ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50712

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 6, 9, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.022, 0.066, 0.110, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.066 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.039, 0.090, 0.140, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.090 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.058, 0.120, 0.182, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.120 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.065, 0.137, 0.210, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.137 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.060, 0.134, 0.207, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.134 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.073, 0.193, 0.313, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.193 std_dev=0.120
O5' A 0, 0.078, 0.201, 0.323, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.201 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.123, 0.249, 0.374, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.249 std_dev=0.126
N7 B 0, 0.198, 0.357, 0.515, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.357 std_dev=0.158
N1 B 0, 0.229, 0.388, 0.547, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.388 std_dev=0.159
C6 B 0, 0.206, 0.365, 0.524, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.365 std_dev=0.159
C5 B 0, 0.198, 0.359, 0.521, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.359 std_dev=0.161
N6 B 0, 0.217, 0.381, 0.545, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.381 std_dev=0.164
C8 B 0, 0.186, 0.358, 0.530, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.358 std_dev=0.172
C2 B 0, 0.249, 0.423, 0.598, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.423 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.206, 0.384, 0.562, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.384 std_dev=0.178
P A 0, 0.110, 0.295, 0.479, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.295 std_dev=0.185
N9 B 0, 0.183, 0.374, 0.565, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.374 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.235, 0.430, 0.625, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.430 std_dev=0.195
OP2 A 0, 0.179, 0.383, 0.587, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.383 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.168, 0.391, 0.615, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.391 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.198, 0.423, 0.648, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.423 std_dev=0.225
O2' B 0, 0.216, 0.447, 0.678, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.447 std_dev=0.231
OP2 B 0, 0.470, 0.704, 0.938, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.704 std_dev=0.234
O4' B 0, 0.191, 0.426, 0.662, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.426 std_dev=0.236
OP1 A 0, 0.166, 0.403, 0.639, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.403 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.217, 0.456, 0.695, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.456 std_dev=0.239
P B 0, 0.383, 0.631, 0.879, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.631 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.307, 0.566, 0.825, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.566 std_dev=0.259
O3' B 0, 0.236, 0.498, 0.759, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.498 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.188, 0.455, 0.722, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.455 std_dev=0.267
OP1 B 0, 0.425, 0.705, 0.984, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.705 std_dev=0.280
C5' B 0, 0.232, 0.514, 0.795, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.514 std_dev=0.281

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.07 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.10 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.09 0.11 0.13 0.11
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.10 0.12 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.09 0.10 0.10 0.10
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.11 0.14 0.11
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.10 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.10 0.14 0.16 0.14
N7 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.11 0.13 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.09 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.09 0.07 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.02 0.07 0.03 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.06 0.10 0.11 0.06 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.09 0.04 0.05 0.08 0.04 0.11 0.04 0.12 0.10 0.11 0.07 0.14 0.13 0.07 0.05 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.12 0.05 0.04 0.10 0.02 0.13 0.01 0.15 0.10 0.14 0.10 0.16 0.14 0.08 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.03 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.08 0.14 0.13 0.07 0.02 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.17 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.11
C2 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.13 0.11 0.16 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12
C2' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12 0.10 0.17 0.13 0.10 0.13 0.12 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11
C3' 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.16 0.12 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09
C4 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.16 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11
C4' 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.16 0.12 0.10 0.13 0.11 0.11 0.09 0.09 0.11 0.10
C5 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.16 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11
C5' 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.08 0.08 0.10 0.09
C6 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.16 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11
C8 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.17 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12
N1 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.12 0.10 0.16 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12
N3 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.16 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12
N6 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.16 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.12
N7 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.17 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12
N9 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.17 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11
O2' 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.18 0.14 0.12 0.15 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12
O3' 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.08 0.16 0.11 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07
O4' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.16 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.12
O5' 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.14 0.11 0.11 0.14 0.11 0.13 0.09 0.08 0.10 0.09
OP1 0.15 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.16 0.15 0.15 0.14 0.16 0.13 0.16 0.12 0.12 0.13 0.12
OP2 0.17 0.18 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.15 0.14 0.16 0.15 0.19 0.16 0.15 0.16 0.19 0.15 0.18 0.13 0.13 0.14 0.13
P 0.15 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.16 0.14 0.13 0.14 0.16 0.13 0.16 0.11 0.10 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.09 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.09 0.11 0.10
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.07 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.08 0.09 0.10 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.11 0.12 0.11
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.09 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.05 0.06 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.06 0.11 0.09 0.05 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.11 0.07 0.10 0.07 0.12 0.10 0.06 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.11 0.09 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00