ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50713

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 6, 5, 3, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.039 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.024, 0.058, 0.093, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.058 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.027, 0.068, 0.109, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.068 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.031, 0.083, 0.135, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.083 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.042, 0.096, 0.150, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.096 std_dev=0.054
C5' A 0, 0.042, 0.120, 0.197, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.120 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.062, 0.143, 0.225, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.143 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.055, 0.158, 0.262, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.158 std_dev=0.103
C2 B 0, 0.154, 0.309, 0.465, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.309 std_dev=0.155
N3 B 0, 0.105, 0.262, 0.420, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.262 std_dev=0.158
N1 B 0, 0.175, 0.346, 0.517, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.346 std_dev=0.171
P A 0, 0.132, 0.303, 0.474, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.303 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.160, 0.347, 0.534, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.347 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.021, 0.226, 0.431, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.226 std_dev=0.205
OP2 A 0, 0.153, 0.361, 0.569, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.361 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.177, 0.390, 0.603, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.390 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.072, 0.290, 0.509, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.290 std_dev=0.219
N6 B 0, 0.205, 0.466, 0.728, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.466 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.030, 0.304, 0.578, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.304 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.112, 0.401, 0.689, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.401 std_dev=0.288
C2' B 0, 0.141, 0.442, 0.742, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.442 std_dev=0.301
O2' B 0, 0.219, 0.538, 0.856, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.538 std_dev=0.318
O4' B 0, 0.152, 0.471, 0.791, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.471 std_dev=0.319
OP2 B 0, 0.110, 0.431, 0.752, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.431 std_dev=0.321
N7 B 0, 0.047, 0.371, 0.695, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.371 std_dev=0.324
P B 0, 0.121, 0.451, 0.782, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.451 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.127, 0.458, 0.790, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.458 std_dev=0.331
O5' B 0, 0.119, 0.455, 0.792, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.455 std_dev=0.336
C4' B 0, 0.160, 0.506, 0.853, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.506 std_dev=0.346
C8 B 0, 0.022, 0.368, 0.715, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.368 std_dev=0.346
C5' B 0, 0.156, 0.515, 0.873, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.515 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.109, 0.471, 0.832, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.471 std_dev=0.362
O3' B 0, 0.184, 0.551, 0.918, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.551 std_dev=0.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.12 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.10 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.12 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05
O5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07 0.04 0.09 0.08 0.04 0.05 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.10 0.05 0.04 0.10 0.03 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.08 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.13 0.13 0.11 0.12 0.15 0.11 0.17 0.16 0.12 0.11 0.24 0.19 0.12 0.15 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09
C2 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.09 0.18 0.11 0.16 0.09 0.22 0.14 0.09 0.11 0.13 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10
C2' 0.13 0.11 0.15 0.14 0.12 0.14 0.16 0.12 0.17 0.17 0.13 0.11 0.24 0.20 0.13 0.16 0.16 0.13 0.10 0.10 0.10 0.09
C3' 0.14 0.11 0.15 0.15 0.12 0.15 0.17 0.13 0.17 0.19 0.12 0.12 0.24 0.22 0.14 0.17 0.17 0.14 0.11 0.10 0.10 0.09
C4 0.11 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.15 0.10 0.17 0.14 0.12 0.10 0.23 0.17 0.11 0.13 0.14 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09
C4' 0.13 0.11 0.14 0.14 0.12 0.14 0.16 0.12 0.17 0.18 0.11 0.11 0.23 0.21 0.13 0.16 0.16 0.13 0.10 0.10 0.11 0.09
C5 0.11 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.15 0.10 0.17 0.16 0.11 0.10 0.24 0.19 0.11 0.13 0.15 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09
C5' 0.13 0.12 0.14 0.14 0.11 0.14 0.15 0.12 0.15 0.18 0.10 0.12 0.22 0.21 0.13 0.16 0.15 0.13 0.10 0.09 0.10 0.08
C6 0.09 0.09 0.12 0.12 0.09 0.10 0.14 0.09 0.17 0.14 0.11 0.09 0.23 0.17 0.10 0.12 0.14 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09
C8 0.13 0.11 0.15 0.15 0.12 0.13 0.17 0.12 0.17 0.19 0.11 0.12 0.24 0.21 0.14 0.15 0.16 0.13 0.11 0.11 0.12 0.10
N1 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.14 0.08 0.17 0.11 0.15 0.08 0.23 0.15 0.09 0.11 0.13 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10
N3 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.14 0.10 0.17 0.12 0.15 0.10 0.23 0.15 0.10 0.13 0.14 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10
N6 0.09 0.10 0.12 0.13 0.09 0.10 0.14 0.09 0.16 0.15 0.09 0.09 0.24 0.18 0.10 0.12 0.15 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10
N7 0.13 0.12 0.15 0.15 0.12 0.13 0.17 0.12 0.17 0.19 0.10 0.11 0.24 0.22 0.14 0.15 0.16 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10
N9 0.12 0.10 0.14 0.13 0.11 0.12 0.16 0.11 0.17 0.16 0.12 0.11 0.24 0.19 0.12 0.14 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09
O2' 0.13 0.11 0.14 0.14 0.12 0.14 0.16 0.13 0.18 0.16 0.14 0.12 0.24 0.19 0.13 0.16 0.16 0.13 0.11 0.11 0.10 0.10
O3' 0.15 0.12 0.16 0.16 0.13 0.16 0.17 0.14 0.17 0.20 0.12 0.12 0.24 0.22 0.15 0.18 0.18 0.15 0.11 0.11 0.11 0.10
O4' 0.12 0.11 0.14 0.14 0.11 0.13 0.16 0.11 0.17 0.17 0.12 0.11 0.24 0.20 0.12 0.15 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09
O5' 0.13 0.13 0.14 0.13 0.11 0.14 0.15 0.12 0.14 0.19 0.10 0.12 0.21 0.21 0.13 0.16 0.14 0.14 0.09 0.08 0.09 0.08
OP1 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.15 0.17 0.14 0.15 0.21 0.13 0.15 0.21 0.23 0.16 0.17 0.15 0.16 0.12 0.11 0.12 0.11
OP2 0.17 0.19 0.17 0.17 0.16 0.17 0.18 0.15 0.17 0.22 0.16 0.18 0.22 0.24 0.17 0.19 0.17 0.17 0.13 0.12 0.12 0.11
P 0.15 0.16 0.16 0.15 0.13 0.15 0.16 0.14 0.15 0.21 0.12 0.15 0.21 0.23 0.15 0.17 0.16 0.16 0.11 0.10 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.17 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.12 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.09 0.12 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.06 0.07 0.09 0.08
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.10 0.11 0.13 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.10 0.04 0.04 0.08 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.09 0.11 0.14 0.13
C8 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.14 0.14 0.13 0.14
N1 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.09 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.15 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.12 0.14 0.18 0.16
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.14 0.16 0.17 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.07 0.07 0.07
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.10 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
O3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.09 0.13 0.15 0.07 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.14 0.07 0.05 0.12 0.14 0.07 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.11 0.03 0.11 0.14 0.09 0.05 0.14 0.16 0.07 0.04 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.04 0.04 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.13 0.12 0.07 0.18 0.17 0.07 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.14 0.10 0.06 0.16 0.16 0.07 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00