ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50719

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.045 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.011, 0.075, 0.139, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.075 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.009, 0.084, 0.158, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.084 std_dev=0.075
C5' A 0, 0.030, 0.115, 0.199, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.115 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.020, 0.154, 0.289, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.154 std_dev=0.134
OP2 A 0, 0.120, 0.265, 0.411, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.265 std_dev=0.146
O3' A 0, -0.022, 0.126, 0.274, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.126 std_dev=0.148
P A 0, 0.037, 0.199, 0.361, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.199 std_dev=0.162
O5' A 0, -0.013, 0.161, 0.335, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.161 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.230, 0.420, 0.609, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.420 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.255, 0.446, 0.638, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.446 std_dev=0.191
N6 B 0, 0.211, 0.407, 0.603, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.407 std_dev=0.196
C2 B 0, 0.277, 0.505, 0.733, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.505 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.311, 0.558, 0.805, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.558 std_dev=0.247
OP1 A 0, -0.013, 0.238, 0.490, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.238 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.337, 0.596, 0.855, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.596 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.311, 0.574, 0.837, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.574 std_dev=0.263
N9 B 0, 0.397, 0.704, 1.012, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.704 std_dev=0.308
C1' B 0, 0.439, 0.775, 1.110, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.775 std_dev=0.336
N7 B 0, 0.312, 0.661, 1.010, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.661 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.469, 0.836, 1.202, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.836 std_dev=0.367
C2' B 0, 0.439, 0.809, 1.179, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.809 std_dev=0.370
C8 B 0, 0.372, 0.744, 1.116, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.744 std_dev=0.372
O4' B 0, 0.496, 0.879, 1.261, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.879 std_dev=0.382
C4' B 0, 0.510, 0.957, 1.405, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.957 std_dev=0.448
C3' B 0, 0.448, 0.899, 1.349, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.899 std_dev=0.450
O3' B 0, 0.457, 0.986, 1.514, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.986 std_dev=0.529
C5' B 0, 0.507, 1.050, 1.593, 1.987 max_d=1.987 avg_d=1.050 std_dev=0.543
O5' B 0, 0.452, 1.002, 1.553, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.002 std_dev=0.550
P B 0, 0.425, 1.079, 1.733, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.079 std_dev=0.654
OP2 B 0, 0.319, 1.045, 1.771, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.045 std_dev=0.726
OP1 B 0, 0.448, 1.184, 1.920, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.184 std_dev=0.736

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.04 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.06 0.06 0.05 0.03
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.07 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.06 0.06 0.04 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.09 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.02 0.11 0.04 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.03
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.07 0.00 0.05 0.04 0.06 0.03
N3 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.07 0.08 0.03 0.04
N6 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.11 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04
N7 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03
N9 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.04
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.02 0.13 0.12 0.11 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.16 0.12 0.12 0.15
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.15 0.16 0.09 0.12
O5' 0.08 0.06 0.02 0.09 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.16 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.06 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.11 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.07 0.05 0.12 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.03 0.06 0.12 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.15 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.20 0.13 0.10 0.14 0.11 0.12 0.10 0.13 0.10 0.18 0.18 0.09 0.09 0.13 0.16 0.11 0.13 0.11 0.13 0.16 0.12
C2 0.13 0.17 0.11 0.09 0.14 0.11 0.13 0.10 0.14 0.12 0.17 0.16 0.10 0.11 0.13 0.14 0.08 0.13 0.10 0.12 0.16 0.12
C2' 0.14 0.16 0.14 0.13 0.13 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.15 0.07 0.08 0.12 0.17 0.15 0.14 0.10 0.11 0.12 0.10
C3' 0.13 0.15 0.13 0.11 0.12 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.14 0.15 0.08 0.08 0.12 0.16 0.12 0.12 0.08 0.10 0.15 0.10
C4 0.12 0.17 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.09 0.13 0.10 0.17 0.16 0.09 0.09 0.12 0.13 0.07 0.12 0.09 0.13 0.17 0.12
C4' 0.14 0.19 0.13 0.11 0.14 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.17 0.18 0.09 0.09 0.13 0.17 0.12 0.13 0.10 0.14 0.17 0.13
C5 0.11 0.15 0.10 0.08 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.15 0.14 0.10 0.10 0.11 0.12 0.08 0.10 0.11 0.16 0.21 0.15
C5' 0.14 0.19 0.13 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.17 0.18 0.10 0.09 0.12 0.16 0.11 0.12 0.11 0.16 0.20 0.15
C6 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.17 0.22 0.15
C8 0.12 0.17 0.11 0.08 0.13 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.16 0.16 0.10 0.09 0.11 0.13 0.08 0.11 0.11 0.17 0.20 0.15
N1 0.11 0.12 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.07 0.11 0.10 0.14 0.19 0.13
N3 0.14 0.19 0.12 0.10 0.15 0.11 0.13 0.10 0.14 0.12 0.19 0.18 0.10 0.11 0.14 0.15 0.09 0.14 0.10 0.12 0.16 0.12
N6 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.13 0.11 0.15 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.16 0.23 0.27 0.20
N7 0.11 0.15 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.15 0.14 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.19 0.23 0.17
N9 0.13 0.18 0.11 0.08 0.13 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.17 0.17 0.09 0.09 0.12 0.14 0.08 0.12 0.10 0.14 0.17 0.13
O2' 0.18 0.16 0.21 0.22 0.16 0.19 0.13 0.17 0.11 0.14 0.13 0.17 0.09 0.12 0.16 0.23 0.24 0.18 0.18 0.18 0.13 0.16
O3' 0.15 0.16 0.17 0.15 0.14 0.14 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.17 0.07 0.09 0.14 0.21 0.17 0.15 0.10 0.09 0.12 0.08
O4' 0.15 0.22 0.14 0.11 0.15 0.11 0.13 0.11 0.14 0.11 0.20 0.20 0.10 0.09 0.14 0.17 0.11 0.14 0.12 0.15 0.18 0.14
O5' 0.11 0.16 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.14 0.14 0.08 0.07 0.10 0.14 0.13 0.10 0.11 0.15 0.18 0.14
OP1 0.10 0.15 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07 0.14 0.14 0.08 0.07 0.09 0.13 0.12 0.09 0.11 0.18 0.20 0.16
OP2 0.13 0.17 0.11 0.10 0.14 0.12 0.14 0.15 0.15 0.14 0.17 0.16 0.14 0.14 0.13 0.13 0.10 0.12 0.16 0.25 0.27 0.22
P 0.10 0.15 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.10 0.11 0.08 0.14 0.14 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.08 0.12 0.19 0.21 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.07 0.10 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.10 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02 0.03
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.11 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.08 0.08 0.07
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.07 0.12 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.11 0.05 0.05
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.13 0.03 0.06
O5' 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.13 0.03 0.00 0.00 0.01
OP2 0.05 0.10 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.02 0.11 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00