ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50718

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, -0.278, 0.717, 1.712, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.717 std_dev=0.995
N1 B 0, -0.202, 0.838, 1.879, 3.515 max_d=3.515 avg_d=0.838 std_dev=1.041
N1 A 0, -0.741, 0.493, 1.727, 3.757 max_d=3.757 avg_d=0.493 std_dev=1.234
N6 A 0, -0.759, 0.502, 1.762, 3.836 max_d=3.836 avg_d=0.502 std_dev=1.261
C6 B 0, -0.599, 0.846, 2.291, 4.657 max_d=4.657 avg_d=0.846 std_dev=1.445
C2 B 0, -0.411, 1.074, 2.558, 4.929 max_d=4.929 avg_d=1.074 std_dev=1.484
C6 A 0, -1.002, 0.627, 2.257, 4.938 max_d=4.938 avg_d=0.627 std_dev=1.629
C2 A 0, -1.005, 0.630, 2.264, 4.953 max_d=4.953 avg_d=0.630 std_dev=1.634
C5 B 0, -1.001, 1.298, 3.598, 7.360 max_d=7.360 avg_d=1.298 std_dev=2.299
N3 B 0, -0.925, 1.393, 3.710, 7.496 max_d=7.496 avg_d=1.393 std_dev=2.318
N3 A 0, -1.485, 0.947, 3.378, 7.380 max_d=7.380 avg_d=0.947 std_dev=2.431
C5 A 0, -1.532, 0.957, 3.445, 7.541 max_d=7.541 avg_d=0.957 std_dev=2.489
C4 B 0, -1.171, 1.520, 4.212, 8.617 max_d=8.617 avg_d=1.520 std_dev=2.691
N7 B 0, -1.009, 1.792, 4.592, 9.159 max_d=9.159 avg_d=1.792 std_dev=2.800
C4 A 0, -1.739, 1.099, 3.937, 8.608 max_d=8.608 avg_d=1.099 std_dev=2.838
N7 A 0, -1.903, 1.211, 4.325, 9.450 max_d=9.450 avg_d=1.211 std_dev=3.114
N9 B 0, -1.403, 2.085, 5.573, 11.271 max_d=11.271 avg_d=2.085 std_dev=3.488
C8 B 0, -1.260, 2.240, 5.741, 11.451 max_d=11.451 avg_d=2.240 std_dev=3.501
N9 A 0, -2.279, 1.432, 5.144, 11.251 max_d=11.251 avg_d=1.432 std_dev=3.711
C8 A 0, -2.334, 1.496, 5.327, 11.631 max_d=11.631 avg_d=1.496 std_dev=3.831
C1' B 0, -1.687, 2.470, 6.627, 13.412 max_d=13.412 avg_d=2.470 std_dev=4.157
C2' B 0, -2.008, 2.359, 6.725, 13.886 max_d=13.886 avg_d=2.359 std_dev=4.367
C1' A 0, -2.714, 1.679, 6.072, 13.301 max_d=13.301 avg_d=1.679 std_dev=4.393
C2' A 0, -2.586, 1.844, 6.275, 13.563 max_d=13.563 avg_d=1.844 std_dev=4.430
O2' B 0, -1.983, 2.532, 7.046, 14.437 max_d=14.437 avg_d=2.532 std_dev=4.515
O2' A 0, -2.615, 2.086, 6.787, 14.517 max_d=14.517 avg_d=2.086 std_dev=4.701
O4' B 0, -2.077, 2.855, 7.788, 15.837 max_d=15.837 avg_d=2.855 std_dev=4.933
C3' A 0, -3.027, 2.137, 7.300, 15.797 max_d=15.797 avg_d=2.137 std_dev=5.164
O4' A 0, -3.136, 2.049, 7.235, 15.769 max_d=15.769 avg_d=2.049 std_dev=5.186
OP2 A 0, -0.217, 5.064, 10.345, 17.425 max_d=17.425 avg_d=5.064 std_dev=5.281
C3' B 0, -2.867, 2.428, 7.722, 16.417 max_d=16.417 avg_d=2.428 std_dev=5.295
C4' B 0, -2.754, 2.879, 8.512, 17.753 max_d=17.753 avg_d=2.879 std_dev=5.633
O3' A 0, -3.151, 2.515, 8.181, 17.500 max_d=17.500 avg_d=2.515 std_dev=5.666
C4' A 0, -3.422, 2.297, 8.016, 17.427 max_d=17.427 avg_d=2.297 std_dev=5.719
O3' B 0, -3.218, 2.667, 8.551, 18.221 max_d=18.221 avg_d=2.667 std_dev=5.885
P A 0, -1.572, 4.367, 10.307, 19.525 max_d=19.525 avg_d=4.367 std_dev=5.940
O5' A 0, -2.475, 3.496, 9.468, 19.120 max_d=19.120 avg_d=3.496 std_dev=5.972
O5' B 0, -2.713, 3.266, 9.245, 19.023 max_d=19.023 avg_d=3.266 std_dev=5.979
C5' B 0, -2.829, 3.301, 9.432, 19.470 max_d=19.470 avg_d=3.301 std_dev=6.130
C5' A 0, -3.548, 2.627, 8.803, 18.960 max_d=18.960 avg_d=2.627 std_dev=6.175
OP2 B 0, -2.928, 3.668, 10.263, 21.027 max_d=21.027 avg_d=3.668 std_dev=6.595
P B 0, -2.966, 3.698, 10.363, 21.244 max_d=21.244 avg_d=3.698 std_dev=6.664
OP1 A 0, -1.548, 5.140, 11.827, 22.136 max_d=22.136 avg_d=5.140 std_dev=6.688
OP1 B 0, -3.278, 4.067, 11.412, 23.426 max_d=23.426 avg_d=4.067 std_dev=7.345

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.35 0.39 0.77 0.32
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.53 0.12 1.34 0.64
