Doublet Group distance statistics: 50707

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5	A	0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7	A	0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C1'	A	0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4	A	0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.025
N3	A	0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8	A	0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9	A	0, -0.001, 0.036, 0.073, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.036 std_dev=0.037
N6	A	0, -0.005, 0.065, 0.134, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.065 std_dev=0.070
O4'	A	0, 0.050, 0.170, 0.291, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.170 std_dev=0.121
C2'	A	0, 0.019, 0.151, 0.284, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.151 std_dev=0.133
C4'	A	0, 0.082, 0.309, 0.535, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.309 std_dev=0.227
C5'	A	0, 0.042, 0.362, 0.682, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.362 std_dev=0.320
N3	B	0, 0.147, 0.523, 0.899, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.523 std_dev=0.376
C2	B	0, 0.125, 0.570, 1.015, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.570 std_dev=0.445
O2'	A	0, -0.012, 0.482, 0.976, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.482 std_dev=0.494
O2	B	0, 0.127, 0.684, 1.242, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.684 std_dev=0.558
C3'	A	0, -0.084, 0.498, 1.081, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.498 std_dev=0.582
C4	B	0, 0.241, 0.827, 1.412, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.827 std_dev=0.585
N1	B	0, 0.248, 0.852, 1.456, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.852 std_dev=0.604
O5'	A	0, 0.302, 1.035, 1.767, 1.592 max_d=1.592 avg_d=1.035 std_dev=0.732
C6	B	0, 0.281, 1.025, 1.769, 1.744 max_d=1.744 avg_d=1.025 std_dev=0.744
N4	B	0, 0.315, 1.076, 1.837, 1.627 max_d=1.627 avg_d=1.076 std_dev=0.761
C5	B	0, 0.293, 1.058, 1.823, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.058 std_dev=0.765
C1'	B	0, 0.321, 1.127, 1.932, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.127 std_dev=0.806
O4'	B	0, 0.384, 1.312, 2.239, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.312 std_dev=0.927
C2'	B	0, 0.380, 1.422, 2.464, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.422 std_dev=1.042
O5'	B	0, 0.446, 1.539, 2.632, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.539 std_dev=1.093
OP2	B	0, 0.456, 1.573, 2.690, 2.480 max_d=2.480 avg_d=1.573 std_dev=1.117
C4'	B	0, 0.464, 1.606, 2.747, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.606 std_dev=1.142
P	B	0, 0.483, 1.650, 2.817, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.650 std_dev=1.167
O2'	B	0, 0.407, 1.580, 2.753, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.580 std_dev=1.173
C5'	B	0, 0.486, 1.659, 2.832, 2.496 max_d=2.496 avg_d=1.659 std_dev=1.173
C3'	B	0, 0.448, 1.650, 2.851, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.650 std_dev=1.201
O3'	A	0, -0.299, 1.010, 2.320, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.010 std_dev=1.309
OP1	B	0, 0.545, 1.925, 3.306, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.925 std_dev=1.381
O3'	B	0, 0.503, 1.972, 3.441, 3.523 max_d=3.523 avg_d=1.972 std_dev=1.469
P	A	0, -0.041, 1.496, 3.033, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.496 std_dev=1.537
OP1	A	0, -0.057, 1.762, 3.580, 4.265 max_d=4.265 avg_d=1.762 std_dev=1.819
OP2	A	0, -0.232, 2.171, 4.574, 5.521 max_d=5.521 avg_d=2.171 std_dev=2.403

