ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50722

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N6 B 0, -0.527, 1.295, 3.116, 3.871 max_d=3.871 avg_d=1.295 std_dev=1.821
N1 B 0, -0.532, 1.346, 3.224, 4.001 max_d=4.001 avg_d=1.346 std_dev=1.878
N1 A 0, -0.555, 1.351, 3.258, 4.048 max_d=4.048 avg_d=1.351 std_dev=1.907
N6 A 0, -0.597, 1.453, 3.502, 4.351 max_d=4.351 avg_d=1.453 std_dev=2.050
C2 A 0, -0.652, 1.578, 3.809, 4.733 max_d=4.733 avg_d=1.578 std_dev=2.231
C6 B 0, -0.674, 1.672, 4.017, 4.989 max_d=4.989 avg_d=1.672 std_dev=2.345
C6 A 0, -0.699, 1.691, 4.081, 5.071 max_d=5.071 avg_d=1.691 std_dev=2.390
C2 B 0, -0.686, 1.737, 4.161, 5.164 max_d=5.164 avg_d=1.737 std_dev=2.424
N3 A 0, -0.926, 2.244, 5.414, 6.727 max_d=6.727 avg_d=2.244 std_dev=3.170
C5 A 0, -1.008, 2.440, 5.887, 7.316 max_d=7.316 avg_d=2.440 std_dev=3.448
C5 B 0, -1.003, 2.481, 5.966, 7.409 max_d=7.409 avg_d=2.481 std_dev=3.484
N3 B 0, -0.997, 2.501, 5.998, 7.447 max_d=7.447 avg_d=2.501 std_dev=3.498
C4 A 0, -1.107, 2.682, 6.471, 8.041 max_d=8.041 avg_d=2.682 std_dev=3.789
C4 B 0, -1.152, 2.858, 6.868, 8.529 max_d=8.529 avg_d=2.858 std_dev=4.010
N7 B 0, -1.235, 3.048, 7.332, 9.107 max_d=9.107 avg_d=3.048 std_dev=4.284
N7 A 0, -1.275, 3.086, 7.447, 9.253 max_d=9.253 avg_d=3.086 std_dev=4.361
N9 A 0, -1.448, 3.509, 8.466, 10.519 max_d=10.519 avg_d=3.509 std_dev=4.957
N9 B 0, -1.492, 3.684, 8.860, 11.004 max_d=11.004 avg_d=3.684 std_dev=5.176
C8 A 0, -1.537, 3.722, 8.980, 11.159 max_d=11.159 avg_d=3.722 std_dev=5.259
C8 B 0, -1.525, 3.757, 9.039, 11.227 max_d=11.227 avg_d=3.757 std_dev=5.282
C2' A 0, -1.666, 4.039, 9.745, 12.108 max_d=12.108 avg_d=4.039 std_dev=5.705
C1' A 0, -1.675, 4.049, 9.773, 12.144 max_d=12.144 avg_d=4.049 std_dev=5.724
O2' A 0, -1.739, 4.223, 10.185, 12.655 max_d=12.655 avg_d=4.223 std_dev=5.962
C2' B 0, -1.761, 4.348, 10.456, 12.987 max_d=12.987 avg_d=4.348 std_dev=6.109
C1' B 0, -1.768, 4.360, 10.489, 13.028 max_d=13.028 avg_d=4.360 std_dev=6.129
O2' B 0, -1.908, 4.706, 11.320, 14.060 max_d=14.060 avg_d=4.706 std_dev=6.614
C3' A 0, -1.994, 4.842, 11.678, 14.510 max_d=14.510 avg_d=4.842 std_dev=6.836
C3' B 0, -1.983, 4.883, 11.748, 14.592 max_d=14.592 avg_d=4.883 std_dev=6.866
O4' A 0, -2.023, 4.906, 11.835, 14.705 max_d=14.705 avg_d=4.906 std_dev=6.929
O4' B 0, -2.037, 5.009, 12.054, 14.972 max_d=14.972 avg_d=5.009 std_dev=7.045
OP2 B 0, -2.151, 5.277, 12.705, 15.782 max_d=15.782 avg_d=5.277 std_dev=7.428
O3' B 0, -2.168, 5.331, 12.831, 15.937 max_d=15.937 avg_d=5.331 std_dev=7.499
O3' A 0, -2.197, 5.337, 12.871, 15.992 max_d=15.992 avg_d=5.337 std_dev=7.534
C4' B 0, -2.188, 5.375, 12.938, 16.071 max_d=16.071 avg_d=5.375 std_dev=7.563
C4' A 0, -2.227, 5.411, 13.049, 16.213 max_d=16.213 avg_d=5.411 std_dev=7.638
C5' B 0, -2.317, 5.683, 13.683, 16.997 max_d=16.997 avg_d=5.683 std_dev=8.000
O5' A 0, -2.366, 5.737, 13.839, 17.195 max_d=17.195 avg_d=5.737 std_dev=8.102
OP2 A 0, -2.435, 5.926, 14.287, 17.750 max_d=17.750 avg_d=5.926 std_dev=8.361
O5' B 0, -2.448, 6.000, 14.449, 17.948 max_d=17.948 avg_d=6.000 std_dev=8.449
P B 0, -2.452, 6.006, 14.465, 17.968 max_d=17.968 avg_d=6.006 std_dev=8.458
C5' A 0, -2.502, 6.094, 14.690, 18.250 max_d=18.250 avg_d=6.094 std_dev=8.596
P A 0, -2.612, 6.345, 15.302, 19.012 max_d=19.012 avg_d=6.345 std_dev=8.957
OP1 B 0, -2.699, 6.609, 15.916, 19.772 max_d=19.772 avg_d=6.609 std_dev=9.307
OP1 A 0, -2.953, 7.179, 17.311, 21.508 max_d=21.508 avg_d=7.179 std_dev=10.132

