ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50721

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.075, 1.130, 2.335, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.130 std_dev=1.205
N6 B 0, 0.170, 1.452, 2.735, 3.452 max_d=3.452 avg_d=1.452 std_dev=1.283
C2 B 0, -0.272, 1.358, 2.987, 4.126 max_d=4.126 avg_d=1.358 std_dev=1.630
N1 A 0, -0.673, 0.967, 2.608, 3.809 max_d=3.809 avg_d=0.967 std_dev=1.641
C6 B 0, -0.266, 1.475, 3.215, 4.406 max_d=4.406 avg_d=1.475 std_dev=1.740
N6 A 0, -0.728, 1.127, 2.982, 4.339 max_d=4.339 avg_d=1.127 std_dev=1.855
C2 A 0, -0.805, 1.161, 3.127, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.161 std_dev=1.966
C6 A 0, -0.910, 1.279, 3.468, 5.070 max_d=5.070 avg_d=1.279 std_dev=2.189
N3 B 0, -0.747, 1.917, 4.581, 6.511 max_d=6.511 avg_d=1.917 std_dev=2.664
C5 B 0, -0.770, 2.080, 4.930, 6.988 max_d=6.988 avg_d=2.080 std_dev=2.850
N3 A 0, -1.185, 1.693, 4.570, 6.677 max_d=6.677 avg_d=1.693 std_dev=2.878
C5 A 0, -1.332, 1.874, 5.079, 7.426 max_d=7.426 avg_d=1.874 std_dev=3.206
C4 B 0, -0.990, 2.264, 5.518, 7.884 max_d=7.884 avg_d=2.264 std_dev=3.254
C4 A 0, -1.460, 2.049, 5.558, 8.127 max_d=8.127 avg_d=2.049 std_dev=3.509
N7 B 0, -0.928, 2.713, 6.354, 8.975 max_d=8.975 avg_d=2.713 std_dev=3.641
N7 A 0, -1.686, 2.396, 6.477, 9.465 max_d=9.465 avg_d=2.396 std_dev=4.081
N9 B 0, -1.184, 3.100, 7.384, 10.489 max_d=10.489 avg_d=3.100 std_dev=4.284
C8 B 0, -1.186, 3.288, 7.762, 10.997 max_d=10.997 avg_d=3.288 std_dev=4.474
N9 A 0, -1.926, 2.688, 7.302, 10.679 max_d=10.679 avg_d=2.688 std_dev=4.614
C8 A 0, -2.040, 2.869, 7.778, 11.371 max_d=11.371 avg_d=2.869 std_dev=4.909
C2' B 0, -1.128, 3.845, 8.818, 12.393 max_d=12.393 avg_d=3.845 std_dev=4.973
C1' B 0, -1.202, 3.805, 8.812, 12.420 max_d=12.420 avg_d=3.805 std_dev=5.007
O2' B 0, -0.894, 4.417, 9.727, 13.495 max_d=13.495 avg_d=4.417 std_dev=5.310
C1' A 0, -2.235, 3.114, 8.463, 12.378 max_d=12.378 avg_d=3.114 std_dev=5.349
C2' A 0, -2.096, 3.324, 8.743, 12.707 max_d=12.707 avg_d=3.324 std_dev=5.420
O2' A 0, -1.918, 3.559, 9.037, 13.037 max_d=13.037 avg_d=3.559 std_dev=5.478
C3' B 0, -1.459, 4.248, 9.955, 14.073 max_d=14.073 avg_d=4.248 std_dev=5.707
O4' B 0, -1.318, 4.517, 10.351, 14.541 max_d=14.541 avg_d=4.517 std_dev=5.834
O3' B 0, -1.293, 4.820, 10.933, 15.306 max_d=15.306 avg_d=4.820 std_dev=6.113
C4' B 0, -1.442, 4.855, 11.153, 15.672 max_d=15.672 avg_d=4.855 std_dev=6.297
O4' A 0, -2.603, 3.816, 10.234, 14.932 max_d=14.932 avg_d=3.816 std_dev=6.419
C3' A 0, -2.304, 4.115, 10.534, 15.224 max_d=15.224 avg_d=4.115 std_dev=6.419
C5' B 0, -1.543, 5.175, 11.893, 16.707 max_d=16.707 avg_d=5.175 std_dev=6.718
O3' A 0, -2.289, 4.713, 11.714, 16.818 max_d=16.818 avg_d=4.713 std_dev=7.001