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.25 0.60 0.40 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.05 0.10 0.08 0.11 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.29 0.60 0.22 0.17
C4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.56 0.14 1.36 0.68
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.06 0.03 0.10 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.59 0.27 0.20
C5 0.01 0.01 0.08 0.08 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.66 0.38 1.69 0.91
C5' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.11 0.00 0.16 0.00 0.17 0.15 0.14 0.08 0.20 0.17 0.10 0.04 0.05 0.02 0.01 0.24 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.02 0.66 0.41 1.77 0.95
C8 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04 0.69 0.42 1.60 0.90
N1 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.01 0.61 0.23 1.60 0.82
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.03 0.48 0.18 1.18 0.54
N6 0.03 0.01 0.10 0.11 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.14 0.04 0.71 0.62 1.98 1.10
N7 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.09 0.04 0.73 0.59 1.86 1.05
N9 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.54 0.13 1.24 0.62
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.08 0.11 0.06 0.03 0.00 0.04 0.08 0.08 1.01 0.20 0.36
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.11 0.07 0.11 0.08 0.14 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.37 0.92 0.35 0.49
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.32 0.41 0.70 0.36
O5' 0.35 0.53 0.25 0.29 0.56 0.01 0.66 0.01 0.66 0.69 0.61 0.48 0.71 0.73 0.54 0.08 0.37 0.32 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.39 0.12 0.60 0.60 0.14 0.59 0.38 0.24 0.41 0.42 0.23 0.18 0.62 0.59 0.13 1.01 0.92 0.41 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.77 1.34 0.40 0.22 1.36 0.27 1.69 0.30 1.77 1.60 1.60 1.18 1.98 1.86 1.24 0.20 0.35 0.70 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.32 0.64 0.04 0.17 0.68 0.20 0.91 0.01 0.95 0.90 0.82 0.54 1.10 1.05 0.62 0.36 0.49 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.20 0.24 0.07 0.11 0.19 0.15 0.26 0.17 0.12 0.18 0.46 0.28 0.09 0.17 0.35 0.23 0.35 0.33 0.99 0.56
C2 0.17 0.16 0.20 0.23 0.10 0.11 0.34 0.19 0.48 0.26 0.27 0.22 0.78 0.43 0.10 0.19 0.32 0.25 0.29 0.27 0.81 0.46
C2' 0.12 0.14 0.36 0.38 0.21 0.16 0.37 0.21 0.45 0.34 0.32 0.11 0.63 0.44 0.20 0.31 0.49 0.17 0.24 0.23 0.85 0.43
C3' 0.11 0.11 0.31 0.31 0.16 0.15 0.30 0.23 0.35 0.29 0.21 0.12 0.51 0.38 0.17 0.28 0.42 0.20 0.31 0.32 0.97 0.53
C4 0.23 0.28 0.19 0.18 0.12 0.16 0.14 0.17 0.21 0.14 0.07 0.31 0.47 0.25 0.12 0.22 0.27 0.29 0.40 0.40 1.04 0.62
C4' 0.12 0.14 0.20 0.21 0.07 0.11 0.16 0.19 0.20 0.15 0.08 0.17 0.36 0.24 0.07 0.17 0.32 0.23 0.38 0.39 1.09 0.63
C5 0.37 0.52 0.29 0.23 0.30 0.29 0.15 0.27 0.14 0.14 0.32 0.50 0.29 0.16 0.26 0.34 0.26 0.39 0.54 0.57 1.22 0.78
C5' 0.20 0.27 0.10 0.10 0.15 0.19 0.09 0.28 0.10 0.10 0.15 0.27 0.22 0.15 0.13 0.09 0.20 0.31 0.49 0.55 1.24 0.76
C6 0.42 0.65 0.34 0.28 0.37 0.33 0.17 0.29 0.16 0.15 0.42 0.60 0.33 0.16 0.31 0.41 0.29 0.43 0.55 0.58 1.20 0.78
C8 0.35 0.45 0.26 0.22 0.29 0.28 0.16 0.27 0.16 0.15 0.29 0.45 0.23 0.15 0.26 0.29 0.25 0.38 0.56 0.61 1.29 0.82
N1 0.31 0.46 0.24 0.18 0.18 0.21 0.16 0.20 0.27 0.15 0.11 0.45 0.65 0.30 0.16 0.32 0.24 0.33 0.41 0.40 0.97 0.59
N3 0.15 0.14 0.21 0.25 0.10 0.11 0.30 0.19 0.42 0.25 0.25 0.18 0.68 0.39 0.10 0.17 0.35 0.24 0.29 0.28 0.84 0.47
N6 0.59 0.91 0.52 0.46 0.60 0.50 0.41 0.45 0.46 0.31 0.79 0.82 0.26 0.24 0.50 0.58 0.45 0.57 0.72 0.79 1.41 0.97