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.10	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.02	0.29	0.01	0.19	0.54	0.56	0.15
C2	0.03	0.00	0.08	0.11	0.00	0.01	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.28	0.29	0.07	0.34	0.16	1.10	0.30
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.01	0.02	0.23	0.03	0.06	0.06	0.07	0.03	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.24	0.63	0.62	0.17
C3'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.18	0.00	0.29	0.01	0.28	0.33	0.20	0.07	0.35	0.36	0.20	0.01	0.00	0.01	0.23	0.75	0.23	0.34
C4	0.01	0.00	0.04	0.18	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.25	0.14	0.03	0.34	0.09	1.16	0.35
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.10	0.00	0.09	0.15	0.04	0.03	0.15	0.16	0.06	0.27	0.02	0.00	0.01	0.74	0.17	0.43
C5	0.01	0.01	0.02	0.29	0.00	0.10	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.29	0.05	0.03	0.37	0.25	1.50	0.61
C5'	0.10	0.08	0.23	0.01	0.08	0.00	0.10	0.00	0.10	0.11	0.08	0.09	0.16	0.13	0.08	0.04	0.19	0.01	0.01	0.11	0.33	0.01
C6	0.00	0.00	0.03	0.28	0.00	0.09	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.33	0.01	0.03	0.37	0.28	1.53	0.64
C8	0.02	0.01	0.06	0.33	0.00	0.15	0.01	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00	0.05	0.00	0.00	0.21	0.19	0.09	0.37	0.29	1.50	0.63
N1	0.02	0.00	0.06	0.20	0.00	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.32	0.15	0.04	0.36	0.11	1.34	0.49
N3	0.03	0.00	0.07	0.07	0.00	0.03	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.34	0.08	0.32	0.27	0.95	0.19
N6	0.02	0.01	0.03	0.35	0.01	0.15	0.02	0.16	0.00	0.05	0.02	0.00	0.00	0.05	0.03	0.34	0.13	0.06	0.34	0.45	1.70	0.78
N7	0.02	0.01	0.04	0.36	0.00	0.16	0.00	0.13	0.02	0.00	0.01	0.00	0.05	0.00	0.00	0.27	0.22	0.07	0.38	0.47	1.72	0.80
N9	0.00	0.00	0.00	0.20	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.17	0.06	0.01	0.33	0.11	1.08	0.30
O2'	0.02	0.28	0.00	0.01	0.25	0.27	0.29	0.04	0.33	0.21	0.32	0.23	0.34	0.27	0.17	0.00	0.02	0.21	0.18	1.23	0.26	0.68
O3'	0.29	0.29	0.02	0.00	0.14	0.02	0.05	0.19	0.01	0.19	0.15	0.34	0.13	0.22	0.06	0.02	0.00	0.24	0.27	1.28	0.21	0.69
O4'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.09	0.04	0.08	0.06	0.07	0.01	0.21	0.24	0.00	0.12	0.55	0.31	0.27
O5'	0.19	0.34	0.24	0.23	0.34	0.01	0.37	0.01	0.37	0.37	0.36	0.32	0.34	0.38	0.33	0.18	0.27	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.54	0.16	0.63	0.75	0.09	0.74	0.25	0.11	0.28	0.29	0.11	0.27	0.45	0.47	0.11	1.23	1.28	0.55	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.56	1.10	0.62	0.23	1.16	0.17	1.50	0.33	1.53	1.50	1.34	0.95	1.70	1.72	1.08	0.26	0.21	0.31	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.15	0.30	0.17	0.34	0.35	0.43	0.61	0.01	0.64	0.63	0.49	0.19	0.78	0.80	0.30	0.68	0.69	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.32	0.13	0.40	0.40	0.13	0.36	0.10	0.34	0.15	0.20	0.10	0.24	0.19	0.45	0.43	0.31	0.36	0.38	0.24	0.28
C2	0.16	0.06	0.18	0.18	0.12	0.16	0.09	0.16	0.07	0.09	0.08	0.18	0.15	0.18	0.18	0.14	0.23	0.21	0.16	0.16
C2'	0.14	0.03	0.20	0.20	0.19	0.17	0.13	0.16	0.04	0.02	0.15	0.29	0.06	0.24	0.22	0.13	0.19	0.19	0.14	0.15
C3'	0.31	0.04	0.45	0.45	0.22	0.38	0.13	0.34	0.08	0.13	0.16	0.38	0.13	0.55	0.54	0.29	0.34	0.36	0.20	0.25
C4	0.19	0.08	0.26	0.26	0.17	0.20	0.13	0.19	0.10	0.11	0.11	0.26	0.15	0.28	0.28	0.16	0.26	0.24	0.15	0.16
C4'	0.41	0.17	0.55	0.56	0.13	0.48	0.12	0.45	0.21	0.26	0.10	0.25	0.23	0.62	0.64	0.38	0.46	0.50	0.32	0.37
C5	0.13	0.09	0.21	0.21	0.22	0.13	0.21	0.12	0.14	0.10	0.15	0.31	0.14	0.21	0.24	0.08	0.21	0.18	0.07	0.09
C5'	0.41	0.19	0.55	0.55	0.11	0.46	0.11	0.43	0.21	0.27	0.09	0.22	0.27	0.61	0.63	0.37	0.45	0.47	0.30	0.35
