Doublet Group distance statistics: 50715

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 3, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N6	A	0, 0.020, 0.040, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.040 std_dev=0.020
C8	A	0, 0.025, 0.046, 0.068, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.046 std_dev=0.021
C1'	A	0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O4'	A	0, 0.032, 0.115, 0.198, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.115 std_dev=0.083
C4'	A	0, 0.077, 0.178, 0.279, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.178 std_dev=0.101
C2'	A	0, 0.071, 0.180, 0.288, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.180 std_dev=0.109
N3	B	0, 0.188, 0.308, 0.429, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.308 std_dev=0.121
C2	B	0, 0.129, 0.255, 0.380, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.255 std_dev=0.125
N1	B	0, 0.121, 0.275, 0.428, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.275 std_dev=0.153
C3'	A	0, 0.102, 0.256, 0.410, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.256 std_dev=0.154
C6	B	0, 0.207, 0.364, 0.522, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.364 std_dev=0.158
O2'	A	0, 0.178, 0.348, 0.518, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.348 std_dev=0.170
O5'	A	0, 0.123, 0.311, 0.499, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.311 std_dev=0.188
C4	B	0, 0.186, 0.379, 0.572, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.379 std_dev=0.193
C5	B	0, 0.221, 0.426, 0.630, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.426 std_dev=0.204
O3'	A	0, 0.164, 0.376, 0.587, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.376 std_dev=0.212
C5'	A	0, 0.119, 0.331, 0.543, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.331 std_dev=0.212
N6	B	0, 0.243, 0.458, 0.673, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.458 std_dev=0.215
O5'	B	0, 0.351, 0.593, 0.835, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.593 std_dev=0.242
P	A	0, 0.207, 0.465, 0.722, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.465 std_dev=0.258
OP2	A	0, 0.212, 0.482, 0.752, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.482 std_dev=0.270
N9	B	0, 0.243, 0.515, 0.787, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.515 std_dev=0.272
P	B	0, 0.460, 0.737, 1.015, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.737 std_dev=0.277
OP2	B	0, 0.462, 0.750, 1.038, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.750 std_dev=0.288
N7	B	0, 0.295, 0.597, 0.898, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.597 std_dev=0.302
O2'	B	0, 0.361, 0.665, 0.969, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.665 std_dev=0.304
C1'	B	0, 0.257, 0.568, 0.878, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.568 std_dev=0.310
C2'	B	0, 0.350, 0.661, 0.972, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.661 std_dev=0.311
C8	B	0, 0.315, 0.646, 0.976, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.646 std_dev=0.330
OP1	A	0, 0.260, 0.612, 0.963, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.612 std_dev=0.352
OP1	B	0, 0.473, 0.830, 1.186, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.830 std_dev=0.356
O4'	B	0, 0.300, 0.702, 1.104, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.702 std_dev=0.402
C3'	B	0, 0.380, 0.827, 1.275, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.827 std_dev=0.447
C4'	B	0, 0.351, 0.844, 1.338, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.844 std_dev=0.493
C5'	B	0, 0.407, 0.980, 1.553, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.980 std_dev=0.573
O3'	B	0, 0.491, 1.071, 1.651, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.071 std_dev=0.580

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.04	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.03	0.09	0.06
C2	0.04	0.00	0.07	0.04	0.01	0.03	0.01	0.05	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.14	0.05	0.03	0.08	0.09	0.14	0.09
