ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 1.822, 3.644, 3.644 max_d=3.644 avg_d=1.822 std_dev=1.822
N1 B 0, 0.000, 1.827, 3.654, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.827 std_dev=1.827
N6 B 0, 0.000, 1.839, 3.679, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.839 std_dev=1.839
N6 A 0, 0.000, 1.892, 3.784, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.892 std_dev=1.892
C2 A 0, 0.000, 2.308, 4.616, 4.616 max_d=4.616 avg_d=2.308 std_dev=2.308
C2 B 0, 0.000, 2.335, 4.669, 4.669 max_d=4.669 avg_d=2.335 std_dev=2.335
C6 B 0, 0.000, 2.350, 4.699, 4.699 max_d=4.699 avg_d=2.350 std_dev=2.350
C6 A 0, 0.000, 2.382, 4.765, 4.765 max_d=4.765 avg_d=2.382 std_dev=2.382
N3 A 0, 0.000, 3.440, 6.881, 6.881 max_d=6.881 avg_d=3.440 std_dev=3.440
N3 B 0, 0.000, 3.466, 6.933, 6.933 max_d=6.933 avg_d=3.466 std_dev=3.466
C5 B 0, 0.000, 3.564, 7.129, 7.129 max_d=7.129 avg_d=3.564 std_dev=3.564
C5 A 0, 0.000, 3.606, 7.211, 7.211 max_d=7.211 avg_d=3.606 std_dev=3.606
C4 B 0, 0.000, 4.068, 8.137, 8.137 max_d=8.137 avg_d=4.068 std_dev=4.068
C4 A 0, 0.000, 4.078, 8.157, 8.157 max_d=8.157 avg_d=4.078 std_dev=4.078
N7 B 0, 0.000, 4.478, 8.955, 8.955 max_d=8.955 avg_d=4.478 std_dev=4.478
N7 A 0, 0.000, 4.552, 9.104, 9.104 max_d=9.104 avg_d=4.552 std_dev=4.552
N9 B 0, 0.000, 5.331, 10.662, 10.662 max_d=10.662 avg_d=5.331 std_dev=5.331
N9 A 0, 0.000, 5.355, 10.710, 10.710 max_d=10.710 avg_d=5.355 std_dev=5.355
C8 B 0, 0.000, 5.518, 11.036, 11.036 max_d=11.036 avg_d=5.518 std_dev=5.518
C8 A 0, 0.000, 5.582, 11.164, 11.164 max_d=11.164 avg_d=5.582 std_dev=5.582
C1' B 0, 0.000, 6.267, 12.534, 12.534 max_d=12.534 avg_d=6.267 std_dev=6.267
C1' A 0, 0.000, 6.272, 12.543, 12.543 max_d=12.543 avg_d=6.272 std_dev=6.272
C2' B 0, 0.000, 6.515, 13.030, 13.030 max_d=13.030 avg_d=6.515 std_dev=6.515
C2' A 0, 0.000, 6.556, 13.111, 13.111 max_d=13.111 avg_d=6.556 std_dev=6.556
O2' A 0, 0.000, 6.879, 13.758, 13.758 max_d=13.758 avg_d=6.879 std_dev=6.879
O2' B 0, 0.000, 6.892, 13.784, 13.784 max_d=13.784 avg_d=6.892 std_dev=6.892
O4' B 0, 0.000, 7.414, 14.827, 14.827 max_d=14.827 avg_d=7.414 std_dev=7.414
O4' A 0, 0.000, 7.453, 14.905, 14.905 max_d=14.905 avg_d=7.453 std_dev=7.453
C3' B 0, 0.000, 7.557, 15.114, 15.114 max_d=15.114 avg_d=7.557 std_dev=7.557
C3' A 0, 0.000, 7.664, 15.329, 15.329 max_d=15.329 avg_d=7.664 std_dev=7.664
OP2 B 0, 0.000, 7.955, 15.910, 15.910 max_d=15.910 avg_d=7.955 std_dev=7.955
OP2 A 0, 0.000, 8.105, 16.209, 16.209 max_d=16.209 avg_d=8.105 std_dev=8.105
C4' B 0, 0.000, 8.218, 16.437, 16.437 max_d=16.437 avg_d=8.218 std_dev=8.218
O5' B 0, 0.000, 8.273, 16.546, 16.546 max_d=16.546 avg_d=8.273 std_dev=8.273
C4' A 0, 0.000, 8.311, 16.621, 16.621 max_d=16.621 avg_d=8.311 std_dev=8.311
O3' B 0, 0.000, 8.413, 16.827, 16.827 max_d=16.827 avg_d=8.413 std_dev=8.413
O5' A 0, 0.000, 8.451, 16.903, 16.903 max_d=16.903 avg_d=8.451 std_dev=8.451
O3' A 0, 0.000, 8.538, 17.076, 17.076 max_d=17.076 avg_d=8.538 std_dev=8.538
P B 0, 0.000, 8.787, 17.574, 17.574 max_d=17.574 avg_d=8.787 std_dev=8.787
