ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50708

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C3' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
N6 A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C4 B 0, 0.000, 0.135, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.135 std_dev=0.135
N4 B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C5 B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
P A 0, 0.000, 0.199, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.199 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
OP2 A 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O2 B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.000, 0.226, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O5' B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
OP1 A 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
P B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C5' B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
O3' B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
O4' B 0, 0.000, 0.356, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C4' B 0, 0.000, 0.367, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.367 std_dev=0.367
O2' B 0, 0.000, 0.428, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.428 std_dev=0.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C2 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.09 0.08 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.07 0.06
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.08 0.07
C8 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.04 0.05
N1 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.09 0.08 0.07
N3 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.08 0.06 0.05
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.07
N9 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.07 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05
O5' 0.01 0.07 0.03 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.09 0.07 0.08 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.11 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.08 0.05 0.05 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.08 0.06 0.04 0.07 0.03 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.07 0.04 0.05 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.01 0.08 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.13 0.05 0.09 0.06 0.04 0.00 0.03
C2 0.04 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.09 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01
C2' 0.04 0.05 0.03 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.06 0.09 0.03 0.08 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00
C3' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.09 0.04 0.07 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00
C4 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00
C4' 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.11 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02
C5 0.02 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02
C5' 0.08 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.13 0.06 0.08 0.07 0.06 0.02 0.04
C6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.09 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
C8 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01
N1 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.09 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02
N3 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00
N6 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01
N7 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03
N9 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.09 0.01 0.10 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00
O2' 0.05 0.06 0.03 0.01 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.10 0.04 0.09 0.00 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00
O3' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.10 0.07 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01
O4' 0.09 0.00 0.10 0.07 0.04 0.08 0.03 0.07 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.15 0.07 0.09 0.06 0.05 0.00 0.03
O5' 0.09 0.03 0.09 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.13 0.06 0.09 0.08 0.06 0.02 0.05
OP1 0.12 0.05 0.11 0.09 0.02 0.10 0.02 0.10 0.03 0.06 0.04 0.01 0.07 0.15 0.08 0.12 0.10 0.08 0.04 0.07
OP2 0.10 0.05 0.10 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.14 0.07 0.09 0.08 0.06 0.02 0.05
P 0.09 0.04 0.09 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.13 0.06 0.09 0.08 0.05 0.02 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02
O2 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04 0.05
O2' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04
O5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00