ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50717

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N3 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.017, 0.055, 0.093, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.055 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.033, 0.085, 0.137, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.085 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.069, 0.133, 0.196, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.133 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.079, 0.152, 0.225, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.152 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.054, 0.130, 0.206, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.130 std_dev=0.076
C5' A 0, 0.106, 0.210, 0.313, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.210 std_dev=0.104
O5' A 0, 0.092, 0.214, 0.337, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.214 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.152, 0.282, 0.413, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.282 std_dev=0.130
P A 0, 0.147, 0.291, 0.435, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.291 std_dev=0.144
OP2 A 0, 0.148, 0.332, 0.515, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.332 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.159, 0.359, 0.559, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.359 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.235, 0.454, 0.673, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.454 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.241, 0.461, 0.682, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.461 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.243, 0.466, 0.689, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.466 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.293, 0.518, 0.744, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.518 std_dev=0.225
C4 B 0, 0.268, 0.497, 0.726, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.497 std_dev=0.229
N9 B 0, 0.298, 0.530, 0.761, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.530 std_dev=0.232
O2' B 0, 0.309, 0.546, 0.783, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.546 std_dev=0.237
C6 B 0, 0.270, 0.512, 0.754, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.512 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.284, 0.530, 0.776, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.530 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.311, 0.563, 0.816, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.563 std_dev=0.253
O4' B 0, 0.302, 0.557, 0.811, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.557 std_dev=0.254
C8 B 0, 0.344, 0.598, 0.852, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.598 std_dev=0.254
N6 B 0, 0.308, 0.567, 0.825, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.567 std_dev=0.259
N7 B 0, 0.333, 0.599, 0.866, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.599 std_dev=0.267
C4' B 0, 0.330, 0.625, 0.920, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.625 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.336, 0.642, 0.948, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.642 std_dev=0.306
O3' B 0, 0.353, 0.676, 0.999, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.676 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.470, 0.809, 1.148, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.809 std_dev=0.339
C5' B 0, 0.356, 0.700, 1.045, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.700 std_dev=0.345
O5' B 0, 0.411, 0.757, 1.104, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.757 std_dev=0.346
P B 0, 0.460, 0.814, 1.167, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.814 std_dev=0.353
OP1 B 0, 0.474, 0.866, 1.257, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.866 std_dev=0.391

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.07
C2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.05 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.09 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.08 0.12 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.09 0.09 0.14 0.09
C8 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.08 0.10 0.08
N1 0.03 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02 0.07 0.07 0.12 0.08
N3 0.03 0.00 0.08 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.05 0.07 0.07
N6 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.10 0.12 0.17 0.12
N7 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.11 0.10 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.10 0.07 0.09
O5' 0.04 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.07 0.05 0.10 0.11 0.05 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.07 0.05 0.12 0.10 0.05 0.06 0.09 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.05 0.05 0.09 0.02 0.12 0.01 0.14 0.10 0.12 0.07 0.17 0.14 0.08 0.04 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.12 0.11 0.07 0.06 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.13 0.20 0.13
C2 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.10 0.14 0.14 0.13 0.14 0.10 0.12 0.13 0.13 0.22 0.15
C2' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.12 0.16 0.11
C3' 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.12 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.16 0.10
C4 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.14 0.10 0.10 0.11 0.13 0.20 0.13
C4' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.18 0.11
C5 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.20 0.13
C5' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.18 0.11
C6 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.20 0.13
C8 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11 0.10 0.12 0.13 0.20 0.14
N1 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.13 0.09 0.11 0.12 0.13 0.21 0.14
N3 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.15 0.11 0.12 0.13 0.13 0.22 0.14
N6 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.12 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.15 0.19 0.14
N7 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.14 0.20 0.14
N9 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.14 0.10 0.10 0.11 0.13 0.20 0.13
O2' 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.18 0.11
O3' 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.14 0.10
O4' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.13 0.20 0.13
O5' 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.10 0.18 0.10
OP1 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.10 0.10 0.14 0.09 0.10 0.08 0.09 0.18 0.10
OP2 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.16 0.12 0.10 0.15 0.10 0.11 0.09 0.09 0.18 0.11
P 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08 0.06 0.07 0.16 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03
C2 0.05 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.04 0.06 0.06 0.14 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.09 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.05 0.07 0.08 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.08 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.06 0.13 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.14 0.09
C5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.05 0.04 0.10 0.08 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.08 0.10 0.15 0.10
C8 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.08 0.08 0.13 0.08
N1 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.07 0.08 0.14 0.09
N3 0.05 0.00 0.08 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.08 0.04 0.05 0.06 0.13 0.07
N6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.07 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.04 0.11 0.13 0.15 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.09 0.10 0.15 0.10
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.12 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.08 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.10 0.07 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.09 0.06
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
O5' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.05 0.11 0.09 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.13 0.10 0.05 0.10 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.14 0.09 0.08 0.13 0.03 0.14 0.02 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.15 0.12 0.07 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.08 0.03 0.04 0.08 0.02 0.09 0.02 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.10 0.07 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00