C6	0.09	0.10	0.16	0.17	0.25	0.09	0.25	0.08	0.18	0.12	0.17	0.32	0.12	0.14	0.19	0.07	0.18	0.15	0.02	0.04
C8	0.18	0.09	0.28	0.28	0.21	0.19	0.18	0.17	0.12	0.11	0.14	0.32	0.15	0.30	0.32	0.13	0.25	0.24	0.11	0.13
N1	0.09	0.08	0.13	0.14	0.19	0.08	0.19	0.08	0.14	0.10	0.13	0.24	0.11	0.12	0.14	0.06	0.17	0.13	0.07	0.06
N3	0.22	0.08	0.26	0.26	0.11	0.24	0.07	0.23	0.08	0.13	0.08	0.20	0.16	0.28	0.26	0.21	0.28	0.27	0.20	0.21
N6	0.13	0.14	0.19	0.20	0.32	0.14	0.33	0.13	0.26	0.18	0.21	0.41	0.12	0.15	0.22	0.14	0.22	0.17	0.08	0.09
N7	0.13	0.10	0.23	0.24	0.24	0.13	0.23	0.11	0.15	0.11	0.16	0.35	0.14	0.24	0.27	0.07	0.21	0.19	0.06	0.08
N9	0.23	0.09	0.31	0.31	0.17	0.25	0.13	0.23	0.10	0.13	0.12	0.27	0.16	0.34	0.34	0.19	0.28	0.28	0.17	0.19
O2'	0.44	0.28	0.40	0.40	0.18	0.46	0.23	0.47	0.30	0.34	0.19	0.14	0.33	0.42	0.36	0.48	0.50	0.49	0.41	0.45
O3'	0.86	0.53	1.06	1.07	0.31	0.97	0.44	0.93	0.59	0.66	0.34	0.22	0.62	1.16	1.18	0.84	0.92	0.96	0.74	0.82
O4'	0.46	0.23	0.58	0.59	0.13	0.52	0.16	0.49	0.27	0.32	0.12	0.20	0.30	0.63	0.65	0.43	0.50	0.54	0.37	0.41
O5'	0.64	0.49	0.77	0.79	0.43	0.69	0.47	0.67	0.53	0.55	0.43	0.44	0.51	0.79	0.86	0.60	0.72	0.78	0.59	0.62
OP1	0.25	0.11	0.30	0.29	0.14	0.27	0.10	0.24	0.04	0.13	0.04	0.28	0.23	0.41	0.34	0.24	0.23	0.23	0.24	0.21
OP2	1.11	1.13	1.05	1.07	1.21	1.09	1.20	1.14	1.17	1.13	1.17	1.25	1.10	0.97	1.01	1.12	1.24	1.29	1.24	1.22
P	0.43	0.39	0.47	0.50	0.48	0.45	0.48	0.47	0.45	0.42	0.42	0.54	0.36	0.43	0.50	0.41	0.57	0.64	0.58	0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.08	0.12	0.07	0.05
C2	0.02	0.00	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.04	0.03	0.17	0.15	0.16	0.14
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.07	0.01	0.01	0.01	0.04	0.19	0.04	0.02
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.12	0.05	0.05	0.08	0.05	0.01	0.01	0.00	0.04	0.23	0.07	0.06
C4	0.02	0.01	0.02	0.08	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.08	0.02	0.22	0.19	0.26	0.23
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.07	0.03	0.04	0.07	0.02	0.03	0.00	0.00	0.01	0.14	0.02	0.01
C5	0.01	0.01	0.03	0.11	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.13	0.01	0.23	0.22	0.27	0.24
C5'	0.02	0.08	0.01	0.01	0.13	0.00	0.14	0.00	0.12	0.07	0.10	0.14	0.05	0.03	0.01	0.01	0.01	0.10	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.12	0.01	0.07	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.12	0.01	0.21	0.18	0.19	0.18
N1	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.16	0.14	0.14	0.12
N3	0.02	0.00	0.04	0.05	0.00	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.05	0.03	0.20	0.16	0.21	0.19
N4	0.02	0.01	0.02	0.08	0.00	0.07	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.09	0.03	0.24	0.22	0.29	0.26
O2	0.02	0.00	0.07	0.05	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.10	0.07	0.03	0.14	0.15	0.13	0.11
O2'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.03	0.04	0.01	0.05	0.03	0.10	0.00	0.04	0.04	0.04	0.22	0.04	0.03
O3'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.08	0.00	0.13	0.01	0.12	0.04	0.05	0.09	0.07	0.04	0.00	0.01	0.05	0.31	0.13	0.11
O4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.03	0.04	0.01	0.00	0.07	0.08	0.07	0.05
O5'	0.08	0.17	0.04	0.04	0.22	0.01	0.23	0.01	0.21	0.16	0.20	0.24	0.14	0.04	0.05	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.12	0.15	0.19	0.23	0.19	0.14	0.22	0.10	0.18	0.14	0.16	0.22	0.15	0.22	0.31	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.07	0.16	0.04	0.07	0.26	0.02	0.27	0.02	0.19	0.14	0.21	0.29	0.13	0.04	0.13	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.14	0.02	0.06	0.23	0.01	0.24	0.01	0.18	0.12	0.19	0.26	0.11	0.03	0.11	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00