ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50723

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 1.616, 3.231, 3.231 max_d=3.231 avg_d=1.616 std_dev=1.616
N1 B 0, 0.000, 1.747, 3.495, 3.495 max_d=3.495 avg_d=1.747 std_dev=1.747
C2 A 0, 0.000, 1.968, 3.936, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.968 std_dev=1.968
N6 A 0, 0.000, 1.982, 3.965, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.982 std_dev=1.982
C2 B 0, 0.000, 2.052, 4.103, 4.103 max_d=4.103 avg_d=2.052 std_dev=2.052
N6 B 0, 0.000, 2.281, 4.563, 4.563 max_d=4.563 avg_d=2.281 std_dev=2.281
C6 A 0, 0.000, 2.362, 4.725, 4.725 max_d=4.725 avg_d=2.362 std_dev=2.362
C6 B 0, 0.000, 2.553, 5.106, 5.106 max_d=5.106 avg_d=2.553 std_dev=2.553
N3 A 0, 0.000, 3.077, 6.153, 6.153 max_d=6.153 avg_d=3.077 std_dev=3.077
N3 B 0, 0.000, 3.132, 6.265, 6.265 max_d=6.265 avg_d=3.132 std_dev=3.132
C5 A 0, 0.000, 3.616, 7.232, 7.232 max_d=7.232 avg_d=3.616 std_dev=3.616
C5 B 0, 0.000, 3.769, 7.539, 7.539 max_d=7.539 avg_d=3.769 std_dev=3.769
C4 A 0, 0.000, 3.888, 7.777, 7.777 max_d=7.777 avg_d=3.888 std_dev=3.888
C4 B 0, 0.000, 3.978, 7.955, 7.955 max_d=7.955 avg_d=3.978 std_dev=3.978
N7 A 0, 0.000, 4.738, 9.477, 9.477 max_d=9.477 avg_d=4.738 std_dev=4.738
N7 B 0, 0.000, 4.908, 9.817, 9.817 max_d=9.817 avg_d=4.908 std_dev=4.908
N9 A 0, 0.000, 5.200, 10.400, 10.400 max_d=10.400 avg_d=5.200 std_dev=5.200
N9 B 0, 0.000, 5.279, 10.558, 10.558 max_d=10.558 avg_d=5.279 std_dev=5.279
C8 A 0, 0.000, 5.659, 11.318, 11.318 max_d=11.318 avg_d=5.659 std_dev=5.659
C8 B 0, 0.000, 5.789, 11.578, 11.578 max_d=11.578 avg_d=5.789 std_dev=5.789
O2' B 0, 0.000, 5.830, 11.661, 11.661 max_d=11.661 avg_d=5.830 std_dev=5.830
C2' B 0, 0.000, 5.905, 11.810, 11.810 max_d=11.810 avg_d=5.905 std_dev=5.905
C1' A 0, 0.000, 5.908, 11.817, 11.817 max_d=11.817 avg_d=5.908 std_dev=5.908
C1' B 0, 0.000, 5.949, 11.899, 11.899 max_d=11.899 avg_d=5.949 std_dev=5.949
C2' A 0, 0.000, 6.125, 12.251, 12.251 max_d=12.251 avg_d=6.125 std_dev=6.125
O2' A 0, 0.000, 6.127, 12.255, 12.255 max_d=12.255 avg_d=6.127 std_dev=6.127
O4' A 0, 0.000, 7.187, 14.373, 14.373 max_d=14.373 avg_d=7.187 std_dev=7.187
C3' B 0, 0.000, 7.285, 14.570, 14.570 max_d=14.570 avg_d=7.285 std_dev=7.285
O4' B 0, 0.000, 7.309, 14.619, 14.619 max_d=14.619 avg_d=7.309 std_dev=7.309
C3' A 0, 0.000, 7.483, 14.965, 14.965 max_d=14.965 avg_d=7.483 std_dev=7.483
O3' B 0, 0.000, 7.947, 15.894, 15.894 max_d=15.894 avg_d=7.947 std_dev=7.947
C4' B 0, 0.000, 8.071, 16.143, 16.143 max_d=16.143 avg_d=8.071 std_dev=8.071
C4' A 0, 0.000, 8.091, 16.182, 16.182 max_d=16.182 avg_d=8.091 std_dev=8.091
O3' A 0, 0.000, 8.290, 16.579, 16.579 max_d=16.579 avg_d=8.290 std_dev=8.290
O5' A 0, 0.000, 8.839, 17.679, 17.679 max_d=17.679 avg_d=8.839 std_dev=8.839
OP2 A 0, 0.000, 8.958, 17.916, 17.916 max_d=17.916 avg_d=8.958 std_dev=8.958