N7 0.43 0.60 0.34 0.30 0.39 0.36 0.25 0.34 0.26 0.21 0.45 0.57 0.22 0.18 0.35 0.38 0.30 0.44 0.63 0.70 1.37 0.90
N9 0.23 0.27 0.19 0.18 0.14 0.16 0.12 0.18 0.16 0.12 0.08 0.30 0.38 0.21 0.13 0.21 0.27 0.29 0.43 0.44 1.10 0.66
O2' 0.18 0.26 0.46 0.49 0.30 0.23 0.46 0.25 0.54 0.40 0.44 0.20 0.70 0.51 0.28 0.41 0.63 0.15 0.17 0.18 0.73 0.32
O3' 0.21 0.21 0.45 0.43 0.29 0.23 0.42 0.27 0.46 0.40 0.35 0.19 0.60 0.48 0.29 0.43 0.55 0.21 0.25 0.29 0.87 0.44
O4' 0.21 0.21 0.18 0.20 0.11 0.14 0.11 0.16 0.15 0.12 0.07 0.24 0.34 0.19 0.12 0.18 0.30 0.27 0.42 0.43 1.11 0.66
O5' 0.69 0.65 0.82 0.82 0.72 0.68 0.80 0.60 0.81 0.81 0.72 0.66 0.93 0.87 0.74 0.78 0.88 0.64 0.79 0.73 1.35 0.94
OP1 0.42 0.45 0.43 0.49 0.47 0.41 0.63 0.40 0.67 0.62 0.52 0.44 0.90 0.75 0.48 0.37 0.51 0.42 0.61 0.62 1.17 0.79
OP2 1.68 1.55 1.85 1.92 1.78 1.75 1.99 1.74 2.01 2.04 1.77 1.55 2.24 2.15 1.83 1.73 1.97 1.64 1.72 1.66 1.69 1.65
P 0.85 0.77 1.01 1.08 0.93 0.90 1.12 0.88 1.14 1.14 0.95 0.76 1.35 1.25 0.97 0.92 1.13 0.81 0.92 0.88 1.20 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.21 0.33 0.10
C2 0.02 0.00 0.34 0.25 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.36 0.15 0.42 0.31 0.99 0.58
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.18 0.01 0.09 0.02 0.16 0.15 0.27 0.33 0.12 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.15 0.32 0.15
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.10 0.00 0.04 0.02 0.09 0.23 0.19 0.24 0.06 0.17 0.05 0.01 0.01 0.01 0.25 0.15 0.24 0.20
C4 0.01 0.01 0.18 0.10 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.14 0.09 0.39 0.29 0.89 0.52
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.05 0.08 0.10 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.24 0.10 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.04 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.06 0.48 0.51 1.15 0.71
C5' 0.04 0.17 0.02 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.20 0.14 0.20 0.14 0.22 0.18 0.10 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.09 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.14 0.09 0.52 0.58 1.27 0.79
C8 0.02 0.01 0.15 0.23 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.25 0.09 0.40 0.43 0.91 0.55
N1 0.01 0.00 0.27 0.19 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.28 0.13 0.49 0.47 1.18 0.72
N3 0.02 0.00 0.33 0.24 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.33 0.14 0.36 0.22 0.82 0.46
N6 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.09 0.07 0.55 0.73 1.42 0.90
N7 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.19 0.05 0.49 0.62 1.21 0.75
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.31 0.20 0.70 0.38
O2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.19 0.04 0.12 0.04 0.20 0.11 0.31 0.36 0.16 0.04 0.03 0.00 0.04 0.06 0.12 0.34 0.15 0.09
O3' 0.02 0.36 0.02 0.01 0.14 0.03 0.06 0.04 0.14 0.25 0.28 0.33 0.09 0.19 0.04 0.04 0.00 0.03 0.21 0.17 0.13 0.15
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.06 0.02 0.09 0.09 0.13 0.14 0.07 0.05 0.02 0.06 0.03 0.00 0.05 0.31 0.09 0.11
O5' 0.13 0.42 0.21 0.25 0.39 0.02 0.48 0.01 0.52 0.40 0.49 0.36 0.55 0.49 0.31 0.12 0.21 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.31 0.15 0.15 0.29 0.24 0.51 0.09 0.58 0.43 0.47 0.22 0.73 0.62 0.20 0.34 0.17 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.99 0.32 0.24 0.89 0.10 1.15 0.19 1.27 0.91 1.18 0.82 1.42 1.21 0.70 0.15 0.13 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.58 0.15 0.20 0.52 0.10 0.71 0.02 0.79 0.55 0.72 0.46 0.90 0.75 0.38 0.09 0.15 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00