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.10 0.04 0.11
C2 0.04 0.00 0.10 0.14 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.11 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.19 0.08
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.12 0.14 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.18 0.22 0.30 0.21
C4 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.03 0.07 0.05 0.03 0.06
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.09 0.09 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04
C5 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.06 0.12 0.11 0.12 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.04 0.08
N1 0.04 0.00 0.08 0.12 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.13 0.04 0.07 0.02 0.07 0.03
N3 0.04 0.00 0.11 0.14 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.16 0.03 0.08 0.06 0.04 0.07
N6 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.05 0.08 0.02 0.06 0.01
N7 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.05 0.00 0.04
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.08 0.02 0.09
O2' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.02
O3' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.13 0.16 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.23 0.35 0.41 0.31
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.14 0.20 0.16 0.21
O5' 0.07 0.07 0.08 0.18 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.02 0.23 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.10 0.04 0.10 0.22 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.08 0.02 0.06 0.02 0.05 0.08 0.01 0.35 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.19 0.30 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.00 0.02 0.10 0.41 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.05 0.08 0.21 0.06 0.04 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.07 0.01 0.04 0.09 0.02 0.31 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.35 0.60 1.11 0.52 0.95 0.75 1.43 0.83 0.72 0.62 0.32 1.07 0.86 0.53 0.22 1.22 0.55 1.10 1.72 1.68 1.43
C2 0.37 0.21 0.35 0.80 0.63 0.81 1.08 1.29 1.24 1.01 0.77 0.20 1.72 1.27 0.66 0.08 0.70 0.60 1.13 1.77 1.89 1.58
C2' 0.36 0.55 0.64 1.11 0.61 0.88 0.86 1.31 1.00 0.74 0.85 0.44 1.25 0.92 0.56 0.25 1.21 0.49 0.95 1.52 1.58 1.28
C3' 0.06 0.30 0.38 0.82 0.31 0.55 0.55 0.96 0.70 0.42 0.58 0.18 0.95 0.60 0.25 0.01 0.95 0.15 0.57 1.16 1.20 0.90
C4 0.04 0.12 0.16 0.64 0.20 0.57 0.54 1.07 0.61 0.54 0.25 0.11 1.00 0.73 0.25 0.22 0.65 0.26 0.82 1.50 1.50 1.23
C4' 0.15 0.28 0.48 0.96 0.33 0.72 0.53 1.16 0.63 0.45 0.50 0.20 0.83 0.59 0.30 0.12 1.12 0.28 0.77 1.37 1.33 1.07
C5 0.41 0.74 0.33 0.13 0.32 0.11 0.02 0.62 0.04 0.09 0.41 0.67 0.47 0.27 0.23 0.68 0.13 0.18 0.41 1.15 1.10 0.85
C5' 0.11 0.02 0.23 0.70 0.06 0.45 0.24 0.88 0.33 0.16 0.22 0.05 0.53 0.30 0.03 0.10 0.87 0.00 0.47 1.09 1.02 0.77
C6 0.53 1.02 0.54 0.11 0.46 0.04 0.05 0.47 0.05 0.06 0.65 0.89 0.52 0.28 0.32 0.88 0.16 0.27 0.33 1.10 1.08 0.82
C8 0.39 0.56 0.19 0.29 0.30 0.19 0.05 0.68 0.02 0.01 0.32 0.54 0.28 0.13 0.24 0.53 0.37 0.19 0.39 1.11 1.00 0.77
N1 0.11 0.55 0.20 0.24 0.05 0.32 0.56 0.83 0.65 0.59 0.01 0.45 1.30 0.86 0.16 0.59 0.13 0.15 0.72 1.44 1.52 1.23
N3 0.44 0.38 0.53 0.99 0.67 0.93 1.03 1.41 1.16 0.97 0.82 0.34 1.53 1.18 0.69 0.10 0.97 0.65 1.18 1.80 1.87 1.58
N6 1.03 1.66 1.07 0.66 1.06 0.55 0.69 0.04 0.80 0.46 1.43 1.48 0.23 0.27 0.86 1.35 0.71 0.75 0.14 0.70 0.62 0.38