O5' B 0, 0.000, 9.047, 18.093, 18.093 max_d=18.093 avg_d=9.047 std_dev=9.047
C5' A 0, 0.000, 9.225, 18.450, 18.450 max_d=18.450 avg_d=9.225 std_dev=9.225
C5' B 0, 0.000, 9.328, 18.656, 18.656 max_d=18.656 avg_d=9.328 std_dev=9.328
OP2 B 0, 0.000, 9.565, 19.130, 19.130 max_d=19.130 avg_d=9.565 std_dev=9.565
P A 0, 0.000, 9.692, 19.385, 19.385 max_d=19.385 avg_d=9.692 std_dev=9.692
P B 0, 0.000, 10.121, 20.242, 20.242 max_d=20.242 avg_d=10.121 std_dev=10.121
OP1 A 0, 0.000, 11.080, 22.159, 22.159 max_d=22.159 avg_d=11.080 std_dev=11.080
OP1 B 0, 0.000, 11.348, 22.695, 22.695 max_d=22.695 avg_d=11.348 std_dev=11.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04
C2 0.04 0.00 0.12 0.12 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.11 0.11 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01
C3' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.10 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.07 0.05 0.03 0.02
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.06 0.05 0.04 0.02
C8 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.01
N1 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00
N3 0.03 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04
N6 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.08 0.07 0.07 0.06
N7 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.05 0.04
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.10 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.15 0.14 0.10 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.18 0.07 0.07
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.07
O5' 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.03 0.01 0.08 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.07 0.06 0.02 0.06 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.00 0.12 0.13 0.01 0.34 0.05 0.45 0.26 0.33 0.00 0.68 0.39 0.10 0.17 0.13 0.07 0.17 0.27 0.33 0.19
C2 0.20 0.06 0.25 0.10 0.09 0.16 0.44 0.05 0.66 0.30 0.44 0.18 1.01 0.52 0.05 0.48 0.16 0.15 0.11 0.21 0.37 0.18
C2' 0.17 0.11 0.09 0.00 0.07 0.15 0.27 0.10 0.42 0.15 0.35 0.02 0.63 0.29 0.01 0.25 0.02 0.20 0.01 0.07 0.15 0.01
C3' 0.28 0.02 0.18 0.09 0.06 0.25 0.12 0.21 0.26 0.01 0.20 0.14 0.47 0.15 0.12 0.33 0.05 0.32 0.11 0.05 0.02 0.13
C4 0.28 0.20 0.26 0.13 0.08 0.21 0.19 0.13 0.33 0.11 0.13 0.27 0.63 0.27 0.09 0.45 0.14 0.25 0.00 0.11 0.21 0.05
C4' 0.14 0.03 0.02 0.09 0.05 0.07 0.22 0.02 0.33 0.15 0.23 0.05 0.53 0.27 0.01 0.17 0.14 0.16 0.08 0.18 0.22 0.08
C5 0.52 0.55 0.51 0.36 0.37 0.43 0.11 0.34 0.00 0.14 0.26 0.57 0.34 0.01 0.36 0.67 0.37 0.47 0.22 0.10 0.00 0.16
C5' 0.21 0.08 0.08 0.03 0.05 0.13 0.11 0.08 0.21 0.05 0.10 0.15 0.40 0.16 0.08 0.23 0.10 0.23 0.01 0.12 0.15 0.01
C6 0.64 0.77 0.66 0.50 0.51 0.54 0.21 0.43 0.10 0.23 0.44 0.75 0.33 0.05 0.47 0.82 0.53 0.56 0.30 0.18 0.05 0.22
C8 0.43 0.39 0.37 0.24 0.28 0.34 0.08 0.27 0.01 0.11 0.17 0.43 0.27 0.01 0.28 0.51 0.22 0.40 0.16 0.05 0.01 0.13