C2'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.03	0.02	0.04	0.01	0.05	0.06	0.06	0.07	0.06	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.05	0.07	0.05
C3'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.09	0.14	0.05	0.04	0.12	0.14	0.07	0.02	0.01	0.01	0.07	0.08	0.06	0.05
C4	0.02	0.01	0.03	0.05	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.05	0.02	0.08	0.08	0.13	0.09
C4'	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.00	0.06	0.00	0.06	0.09	0.04	0.03	0.08	0.08	0.04	0.07	0.02	0.00	0.01	0.06	0.02	0.02
C5	0.02	0.01	0.04	0.10	0.01	0.06	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.01	0.06	0.11	0.02	0.11	0.12	0.16	0.11
C5'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.09	0.00	0.08	0.11	0.06	0.05	0.11	0.12	0.06	0.07	0.03	0.01	0.01	0.07	0.02	0.02
C6	0.03	0.02	0.05	0.09	0.01	0.06	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.09	0.10	0.02	0.11	0.13	0.17	0.12
C8	0.01	0.01	0.06	0.14	0.01	0.09	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.04	0.15	0.02	0.14	0.12	0.16	0.12
N1	0.04	0.01	0.06	0.05	0.01	0.04	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.05	0.03	0.09	0.11	0.16	0.11
N3	0.04	0.00	0.07	0.04	0.00	0.03	0.02	0.05	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.13	0.05	0.03	0.07	0.07	0.13	0.09
N6	0.03	0.02	0.06	0.12	0.02	0.08	0.02	0.11	0.00	0.03	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.08	0.14	0.03	0.14	0.16	0.19	0.14
N7	0.01	0.01	0.06	0.14	0.01	0.08	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.04	0.16	0.02	0.15	0.14	0.18	0.14
N9	0.01	0.01	0.02	0.07	0.00	0.04	0.01	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.07	0.01	0.07	0.07	0.12	0.08
O2'	0.01	0.14	0.00	0.02	0.07	0.07	0.06	0.07	0.09	0.04	0.12	0.13	0.08	0.04	0.02	0.00	0.02	0.05	0.04	0.11	0.04	0.05
O3'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.05	0.02	0.11	0.03	0.10	0.15	0.05	0.05	0.14	0.16	0.07	0.02	0.00	0.02	0.10	0.14	0.09	0.08
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.02	0.01	0.05	0.02	0.00	0.06	0.06	0.08	0.07
O5'	0.03	0.08	0.04	0.07	0.08	0.01	0.11	0.01	0.11	0.14	0.09	0.07	0.14	0.15	0.07	0.04	0.10	0.06	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.03	0.09	0.05	0.08	0.08	0.06	0.12	0.07	0.13	0.12	0.11	0.07	0.16	0.14	0.07	0.11	0.14	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.09	0.14	0.07	0.06	0.13	0.02	0.16	0.02	0.17	0.16	0.16	0.13	0.19	0.18	0.12	0.04	0.09	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.09	0.05	0.05	0.09	0.02	0.11	0.02	0.12	0.12	0.11	0.09	0.14	0.14	0.08	0.05	0.08	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.07	0.14	0.18	0.07	0.10	0.08	0.12	0.12	0.07	0.12	0.06	0.18	0.08	0.07	0.19	0.24	0.10	0.12	0.11	0.16	0.13
C2	0.10	0.09	0.15	0.19	0.08	0.11	0.10	0.14	0.12	0.09	0.12	0.08	0.16	0.10	0.09	0.18	0.24	0.10	0.14	0.14	0.18	0.15
C2'	0.10	0.08	0.13	0.16	0.07	0.09	0.09	0.09	0.13	0.07	0.13	0.07	0.19	0.09	0.07	0.18	0.22	0.11	0.10	0.10	0.12	0.10
C3'	0.08	0.07	0.15	0.18	0.06	0.09	0.09	0.09	0.12	0.07	0.11	0.06	0.18	0.09	0.06	0.18	0.24	0.08	0.12	0.12	0.16	0.12
C4	0.09	0.07	0.14	0.18	0.07	0.11	0.09	0.14	0.12	0.08	0.12	0.07	0.18	0.09	0.08	0.18	0.23	0.09	0.13	0.13	0.18	0.14
C4'	0.09	0.07	0.14	0.18	0.07	0.10	0.09	0.11	0.12	0.07	0.11	0.06	0.19	0.09	0.06	0.19	0.24	0.09	0.12	0.11	0.17	0.13
C5	0.10	0.08	0.14	0.17	0.09	0.11	0.11	0.15	0.13	0.10	0.12	0.08	0.19	0.11	0.09	0.19	0.21	0.10	0.14	0.13	0.19	0.15
C5'	0.08	0.07	0.14	0.18	0.07	0.09	0.10	0.11	0.13	0.08	0.11	0.06	0.20	0.10	0.06	0.18	0.24	0.07	0.11	0.11	0.17	0.13
C6	0.11	0.08	0.14	0.17	0.09	0.12	0.11	0.15	0.13	0.10	0.12	0.09	0.18	0.11	0.09	0.20	0.20	0.10	0.14	0.14	0.19	0.16
C8	0.10	0.08	0.14	0.18	0.09	0.11	0.11	0.15	0.14	0.10	0.12	0.08	0.20	0.12	0.09	0.18	0.23	0.10	0.14	0.14	0.20	0.16
N1	0.10	0.07	0.14	0.17	0.08	0.11	0.09	0.14	0.12	0.08	0.12	0.08	0.16	0.09	0.08	0.19	0.21	0.09	0.14	0.13	0.18	0.15
N3	0.10	0.08	0.16	0.20	0.08	0.12	0.09	0.14	0.12	0.09	0.12	0.08	0.16	0.09	0.09	0.18	0.26	0.10	0.14	0.14	0.18	0.15
