ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50720

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.008
OP1 A 0, 0.023, 0.084, 0.144, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.084 std_dev=0.060
P A 0, 0.022, 0.084, 0.145, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.084 std_dev=0.062
OP2 A 0, 0.019, 0.091, 0.163, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.091 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.010, 0.093, 0.176, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.093 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.009, 0.094, 0.178, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.094 std_dev=0.085
O4' A 0, 0.010, 0.095, 0.180, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.095 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.013, 0.104, 0.195, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.104 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.012, 0.139, 0.266, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.139 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.011, 0.142, 0.273, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.131
N6 B 0, 0.031, 0.198, 0.365, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.198 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.037, 0.213, 0.390, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.213 std_dev=0.176
N1 B 0, 0.038, 0.215, 0.393, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.215 std_dev=0.178
O3' A 0, 0.012, 0.197, 0.382, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.197 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.044, 0.239, 0.433, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.239 std_dev=0.195
C2 B 0, 0.043, 0.239, 0.435, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.239 std_dev=0.196
C4 B 0, 0.052, 0.262, 0.472, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.262 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.051, 0.262, 0.473, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.262 std_dev=0.211
N7 B 0, 0.045, 0.256, 0.467, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.256 std_dev=0.211
C5' A 0, 0.021, 0.233, 0.445, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.233 std_dev=0.212
N9 B 0, 0.061, 0.294, 0.527, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.294 std_dev=0.233
C8 B 0, 0.055, 0.289, 0.522, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.289 std_dev=0.233
O3' B 0, 0.086, 0.335, 0.585, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.335 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.080, 0.349, 0.618, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.349 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.071, 0.340, 0.609, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.340 std_dev=0.269
C1' B 0, 0.072, 0.343, 0.614, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.343 std_dev=0.271
O2' B 0, 0.072, 0.344, 0.617, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.344 std_dev=0.273
C4' B 0, 0.086, 0.389, 0.691, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.389 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.083, 0.387, 0.692, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.387 std_dev=0.304
OP2 B 0, 0.087, 0.392, 0.698, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.392 std_dev=0.305
C5' B 0, 0.091, 0.413, 0.735, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.413 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.100, 0.436, 0.771, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.436 std_dev=0.336
P B 0, 0.100, 0.442, 0.784, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.442 std_dev=0.342
OP1 B 0, 0.115, 0.512, 0.910, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.512 std_dev=0.397

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.07 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.09 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.07 0.08
O5' 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.01 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.01 0.02 0.06 0.08 0.07 0.03 0.07 0.06 0.10 0.09 0.06 0.08
C2 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03 0.09 0.09 0.07 0.08
C2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04
C4 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.08 0.07 0.05 0.06
C4' 0.06 0.02 0.05 0.07 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03 0.08 0.05 0.09 0.09 0.06 0.08
C5 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04
C5' 0.06 0.03 0.06 0.09 0.03 0.07 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.08 0.06 0.03 0.09 0.06 0.11 0.11 0.08 0.09
C6 0.03 0.08 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.07 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03
C8 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04
N1 0.02 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.07 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04 0.05
N3 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.06 0.08 0.05 0.02 0.05 0.05 0.10 0.10 0.07 0.09
N6 0.07 0.10 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.10 0.09 0.08 0.05 0.06 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
N7 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03
N9 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.04 0.08 0.07 0.05 0.06
O2' 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.02 0.02 0.06 0.07 0.05 0.02 0.04 0.05 0.08 0.08 0.05 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02
O4' 0.09 0.01 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.10 0.05 0.10 0.01 0.03 0.06 0.10 0.09 0.05 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09 0.10
O5' 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.03 0.05
OP1 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04
OP2 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02
P 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.06 0.02 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03
N7 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01
O5' 0.03 0.07 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00