N1 0.50 0.57 0.55 0.39 0.28 0.41 0.09 0.29 0.29 0.01 0.07 0.59 0.76 0.23 0.27 0.75 0.44 0.41 0.13 0.02 0.15 0.04
N3 0.09 0.09 0.10 0.03 0.17 0.05 0.46 0.04 0.64 0.34 0.48 0.03 0.93 0.53 0.13 0.31 0.00 0.07 0.18 0.27 0.40 0.23
N6 0.88 1.10 0.90 0.74 0.82 0.76 0.56 0.65 0.54 0.51 0.90 1.03 0.11 0.37 0.75 1.02 0.76 0.79 0.54 0.40 0.28 0.44
N7 0.59 0.62 0.55 0.41 0.47 0.49 0.25 0.41 0.18 0.27 0.40 0.63 0.11 0.14 0.45 0.69 0.40 0.55 0.31 0.19 0.12 0.26
N9 0.24 0.15 0.20 0.07 0.06 0.17 0.16 0.10 0.28 0.10 0.12 0.22 0.54 0.24 0.08 0.36 0.06 0.23 0.02 0.12 0.20 0.05
O2' 0.03 0.34 0.11 0.19 0.28 0.04 0.47 0.08 0.61 0.34 0.56 0.20 0.79 0.48 0.21 0.05 0.22 0.01 0.19 0.25 0.32 0.18
O3' 0.33 0.01 0.21 0.13 0.08 0.32 0.09 0.29 0.25 0.05 0.21 0.13 0.44 0.09 0.16 0.35 0.09 0.39 0.20 0.16 0.09 0.23
O4' 0.06 0.04 0.04 0.16 0.11 0.02 0.29 0.09 0.38 0.24 0.25 0.02 0.59 0.36 0.09 0.12 0.20 0.06 0.20 0.32 0.36 0.22
O5' 0.34 0.22 0.22 0.10 0.18 0.25 0.02 0.20 0.07 0.07 0.04 0.28 0.27 0.04 0.21 0.35 0.04 0.35 0.11 0.01 0.02 0.11
OP1 0.39 0.30 0.27 0.16 0.27 0.31 0.14 0.27 0.07 0.17 0.17 0.35 0.10 0.09 0.29 0.38 0.08 0.41 0.19 0.10 0.09 0.20
OP2 0.56 0.52 0.46 0.34 0.45 0.46 0.31 0.41 0.26 0.32 0.38 0.55 0.07 0.24 0.45 0.57 0.28 0.55 0.33 0.23 0.21 0.33
P 0.44 0.38 0.33 0.20 0.32 0.34 0.17 0.29 0.11 0.19 0.23 0.42 0.08 0.10 0.33 0.45 0.14 0.44 0.20 0.09 0.07 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.08 0.10
C2 0.04 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.10 0.09 0.13 0.14
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.09 0.12 0.13
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03
C5 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.11 0.15 0.15
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.06 0.09 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.11 0.12 0.16 0.16
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.14 0.15
N1 0.04 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.11 0.11 0.15 0.16
N3 0.04 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03 0.09 0.09 0.12 0.13
N6 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.05 0.13 0.15 0.20 0.19
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.15 0.15
N9 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.11 0.13
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.07 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.07 0.10
O5' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.08 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.02 0.06 0.09 0.01 0.11 0.03 0.12 0.12 0.11 0.09 0.15 0.12 0.09 0.01 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.13 0.01 0.04 0.12 0.00 0.15 0.00 0.16 0.14 0.15 0.12 0.20 0.15 0.11 0.02 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.03 0.02 0.13 0.03 0.15 0.01 0.16 0.15 0.16 0.13 0.19 0.15 0.13 0.04 0.07 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00