C4' A 0, -2.685, 4.409, 11.502, 16.691 max_d=16.691 avg_d=4.409 std_dev=7.094
O5' B 0, -1.360, 5.756, 12.872, 17.938 max_d=17.938 avg_d=5.756 std_dev=7.116
OP2 B 0, -1.867, 5.503, 12.874, 18.196 max_d=18.196 avg_d=5.503 std_dev=7.371
O5' A 0, -2.556, 4.826, 12.208, 17.598 max_d=17.598 avg_d=4.826 std_dev=7.382
OP2 A 0, -2.606, 4.888, 12.382, 17.855 max_d=17.855 avg_d=4.888 std_dev=7.494
P B 0, -1.701, 5.815, 13.331, 18.721 max_d=18.721 avg_d=5.815 std_dev=7.516
OP1 B 0, -0.735, 7.031, 14.796, 20.171 max_d=20.171 avg_d=7.031 std_dev=7.765
C5' A 0, -2.864, 5.064, 12.992, 18.786 max_d=18.786 avg_d=5.064 std_dev=7.928
P A 0, -2.928, 5.232, 13.393, 19.355 max_d=19.355 avg_d=5.232 std_dev=8.160
OP1 A 0, -3.176, 5.985, 15.147, 21.835 max_d=21.835 avg_d=5.985 std_dev=9.161

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.24 0.20
C2 0.08 0.00 0.14 0.14 0.01 0.09 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.15 0.05 0.23 0.26 0.36 0.30
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.05 0.12 0.13 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.09 0.13 0.13 0.10 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.10 0.09
C4 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.23 0.26 0.35 0.29
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.08
C5 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.30 0.32 0.38 0.32
C5' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.16 0.18 0.13 0.09 0.21 0.21 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.08 0.10 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.11 0.02 0.31 0.33 0.40 0.34
C8 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.10 0.06 0.30 0.30 0.36 0.31
N1 0.07 0.00 0.12 0.13 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.14 0.03 0.27 0.31 0.39 0.32
N3 0.08 0.00 0.13 0.13 0.00 0.09 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.13 0.06 0.20 0.24 0.34 0.29
N6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.08 0.01 0.21 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.13 0.12 0.05 0.35 0.38 0.43 0.38
N7 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.11 0.06 0.34 0.35 0.39 0.34
N9 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.21 0.23 0.32 0.27
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.05 0.09 0.05 0.13 0.04 0.18 0.16 0.13 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.10 0.14 0.12
O3' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.11 0.10 0.14 0.13 0.12 0.11 0.05 0.04 0.00 0.00 0.16 0.26 0.13 0.14
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.16 0.22 0.21
