ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50711

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 20, 11, 10, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N6 A 0, -0.001, 0.030, 0.061, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.030 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.005, 0.038, 0.071, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.038 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.012, 0.051, 0.090, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.051 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.055, 0.097, 0.139, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.097 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.064, 0.116, 0.168, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.116 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.077, 0.147, 0.217, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.147 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.106, 0.181, 0.256, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.181 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.072, 0.150, 0.229, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.150 std_dev=0.079
C6 B 0, 0.196, 0.306, 0.415, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.306 std_dev=0.110
O3' A 0, 0.166, 0.279, 0.392, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.279 std_dev=0.113
C5 B 0, 0.207, 0.322, 0.438, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.322 std_dev=0.115
C5' A 0, 0.190, 0.308, 0.425, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.308 std_dev=0.118
N6 B 0, 0.228, 0.353, 0.478, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.353 std_dev=0.125
C4 B 0, 0.160, 0.287, 0.415, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.287 std_dev=0.128
N7 B 0, 0.262, 0.401, 0.541, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.401 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.131, 0.272, 0.412, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.272 std_dev=0.141
N3 B 0, 0.122, 0.268, 0.415, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.268 std_dev=0.146
N9 B 0, 0.173, 0.329, 0.484, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.329 std_dev=0.156
C2 B 0, 0.109, 0.265, 0.421, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.265 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.242, 0.400, 0.558, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.400 std_dev=0.158
C1' B 0, 0.173, 0.340, 0.507, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.340 std_dev=0.167
C2' B 0, 0.169, 0.361, 0.552, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.361 std_dev=0.191
O4' B 0, 0.186, 0.381, 0.575, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.381 std_dev=0.194
O2' B 0, 0.166, 0.376, 0.587, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.376 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.183, 0.397, 0.612, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.397 std_dev=0.215
C4' B 0, 0.182, 0.410, 0.637, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.410 std_dev=0.228
O5' B 0, 0.212, 0.463, 0.714, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.463 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.179, 0.447, 0.716, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.447 std_dev=0.269
O3' B 0, 0.188, 0.466, 0.744, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.466 std_dev=0.278
OP2 B 0, 0.254, 0.579, 0.903, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.579 std_dev=0.324
P B 0, 0.168, 0.502, 0.836, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.502 std_dev=0.334
OP1 B 0, 0.206, 0.613, 1.020, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.613 std_dev=0.407
O5' A 0, 0.075, 0.504, 0.933, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.504 std_dev=0.429
P A 0, -0.355, 0.440, 1.235, 3.873 max_d=3.873 avg_d=0.440 std_dev=0.795
OP1 A 0, -0.457, 0.494, 1.445, 4.718 max_d=4.718 avg_d=0.494 std_dev=0.951
OP2 A 0, -0.493, 0.705, 1.903, 5.816 max_d=5.816 avg_d=0.705 std_dev=1.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.19 0.22 0.24 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.30 0.11 0.56 0.27
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.28 0.12 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.21 0.08 0.10
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.31 0.09 0.56 0.29
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.26 0.05 0.12
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.36 0.17 0.73 0.41
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.37 0.18 0.78 0.44
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.36 0.18 0.67 0.40
N1 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.34 0.12 0.69 0.37
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.27 0.14 0.47 0.21
N6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.40 0.27 0.89 0.52
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.39 0.25 0.81 0.48
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.29 0.09 0.49 0.26
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.49 0.13 0.22