N6	0.14	0.11	0.16	0.17	0.13	0.14	0.14	0.16	0.15	0.13	0.13	0.12	0.21	0.14	0.13	0.21	0.19	0.13	0.15	0.15	0.19	0.17
N7	0.11	0.09	0.14	0.18	0.10	0.12	0.12	0.15	0.15	0.11	0.12	0.09	0.21	0.13	0.10	0.19	0.21	0.11	0.14	0.15	0.20	0.17
N9	0.09	0.07	0.14	0.18	0.07	0.11	0.09	0.14	0.13	0.08	0.11	0.07	0.19	0.09	0.07	0.18	0.24	0.09	0.13	0.12	0.18	0.14
O2'	0.17	0.16	0.13	0.13	0.14	0.14	0.15	0.12	0.18	0.13	0.18	0.14	0.22	0.14	0.14	0.21	0.19	0.20	0.12	0.12	0.10	0.11
O3'	0.07	0.07	0.15	0.17	0.06	0.08	0.09	0.07	0.13	0.07	0.11	0.06	0.19	0.09	0.05	0.18	0.23	0.08	0.10	0.11	0.16	0.12
O4'	0.09	0.07	0.14	0.18	0.07	0.10	0.09	0.13	0.13	0.07	0.11	0.06	0.19	0.09	0.07	0.19	0.24	0.09	0.12	0.12	0.18	0.14
O5'	0.06	0.07	0.13	0.17	0.07	0.08	0.11	0.10	0.14	0.09	0.11	0.06	0.21	0.12	0.06	0.18	0.23	0.06	0.10	0.10	0.17	0.12
OP1	0.06	0.09	0.13	0.16	0.09	0.08	0.12	0.10	0.14	0.11	0.12	0.10	0.21	0.14	0.09	0.16	0.22	0.06	0.09	0.09	0.15	0.11
OP2	0.10	0.11	0.09	0.09	0.12	0.08	0.15	0.08	0.16	0.14	0.13	0.11	0.23	0.17	0.12	0.17	0.13	0.12	0.06	0.07	0.15	0.09
P	0.07	0.07	0.10	0.12	0.08	0.06	0.12	0.06	0.15	0.10	0.11	0.06	0.22	0.13	0.07	0.17	0.18	0.08	0.06	0.07	0.15	0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.06	0.07	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.07	0.10	0.07
C2	0.07	0.00	0.12	0.10	0.01	0.06	0.01	0.07	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.20	0.13	0.05	0.09	0.10	0.16	0.12
C2'	0.00	0.12	0.00	0.01	0.05	0.01	0.02	0.02	0.04	0.06	0.09	0.12	0.02	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.06	0.11	0.08
C3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.06	0.01	0.08	0.02	0.08	0.13	0.08	0.10	0.10	0.12	0.05	0.02	0.01	0.01	0.17	0.14	0.13	0.14
C4	0.03	0.01	0.05	0.06	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.09	0.06	0.01	0.09	0.10	0.14	0.11
C4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.07	0.01	0.06	0.11	0.04	0.06	0.10	0.11	0.04	0.06	0.02	0.00	0.01	0.07	0.08	0.02
C5	0.02	0.01	0.02	0.08	0.00	0.07	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.09	0.03	0.13	0.14	0.17	0.15
C5'	0.02	0.07	0.02	0.02	0.08	0.01	0.13	0.00	0.14	0.15	0.10	0.06	0.19	0.17	0.07	0.06	0.03	0.01	0.01	0.07	0.12	0.01
C6	0.03	0.01	0.04	0.08	0.01	0.06	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.10	0.09	0.03	0.14	0.16	0.20	0.17
C8	0.04	0.02	0.06	0.13	0.01	0.11	0.01	0.15	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.01	0.05	0.14	0.06	0.14	0.12	0.12	0.12
N1	0.06	0.00	0.09	0.08	0.02	0.04	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.16	0.10	0.03	0.11	0.13	0.18	0.14
N3	0.07	0.01	0.12	0.10	0.00	0.06	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.18	0.12	0.06	0.09	0.09	0.14	0.11
N6	0.02	0.01	0.02	0.10	0.01	0.10	0.02	0.19	0.00	0.04	0.02	0.01	0.00	0.04	0.02	0.08	0.12	0.06	0.18	0.21	0.25	0.22
N7	0.03	0.02	0.05	0.12	0.01	0.11	0.01	0.17	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.01	0.03	0.15	0.06	0.16	0.16	0.17	0.17
N9	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.08	0.08	0.11	0.09
O2'	0.01	0.20	0.00	0.02	0.09	0.06	0.06	0.06	0.10	0.05	0.16	0.18	0.08	0.03	0.02	0.00	0.05	0.05	0.04	0.09	0.08	0.04
O3'	0.02	0.13	0.02	0.01	0.06	0.02	0.09	0.03	0.09	0.14	0.10	0.12	0.12	0.15	0.05	0.05	0.00	0.02	0.22	0.22	0.17	0.20
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.06	0.03	0.06	0.06	0.06	0.01	0.05	0.02	0.00	0.15	0.14	0.13	0.12
O5'	0.06	0.09	0.08	0.17	0.09	0.01	0.13	0.01	0.14	0.14	0.11	0.09	0.18	0.16	0.08	0.04	0.22	0.15	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.07	0.10	0.06	0.14	0.10	0.07	0.14	0.07	0.16	0.12	0.13	0.09	0.21	0.16	0.08	0.09	0.22	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.10	0.16	0.11	0.13	0.14	0.08	0.17	0.12	0.20	0.12	0.18	0.14	0.25	0.17	0.11	0.08	0.17	0.13	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.12	0.08	0.14	0.11	0.02	0.15	0.01	0.17	0.12	0.14	0.11	0.22	0.17	0.09	0.04	0.20	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00