O5' 0.11 0.23 0.01 0.10 0.23 0.01 0.30 0.01 0.31 0.30 0.27 0.20 0.35 0.34 0.21 0.03 0.16 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.26 0.07 0.14 0.26 0.08 0.32 0.10 0.33 0.30 0.31 0.24 0.38 0.35 0.23 0.10 0.26 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.36 0.13 0.10 0.35 0.09 0.38 0.02 0.40 0.36 0.39 0.34 0.43 0.39 0.32 0.14 0.13 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.30 0.10 0.09 0.29 0.08 0.32 0.00 0.34 0.31 0.32 0.29 0.38 0.34 0.27 0.12 0.14 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.07 0.25 0.60 0.15 0.38 0.50 0.83 0.65 0.41 0.40 0.14 0.99 0.63 0.12 0.55 0.77 0.06 0.34 0.82 1.27 0.76
C2 0.22 0.17 0.34 0.38 0.19 0.26 0.69 0.67 0.97 0.53 0.63 0.24 1.46 0.83 0.15 0.76 0.48 0.07 0.31 0.79 1.30 0.78
C2' 0.28 0.07 0.23 0.48 0.11 0.20 0.44 0.59 0.64 0.30 0.45 0.15 0.97 0.53 0.07 0.59 0.66 0.20 0.17 0.55 1.07 0.53
C3' 0.40 0.14 0.20 0.35 0.14 0.07 0.34 0.47 0.51 0.24 0.32 0.27 0.83 0.44 0.16 0.63 0.54 0.34 0.11 0.43 0.92 0.38
C4 0.34 0.33 0.34 0.34 0.09 0.18 0.37 0.61 0.54 0.29 0.23 0.40 0.97 0.54 0.06 0.74 0.47 0.15 0.19 0.69 1.13 0.62
C4' 0.26 0.11 0.21 0.53 0.10 0.27 0.40 0.72 0.54 0.31 0.31 0.20 0.85 0.52 0.08 0.56 0.74 0.16 0.20 0.70 1.13 0.61
C5 0.61 0.78 0.59 0.20 0.43 0.14 0.16 0.34 0.22 0.13 0.39 0.79 0.62 0.27 0.37 0.96 0.31 0.41 0.24 0.47 0.88 0.37
C5' 0.31 0.22 0.16 0.46 0.16 0.23 0.36 0.69 0.47 0.32 0.25 0.29 0.78 0.50 0.16 0.56 0.66 0.23 0.16 0.70 1.08 0.58
C6 0.75 1.05 0.78 0.36 0.60 0.30 0.22 0.17 0.22 0.18 0.61 1.00 0.60 0.22 0.51 1.13 0.43 0.52 0.37 0.37 0.79 0.28
C8 0.53 0.62 0.45 0.22 0.35 0.05 0.15 0.46 0.19 0.13 0.29 0.65 0.53 0.27 0.30 0.83 0.38 0.34 0.15 0.54 0.91 0.41
N1 0.54 0.73 0.64 0.27 0.29 0.16 0.29 0.35 0.52 0.20 0.25 0.74 1.14 0.51 0.23 1.03 0.40 0.31 0.24 0.56 1.03 0.51
N3 0.14 0.13 0.28 0.54 0.27 0.38 0.70 0.81 0.93 0.56 0.65 0.09 1.34 0.83 0.23 0.62 0.64 0.10 0.37 0.86 1.35 0.84
N6 1.07 1.52 1.11 0.70 1.03 0.63 0.67 0.19 0.68 0.54 1.22 1.40 0.28 0.37 0.89 1.38 0.72 0.83 0.69 0.10 0.50 0.14
N7 0.71 0.90 0.64 0.21 0.57 0.20 0.27 0.27 0.24 0.24 0.57 0.89 0.36 0.21 0.50 0.99 0.29 0.51 0.31 0.39 0.75 0.24
N9 0.32 0.30 0.29 0.40 0.08 0.22 0.33 0.66 0.47 0.27 0.19 0.37 0.85 0.49 0.06 0.68 0.55 0.14 0.19 0.71 1.12 0.62
O2' 0.23 0.29 0.39 0.72 0.29 0.41 0.60 0.76 0.80 0.44 0.66 0.15 1.10 0.66 0.23 0.57 0.91 0.17 0.36 0.69 1.24 0.71
O3' 0.44 0.08 0.21 0.32 0.14 0.07 0.34 0.35 0.52 0.22 0.37 0.23 0.83 0.41 0.19 0.64 0.53 0.43 0.19 0.30 0.81 0.26
O4' 0.17 0.11 0.24 0.63 0.11 0.41 0.44 0.89 0.56 0.39 0.30 0.18 0.89 0.59 0.10 0.53 0.82 0.05 0.36 0.89 1.28 0.79
O5' 0.39 0.36 0.16 0.37 0.26 0.22 0.36 0.67 0.43 0.36 0.25 0.41 0.73 0.51 0.26 0.58 0.54 0.32 0.18 0.72 1.03 0.56
OP1 0.54 0.52 0.27 0.26 0.42 0.24 0.41 0.60 0.43 0.43 0.38 0.56 0.60 0.51 0.42 0.65 0.41 0.47 0.28 0.65 0.87 0.46
OP2 0.76 0.84 0.55 0.22 0.67 0.38 0.54 0.51 0.52 0.55 0.64 0.85 0.55 0.56 0.64 0.87 0.13 0.67 0.47 0.56 0.75 0.41
P 0.57 0.61 0.33 0.23 0.46 0.25 0.41 0.61 0.42 0.42 0.43 0.63 0.58 0.50 0.44 0.70 0.35 0.48 0.29 0.67 0.92 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.07 0.47 0.18
