23 0.21 0.26 0.33 0.25 0.28 0.29 0.27 0.26 0.22 0.21 0.29 0.21 0.22 0.36 0.24 0.27 0.24 0.24 0.24
N7 0.13 0.13 0.09 0.12 0.12 0.12 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.15 0.18 0.06 0.12 0.14 0.05 0.11 0.19 0.08
N9 0.10 0.10 0.12 0.16 0.05 0.13 0.07 0.16 0.05 0.08 0.06 0.09 0.16 0.12 0.19 0.10 0.20 0.33 0.40 0.27
O2' 0.27 0.23 0.39 0.46 0.19 0.37 0.22 0.40 0.23 0.24 0.19 0.20 0.25 0.39 0.55 0.26 0.44 0.55 0.60 0.47
O3' 0.28 0.24 0.38 0.41 0.12 0.33 0.12 0.33 0.16 0.22 0.17 0.13 0.31 0.38 0.51 0.26 0.33 0.40 0.43 0.33
O4' 0.15 0.12 0.23 0.28 0.10 0.23 0.14 0.29 0.14 0.14 0.09 0.10 0.15 0.25 0.35 0.15 0.34 0.51 0.57 0.43
O5' 0.22 0.22 0.24 0.26 0.10 0.24 0.08 0.24 0.12 0.19 0.18 0.04 0.28 0.23 0.31 0.22 0.25 0.32 0.35 0.26
OP1 0.22 0.22 0.24 0.24 0.09 0.22 0.07 0.21 0.11 0.18 0.17 0.04 0.29 0.24 0.28 0.20 0.22 0.33 0.36 0.26
OP2 0.16 0.18 0.17 0.15 0.09 0.15 0.09 0.14 0.09 0.14 0.15 0.09 0.24 0.21 0.17 0.14 0.15 0.25 0.29 0.20
P 0.18 0.18 0.19 0.20 0.08 0.18 0.07 0.19 0.09 0.15 0.15 0.05 0.25 0.20 0.23 0.16 0.20 0.32 0.36 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.14 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.04 0.07 0.07 0.15 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.22 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.12 0.07 0.08 0.12 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.05 0.19 0.09
C4 0.03 0.02 0.04 0.11 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.13 0.07 0.15 0.13 0.12 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.11 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01
C5 0.03 0.01 0.04 0.13 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.08 0.19 0.15 0.12 0.14
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.05 0.07 0.13 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.03
C6 0.03 0.01 0.04 0.12 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.13 0.07 0.15 0.12 0.09 0.09
N1 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.08 0.07 0.13 0.05
N3 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.05 0.10 0.08 0.13 0.07
N4 0.03 0.01 0.05 0.12 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.08 0.18 0.16 0.15 0.15
O2 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.07 0.02 0.06 0.06 0.18 0.06
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.09 0.02 0.08 0.03 0.02 0.10 0.07 0.16 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.16 0.00
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.13 0.06 0.08 0.14 0.07 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.16 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.08 0.02 0.07 0.01 0.00 0.05 0.10 0.05 0.05
O5' 0.04 0.07 0.08 0.09 0.15 0.01 0.19 0.00 0.15 0.08 0.10 0.18 0.06 0.01 0.09 0.05 0.00 0.02 0.04 0.00
OP1 0.04 0.07 0.04 0.05 0.13 0.07 0.15 0.09 0.12 0.07 0.08 0.16 0.06 0.06 0.03 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.14 0.15 0.22 0.19 0.12 0.07 0.12 0.02 0.09 0.13 0.13 0.15 0.18 0.16 0.16 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.09 0.09 0.12 0.01 0.14 0.03 0.09 0.05 0.07 0.15 0.06 0.00 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00