ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50716

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.013, 0.024, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.029 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.031, 0.065, 0.099, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.065 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.022, 0.075, 0.127, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.075 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.055, 0.131, 0.208, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.131 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.061, 0.140, 0.219, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.140 std_dev=0.079
N1 B 0, 0.114, 0.195, 0.275, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.195 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.054, 0.139, 0.223, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.139 std_dev=0.084
C6 B 0, 0.124, 0.212, 0.299, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.212 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.044, 0.152, 0.259, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.152 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.085, 0.194, 0.302, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.194 std_dev=0.109
O3' A 0, 0.080, 0.191, 0.301, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.191 std_dev=0.111
N6 B 0, 0.145, 0.264, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.264 std_dev=0.119
C2 B 0, 0.068, 0.209, 0.350, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.209 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.115, 0.274, 0.433, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.274 std_dev=0.159
P A 0, 0.113, 0.272, 0.431, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.151, 0.312, 0.472, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.312 std_dev=0.161
OP2 A 0, 0.164, 0.331, 0.498, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.331 std_dev=0.167
N3 B 0, 0.098, 0.272, 0.447, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.272 std_dev=0.174
OP1 A 0, 0.114, 0.314, 0.514, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.314 std_dev=0.200
N9 B 0, 0.171, 0.417, 0.664, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.417 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.090, 0.360, 0.630, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.360 std_dev=0.270
OP2 B 0, 0.077, 0.370, 0.662, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.370 std_dev=0.293
C1' B 0, 0.189, 0.486, 0.782, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.486 std_dev=0.297
O4' B 0, 0.196, 0.506, 0.817, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.506 std_dev=0.310
C8 B 0, 0.133, 0.444, 0.754, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.444 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.163, 0.486, 0.808, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.486 std_dev=0.323
O3' B 0, 0.165, 0.488, 0.811, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.488 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.129, 0.453, 0.778, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.453 std_dev=0.325
C4' B 0, 0.158, 0.487, 0.816, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.487 std_dev=0.329
C5' B 0, 0.129, 0.463, 0.797, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.463 std_dev=0.334
P B 0, 0.063, 0.409, 0.754, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.409 std_dev=0.346
O5' B 0, 0.066, 0.425, 0.784, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.425 std_dev=0.359
O2' B 0, 0.162, 0.527, 0.891, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.527 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.072, 0.471, 0.871, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.471 std_dev=0.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.08 0.11 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.08 0.10 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.09 0.11 0.13 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.08 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.10 0.12 0.15 0.13
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.09 0.10 0.11 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.10 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.05 0.06 0.09 0.08
N6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.10 0.03 0.12 0.15 0.18 0.16
N7 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.10 0.13 0.14 0.13
N9 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.13 0.11 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.06 0.08
