Doublet Group distance statistics: 50714

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 0, 3, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N3	A	0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N1	A	0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C4	A	0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N9	A	0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N6	A	0, 0.018, 0.049, 0.079, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.030
N7	A	0, 0.015, 0.047, 0.079, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.047 std_dev=0.032
C8	A	0, 0.015, 0.056, 0.098, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.056 std_dev=0.041
O4'	A	0, 0.052, 0.130, 0.207, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.130 std_dev=0.077
C4'	A	0, 0.073, 0.180, 0.288, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.180 std_dev=0.107
C2'	A	0, 0.047, 0.184, 0.320, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.184 std_dev=0.136
C2	B	0, 0.117, 0.295, 0.474, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.295 std_dev=0.178
C3'	A	0, 0.075, 0.258, 0.442, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.258 std_dev=0.183
N1	B	0, 0.149, 0.333, 0.517, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.333 std_dev=0.184
C5	B	0, 0.133, 0.337, 0.542, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.204
C6	B	0, 0.082, 0.291, 0.500, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.291 std_dev=0.209
O2'	A	0, 0.056, 0.269, 0.482, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.269 std_dev=0.213
C5'	A	0, 0.121, 0.346, 0.572, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.346 std_dev=0.226
N3	B	0, 0.052, 0.278, 0.504, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.278 std_dev=0.226
C4	B	0, 0.078, 0.328, 0.578, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.328 std_dev=0.250
N6	B	0, 0.098, 0.367, 0.635, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.367 std_dev=0.268
O3'	A	0, 0.100, 0.393, 0.687, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.393 std_dev=0.294
N7	B	0, 0.126, 0.450, 0.773, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.450 std_dev=0.323
N9	B	0, 0.142, 0.487, 0.832, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.487 std_dev=0.345
O4'	B	0, 0.182, 0.579, 0.976, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.579 std_dev=0.397
C1'	B	0, 0.197, 0.605, 1.013, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.605 std_dev=0.408
C8	B	0, 0.107, 0.527, 0.948, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.527 std_dev=0.421
O5'	B	0, 0.166, 0.612, 1.057, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.612 std_dev=0.445
C4'	B	0, 0.129, 0.582, 1.035, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.582 std_dev=0.453
C2'	B	0, 0.213, 0.667, 1.122, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.667 std_dev=0.455
OP2	B	0, 0.242, 0.697, 1.152, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.697 std_dev=0.455
C5'	B	0, 0.133, 0.604, 1.075, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.604 std_dev=0.471
C3'	B	0, 0.129, 0.607, 1.085, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.607 std_dev=0.478
P	B	0, 0.168, 0.667, 1.165, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.667 std_dev=0.499
OP1	B	0, 0.218, 0.785, 1.351, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.785 std_dev=0.566
O2'	B	0, 0.285, 0.878, 1.471, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.878 std_dev=0.593
O3'	B	0, 0.127, 0.779, 1.431, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.779 std_dev=0.652
O5'	A	0, -0.074, 0.745, 1.563, 2.736 max_d=2.736 avg_d=0.745 std_dev=0.819
P	A	0, -0.216, 1.137, 2.490, 4.361 max_d=4.361 avg_d=1.137 std_dev=1.353
OP1	A	0, -0.258, 1.312, 2.881, 5.024 max_d=5.024 avg_d=1.312 std_dev=1.569