C2 0.05 0.00 0.18 0.37 0.01 0.20 0.01 0.34 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.44 0.04 0.29 0.15 0.58 0.24
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.12 0.19 0.04 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.31 0.25 0.12
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.21 0.00 0.14 0.02 0.20 0.11 0.31 0.34 0.17 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.40 0.50 0.11 0.24
C4 0.03 0.01 0.09 0.21 0.00 0.14 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.02 0.34 0.15 0.55 0.23
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.18 0.03 0.21 0.17 0.18 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.18 0.41 0.10
C5 0.03 0.01 0.03 0.14 0.01 0.14 0.00 0.27 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.14 0.04 0.40 0.20 0.60 0.26
C5' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.24 0.01 0.27 0.00 0.33 0.09 0.36 0.27 0.34 0.19 0.12 0.06 0.04 0.02 0.01 0.31 0.43 0.01
C6 0.04 0.02 0.05 0.20 0.02 0.18 0.02 0.33 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.23 0.05 0.38 0.21 0.62 0.27
C8 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.12 0.06 0.47 0.19 0.54 0.24
N1 0.05 0.01 0.12 0.31 0.02 0.21 0.01 0.36 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.37 0.05 0.33 0.19 0.61 0.26
N3 0.05 0.00 0.19 0.34 0.01 0.17 0.03 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.40 0.04 0.28 0.13 0.55 0.22
N6 0.06 0.04 0.04 0.17 0.02 0.18 0.03 0.34 0.00 0.08 0.04 0.03 0.00 0.08 0.06 0.05 0.18 0.08 0.41 0.24 0.64 0.28
N7 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.19 0.03 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.01 0.04 0.07 0.06 0.46 0.23 0.60 0.28
N9 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.12 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.36 0.13 0.50 0.20
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.04 0.05 0.11 0.20 0.33 0.12
O3' 0.02 0.44 0.02 0.01 0.23 0.02 0.14 0.04 0.23 0.12 0.37 0.40 0.18 0.07 0.05 0.04 0.00 0.02 0.33 0.66 0.13 0.31
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04 0.08 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.06 0.08 0.55 0.26
O5' 0.21 0.29 0.32 0.40 0.34 0.02 0.40 0.01 0.38 0.47 0.33 0.28 0.41 0.46 0.36 0.11 0.33 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.15 0.31 0.50 0.15 0.18 0.20 0.31 0.21 0.19 0.19 0.13 0.24 0.23 0.13 0.20 0.66 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.58 0.25 0.11 0.55 0.41 0.60 0.43 0.62 0.54 0.61 0.55 0.64 0.60 0.50 0.33 0.13 0.55 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.24 0.12 0.24 0.23 0.10 0.26 0.01 0.27 0.24 0.26 0.22 0.28 0.28 0.20 0.12 0.31 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00