O5' 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.08 0.05 0.12 0.10 0.06 0.03 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.08 0.04 0.07 0.08 0.02 0.11 0.04 0.12 0.10 0.10 0.06 0.15 0.13 0.07 0.04 0.13 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.11 0.06 0.07 0.10 0.01 0.13 0.01 0.15 0.11 0.13 0.09 0.18 0.14 0.08 0.04 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.04 0.06 0.09 0.01 0.12 0.01 0.13 0.11 0.11 0.08 0.16 0.13 0.08 0.03 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.15 0.16 0.14 0.15 0.16 0.16 0.13 0.11 0.23 0.11 0.14 0.12 0.23 0.19 0.16 0.11 0.18 0.08 0.05 0.04 0.04
C2 0.14 0.14 0.11 0.09 0.12 0.12 0.14 0.10 0.10 0.19 0.13 0.12 0.11 0.19 0.15 0.11 0.08 0.14 0.06 0.04 0.05 0.03
C2' 0.12 0.14 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.08 0.16 0.09 0.13 0.11 0.16 0.13 0.11 0.10 0.13 0.06 0.06 0.07 0.04
C3' 0.11 0.14 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.06 0.13 0.10 0.13 0.07 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11 0.06 0.07 0.09 0.05
C4 0.15 0.15 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.11 0.10 0.20 0.12 0.13 0.10 0.20 0.16 0.13 0.10 0.16 0.07 0.04 0.04 0.04
C4' 0.17 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.14 0.13 0.09 0.21 0.10 0.13 0.10 0.21 0.17 0.16 0.12 0.17 0.08 0.05 0.04 0.04
C5 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.08 0.19 0.12 0.11 0.09 0.19 0.14 0.12 0.09 0.14 0.07 0.05 0.05 0.05
C5' 0.17 0.14 0.17 0.15 0.13 0.16 0.14 0.13 0.09 0.22 0.10 0.13 0.09 0.21 0.17 0.16 0.13 0.17 0.09 0.06 0.04 0.05
C6 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.08 0.17 0.12 0.10 0.08 0.17 0.13 0.11 0.08 0.13 0.07 0.05 0.06 0.05
C8 0.15 0.15 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.12 0.09 0.21 0.12 0.13 0.09 0.20 0.16 0.14 0.11 0.16 0.08 0.05 0.05 0.05
N1 0.11 0.13 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.16 0.12 0.10 0.08 0.17 0.12 0.10 0.07 0.13 0.06 0.04 0.05 0.03
N3 0.16 0.15 0.13 0.11 0.14 0.13 0.15 0.11 0.11 0.21 0.13 0.14 0.12 0.21 0.17 0.13 0.09 0.16 0.07 0.05 0.04 0.04
N6 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.09 0.16 0.12 0.10 0.08 0.17 0.12 0.11 0.09 0.13 0.09 0.08 0.08 0.08
N7 0.13 0.14 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12 0.11 0.08 0.19 0.12 0.12 0.08 0.19 0.14 0.13 0.10 0.14 0.08 0.06 0.06 0.06
N9 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.15 0.15 0.12 0.10 0.21 0.12 0.14 0.11 0.21 0.17 0.15 0.11 0.17 0.08 0.05 0.04 0.04
O2' 0.17 0.14 0.13 0.11 0.15 0.14 0.16 0.11 0.13 0.21 0.10 0.14 0.15 0.21 0.17 0.13 0.10 0.17 0.08 0.07 0.07 0.05
O3' 0.09 0.13 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.10 0.09 0.12 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08
O4' 0.21 0.15 0.20 0.17 0.17 0.19 0.18 0.16 0.12 0.26 0.11 0.15 0.12 0.25 0.22 0.20 0.15 0.21 0.12 0.07 0.05 0.08
O5' 0.13 0.15 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.07 0.16 0.12 0.12 0.06 0.15 0.13 0.13 0.10 0.13 0.05 0.05 0.07 0.04
OP1 0.12 0.15 0.12 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.14 0.12 0.13 0.05 0.13 0.12 0.13 0.09 0.12 0.05 0.07 0.10 0.06
OP2 0.09 0.15 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.13 0.13 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.14 0.11
P 0.10 0.15 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.13 0.12 0.12 0.05 0.12 0.10 0.11 0.08 0.10 0.05 0.08 0.11 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.12 0.13 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.17 0.04 0.10 0.12 0.16 0.11
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.10 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.04 0.12 0.11 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.12 0.14 0.17 0.14
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.13 0.02 0.12 0.15 0.19 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.10 0.12 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.17 0.03 0.12 0.14 0.19 0.13
N3 0.01 0.00 0.11 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.04 0.09 0.10 0.14 0.09
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.13 0.17 0.21 0.16
N7 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.15 0.18 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.09 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.13 0.05 0.17 0.14 0.12 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.05
O5' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.10 0.12 0.09 0.13 0.12 0.08 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.12 0.06 0.07 0.11 0.04 0.14 0.04 0.15 0.12 0.14 0.10 0.17 0.15 0.10 0.06 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.16 0.07 0.07 0.14 0.02 0.17 0.01 0.19 0.13 0.19 0.14 0.21 0.18 0.11 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.04 0.04 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.13 0.13 0.09 0.16 0.15 0.09 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00