C5' B 0, 0.000, 8.982, 17.965, 17.965 max_d=17.965 avg_d=8.982 std_dev=8.982
P A 0, 0.000, 9.017, 18.034, 18.034 max_d=18.034 avg_d=9.017 std_dev=9.017
C5' A 0, 0.000, 9.143, 18.286, 18.286 max_d=18.286 avg_d=9.143 std_dev=9.143
OP1 B 0, 0.000, 9.647, 19.294, 19.294 max_d=19.294 avg_d=9.647 std_dev=9.647
OP1 A 0, 0.000, 10.300, 20.600, 20.600 max_d=20.600 avg_d=10.300 std_dev=10.300

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.11 0.13 0.16 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.11 0.04 0.12 0.08 0.12 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.11 0.13 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.13 0.16 0.17 0.14
C5' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.09 0.09 0.05 0.12 0.11 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.15 0.18 0.21 0.16
C8 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.11 0.09 0.10
N1 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.13 0.17 0.20 0.15
N3 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.12 0.09
N6 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.01 0.16 0.21 0.24 0.19
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.13 0.16 0.17 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
O3' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.13 0.04 0.13 0.08 0.15 0.09 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03
O5' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.00 0.15 0.09 0.13 0.08 0.16 0.13 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.13 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.18 0.11 0.17 0.10 0.21 0.16 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.16 0.01 0.02 0.13 0.00 0.17 0.00 0.21 0.09 0.20 0.12 0.24 0.17 0.07 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.12 0.00 0.00 0.10 0.01 0.14 0.00 0.16 0.10 0.15 0.09 0.19 0.15 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.22 0.49 0.17 0.25 0.39 0.44 0.48 0.35 0.29 0.02 0.73 0.50 0.16 0.04 0.59 0.01 0.68 1.16 1.01 0.83
C2 0.01 0.02 0.04 0.31 0.26 0.18 0.64 0.42 0.83 0.53 0.52 0.06 1.23 0.77 0.25 0.28 0.28 0.06 0.70 1.09 1.14 0.89
C2' 0.20 0.00 0.03 0.26 0.05 0.01 0.29 0.16 0.42 0.18 0.28 0.11 0.69 0.35 0.00 0.24 0.34 0.22 0.42 0.84 0.77 0.55
C3' 0.46 0.26 0.20 0.02 0.24 0.27 0.02 0.11 0.12 0.12 0.01 0.37 0.37 0.04 0.28 0.45 0.14 0.51 0.15 0.58 0.49 0.27
C4 0.18 0.25 0.04 0.24 0.01 0.07 0.29 0.30 0.38 0.26 0.09 0.27 0.73 0.43 0.01 0.31 0.29 0.12 0.56 1.03 0.96 0.74
C4' 0.24 0.15 0.05 0.31 0.07 0.01 0.12 0.18 0.20 0.06 0.06 0.21 0.41 0.19 0.09 0.18 0.45 0.26 0.42 0.91 0.72 0.54
C5 0.44 0.64 0.31 0.01 0.33 0.15 0.03 0.10 0.02 0.00 0.35 0.61 0.40 0.17 0.26 0.56 0.04 0.35 0.35 0.86 0.79 0.57
C5' 0.43 0.37 0.13 0.14 0.30 0.16 0.13 0.01 0.07 0.16 0.20 0.42 0.13 0.05 0.30 0.34 0.31 0.46 0.24 0.75 0.53 0.36
C6 0.52 0.84 0.45 0.14 0.42 0.23 0.07 0.04 0.02 0.02 0.49 0.76 0.47 0.18 0.33 0.71 0.13 0.40 0.31 0.80 0.80 0.55
C8 0.40 0.54 0.21 0.09 0.31 0.11 0.08 0.12 0.05 0.05 0.31 0.52 0.23 0.09 0.26 0.44 0.18 0.35 0.35 0.89 0.73 0.54