OP2	A	0, -0.543, 1.522, 3.587, 6.438 max_d=6.438 avg_d=1.522 std_dev=2.065

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.30	0.38	0.38	0.09
C2	0.01	0.00	0.09	0.09	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.11	0.02	0.48	0.14	0.93	0.43
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.01	0.05	0.07	0.07	0.10	0.05	0.07	0.02	0.00	0.02	0.01	0.17	0.42	0.20	0.04
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.02	0.06	0.11	0.07	0.09	0.08	0.10	0.04	0.02	0.01	0.01	0.12	0.23	0.14	0.02
C4	0.01	0.00	0.05	0.05	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.05	0.02	0.52	0.09	0.95	0.47
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.04	0.03	0.04	0.05	0.04	0.02	0.04	0.01	0.00	0.01	0.44	0.08	0.20
C5	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.09	0.02	0.64	0.27	1.27	0.71
C5'	0.03	0.06	0.01	0.02	0.06	0.01	0.07	0.00	0.08	0.08	0.07	0.05	0.10	0.08	0.05	0.04	0.05	0.02	0.01	0.05	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.06	0.01	0.03	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.09	0.02	0.65	0.29	1.35	0.75
C8	0.01	0.01	0.07	0.11	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.14	0.03	0.67	0.32	1.18	0.71
N1	0.01	0.01	0.07	0.07	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.09	0.02	0.58	0.14	1.18	0.61
N3	0.01	0.00	0.10	0.09	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.11	0.11	0.02	0.43	0.22	0.77	0.32
N6	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.05	0.01	0.10	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.12	0.03	0.71	0.46	1.56	0.89
N7	0.01	0.01	0.07	0.10	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.14	0.03	0.72	0.46	1.44	0.86
N9	0.00	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.05	0.01	0.51	0.09	0.83	0.42
O2'	0.02	0.10	0.00	0.02	0.05	0.04	0.03	0.04	0.05	0.04	0.08	0.11	0.04	0.03	0.01	0.00	0.04	0.04	0.03	0.79	0.18	0.34
O3'	0.01	0.11	0.02	0.01	0.05	0.01	0.09	0.05	0.09	0.14	0.09	0.11	0.12	0.14	0.05	0.04	0.00	0.01	0.13	0.36	0.23	0.24
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.24	0.39	0.24	0.04
O5'	0.30	0.48	0.17	0.12	0.52	0.01	0.64	0.01	0.65	0.67	0.58	0.43	0.71	0.72	0.51	0.03	0.13	0.24	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.38	0.14	0.42	0.23	0.09	0.44	0.27	0.05	0.29	0.32	0.14	0.22	0.46	0.46	0.09	0.79	0.36	0.39	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.38	0.93	0.20	0.14	0.95	0.08	1.27	0.02	1.35	1.18	1.18	0.77	1.56	1.44	0.83	0.18	0.23	0.24	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.09	0.43	0.04	0.02	0.47	0.20	0.71	0.01	0.75	0.71	0.61	0.32	0.89	0.86	0.42	0.34	0.24	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.22	0.21	0.14	0.12	0.19	0.21	0.19	0.23	0.17	0.21	0.18	0.21	0.19	0.21	0.20	0.23	0.18	0.30	0.23	0.26	0.30	0.28
C2	0.21	0.19	0.15	0.14	0.16	0.21	0.13	0.23	0.11	0.16	0.13	0.20	0.12	0.15	0.18	0.24	0.21	0.30	0.22	0.24	0.28	0.26
C2'	0.19	0.16	0.14	0.13	0.16	0.20	0.15	0.23	0.15	0.17	0.14	0.17	0.17	0.17	0.17	0.21	0.18	0.27	0.23	0.25	0.29	0.27
C3'	0.19	0.17	0.15	0.14	0.17	0.21	0.17	0.25	0.17	0.17	0.16	0.18	0.19	0.18	0.17	0.22	0.19	0.28	0.23	0.27	0.30	0.28
C4	0.22	0.22	0.15	0.13	0.19	0.21	0.17	0.24	0.16	0.19	0.17	0.22	0.17	0.19	0.20	0.24	0.18	0.30	0.23	0.26	0.30	0.27
C4'	0.23	0.22	0.15	0.13	0.21	0.22	0.20	0.26	0.20	0.22	0.19	0.22	0.21	0.22	0.21	0.24	0.18	0.31	0.25	0.29	0.33	0.30
C5	0.23	0.23	0.16	0.13	0.20	0.21	0.19	0.24	0.18	0.21	0.19	0.23	0.18	0.20	0.21	0.24	0.17	0.30	0.24	0.27	0.31	0.28
C5'	0.27	0.27	0.18	0.15	0.26	0.27	0.26	0.31	0.25	0.26	0.25	0.27	0.26	0.26	0.26	0.27	0.17	0.35	0.31	0.35	0.38	0.36
C6	0.22	0.23	0.16	0.13	0.20	0.21	0.18	0.24	0.16	0.19	0.18	0.23	0.15	0.18	0.20	0.23	0.17	0.29	0.24	0.26	0.30	0.27
C8	0.23	0.23	0.16	0.14	0.21	0.21	0.21	0.25	0.20	0.22	0.21	0.23	0.21	0.22	0.22	0.24	0.17	0.30	0.25	0.29	0.32	0.29
N1	0.22	0.21	0.15	0.13	0.18	0.21	0.14	0.23	0.12	0.17	0.14	0.21	0.12	0.15	0.19	0.24	0.19	0.30	0.23	0.25	0.28	0.26