N7 0.66 0.94 0.52 0.06 0.61 0.11 0.34 0.38 0.35 0.25 0.71 0.88 0.00 0.10 0.52 0.84 0.01 0.45 0.14 0.90 0.78 0.55
N9 0.02 0.09 0.21 0.70 0.16 0.59 0.43 1.08 0.49 0.43 0.21 0.09 0.80 0.59 0.20 0.16 0.77 0.22 0.79 1.46 1.41 1.16
O2' 0.72 0.94 1.03 1.51 0.96 1.26 1.17 1.69 1.30 1.06 1.20 0.83 1.49 1.21 0.91 0.63 1.65 0.85 1.32 1.84 1.90 1.62
O3' 0.08 0.46 0.44 0.84 0.39 0.52 0.62 0.90 0.81 0.43 0.74 0.29 1.05 0.63 0.29 0.06 0.99 0.12 0.47 1.02 1.13 0.79
O4' 0.24 0.22 0.52 1.04 0.36 0.86 0.56 1.34 0.61 0.54 0.43 0.19 0.81 0.66 0.38 0.17 1.18 0.42 0.99 1.61 1.52 1.30
O5' 0.48 0.39 0.14 0.34 0.33 0.10 0.14 0.55 0.05 0.19 0.19 0.45 0.17 0.06 0.34 0.48 0.51 0.36 0.15 0.82 0.71 0.46
OP1 0.79 0.57 0.37 0.11 0.60 0.20 0.45 0.23 0.33 0.55 0.40 0.67 0.14 0.42 0.66 0.69 0.33 0.71 0.24 0.42 0.29 0.04
OP2 1.26 1.13 0.89 0.42 1.11 0.67 0.93 0.22 0.84 0.99 0.96 1.20 0.63 0.86 1.13 1.20 0.23 1.15 0.65 0.08 0.10 0.34
P 0.78 0.66 0.40 0.09 0.63 0.17 0.48 0.28 0.39 0.54 0.50 0.72 0.21 0.42 0.66 0.71 0.30 0.66 0.15 0.53 0.36 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.33 0.19
C2 0.02 0.00 0.20 0.38 0.01 0.25 0.02 0.41 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.44 0.04 0.17 0.39 0.53 0.37
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.07 0.16 0.21 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.22 0.11
C3' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.22 0.00 0.14 0.00 0.22 0.12 0.33 0.36 0.18 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.09 0.02
C4 0.00 0.01 0.12 0.22 0.00 0.17 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.22 0.03 0.10 0.32 0.49 0.32
C4' 0.00 0.25 0.01 0.00 0.17 0.00 0.14 0.00 0.19 0.03 0.24 0.22 0.18 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.08
C5 0.01 0.02 0.06 0.14 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.03 0.10 0.39 0.49 0.34
C5' 0.04 0.41 0.02 0.00 0.29 0.00 0.28 0.00 0.36 0.04 0.41 0.36 0.36 0.15 0.14 0.03 0.04 0.01 0.00 0.14 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.22 0.01 0.19 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.24 0.04 0.15 0.45 0.52 0.37
C8 0.00 0.03 0.07 0.12 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.05 0.23 0.37 0.23
N1 0.01 0.00 0.16 0.33 0.01 0.24 0.01 0.41 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.37 0.04 0.18 0.45 0.54 0.39
N3 0.02 0.00 0.21 0.36 0.01 0.22 0.01 0.36 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.40 0.04 0.14 0.32 0.50 0.34
N6 0.02 0.00 0.08 0.18 0.01 0.18 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.04 0.15 0.50 0.51 0.38
N7 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.34 0.42 0.28
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.22 0.41 0.26
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.22 0.11
O3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.22 0.00 0.14 0.04 0.24 0.12 0.37 0.40 0.19 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.24 0.01 0.04
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.26 0.16
O5' 0.03 0.17 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.15 0.05 0.18 0.14 0.15 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.39 0.03 0.14 0.32 0.07 0.39 0.14 0.45 0.23 0.45 0.32 0.50 0.34 0.22 0.07 0.24 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.53 0.22 0.09 0.49 0.16 0.49 0.07 0.52 0.37 0.54 0.50 0.51 0.42 0.41 0.22 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.37 0.11 0.02 0.32 0.08 0.34 0.01 0.37 0.23 0.39 0.34 0.38 0.28 0.26 0.11 0.04 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00