N1 0.29 0.50 0.27 0.02 0.09 0.05 0.33 0.21 0.48 0.29 0.00 0.49 1.02 0.53 0.05 0.58 0.01 0.18 0.50 0.93 0.99 0.73
N3 0.04 0.10 0.15 0.41 0.28 0.24 0.60 0.46 0.75 0.51 0.50 0.02 1.08 0.71 0.27 0.15 0.43 0.08 0.73 1.14 1.12 0.90
N6 0.79 1.26 0.75 0.43 0.79 0.48 0.47 0.19 0.53 0.32 1.05 1.12 0.03 0.15 0.65 0.97 0.42 0.64 0.07 0.60 0.60 0.34
N7 0.56 0.78 0.40 0.10 0.49 0.25 0.25 0.01 0.25 0.18 0.56 0.73 0.07 0.05 0.42 0.62 0.01 0.48 0.23 0.77 0.64 0.44
N9 0.19 0.24 0.00 0.28 0.04 0.08 0.21 0.29 0.28 0.20 0.04 0.26 0.58 0.35 0.02 0.25 0.37 0.15 0.54 1.04 0.91 0.71
O2' 0.08 0.33 0.31 0.52 0.33 0.24 0.55 0.39 0.69 0.43 0.59 0.20 0.91 0.59 0.27 0.05 0.61 0.03 0.64 1.03 0.96 0.75
O3' 0.54 0.22 0.26 0.07 0.27 0.40 0.05 0.26 0.11 0.20 0.03 0.37 0.35 0.03 0.35 0.51 0.05 0.63 0.00 0.39 0.34 0.10
O4' 0.02 0.04 0.24 0.52 0.11 0.27 0.30 0.46 0.35 0.29 0.17 0.07 0.57 0.41 0.12 0.00 0.66 0.01 0.69 1.21 0.99 0.84
O5' 0.68 0.65 0.39 0.13 0.56 0.41 0.39 0.23 0.33 0.41 0.48 0.69 0.12 0.29 0.56 0.60 0.03 0.70 0.00 0.52 0.31 0.13
OP1 0.90 0.83 0.58 0.32 0.79 0.64 0.65 0.48 0.60 0.68 0.70 0.88 0.44 0.59 0.80 0.76 0.13 0.95 0.26 0.27 0.01 0.15
OP2 1.10 1.12 0.82 0.56 1.02 0.82 0.88 0.64 0.85 0.87 0.99 1.14 0.68 0.77 1.01 1.00 0.40 1.11 0.42 0.13 0.11 0.27
P 0.83 0.85 0.53 0.26 0.75 0.54 0.60 0.36 0.57 0.60 0.71 0.86 0.40 0.51 0.73 0.72 0.09 0.85 0.15 0.40 0.14 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.00
C2 0.00 0.00 0.09 0.14 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.01 0.16 0.30 0.22 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.15 0.11 0.13 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.13 0.23 0.20 0.12
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.07 0.04 0.09 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.17 0.32 0.25 0.17
C5' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.13 0.09 0.12 0.07 0.15 0.12 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.01 0.19 0.38 0.28 0.20
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.18 0.11
N1 0.00 0.00 0.08 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.17 0.01 0.18 0.37 0.26 0.19
N3 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.12 0.23 0.19 0.11
N6 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.21 0.44 0.30 0.23
N7 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.17 0.30 0.25 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.14 0.15 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.15 0.02 0.17 0.12 0.16 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03
O5' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.19 0.12 0.18 0.12 0.21 0.17 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.30 0.04 0.04 0.23 0.04 0.32 0.08 0.38 0.19 0.37 0.23 0.44 0.30 0.14 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.22 0.01 0.03 0.20 0.03 0.25 0.03 0.28 0.18 0.26 0.19 0.30 0.25 0.15 0.01 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.15 0.01 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.20 0.11 0.19 0.11 0.23 0.17 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00