N3	0.21	0.20	0.15	0.13	0.17	0.20	0.15	0.23	0.13	0.17	0.15	0.21	0.14	0.16	0.18	0.24	0.20	0.30	0.22	0.24	0.28	0.26
N6	0.23	0.24	0.17	0.14	0.21	0.21	0.19	0.24	0.18	0.20	0.21	0.23	0.16	0.19	0.21	0.23	0.16	0.29	0.25	0.28	0.31	0.28
N7	0.23	0.24	0.16	0.14	0.22	0.22	0.21	0.25	0.21	0.22	0.21	0.23	0.21	0.22	0.22	0.24	0.17	0.29	0.25	0.29	0.33	0.30
N9	0.23	0.22	0.15	0.13	0.20	0.21	0.19	0.24	0.18	0.21	0.19	0.22	0.19	0.21	0.21	0.23	0.17	0.30	0.24	0.27	0.31	0.28
O2'	0.19	0.16	0.13	0.12	0.15	0.19	0.14	0.23	0.13	0.16	0.12	0.17	0.16	0.16	0.16	0.19	0.17	0.27	0.23	0.25	0.29	0.26
O3'	0.16	0.14	0.16	0.14	0.14	0.19	0.15	0.23	0.16	0.15	0.14	0.15	0.19	0.16	0.14	0.22	0.20	0.25	0.21	0.24	0.27	0.25
O4'	0.24	0.24	0.15	0.13	0.22	0.22	0.21	0.24	0.21	0.23	0.21	0.23	0.22	0.23	0.22	0.25	0.18	0.31	0.24	0.28	0.32	0.29
O5'	0.53	0.50	0.67	0.70	0.56	0.53	0.63	0.49	0.63	0.63	0.57	0.50	0.69	0.67	0.57	0.61	0.77	0.45	0.49	0.46	0.46	0.45
OP1	0.27	0.24	0.32	0.38	0.33	0.30	0.46	0.32	0.49	0.46	0.37	0.23	0.62	0.54	0.34	0.28	0.40	0.26	0.36	0.41	0.45	0.41
OP2	1.42	1.34	1.51	1.60	1.48	1.47	1.61	1.48	1.62	1.64	1.48	1.35	1.74	1.70	1.51	1.37	1.63	1.39	1.53	1.57	1.59	1.56
P	0.70	0.66	0.81	0.87	0.76	0.74	0.87	0.74	0.89	0.88	0.78	0.66	1.00	0.94	0.78	0.70	0.91	0.67	0.78	0.80	0.82	0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.07	0.07	0.11	0.05
C2	0.02	0.00	0.19	0.15	0.01	0.03	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.20	0.22	0.12	0.14	0.17	0.23	0.18
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.11	0.01	0.07	0.02	0.11	0.08	0.16	0.19	0.09	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.05	0.09	0.11	0.05
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.10	0.00	0.08	0.02	0.11	0.09	0.14	0.14	0.11	0.07	0.04	0.03	0.01	0.01	0.03	0.10	0.07	0.04
C4	0.01	0.01	0.11	0.10	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.12	0.06	0.12	0.14	0.19	0.13
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.03	0.07	0.02	0.04	0.05	0.07	0.03	0.06	0.02	0.00	0.01	0.05	0.03	0.01
C5	0.01	0.01	0.07	0.08	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.10	0.04	0.14	0.17	0.21	0.16
C5'	0.02	0.09	0.02	0.02	0.07	0.00	0.09	0.00	0.09	0.10	0.09	0.09	0.11	0.11	0.05	0.05	0.02	0.02	0.01	0.05	0.01	0.02
C6	0.01	0.01	0.11	0.11	0.01	0.03	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.15	0.06	0.15	0.19	0.24	0.18
C8	0.01	0.01	0.08	0.09	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.07	0.10	0.07	0.12	0.13	0.13	0.12
N1	0.02	0.00	0.16	0.14	0.01	0.02	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.20	0.09	0.15	0.19	0.24	0.19
N3	0.02	0.00	0.19	0.14	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.19	0.20	0.11	0.13	0.14	0.21	0.15
N6	0.01	0.01	0.09	0.11	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.10	0.14	0.04	0.16	0.21	0.25	0.20
N7	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.05	0.08	0.04	0.14	0.17	0.19	0.16
N9	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.10	0.10	0.14	0.08
O2'	0.01	0.20	0.00	0.03	0.11	0.06	0.07	0.05	0.11	0.07	0.17	0.19	0.10	0.05	0.03	0.00	0.04	0.05	0.04	0.09	0.07	0.04
O3'	0.02	0.22	0.02	0.01	0.12	0.02	0.10	0.02	0.15	0.10	0.20	0.20	0.14	0.08	0.05	0.04	0.00	0.02	0.04	0.11	0.05	0.05
O4'	0.00	0.12	0.01	0.01	0.06	0.00	0.04	0.02	0.06	0.07	0.09	0.11	0.04	0.04	0.01	0.05	0.02	0.00	0.06	0.05	0.08	0.04
O5'	0.07	0.14	0.05	0.03	0.12	0.01	0.14	0.01	0.15	0.12	0.15	0.13	0.16	0.14	0.10	0.04	0.04	0.06	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.07	0.17	0.09	0.10	0.14	0.05	0.17	0.05	0.19	0.13	0.19	0.14	0.21	0.17	0.10	0.09	0.11	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.11	0.23	0.11	0.07	0.19	0.03	0.21	0.01	0.24	0.13	0.24	0.21	0.25	0.19	0.14	0.07	0.05	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.18	0.05	0.04	0.13	0.01	0.16	0.02	0.18	0.12	0.19	0.15	0.20	0.16	0.08	0.04	0.05	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00