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.17 0.32 0.21 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.20 0.22 0.19 0.07
O5' 0.19 0.30 0.10 0.09 0.31 0.01 0.36 0.01 0.37 0.36 0.34 0.27 0.40 0.39 0.29 0.04 0.17 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.11 0.28 0.21 0.09 0.26 0.17 0.04 0.18 0.18 0.12 0.14 0.27 0.25 0.09 0.49 0.32 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.56 0.12 0.08 0.56 0.05 0.73 0.07 0.78 0.67 0.69 0.47 0.89 0.81 0.49 0.13 0.21 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.27 0.07 0.10 0.29 0.12 0.41 0.01 0.44 0.40 0.37 0.21 0.52 0.48 0.26 0.22 0.23 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.07 0.14 0.08 0.09 0.07 0.12 0.12 0.09 0.10 0.10 0.11 0.16 0.15 0.15 0.19 0.17
C2 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.13 0.08 0.16 0.08 0.09 0.09 0.12 0.13 0.08 0.10 0.10 0.10 0.18 0.17 0.17 0.22 0.19
C2' 0.10 0.07 0.10 0.10 0.07 0.10 0.09 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.16 0.10 0.08 0.11 0.13 0.14 0.15 0.14 0.18 0.15
C3' 0.09 0.07 0.10 0.10 0.06 0.10 0.07 0.13 0.09 0.07 0.07 0.08 0.14 0.09 0.07 0.11 0.12 0.13 0.15 0.15 0.19 0.16
C4 0.11 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.07 0.14 0.08 0.08 0.07 0.12 0.12 0.08 0.09 0.10 0.11 0.16 0.16 0.16 0.20 0.17
C4' 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.13 0.07 0.07 0.07 0.11 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.15 0.15 0.16 0.20 0.17
C5 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.13 0.08 0.08 0.08 0.12 0.13 0.09 0.09 0.09 0.12 0.14 0.15 0.15 0.19 0.16
C5' 0.12 0.13 0.08 0.08 0.10 0.12 0.08 0.15 0.08 0.09 0.10 0.13 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.16 0.18 0.19 0.23 0.20
C6 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.13 0.07 0.08 0.07 0.12 0.13 0.08 0.09 0.10 0.11 0.14 0.15 0.16 0.20 0.17
C8 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.13 0.10 0.09 0.09 0.13 0.14 0.15 0.14 0.18 0.16
N1 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.12 0.07 0.14 0.08 0.08 0.08 0.12 0.13 0.08 0.09 0.10 0.10 0.16 0.16 0.17 0.21 0.18
N3 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.13 0.07 0.15 0.08 0.09 0.08 0.12 0.12 0.08 0.10 0.11 0.10 0.17 0.17 0.17 0.21 0.18
N6 0.11 0.14 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.13 0.13 0.09 0.09 0.11 0.12 0.13 0.15 0.15 0.19 0.16
N7 0.10 0.13 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.12 0.13 0.10 0.09 0.10 0.14 0.13 0.15 0.14 0.18 0.15
N9 0.11 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11 0.07 0.13 0.08 0.08 0.07 0.12 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.15 0.15 0.15 0.19 0.16
O2' 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.10 0.09 0.16 0.11 0.09 0.12 0.15 0.14 0.15 0.14 0.18 0.15
O3' 0.08 0.06 0.11 0.11 0.07 0.09 0.09 0.12 0.11 0.08 0.08 0.07 0.17 0.10 0.07 0.12 0.13 0.12 0.14 0.14 0.18 0.15
O4' 0.12 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.09 0.08 0.13 0.12 0.09 0.10 0.10 0.11 0.16 0.15 0.15 0.19 0.17
O5' 0.33 0.30 0.41 0.43 0.35 0.34 0.41 0.33 0.42 0.41 0.36 0.30 0.49 0.44 0.36 0.37 0.46 0.29 0.34 0.30 0.28 0.28
OP1 0.18 0.18 0.19 0.24 0.22 0.21 0.31 0.24 0.33 0.30 0.26 0.17 0.44 0.35 0.23 0.14 0.24 0.19 0.27 0.26 0.27 0.26
OP2 0.83 0.79 0.88 0.93 0.88 0.86 0.97 0.89 0.99 0.98 0.89 0.78 1.09 1.03 0.89 0.81 0.95 0.82 0.92 0.91 0.92 0.90
P 0.43 0.40 0.49 0.53 0.47 0.46 0.55 0.47 0.57 0.55 0.49 0.39 0.66 0.60 0.48 0.42 0.55 0.42 0.50 0.49 0.48 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.06 0.13 0.15 0.22 0.17
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.08 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.10 0.12 0.18 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.11 0.14 0.20 0.14
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.13 0.17 0.23 0.17
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.06 0.08 0.13 0.08
N1 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.06 0.14 0.17 0.24 0.18
N3 0.02 0.00 0.10 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.06 0.12 0.13 0.20 0.14
N6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.13 0.19 0.25 0.18
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.08 0.12 0.17 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.14 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.09 0.11 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.07 0.03
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.14 0.06 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.06
O5' 0.06 0.13 0.04 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.13 0.06 0.14 0.12 0.13 0.08 0.07 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.15 0.09 0.11 0.12 0.07 0.14 0.07 0.17 0.08 0.17 0.13 0.19 0.12 0.09 0.09 0.14 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.22 0.08 0.05 0.18 0.03 0.20 0.01 0.23 0.13 0.24 0.20 0.25 0.17 0.14 0.07 0.06 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.17 0.05 0.04 0.13 0.01 0.14 0.01 0.17 0.08 0.18 0.14 0.18 0.11 0.09 0.03 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00